MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Natrinema pellirubrum DSM 15624 plasmid pNATPE02

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019963	GACGA	2	10	201	210	40 %	0 %	40 %	20 %	433593058
2	NC_019963	TCGAA	2	10	1197	1206	40 %	20 %	20 %	20 %	433593058
3	NC_019963	GATGG	2	10	1315	1324	20 %	20 %	60 %	0 %	433593058
4	NC_019963	CAGCG	2	10	3614	3623	20 %	0 %	40 %	40 %	433593062
5	NC_019963	TCGCC	2	10	5345	5354	0 %	20 %	20 %	60 %	433593064
6	NC_019963	AGCTC	2	10	8629	8638	20 %	20 %	20 %	40 %	433593067
7	NC_019963	TTCCG	2	10	9342	9351	0 %	40 %	20 %	40 %	433593068
8	NC_019963	GAGAT	2	10	9727	9736	40 %	20 %	40 %	0 %	433593069
9	NC_019963	GGGGC	2	10	10843	10852	0 %	0 %	80 %	20 %	433593070
10	NC_019963	CTGGA	2	10	13957	13966	20 %	20 %	40 %	20 %	433593075
11	NC_019963	ACGCC	2	10	19295	19304	20 %	0 %	20 %	60 %	433593085
12	NC_019963	GTGAG	2	10	21201	21210	20 %	20 %	60 %	0 %	433593088
13	NC_019963	TCGGG	2	10	21399	21408	0 %	20 %	60 %	20 %	433593088
14	NC_019963	TCGGG	2	10	24877	24886	0 %	20 %	60 %	20 %	433593092
15	NC_019963	GTTCG	2	10	24995	25004	0 %	40 %	40 %	20 %	433593092
16	NC_019963	GCGTG	2	10	25716	25725	0 %	20 %	60 %	20 %	433593094
17	NC_019963	TCGTG	2	10	27365	27374	0 %	40 %	40 %	20 %	433593095
18	NC_019963	GGAAG	2	10	30167	30176	40 %	0 %	60 %	0 %	433593097
19	NC_019963	CGTCC	2	10	32904	32913	0 %	20 %	20 %	60 %	433593101
20	NC_019963	GCGGG	2	10	33896	33905	0 %	0 %	80 %	20 %	433593102
21	NC_019963	CGAGA	2	10	35309	35318	40 %	0 %	40 %	20 %	433593104
22	NC_019963	CAGCG	2	10	35426	35435	20 %	0 %	40 %	40 %	433593104
23	NC_019963	GCCGG	2	10	36969	36978	0 %	0 %	60 %	40 %	433593106
24	NC_019963	GACCG	2	10	38326	38335	20 %	0 %	40 %	40 %	433593107
25	NC_019963	CTCCG	2	10	39621	39630	0 %	20 %	20 %	60 %	433593109
26	NC_019963	TCGTC	2	10	43159	43168	0 %	40 %	20 %	40 %	433593110
27	NC_019963	AGCGG	2	10	43684	43693	20 %	0 %	60 %	20 %	433593110
28	NC_019963	TCCTC	2	10	44050	44059	0 %	40 %	0 %	60 %	433593111
29	NC_019963	CATCG	2	10	47335	47344	20 %	20 %	20 %	40 %	433593112
30	NC_019963	AGCCG	2	10	48141	48150	20 %	0 %	40 %	40 %	433593112
31	NC_019963	ACGCC	2	10	48294	48303	20 %	0 %	20 %	60 %	433593112
32	NC_019963	ACCAG	2	10	48951	48960	40 %	0 %	20 %	40 %	433593113
33	NC_019963	CGAGA	2	10	49121	49130	40 %	0 %	40 %	20 %	433593113
34	NC_019963	TCAGT	2	10	51141	51150	20 %	40 %	20 %	20 %	433593115
35	NC_019963	TCGAC	2	10	53743	53752	20 %	20 %	20 %	40 %	433593119
36	NC_019963	CGACG	2	10	53930	53939	20 %	0 %	40 %	40 %	433593119
37	NC_019963	TGGCT	2	10	55610	55619	0 %	40 %	40 %	20 %	433593122
38	NC_019963	CGTCG	2	10	57979	57988	0 %	20 %	40 %	40 %	433593124
39	NC_019963	TCCTC	2	10	59054	59063	0 %	40 %	0 %	60 %	433593124
40	NC_019963	GGACT	2	10	64538	64547	20 %	20 %	40 %	20 %	433593134
41	NC_019963	TGATG	2	10	65441	65450	20 %	40 %	40 %	0 %	433593135
42	NC_019963	CGTCG	2	10	66699	66708	0 %	20 %	40 %	40 %	433593137
43	NC_019963	CGATC	2	10	68058	68067	20 %	20 %	20 %	40 %	433593138
44	NC_019963	TTCCG	2	10	71516	71525	0 %	40 %	20 %	40 %	433593141
45	NC_019963	CGTTG	2	10	75640	75649	0 %	40 %	40 %	20 %	433593145
