MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 3

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007961	CGGAA	2	10	1999	2008	40 %	0 %	40 %	20 %	92109664
2	NC_007961	TGCGC	2	10	2452	2461	0 %	20 %	40 %	40 %	92109664
3	NC_007961	GCACA	2	10	3345	3354	40 %	0 %	20 %	40 %	92109664
4	NC_007961	GCCCG	2	10	3946	3955	0 %	0 %	40 %	60 %	92109665
5	NC_007961	CGCGG	2	10	4709	4718	0 %	0 %	60 %	40 %	92109666
6	NC_007961	GCGAT	2	10	5516	5525	20 %	20 %	40 %	20 %	92109667
7	NC_007961	CGGAT	2	10	8574	8583	20 %	20 %	40 %	20 %	92109669
8	NC_007961	CTGCG	2	10	8873	8882	0 %	20 %	40 %	40 %	92109669
9	NC_007961	CCGGA	2	10	10772	10781	20 %	0 %	40 %	40 %	92109673
10	NC_007961	TCGGC	2	10	14706	14715	0 %	20 %	40 %	40 %	92109678
11	NC_007961	TCGGA	2	10	15189	15198	20 %	20 %	40 %	20 %	92109679
12	NC_007961	CTGGA	2	10	17094	17103	20 %	20 %	40 %	20 %	92109680
13	NC_007961	CCTCC	2	10	17759	17768	0 %	20 %	0 %	80 %	92109682
14	NC_007961	TGTAT	2	10	18138	18147	20 %	60 %	20 %	0 %	92109682
15	NC_007961	CTTTC	2	10	18741	18750	0 %	60 %	0 %	40 %	92109683
16	NC_007961	TGCCC	2	10	21124	21133	0 %	20 %	20 %	60 %	92109686
17	NC_007961	TGCCG	2	10	23617	23626	0 %	20 %	40 %	40 %	92109687
18	NC_007961	AGCGC	2	10	23873	23882	20 %	0 %	40 %	40 %	92109687
19	NC_007961	CCCTG	2	10	24208	24217	0 %	20 %	20 %	60 %	92109689
20	NC_007961	CCTCC	2	10	25814	25823	0 %	20 %	0 %	80 %	92109691
21	NC_007961	ATGTC	2	10	27432	27441	20 %	40 %	20 %	20 %	92109692
22	NC_007961	CCCCT	2	10	27864	27873	0 %	20 %	0 %	80 %	92109693
23	NC_007961	GGGCG	2	10	29479	29488	0 %	0 %	80 %	20 %	92109694
24	NC_007961	CGAGG	2	10	30120	30129	20 %	0 %	60 %	20 %	92109694
25	NC_007961	CGGGG	2	10	31799	31808	0 %	0 %	80 %	20 %	92109697
26	NC_007961	CGACG	2	10	34368	34377	20 %	0 %	40 %	40 %	92109700
27	NC_007961	GAGGG	2	10	34839	34848	20 %	0 %	80 %	0 %	92109701
28	NC_007961	GGGCG	2	10	35212	35221	0 %	0 %	80 %	20 %	92109701
29	NC_007961	CGGGA	2	10	35649	35658	20 %	0 %	60 %	20 %	92109701
30	NC_007961	GGGGA	2	10	36299	36308	20 %	0 %	80 %	0 %	92109702
31	NC_007961	CCGCG	2	10	38412	38421	0 %	0 %	40 %	60 %	92109704
32	NC_007961	GCCGC	2	10	40346	40355	0 %	0 %	40 %	60 %	92109706
33	NC_007961	CCCGA	2	10	42346	42355	20 %	0 %	20 %	60 %	92109707
34	NC_007961	TCGCT	2	10	47581	47590	0 %	40 %	20 %	40 %	92109710
35	NC_007961	TCGGT	2	10	51322	51331	0 %	40 %	40 %	20 %	92109712
36	NC_007961	CGCCC	2	10	52447	52456	0 %	0 %	20 %	80 %	92109713
37	NC_007961	GTTTC	2	10	55783	55792	0 %	60 %	20 %	20 %	92109715
38	NC_007961	TGCTG	2	10	59986	59995	0 %	40 %	40 %	20 %	92109717
