MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 67104

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3001	NC_013960	GCT	2	6	190882	190887	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490336
3002	NC_013960	CTAA	2	8	190891	190898	50 %	25 %	0 %	25 %	292490336
3003	NC_013960	GTG	2	6	190951	190956	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490336
3004	NC_013960	GAA	2	6	190957	190962	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490336
3005	NC_013960	CGG	2	6	191018	191023	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490336
3006	NC_013960	TGG	2	6	191060	191065	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490336
3007	NC_013960	CCA	2	6	191069	191074	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490336
3008	NC_013960	CGC	2	6	191230	191235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490336
3009	NC_013960	CTG	2	6	191266	191271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490336
3010	NC_013960	CGG	2	6	191272	191277	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490336
3011	NC_013960	A	6	6	191332	191337	100 %	0 %	0 %	0 %	292490336
3012	NC_013960	GCT	3	9	191391	191399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490336
3013	NC_013960	GAT	2	6	191403	191408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490336
3014	NC_013960	CGC	2	6	191531	191536	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490336
3015	NC_013960	TTTGG	2	10	191572	191581	0 %	60 %	40 %	0 %	292490336
3016	NC_013960	AATG	2	8	191629	191636	50 %	25 %	25 %	0 %	292490336
3017	NC_013960	CTA	2	6	191659	191664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490337
3018	NC_013960	GGT	2	6	191681	191686	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490337
3019	NC_013960	TGT	2	6	191790	191795	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490337
3020	NC_013960	TGCAG	2	10	191874	191883	20 %	20 %	40 %	20 %	292490337
3021	NC_013960	GCCT	2	8	191960	191967	0 %	25 %	25 %	50 %	292490337
3022	NC_013960	TGG	2	6	192025	192030	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490337
3023	NC_013960	AGG	2	6	192166	192171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490338
3024	NC_013960	TGA	2	6	192176	192181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490338
3025	NC_013960	GGC	2	6	192236	192241	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490338
3026	NC_013960	CATGG	2	10	192258	192267	20 %	20 %	40 %	20 %	292490338
3027	NC_013960	T	9	9	192274	192282	0 %	100 %	0 %	0 %	292490338
3028	NC_013960	TGGA	2	8	192343	192350	25 %	25 %	50 %	0 %	292490338
3029	NC_013960	T	6	6	192413	192418	0 %	100 %	0 %	0 %	292490338
3030	NC_013960	TTCC	2	8	192482	192489	0 %	50 %	0 %	50 %	292490338
3031	NC_013960	CCA	2	6	192506	192511	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490338
3032	NC_013960	TGG	2	6	192526	192531	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490338
3033	NC_013960	GCC	2	6	192579	192584	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490338
3034	NC_013960	T	6	6	192653	192658	0 %	100 %	0 %	0 %	292490338
3035	NC_013960	GAA	2	6	192660	192665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490338
3036	NC_013960	TTC	2	6	192676	192681	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490338
3037	NC_013960	GCG	2	6	192737	192742	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490339
3038	NC_013960	TGATG	2	10	192779	192788	20 %	40 %	40 %	0 %	292490339
3039	NC_013960	CTA	2	6	192932	192937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490339
3040	NC_013960	G	8	8	193040	193047	0 %	0 %	100 %	0 %	292490339
3041	NC_013960	GTG	2	6	193071	193076	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490339
3042	NC_013960	CAG	2	6	193095	193100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490339
3043	NC_013960	CGG	2	6	193143	193148	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490339
3044	NC_013960	CGCC	2	8	193181	193188	0 %	0 %	25 %	75 %	292490340
3045	NC_013960	GCTG	2	8	193189	193196	0 %	25 %	50 %	25 %	292490340
3046	NC_013960	TTGG	2	8	193254	193261	0 %	50 %	50 %	0 %	292490340
3047	NC_013960	GGT	2	6	193315	193320	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490340
3048	NC_013960	GTT	2	6	193333	193338	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490340
3049	NC_013960	AGC	2	6	193344	193349	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490340
3050	NC_013960	GGCG	2	8	193350	193357	0 %	0 %	75 %	25 %	292490340
3051	NC_013960	CAGGC	2	10	193433	193442	20 %	0 %	40 %	40 %	292490340
3052	NC_013960	A	7	7	193450	193456	100 %	0 %	0 %	0 %	292490340
3053	NC_013960	CAG	2	6	193457	193462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490340
3054	NC_013960	CGG	2	6	193478	193483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490340
3055	NC_013960	GGAAA	2	10	193516	193525	60 %	0 %	40 %	0 %	292490340
3056	NC_013960	AAGA	2	8	193529	193536	75 %	0 %	25 %	0 %	292490340
3057	NC_013960	CGGAA	2	10	193560	193569	40 %	0 %	40 %	20 %	292490340
3058	NC_013960	GC	3	6	193570	193575	0 %	0 %	50 %	50 %	292490340
3059	NC_013960	GAG	2	6	193577	193582	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490340
3060	NC_013960	GAA	2	6	193619	193624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490340
3061	NC_013960	GCG	2	6	193627	193632	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490340
3062	NC_013960	GGA	2	6	193660	193665	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490340
3063	NC_013960	A	6	6	193673	193678	100 %	0 %	0 %	0 %	292490340
3064	NC_013960	GCG	2	6	193685	193690	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490340
3065	NC_013960	CGC	2	6	193694	193699	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490340
3066	NC_013960	GGA	2	6	193705	193710	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490340