46	NC_019963	GCACG	2	10	83916	83925	20 %	0 %	40 %	40 %	433593151
47	NC_019963	GACTG	2	10	87467	87476	20 %	20 %	40 %	20 %	433593156
48	NC_019963	AGCTG	2	10	90403	90412	20 %	20 %	40 %	20 %	433593160
49	NC_019963	ACGTG	2	10	90822	90831	20 %	20 %	40 %	20 %	433593161
50	NC_019963	TCGTC	2	10	92601	92610	0 %	40 %	20 %	40 %	433593163
51	NC_019963	GGCGT	2	10	95895	95904	0 %	20 %	60 %	20 %	433593164
52	NC_019963	CACCC	2	10	97080	97089	20 %	0 %	0 %	80 %	433593165
53	NC_019963	TCCCC	2	10	97451	97460	0 %	20 %	0 %	80 %	433593165
54	NC_019963	CGTCT	2	10	98078	98087	0 %	40 %	20 %	40 %	433593167
55	NC_019963	ACGTC	2	10	98127	98136	20 %	20 %	20 %	40 %	433593167
56	NC_019963	TTCCG	2	10	98141	98150	0 %	40 %	20 %	40 %	433593167
57	NC_019963	GCTCG	2	10	99271	99280	0 %	20 %	40 %	40 %	433593167
58	NC_019963	GAACT	2	10	104234	104243	40 %	20 %	20 %	20 %	433593171
59	NC_019963	TCGTC	2	10	104499	104508	0 %	40 %	20 %	40 %	433593171
60	NC_019963	CTGCT	2	10	110644	110653	0 %	40 %	20 %	40 %	433593176
61	NC_019963	TGGCG	2	10	115626	115635	0 %	20 %	60 %	20 %	433593179
62	NC_019963	TTCGT	2	10	116073	116082	0 %	60 %	20 %	20 %	433593180
63	NC_019963	ATCGC	2	10	116178	116187	20 %	20 %	20 %	40 %	433593180
64	NC_019963	CCGGC	2	10	117454	117463	0 %	0 %	40 %	60 %	433593180
65	NC_019963	TCGTC	2	10	117724	117733	0 %	40 %	20 %	40 %	433593180
66	NC_019963	GCGTC	2	10	117816	117825	0 %	20 %	40 %	40 %	433593180
67	NC_019963	GGGAA	2	10	121613	121622	40 %	0 %	60 %	0 %	433593182
68	NC_019963	CGCTC	2	10	126644	126653	0 %	20 %	20 %	60 %	433593185
69	NC_019963	CGCGA	2	10	126765	126774	20 %	0 %	40 %	40 %	433593185
70	NC_019963	TCACC	2	10	130933	130942	20 %	20 %	0 %	60 %	433593189
71	NC_019963	GGTTC	2	10	132929	132938	0 %	40 %	40 %	20 %	433593191
72	NC_019963	GGAAG	2	10	135426	135435	40 %	0 %	60 %	0 %	433593192
73	NC_019963	TGGGG	2	10	142148	142157	0 %	20 %	80 %	0 %	433593197
74	NC_019963	AGACG	2	10	142652	142661	40 %	0 %	40 %	20 %	433593197
75	NC_019963	AAGGA	2	10	143201	143210	60 %	0 %	40 %	0 %	433593198
76	NC_019963	GGACG	2	10	143836	143845	20 %	0 %	60 %	20 %	433593199
77	NC_019963	TCGGG	2	10	151077	151086	0 %	20 %	60 %	20 %	433593207
78	NC_019963	CGAGC	2	10	151887	151896	20 %	0 %	40 %	40 %	433593209
79	NC_019963	GACGC	2	10	152128	152137	20 %	0 %	40 %	40 %	433593209
80	NC_019963	TCGAC	2	10	152437	152446	20 %	20 %	20 %	40 %	433593209
81	NC_019963	GAACG	2	10	153439	153448	40 %	0 %	40 %	20 %	433593210
82	NC_019963	TTCCG	2	10	154785	154794	0 %	40 %	20 %	40 %	433593211
83	NC_019963	TCGCC	2	10	157879	157888	0 %	20 %	20 %	60 %	433593212
84	NC_019963	CCCGC	2	10	158295	158304	0 %	0 %	20 %	80 %	433593212
85	NC_019963	TCGCG	2	10	159584	159593	0 %	20 %	40 %	40 %	433593213
86	NC_019963	CAGCG	2	10	162167	162176	20 %	0 %	40 %	40 %	433593215
87	NC_019963	CTGTC	2	10	162873	162882	0 %	40 %	20 %	40 %	433593215
88	NC_019963	TGTCC	2	10	163165	163174	0 %	40 %	20 %	40 %	433593215
89	NC_019963	CGGTC	2	10	164033	164042	0 %	20 %	40 %	40 %	433593216
90	NC_019963	CTCGA	2	10	165036	165045	20 %	20 %	20 %	40 %	433593217
91	NC_019963	GCCGT	2	10	165908	165917	0 %	20 %	40 %	40 %	433593218
