MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 67104

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_013960	TCT	2	6	318676	318681	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490464
5002	NC_013960	G	6	6	318790	318795	0 %	0 %	100 %	0 %	292490464
5003	NC_013960	TTA	2	6	318847	318852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490464
5004	NC_013960	CTA	2	6	318866	318871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490464
5005	NC_013960	CA	3	6	318873	318878	50 %	0 %	0 %	50 %	292490464
5006	NC_013960	TTGC	2	8	318885	318892	0 %	50 %	25 %	25 %	292490464
5007	NC_013960	CAC	2	6	318938	318943	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490464
5008	NC_013960	TCT	2	6	318992	318997	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490465
5009	NC_013960	AGCA	2	8	319073	319080	50 %	0 %	25 %	25 %	292490465
5010	NC_013960	ATC	2	6	319138	319143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490465
5011	NC_013960	ATT	2	6	319232	319237	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490466
5012	NC_013960	TGG	2	6	319253	319258	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490466
5013	NC_013960	GCG	2	6	319294	319299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490466
5014	NC_013960	GCT	2	6	319383	319388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490466
5015	NC_013960	GGC	3	9	319449	319457	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490466
5016	NC_013960	CAG	2	6	319533	319538	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490466
5017	NC_013960	CAG	2	6	319557	319562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490466
5018	NC_013960	AGC	2	6	319573	319578	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490466
5019	NC_013960	GGGC	2	8	319595	319602	0 %	0 %	75 %	25 %	292490466
5020	NC_013960	TGGC	2	8	319732	319739	0 %	25 %	50 %	25 %	292490466
5021	NC_013960	GCC	2	6	319753	319758	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490466
5022	NC_013960	GTG	2	6	319809	319814	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490466
5023	NC_013960	G	8	8	319814	319821	0 %	0 %	100 %	0 %	292490466
5024	NC_013960	TCA	2	6	319856	319861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490466
5025	NC_013960	CGG	2	6	319892	319897	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490466
5026	NC_013960	GAG	2	6	319935	319940	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490466
5027	NC_013960	ATG	2	6	319992	319997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490466
5028	NC_013960	TTTC	2	8	320001	320008	0 %	75 %	0 %	25 %	292490466
5029	NC_013960	AAG	2	6	320059	320064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490466
5030	NC_013960	GAT	2	6	320160	320165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490466
5031	NC_013960	G	6	6	320261	320266	0 %	0 %	100 %	0 %	292490466
5032	NC_013960	GA	3	6	320347	320352	50 %	0 %	50 %	0 %	292490466
5033	NC_013960	AGC	2	6	320493	320498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490467
5034	NC_013960	ACCG	2	8	320504	320511	25 %	0 %	25 %	50 %	292490467
5035	NC_013960	TTC	2	6	320514	320519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490467
5036	NC_013960	TAT	2	6	320578	320583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490467
5037	NC_013960	TTC	2	6	320649	320654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490467
5038	NC_013960	GGA	2	6	320693	320698	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490467
5039	NC_013960	G	8	8	320831	320838	0 %	0 %	100 %	0 %	292490468
5040	NC_013960	CAG	2	6	320850	320855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490468
5041	NC_013960	GTC	2	6	320931	320936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490468
5042	NC_013960	CAT	2	6	321014	321019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490468
5043	NC_013960	C	6	6	321040	321045	0 %	0 %	0 %	100 %	292490468
5044	NC_013960	TGA	2	6	321055	321060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490468
5045	NC_013960	A	6	6	321319	321324	100 %	0 %	0 %	0 %	292490468
5046	NC_013960	CAG	2	6	321377	321382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490468
5047	NC_013960	GCG	2	6	321411	321416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490468
5048	NC_013960	TGG	2	6	321418	321423	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490468
5049	NC_013960	TG	3	6	321459	321464	0 %	50 %	50 %	0 %	292490468
5050	NC_013960	GGA	2	6	321527	321532	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490468
5051	NC_013960	CTGA	2	8	321561	321568	25 %	25 %	25 %	25 %	292490468
5052	NC_013960	CGGT	2	8	321591	321598	0 %	25 %	50 %	25 %	292490468
5053	NC_013960	CACTCG	2	12	321900	321911	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	292490469
