MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 2217

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013960	CCCCT	2	10	504	513	0 %	20 %	0 %	80 %	292490171
2	NC_013960	TAAAA	2	10	3933	3942	80 %	20 %	0 %	0 %	292490173
3	NC_013960	GCAAT	2	10	4933	4942	40 %	20 %	20 %	20 %	292490174
4	NC_013960	GCTTG	2	10	8852	8861	0 %	40 %	40 %	20 %	292490176
5	NC_013960	GCTGA	2	10	10598	10607	20 %	20 %	40 %	20 %	292490178
6	NC_013960	TGCTG	2	10	10733	10742	0 %	40 %	40 %	20 %	292490178
7	NC_013960	TTGCT	2	10	10776	10785	0 %	60 %	20 %	20 %	292490178
8	NC_013960	AAGCA	2	10	11241	11250	60 %	0 %	20 %	20 %	292490179
9	NC_013960	AGAGG	2	10	11432	11441	40 %	0 %	60 %	0 %	292490179
10	NC_013960	ATGGG	2	10	13271	13280	20 %	20 %	60 %	0 %	292490180
11	NC_013960	ATGAA	2	10	13346	13355	60 %	20 %	20 %	0 %	292490180
12	NC_013960	TATGA	2	10	13639	13648	40 %	40 %	20 %	0 %	292490180
13	NC_013960	CCAGC	2	10	13882	13891	20 %	0 %	20 %	60 %	292490180
14	NC_013960	CGCAT	2	10	18236	18245	20 %	20 %	20 %	40 %	292490184
15	NC_013960	TCACT	2	10	20150	20159	20 %	40 %	0 %	40 %	292490185
16	NC_013960	ACTTT	2	10	21017	21026	20 %	60 %	0 %	20 %	292490187
17	NC_013960	TGAGC	2	10	23953	23962	20 %	20 %	40 %	20 %	292490189
18	NC_013960	TTCCC	2	10	28819	28828	0 %	40 %	0 %	60 %	292490192
19	NC_013960	CAAAG	2	10	31106	31115	60 %	0 %	20 %	20 %	292490193
20	NC_013960	CCAAA	2	10	31286	31295	60 %	0 %	0 %	40 %	292490193
21	NC_013960	TATTG	2	10	31431	31440	20 %	60 %	20 %	0 %	292490194
22	NC_013960	ACGGG	2	10	33705	33714	20 %	0 %	60 %	20 %	292490197
23	NC_013960	ACGAA	2	10	33844	33853	60 %	0 %	20 %	20 %	292490197
24	NC_013960	GGCAT	2	10	34879	34888	20 %	20 %	40 %	20 %	292490198
25	NC_013960	CAGCT	2	10	35064	35073	20 %	20 %	20 %	40 %	292490198
26	NC_013960	ATCTC	2	10	36900	36909	20 %	40 %	0 %	40 %	292490201
27	NC_013960	CTTGG	2	10	36944	36953	0 %	40 %	40 %	20 %	292490201
28	NC_013960	GGAAG	2	10	38840	38849	40 %	0 %	60 %	0 %	292490204
29	NC_013960	TGGGT	2	10	39651	39660	0 %	40 %	60 %	0 %	292490205
30	NC_013960	TTTTG	2	10	40093	40102	0 %	80 %	20 %	0 %	292490205
31	NC_013960	TTTGC	2	10	45347	45356	0 %	60 %	20 %	20 %	292490209
32	NC_013960	TCTGC	2	10	46680	46689	0 %	40 %	20 %	40 %	292490211
33	NC_013960	TACCT	2	10	47458	47467	20 %	40 %	0 %	40 %	292490211
34	NC_013960	GCCAA	2	10	47684	47693	40 %	0 %	20 %	40 %	292490211
35	NC_013960	GGCTC	2	10	50496	50505	0 %	20 %	40 %	40 %	292490213
36	NC_013960	AAGAT	2	10	52318	52327	60 %	20 %	20 %	0 %	292490214
37	NC_013960	GCAGA	2	10	52772	52781	40 %	0 %	40 %	20 %	292490215
38	NC_013960	GGGAG	2	10	53758	53767	20 %	0 %	80 %	0 %	292490217
39	NC_013960	ACTTT	2	10	54085	54094	20 %	60 %	0 %	20 %	292490218
40	NC_013960	TCCTG	2	10	54988	54997	0 %	40 %	20 %	40 %	292490220
41	NC_013960	TCCAT	2	10	57068	57077	20 %	40 %	0 %	40 %	292490224
42	NC_013960	CCCAT	2	10	57654	57663	20 %	20 %	0 %	60 %	292490224
43	NC_013960	CTTTC	2	10	59279	59288	0 %	60 %	0 %	40 %	292490227
44	NC_013960	CCAGT	2	10	61851	61860	20 %	20 %	20 %	40 %	292490230
45	NC_013960	AAGCG	2	10	64658	64667	40 %	0 %	40 %	20 %	292490233
46	NC_013960	GAAAA	2	10	67089	67098	80 %	0 %	20 %	0 %	292490236