92	NC_019963	CGCGA	2	10	165958	165967	20 %	0 %	40 %	40 %	433593218
93	NC_019963	AGGTG	2	10	166580	166589	20 %	20 %	60 %	0 %	433593218
94	NC_019963	TCACC	2	10	169513	169522	20 %	20 %	0 %	60 %	433593224
95	NC_019963	CGTCG	2	10	171117	171126	0 %	20 %	40 %	40 %	433593225
96	NC_019963	TCTCG	2	10	171299	171308	0 %	40 %	20 %	40 %	433593225
97	NC_019963	CGGCT	2	10	173628	173637	0 %	20 %	40 %	40 %	433593225
98	NC_019963	GCTCG	2	10	174186	174195	0 %	20 %	40 %	40 %	433593226
99	NC_019963	CGTCG	2	10	174270	174279	0 %	20 %	40 %	40 %	433593226
100	NC_019963	GGTAC	2	10	174634	174643	20 %	20 %	40 %	20 %	433593227
101	NC_019963	ATCGA	2	10	177825	177834	40 %	20 %	20 %	20 %	433593230
102	NC_019963	TGGGA	2	10	179010	179019	20 %	20 %	60 %	0 %	433593230
103	NC_019963	CCGGA	2	10	179856	179865	20 %	0 %	40 %	40 %	433593230
104	NC_019963	TCGCT	2	10	183229	183238	0 %	40 %	20 %	40 %	433593232
105	NC_019963	CGGAG	2	10	191075	191084	20 %	0 %	60 %	20 %	433593242
106	NC_019963	CATCG	2	10	194811	194820	20 %	20 %	20 %	40 %	433593244
107	NC_019963	TTTGC	2	10	196209	196218	0 %	60 %	20 %	20 %	433593245
108	NC_019963	ACGGG	2	10	199728	199737	20 %	0 %	60 %	20 %	433593247
109	NC_019963	ATTTA	2	10	201644	201653	40 %	60 %	0 %	0 %	433593249
110	NC_019963	CCCTT	2	10	202810	202819	0 %	40 %	0 %	60 %	433593249
111	NC_019963	GGTTC	2	10	212282	212291	0 %	40 %	40 %	20 %	433593259
112	NC_019963	GACCG	2	10	213795	213804	20 %	0 %	40 %	40 %	433593260
113	NC_019963	GACTC	2	10	215415	215424	20 %	20 %	20 %	40 %	433593262
114	NC_019963	AACAA	2	10	216158	216167	80 %	0 %	0 %	20 %	433593263
115	NC_019963	CGGTT	2	10	227681	227690	0 %	40 %	40 %	20 %	433593272
116	NC_019963	CTGGC	2	10	230326	230335	0 %	20 %	40 %	40 %	433593275
117	NC_019963	AATAC	2	10	230885	230894	60 %	20 %	0 %	20 %	433593276
118	NC_019963	GCGAT	2	10	232647	232656	20 %	20 %	40 %	20 %	433593278
119	NC_019963	GACCG	2	10	238056	238065	20 %	0 %	40 %	40 %	433593281
120	NC_019963	ACGCC	2	10	238688	238697	20 %	0 %	20 %	60 %	433593281
121	NC_019963	TGGGG	2	10	241552	241561	0 %	20 %	80 %	0 %	433593284
122	NC_019963	CACGC	2	10	243568	243577	20 %	0 %	20 %	60 %	433593284
123	NC_019963	TTCGA	2	10	244417	244426	20 %	40 %	20 %	20 %	433593285
124	NC_019963	TGGTG	2	10	245529	245538	0 %	40 %	60 %	0 %	433593285
125	NC_019963	CTCCG	2	10	246614	246623	0 %	20 %	20 %	60 %	433593285
126	NC_019963	ACTTC	2	10	247192	247201	20 %	40 %	0 %	40 %	433593285
127	NC_019963	GGGAG	2	10	250935	250944	20 %	0 %	80 %	0 %	433593287
128	NC_019963	GTTCG	2	10	252854	252863	0 %	40 %	40 %	20 %	433593289
129	NC_019963	ACTGA	2	10	256483	256492	40 %	20 %	20 %	20 %	433593289
130	NC_019963	GGAAT	2	10	260043	260052	40 %	20 %	40 %	0 %	433593292
131	NC_019963	GTACT	2	10	262195	262204	20 %	40 %	20 %	20 %	433593293
132	NC_019963	CGCGT	2	10	264004	264013	0 %	20 %	40 %	40 %	433593294
133	NC_019963	TTTGC	2	10	267347	267356	0 %	60 %	20 %	20 %	433593295
134	NC_019963	GAACT	2	10	270678	270687	40 %	20 %	20 %	20 %	433593298
135	NC_019963	CACTC	2	10	273812	273821	20 %	20 %	0 %	60 %	433593302

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.