3067	NC_013960	CGC	2	6	193715	193720	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490340
3068	NC_013960	CAG	2	6	193721	193726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490340
3069	NC_013960	ACA	2	6	193804	193809	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490340
3070	NC_013960	TCC	2	6	193834	193839	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490340
3071	NC_013960	GCG	2	6	193926	193931	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490340
3072	NC_013960	CGG	2	6	193950	193955	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490340
3073	NC_013960	GCGGCA	2	12	194003	194014	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	292490340
3074	NC_013960	TGC	2	6	194019	194024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490340
3075	NC_013960	CTTTAA	2	12	194029	194040	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	292490340
3076	NC_013960	CGG	2	6	194127	194132	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490341
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3078	NC_013960	GGC	3	9	194337	194345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490341
3079	NC_013960	TGG	2	6	194445	194450	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490341
3080	NC_013960	CGC	2	6	194453	194458	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490341
3081	NC_013960	CCA	2	6	194494	194499	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490341
3082	NC_013960	ACC	2	6	194549	194554	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490341
3083	NC_013960	CCGG	2	8	194763	194770	0 %	0 %	50 %	50 %	292490341
3084	NC_013960	GTCG	2	8	194776	194783	0 %	25 %	50 %	25 %	292490341
3085	NC_013960	AGG	2	6	194856	194861	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490341
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3087	NC_013960	GGAT	2	8	195189	195196	25 %	25 %	50 %	0 %	292490341
3088	NC_013960	GAT	2	6	195226	195231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490341
3089	NC_013960	AGGG	2	8	195255	195262	25 %	0 %	75 %	0 %	292490341
3090	NC_013960	GCC	2	6	195269	195274	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490341
3091	NC_013960	CGGG	2	8	195286	195293	0 %	0 %	75 %	25 %	292490341
3092	NC_013960	AGCC	2	8	195333	195340	25 %	0 %	25 %	50 %	292490341
3093	NC_013960	T	9	9	195405	195413	0 %	100 %	0 %	0 %	292490342
3094	NC_013960	CTG	2	6	195414	195419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490342
3095	NC_013960	GTC	2	6	195483	195488	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490342
3096	NC_013960	GGA	2	6	195491	195496	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490342
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3098	NC_013960	ATTT	2	8	195642	195649	25 %	75 %	0 %	0 %	292490342
3099	NC_013960	AAG	2	6	195673	195678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490342
3100	NC_013960	CGA	2	6	195758	195763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490342
3101	NC_013960	CGT	2	6	195819	195824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490342
3102	NC_013960	TCG	2	6	195929	195934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490342
3103	NC_013960	CGT	2	6	195969	195974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490343
3104	NC_013960	G	6	6	195998	196003	0 %	0 %	100 %	0 %	292490343
3105	NC_013960	CTG	2	6	196004	196009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490343
3106	NC_013960	GAAGTG	2	12	196037	196048	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	292490343
3107	NC_013960	GGT	2	6	196054	196059	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490343
3108	NC_013960	CAGGGG	2	12	196109	196120	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	292490343
3109	NC_013960	GTT	3	9	196129	196137	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490343
3110	NC_013960	GCG	2	6	196165	196170	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490343
3111	NC_013960	CAG	2	6	196223	196228	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490343
3112	NC_013960	ATTTGG	2	12	196239	196250	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	292490343
3113	NC_013960	C	7	7	196293	196299	0 %	0 %	0 %	100 %	292490343
3114	NC_013960	AGCC	2	8	196350	196357	25 %	0 %	25 %	50 %	292490343
3115	NC_013960	AAGG	2	8	196382	196389	50 %	0 %	50 %	0 %	292490343
3116	NC_013960	GGC	2	6	196408	196413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490343
3117	NC_013960	CAG	2	6	196430	196435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490343
3118	NC_013960	AG	3	6	196441	196446	50 %	0 %	50 %	0 %	292490343
3119	NC_013960	CTGG	2	8	196471	196478	0 %	25 %	50 %	25 %	292490343
3120	NC_013960	CTA	2	6	196486	196491	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490343
3121	NC_013960	GCC	3	9	196511	196519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490343
3122	NC_013960	ATGCT	2	10	196572	196581	20 %	40 %	20 %	20 %	292490343
3123	NC_013960	CAAG	2	8	196582	196589	50 %	0 %	25 %	25 %	292490343
3124	NC_013960	GGCT	2	8	196590	196597	0 %	25 %	50 %	25 %	292490343
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3233	NC_013960	TTG	2	6	204974	204979	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490350
3234	NC_013960	CGA	2	6	204990	204995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490350
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3239	NC_013960	C	6	6	205355	205360	0 %	0 %	0 %	100 %	292490351
3240	NC_013960	GC	3	6	205384	205389	0 %	0 %	50 %	50 %	292490351
3241	NC_013960	GAG	2	6	205489	205494	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490351
3242	NC_013960	TGA	2	6	205563	205568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490351
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3244	NC_013960	GAT	2	6	205738	205743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490352