47	NC_013960	TTGGT	2	10	67725	67734	0 %	60 %	40 %	0 %	292490237
48	NC_013960	AGCAC	2	10	67757	67766	40 %	0 %	20 %	40 %	292490237
49	NC_013960	CCGCC	2	10	71520	71529	0 %	0 %	20 %	80 %	292490241
50	NC_013960	CTAGG	2	10	72454	72463	20 %	20 %	40 %	20 %	292490242
51	NC_013960	ATTAT	2	10	74540	74549	40 %	60 %	0 %	0 %	292490245
52	NC_013960	AGGTG	2	10	74862	74871	20 %	20 %	60 %	0 %	292490245
53	NC_013960	GCTGC	2	10	78841	78850	0 %	20 %	40 %	40 %	292490248
54	NC_013960	AAATC	2	10	78867	78876	60 %	20 %	0 %	20 %	292490248
55	NC_013960	GATTC	2	10	78965	78974	20 %	40 %	20 %	20 %	292490248
56	NC_013960	CAAAA	2	10	81734	81743	80 %	0 %	0 %	20 %	292490249
57	NC_013960	TTTGG	2	10	81961	81970	0 %	60 %	40 %	0 %	292490249
58	NC_013960	CAGCG	2	10	82334	82343	20 %	0 %	40 %	40 %	292490250
59	NC_013960	AGATC	2	10	82726	82735	40 %	20 %	20 %	20 %	292490250
60	NC_013960	GATCA	2	10	83895	83904	40 %	20 %	20 %	20 %	292490251
61	NC_013960	TGGCG	2	10	84738	84747	0 %	20 %	60 %	20 %	292490251
62	NC_013960	CGGTC	2	10	89577	89586	0 %	20 %	40 %	40 %	292490253
63	NC_013960	CCCGG	2	10	89953	89962	0 %	0 %	40 %	60 %	292490254
64	NC_013960	ACGAA	2	10	90084	90093	60 %	0 %	20 %	20 %	292490254
65	NC_013960	GATCA	2	10	92311	92320	40 %	20 %	20 %	20 %	292490256
66	NC_013960	GCCGT	2	10	95444	95453	0 %	20 %	40 %	40 %	292490257
67	NC_013960	CCAAG	2	10	97435	97444	40 %	0 %	20 %	40 %	292490259
68	NC_013960	GGTTG	2	10	98226	98235	0 %	40 %	60 %	0 %	292490260
69	NC_013960	TATTT	2	10	99825	99834	20 %	80 %	0 %	0 %	292490260
70	NC_013960	GATGA	2	10	103422	103431	40 %	20 %	40 %	0 %	292490262
71	NC_013960	GGTCC	2	10	110140	110149	0 %	20 %	40 %	40 %	292490267
72	NC_013960	ACTCC	2	10	110922	110931	20 %	20 %	0 %	60 %	292490267
73	NC_013960	GAAAA	2	10	112223	112232	80 %	0 %	20 %	0 %	292490268
74	NC_013960	GCCGG	2	10	113395	113404	0 %	0 %	60 %	40 %	292490269
75	NC_013960	TTTTC	2	10	115221	115230	0 %	80 %	0 %	20 %	292490270
76	NC_013960	TTGGC	2	10	118524	118533	0 %	40 %	40 %	20 %	292490273
77	NC_013960	TGGCC	2	10	119431	119440	0 %	20 %	40 %	40 %	292490273
78	NC_013960	TGCTT	2	10	120941	120950	0 %	60 %	20 %	20 %	292490275
79	NC_013960	AGCCC	2	10	123495	123504	20 %	0 %	20 %	60 %	292490277
80	NC_013960	GGCTT	2	10	124080	124089	0 %	40 %	40 %	20 %	292490278
81	NC_013960	GGCCA	2	10	124391	124400	20 %	0 %	40 %	40 %	292490278
82	NC_013960	CCATG	2	10	125200	125209	20 %	20 %	20 %	40 %	292490279
83	NC_013960	CGCTC	2	10	127225	127234	0 %	20 %	20 %	60 %	292490281
84	NC_013960	AGCCT	2	10	128045	128054	20 %	20 %	20 %	40 %	292490282
85	NC_013960	AAAGC	2	10	135288	135297	60 %	0 %	20 %	20 %	292490294
86	NC_013960	TCGCC	2	10	135818	135827	0 %	20 %	20 %	60 %	292490294
87	NC_013960	AAGGC	2	10	139003	139012	40 %	0 %	40 %	20 %	292490296
88	NC_013960	GGGCT	2	10	139925	139934	0 %	20 %	60 %	20 %	292490296
89	NC_013960	CTCTA	2	10	142181	142190	20 %	40 %	0 %	40 %	292490296
90	NC_013960	CGAGC	2	10	142820	142829	20 %	0 %	40 %	40 %	292490296
91	NC_013960	GGGCC	2	10	143357	143366	0 %	0 %	60 %	40 %	292490296
92	NC_013960	GAGGC	2	10	143673	143682	20 %	0 %	60 %	20 %	292490296
93	NC_013960	CCTGC	2	10	146394	146403	0 %	20 %	20 %	60 %	292490299
94	NC_013960	ATCCC	2	10	147189	147198	20 %	20 %	0 %	60 %	292490300