39	NC_007961	ATCGT	2	10	60261	60270	20 %	40 %	20 %	20 %	92109717
40	NC_007961	TTGCA	2	10	62082	62091	20 %	40 %	20 %	20 %	92109719
41	NC_007961	GGAGC	2	10	70312	70321	20 %	0 %	60 %	20 %	92109722
42	NC_007961	CGGAT	2	10	70586	70595	20 %	20 %	40 %	20 %	92109723
43	NC_007961	ACGAC	2	10	73194	73203	40 %	0 %	20 %	40 %	92109726
44	NC_007961	ACCGC	2	10	73395	73404	20 %	0 %	20 %	60 %	92109726
45	NC_007961	GTCTT	2	10	75883	75892	0 %	60 %	20 %	20 %	92109728
46	NC_007961	TGCGC	2	10	77237	77246	0 %	20 %	40 %	40 %	92109730
47	NC_007961	CCTGA	2	10	84513	84522	20 %	20 %	20 %	40 %	92109736
48	NC_007961	GTGCC	2	10	84538	84547	0 %	20 %	40 %	40 %	92109737
49	NC_007961	CCGTT	2	10	85350	85359	0 %	40 %	20 %	40 %	92109738
50	NC_007961	CCTTG	2	10	86556	86565	0 %	40 %	20 %	40 %	92109739
51	NC_007961	ACGCG	2	10	86944	86953	20 %	0 %	40 %	40 %	92109739
52	NC_007961	CCGTC	2	10	86959	86968	0 %	20 %	20 %	60 %	92109739
53	NC_007961	CGATG	2	10	87700	87709	20 %	20 %	40 %	20 %	92109739
54	NC_007961	CGCTC	2	10	87858	87867	0 %	20 %	20 %	60 %	92109740
55	NC_007961	GCGAC	2	10	88427	88436	20 %	0 %	40 %	40 %	92109741
56	NC_007961	CGTCG	2	10	93511	93520	0 %	20 %	40 %	40 %	92109748
57	NC_007961	CTGGC	2	10	94212	94221	0 %	20 %	40 %	40 %	92109749
58	NC_007961	TCGGA	2	10	95707	95716	20 %	20 %	40 %	20 %	92109751
59	NC_007961	TTTCT	2	10	97570	97579	0 %	80 %	0 %	20 %	92109753
60	NC_007961	CGCTG	2	10	101420	101429	0 %	20 %	40 %	40 %	92109755
61	NC_007961	GAGAA	2	10	101695	101704	60 %	0 %	40 %	0 %	92109755
62	NC_007961	CCGCG	2	10	104455	104464	0 %	0 %	40 %	60 %	92109757
63	NC_007961	CAGGT	2	10	104815	104824	20 %	20 %	40 %	20 %	92109757
64	NC_007961	CCGGG	2	10	106504	106513	0 %	0 %	60 %	40 %	92109757
65	NC_007961	GGCGA	2	10	108298	108307	20 %	0 %	60 %	20 %	92109757
66	NC_007961	CCATA	2	10	109054	109063	40 %	20 %	0 %	40 %	92109759
67	NC_007961	CGAAG	2	10	110326	110335	40 %	0 %	40 %	20 %	92109760
68	NC_007961	CGCGC	2	10	110876	110885	0 %	0 %	40 %	60 %	92109760
69	NC_007961	TCTCG	2	10	111518	111527	0 %	40 %	20 %	40 %	92109761
70	NC_007961	CGCCA	2	10	112466	112475	20 %	0 %	20 %	60 %	92109762
71	NC_007961	GCCGC	2	10	115975	115984	0 %	0 %	40 %	60 %	92109768
72	NC_007961	TCCGC	2	10	118256	118265	0 %	20 %	20 %	60 %	92109771
73	NC_007961	GCTGA	2	10	119113	119122	20 %	20 %	40 %	20 %	92109772
74	NC_007961	GTCGC	2	10	119231	119240	0 %	20 %	40 %	40 %	92109772
75	NC_007961	AGGGC	2	10	120660	120669	20 %	0 %	60 %	20 %	92109772

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.