5054	NC_013960	A	6	6	321939	321944	100 %	0 %	0 %	0 %	292490469
5055	NC_013960	GC	3	6	322006	322011	0 %	0 %	50 %	50 %	292490469
5056	NC_013960	TTTGG	2	10	322027	322036	0 %	60 %	40 %	0 %	292490469
5057	NC_013960	ACT	2	6	322043	322048	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490469
5058	NC_013960	GAT	2	6	322051	322056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490469
5059	NC_013960	GTG	2	6	322099	322104	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490469
5060	NC_013960	GTT	2	6	322106	322111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490469
5061	NC_013960	CGG	2	6	322146	322151	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490469
5062	NC_013960	CATC	2	8	322230	322237	25 %	25 %	0 %	50 %	292490469
5063	NC_013960	TGT	2	6	322265	322270	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490469
5064	NC_013960	G	6	6	322350	322355	0 %	0 %	100 %	0 %	292490469
5065	NC_013960	C	8	8	322404	322411	0 %	0 %	0 %	100 %	292490469
5066	NC_013960	GTG	2	6	322474	322479	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490469
5067	NC_013960	TTAC	2	8	322602	322609	25 %	50 %	0 %	25 %	292490469
5068	NC_013960	AATCA	2	10	322954	322963	60 %	20 %	0 %	20 %	292490470
5069	NC_013960	TGG	2	6	323015	323020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490470
5070	NC_013960	GAG	2	6	323022	323027	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490470
5071	NC_013960	CCG	2	6	323032	323037	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490470
5072	NC_013960	CGT	2	6	323062	323067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490470
5073	NC_013960	ACG	2	6	323080	323085	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490470
5074	NC_013960	GCG	2	6	323098	323103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490470
5075	NC_013960	TGA	3	9	323114	323122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490470
5076	NC_013960	C	6	6	323323	323328	0 %	0 %	0 %	100 %	292490470
5077	NC_013960	CGA	2	6	323336	323341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490470
5078	NC_013960	GGC	2	6	323406	323411	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490470
5079	NC_013960	TAA	2	6	323423	323428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490470
5080	NC_013960	GAA	2	6	323468	323473	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490470
5081	NC_013960	ATCCTC	2	12	323487	323498	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	292490470
5082	NC_013960	CAT	2	6	323558	323563	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490470
5083	NC_013960	CTC	2	6	323592	323597	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490470
5084	NC_013960	CCA	2	6	323600	323605	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490470
5085	NC_013960	GGTA	2	8	323655	323662	25 %	25 %	50 %	0 %	292490470
5086	NC_013960	GGT	2	6	323736	323741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490470
5087	NC_013960	CAA	2	6	323745	323750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490470
5088	NC_013960	CCA	2	6	323777	323782	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490470
5089	NC_013960	GATGGT	2	12	323865	323876	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	292490470
5090	NC_013960	C	7	7	323892	323898	0 %	0 %	0 %	100 %	292490470
5091	NC_013960	TCC	2	6	323905	323910	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490470
5092	NC_013960	GGC	2	6	323933	323938	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490470
5093	NC_013960	ACC	2	6	323977	323982	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490470
5094	NC_013960	GGA	2	6	323999	324004	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490470
5095	NC_013960	ATC	2	6	324015	324020	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490470
5096	NC_013960	GAGG	2	8	324039	324046	25 %	0 %	75 %	0 %	292490470
5097	NC_013960	TCT	2	6	324052	324057	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490470
5098	NC_013960	CCA	2	6	324134	324139	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490470
5099	NC_013960	GCT	2	6	324210	324215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490470
5100	NC_013960	AGT	2	6	324217	324222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490470
5101	NC_013960	TGC	2	6	324255	324260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490470
5102	NC_013960	ATT	2	6	324282	324287	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490470
5103	NC_013960	GCA	2	6	324308	324313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490470
5104	NC_013960	TGA	2	6	324314	324319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490470
5105	NC_013960	GA	3	6	324509	324514	50 %	0 %	50 %	0 %	292490471
5106	NC_013960	TTG	2	6	324556	324561	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490471