95	NC_013960	TGGAA	2	10	159252	159261	40 %	20 %	40 %	0 %	292490310
96	NC_013960	TGGAC	2	10	160800	160809	20 %	20 %	40 %	20 %	292490312
97	NC_013960	GCCCC	2	10	164854	164863	0 %	0 %	20 %	80 %	292490315
98	NC_013960	GAAAT	2	10	166032	166041	60 %	20 %	20 %	0 %	292490316
99	NC_013960	TGGCT	2	10	166057	166066	0 %	40 %	40 %	20 %	292490316
100	NC_013960	CCACG	2	10	166556	166565	20 %	0 %	20 %	60 %	292490316
101	NC_013960	ATTCG	2	10	170865	170874	20 %	40 %	20 %	20 %	292490319
102	NC_013960	GCCCC	2	10	180383	180392	0 %	0 %	20 %	80 %	292490328
103	NC_013960	GGCGC	2	10	185369	185378	0 %	0 %	60 %	40 %	292490331
104	NC_013960	AAATG	2	10	187658	187667	60 %	20 %	20 %	0 %	292490332
105	NC_013960	TCCGC	2	10	187855	187864	0 %	20 %	20 %	60 %	292490332
106	NC_013960	ACCGT	2	10	188945	188954	20 %	20 %	20 %	40 %	292490333
107	NC_013960	TGGGG	2	10	190231	190240	0 %	20 %	80 %	0 %	292490335
108	NC_013960	TTTGG	2	10	191572	191581	0 %	60 %	40 %	0 %	292490336
109	NC_013960	TGCAG	2	10	191874	191883	20 %	20 %	40 %	20 %	292490337
110	NC_013960	CATGG	2	10	192258	192267	20 %	20 %	40 %	20 %	292490338
111	NC_013960	TGATG	2	10	192779	192788	20 %	40 %	40 %	0 %	292490339
112	NC_013960	CAGGC	2	10	193433	193442	20 %	0 %	40 %	40 %	292490340
113	NC_013960	GGAAA	2	10	193516	193525	60 %	0 %	40 %	0 %	292490340
114	NC_013960	CGGAA	2	10	193560	193569	40 %	0 %	40 %	20 %	292490340
115	NC_013960	ATGCT	2	10	196572	196581	20 %	40 %	20 %	20 %	292490343
116	NC_013960	TTGGG	2	10	201421	201430	0 %	40 %	60 %	0 %	292490347
117	NC_013960	AGCCC	2	10	204576	204585	20 %	0 %	20 %	60 %	292490349
118	NC_013960	AGTCC	2	10	205755	205764	20 %	20 %	20 %	40 %	292490352
119	NC_013960	TGGGG	2	10	215782	215791	0 %	20 %	80 %	0 %	292490359
120	NC_013960	CGATT	2	10	217875	217884	20 %	40 %	20 %	20 %	292490361
121	NC_013960	GGGGT	2	10	222255	222264	0 %	20 %	80 %	0 %	292490367
122	NC_013960	GGATC	2	10	222787	222796	20 %	20 %	40 %	20 %	292490368
123	NC_013960	GAGGG	2	10	225480	225489	20 %	0 %	80 %	0 %	292490369
124	NC_013960	CTGGC	2	10	225542	225551	0 %	20 %	40 %	40 %	292490369
125	NC_013960	TTTTG	2	10	231691	231700	0 %	80 %	20 %	0 %	292490372
126	NC_013960	TGCGG	2	10	232936	232945	0 %	20 %	60 %	20 %	292490374
127	NC_013960	GTTGA	2	10	237567	237576	20 %	40 %	40 %	0 %	292490378
128	NC_013960	AGGGT	2	10	240240	240249	20 %	20 %	60 %	0 %	292490381
129	NC_013960	GCTGG	2	10	242113	242122	0 %	20 %	60 %	20 %	292490382
130	NC_013960	GATGA	2	10	242798	242807	40 %	20 %	40 %	0 %	292490383
131	NC_013960	TTTCG	2	10	243971	243980	0 %	60 %	20 %	20 %	292490384
132	NC_013960	AGGGG	2	10	245764	245773	20 %	0 %	80 %	0 %	292490385
133	NC_013960	GTGCC	2	10	249466	249475	0 %	20 %	40 %	40 %	292490388
134	NC_013960	ATTTC	2	10	250644	250653	20 %	60 %	0 %	20 %	292490389
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169	NC_013960	GGGTG	2	10	325267	325276	0 %	20 %	80 %	0 %	292490471
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173	NC_013960	CTGTC	2	10	334019	334028	0 %	40 %	20 %	40 %	292490483
174	NC_013960	GCCCG	2	10	335329	335338	0 %	0 %	40 %	60 %	292490484
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