3245	NC_013960	AGTCC	2	10	205755	205764	20 %	20 %	20 %	40 %	292490352
3246	NC_013960	CCA	2	6	205863	205868	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490352
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3248	NC_013960	CTT	2	6	205929	205934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490352
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3250	NC_013960	TCAG	2	8	206054	206061	25 %	25 %	25 %	25 %	292490352
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3252	NC_013960	GAT	2	6	206092	206097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490352
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3359	NC_013960	TAGA	2	8	217678	217685	50 %	25 %	25 %	0 %	292490360
3360	NC_013960	CCT	2	6	217760	217765	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490361
3361	NC_013960	CATGGC	2	12	217788	217799	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	292490361
3362	NC_013960	CGATT	2	10	217875	217884	20 %	40 %	20 %	20 %	292490361
3363	NC_013960	CGAG	2	8	217933	217940	25 %	0 %	50 %	25 %	292490361
3364	NC_013960	TTC	2	6	217950	217955	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490361
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3366	NC_013960	CCTT	2	8	218062	218069	0 %	50 %	0 %	50 %	292490361
3367	NC_013960	TGT	2	6	218072	218077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490361
3368	NC_013960	G	6	6	218126	218131	0 %	0 %	100 %	0 %	292490361
3369	NC_013960	GGA	2	6	218201	218206	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490361
3370	NC_013960	CGG	2	6	218254	218259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490361
3371	NC_013960	GGCG	2	8	218345	218352	0 %	0 %	75 %	25 %	292490361
3372	NC_013960	GCG	2	6	218362	218367	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490361
3373	NC_013960	CTT	2	6	218448	218453	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490361
3374	NC_013960	GGA	2	6	218457	218462	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490361
3375	NC_013960	GCC	2	6	218506	218511	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490361
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3379	NC_013960	ATTC	2	8	218721	218728	25 %	50 %	0 %	25 %	292490361
3380	NC_013960	AC	3	6	218739	218744	50 %	0 %	0 %	50 %	292490362
3381	NC_013960	ATG	2	6	218810	218815	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490362
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3383	NC_013960	GCT	2	6	218919	218924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490362
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3386	NC_013960	ATGC	2	8	219017	219024	25 %	25 %	25 %	25 %	292490362
3387	NC_013960	ATC	2	6	219038	219043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490362
3388	NC_013960	GTA	2	6	219047	219052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490362
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3390	NC_013960	TTG	2	6	219167	219172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490362
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3392	NC_013960	GGC	2	6	219362	219367	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490363
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3396	NC_013960	GCT	2	6	219500	219505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490363
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3401	NC_013960	GGCCGC	2	12	219791	219802	0 %	0 %	50 %	50 %	292490364
3402	NC_013960	GGT	2	6	219983	219988	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490364
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3405	NC_013960	TGC	2	6	220134	220139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490364
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3426	NC_013960	G	9	9	221228	221236	0 %	0 %	100 %	0 %	292490366
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3471	NC_013960	G	6	6	224231	224236	0 %	0 %	100 %	0 %	292490368
3472	NC_013960	TCT	2	6	224243	224248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490368
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3475	NC_013960	GGTG	3	12	224487	224498	0 %	25 %	75 %	0 %	292490369
3476	NC_013960	GTG	2	6	224516	224521	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490369
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3482	NC_013960	C	6	6	225000	225005	0 %	0 %	0 %	100 %	292490369
3483	NC_013960	GGA	2	6	225026	225031	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490369
3484	NC_013960	AG	3	6	225042	225047	50 %	0 %	50 %	0 %	292490369
3485	NC_013960	GGT	2	6	225103	225108	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490369
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3488	NC_013960	C	7	7	225281	225287	0 %	0 %	0 %	100 %	292490369
3489	NC_013960	CGG	2	6	225316	225321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490369
3490	NC_013960	GCA	2	6	225445	225450	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490369
3491	NC_013960	GAGGG	2	10	225480	225489	20 %	0 %	80 %	0 %	292490369
3492	NC_013960	GAT	2	6	225490	225495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490369
3493	NC_013960	CTGGC	2	10	225542	225551	0 %	20 %	40 %	40 %	292490369
3494	NC_013960	AGC	2	6	225635	225640	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490369
3495	NC_013960	CGG	2	6	225685	225690	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490369
3496	NC_013960	G	7	7	225689	225695	0 %	0 %	100 %	0 %	292490369
3497	NC_013960	ACC	2	6	225698	225703	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490369
3498	NC_013960	GTT	2	6	225733	225738	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490369
3499	NC_013960	GCAGTT	2	12	225793	225804	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	292490369
3500	NC_013960	TC	3	6	225815	225820	0 %	50 %	0 %	50 %	292490369

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