5107	NC_013960	AGG	2	6	324597	324602	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490471
5108	NC_013960	TC	3	6	324620	324625	0 %	50 %	0 %	50 %	292490471
5109	NC_013960	CGC	2	6	324675	324680	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490471
5110	NC_013960	T	6	6	324702	324707	0 %	100 %	0 %	0 %	292490471
5111	NC_013960	TGA	2	6	324725	324730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490471
5112	NC_013960	CTG	2	6	324744	324749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490471
5113	NC_013960	GC	3	6	324853	324858	0 %	0 %	50 %	50 %	292490471
5114	NC_013960	TGGCGG	2	12	324876	324887	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	292490471
5115	NC_013960	AAC	2	6	324968	324973	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490471
5116	NC_013960	ATC	2	6	324974	324979	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490471
5117	NC_013960	ATC	2	6	325007	325012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490471
5118	NC_013960	AGC	2	6	325016	325021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490471
5119	NC_013960	GC	3	6	325109	325114	0 %	0 %	50 %	50 %	292490471
5120	NC_013960	GGC	2	6	325152	325157	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490471
5121	NC_013960	TCCA	2	8	325159	325166	25 %	25 %	0 %	50 %	292490471
5122	NC_013960	CTA	2	6	325227	325232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490471
5123	NC_013960	GGGTG	2	10	325267	325276	0 %	20 %	80 %	0 %	292490471
5124	NC_013960	TCT	2	6	325352	325357	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490471
5125	NC_013960	GGC	2	6	325443	325448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490471
5126	NC_013960	GCT	2	6	325449	325454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490471
5127	NC_013960	GAGC	2	8	325455	325462	25 %	0 %	50 %	25 %	292490471
5128	NC_013960	GAT	2	6	325531	325536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490471
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5130	NC_013960	CGA	2	6	325581	325586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490471
5131	NC_013960	CCA	2	6	325637	325642	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490471
5132	NC_013960	TGC	4	12	325667	325678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490471
5133	NC_013960	GTC	2	6	325705	325710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490471
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5136	NC_013960	CT	3	6	325763	325768	0 %	50 %	0 %	50 %	292490471
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5141	NC_013960	GCT	2	6	326063	326068	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490471
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5145	NC_013960	CAT	2	6	326387	326392	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490472
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5150	NC_013960	CGCC	2	8	326584	326591	0 %	0 %	25 %	75 %	292490473
5151	NC_013960	CATA	2	8	326735	326742	50 %	25 %	0 %	25 %	292490473
5152	NC_013960	TGG	2	6	326882	326887	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490473
5153	NC_013960	CAA	2	6	326892	326897	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490473
5154	NC_013960	GTGA	2	8	326916	326923	25 %	25 %	50 %	0 %	292490473
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5159	NC_013960	AAG	2	6	327108	327113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490474
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5187	NC_013960	CCG	2	6	328258	328263	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490475
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5195	NC_013960	GCCA	2	8	328669	328676	25 %	0 %	25 %	50 %	292490476
5196	NC_013960	ATCCC	2	10	328697	328706	20 %	20 %	0 %	60 %	292490476
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5200	NC_013960	CTGC	2	8	328826	328833	0 %	25 %	25 %	50 %	292490476
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5204	NC_013960	GGTC	2	8	328942	328949	0 %	25 %	50 %	25 %	292490477
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5211	NC_013960	A	7	7	329475	329481	100 %	0 %	0 %	0 %	292490478
5212	NC_013960	G	6	6	329505	329510	0 %	0 %	100 %	0 %	292490478
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5228	NC_013960	CAG	2	6	330085	330090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490478
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5230	NC_013960	ACTTCC	2	12	330155	330166	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	292490478
5231	NC_013960	TGC	2	6	330219	330224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490478
5232	NC_013960	CTT	2	6	330234	330239	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490478
5233	NC_013960	AATCG	2	10	330244	330253	40 %	20 %	20 %	20 %	292490478
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5235	NC_013960	TTC	2	6	330334	330339	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490478
5236	NC_013960	AGC	2	6	330385	330390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490478
5237	NC_013960	TCG	2	6	330443	330448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490478
5238	NC_013960	TTG	2	6	330637	330642	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490478
5239	NC_013960	GTT	2	6	330663	330668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490478
5240	NC_013960	GA	3	6	330685	330690	50 %	0 %	50 %	0 %	292490478
5241	NC_013960	TTCA	2	8	330857	330864	25 %	50 %	0 %	25 %	292490479
5242	NC_013960	GAT	2	6	330953	330958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490479
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5244	NC_013960	ATA	2	6	331194	331199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490479
5245	NC_013960	CGG	2	6	331269	331274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490479
5246	NC_013960	GTG	2	6	331298	331303	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490479
5247	NC_013960	CGC	2	6	331405	331410	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490479
5248	NC_013960	ACC	2	6	331437	331442	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490479
5249	NC_013960	GAT	2	6	331468	331473	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490479
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5251	NC_013960	GCT	2	6	331648	331653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490480
5252	NC_013960	CTT	2	6	331745	331750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490480
5253	NC_013960	GCTCTG	2	12	331763	331774	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490480
5254	NC_013960	TGT	2	6	331826	331831	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490480
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5256	NC_013960	ACGAT	2	10	331912	331921	40 %	20 %	20 %	20 %	292490480
5257	NC_013960	T	7	7	332094	332100	0 %	100 %	0 %	0 %	292490480
5258	NC_013960	GTA	2	6	332109	332114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490480
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5261	NC_013960	ATA	2	6	332352	332357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490481
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5270	NC_013960	TCG	2	6	333072	333077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490482
5271	NC_013960	TTG	2	6	333149	333154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490482
5272	NC_013960	ACT	2	6	333201	333206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490482
5273	NC_013960	TAA	2	6	333223	333228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490482
5274	NC_013960	TCA	2	6	333309	333314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490482
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5282	NC_013960	ATG	2	6	333786	333791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490483
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5325	NC_013960	GC	3	6	336827	336832	0 %	0 %	50 %	50 %	292490486
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5356	NC_013960	A	6	6	338239	338244	100 %	0 %	0 %	0 %	292490488
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5361	NC_013960	G	6	6	338529	338534	0 %	0 %	100 %	0 %	292490488
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5363	NC_013960	GCCA	2	8	338643	338650	25 %	0 %	25 %	50 %	292490488
5364	NC_013960	G	6	6	338661	338666	0 %	0 %	100 %	0 %	292490488
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5489	NC_013960	GAC	2	6	346643	346648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490497
5490	NC_013960	ACCCG	2	10	346662	346671	20 %	0 %	20 %	60 %	292490497
5491	NC_013960	CGG	2	6	346765	346770	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490497
5492	NC_013960	T	6	6	346883	346888	0 %	100 %	0 %	0 %	292490497
5493	NC_013960	G	7	7	346925	346931	0 %	0 %	100 %	0 %	292490497
5494	NC_013960	GTC	2	6	346971	346976	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490497
5495	NC_013960	TTG	2	6	347655	347660	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490498
5496	NC_013960	TAA	3	9	347713	347721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490498
5497	NC_013960	GGA	2	6	347765	347770	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490498
5498	NC_013960	CGC	2	6	348001	348006	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490499
5499	NC_013960	CTG	2	6	348042	348047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490499
5500	NC_013960	CTT	2	6	348056	348061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490499

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