MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Neorickettsia sennetsu str. Miyayama chromosome

Total Repeats: 213

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007798	ATTTCA	2	12	2466	2477	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	88608550
2	NC_007798	GAATAT	2	12	22066	22077	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	88608498
3	NC_007798	GGTACT	2	12	32150	32161	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88608305
4	NC_007798	TCCGAT	2	12	33234	33245	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88608009
5	NC_007798	TTTCAA	2	12	35921	35932	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	88608798
6	NC_007798	GTTTTT	2	12	37919	37930	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	88608119
7	NC_007798	TGGTTC	2	12	53149	53160	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	88608580
8	NC_007798	TGGGTG	2	12	55293	55304	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	88608594
9	NC_007798	TGCATC	2	12	59397	59408	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88608814
10	NC_007798	TAAGAA	2	12	61631	61642	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88608871
11	NC_007798	TTTTTC	2	12	62956	62967	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	88608534
12	NC_007798	GATGTG	2	12	74982	74993	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	88608442
13	NC_007798	TTAAAG	2	12	75964	75975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	88608666
14	NC_007798	TTAGCA	2	12	84820	84831	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88608727
15	NC_007798	AAAGAA	2	12	86742	86753	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	88608265
16	NC_007798	TGCTTC	2	12	95945	95956	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	88608018
17	NC_007798	AATAAA	2	12	100173	100184	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	88608745
18	NC_007798	TTTCTG	2	12	104765	104776	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88608113
19	NC_007798	GAAAGA	2	12	105568	105579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	88608405
20	NC_007798	AGAAAA	2	12	111308	111319	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	88608866
21	NC_007798	GAGCTT	2	12	111605	111616	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88608320
22	NC_007798	AAATGA	2	12	111802	111813	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88608320
23	NC_007798	TCTGGT	2	12	117402	117413	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	88608726
24	NC_007798	TCTGGT	2	12	117609	117620	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	88608726
25	NC_007798	TTTCTT	2	12	121732	121743	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	88608565
26	NC_007798	GTTTCT	2	12	129213	129224	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88608197
27	NC_007798	AAGTGC	2	12	129579	129590	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	88608100
28	NC_007798	TGGTAT	2	12	131437	131448	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88608520
29	NC_007798	AAGGTA	2	12	131938	131949	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88608650
30	NC_007798	TGGGTT	2	12	132108	132119	0 %	50 %	50 %	0 %	88608650
31	NC_007798	AGGTGA	2	12	133331	133342	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	88608777
32	NC_007798	TTGGTC	2	12	143294	143305	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	88608532
33	NC_007798	TCAAGC	2	12	157377	157388	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88608203
34	NC_007798	TCTACA	2	12	166891	166902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88608413
35	NC_007798	TACAGG	2	12	170806	170817	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	88608384
36	NC_007798	ATTGAT	2	12	170867	170878	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88608384
37	NC_007798	TAGACA	2	12	172076	172087	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88608803
38	NC_007798	CCTATA	2	12	172678	172689	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88608803
39	NC_007798	AGATTT	2	12	179433	179444	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88607971
40	NC_007798	AGGGAA	2	12	180060	180071	50 %	0 %	50 %	0 %	88608234
41	NC_007798	CAAAGC	2	12	182131	182142	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	88608583
42	NC_007798	ATGAGA	2	12	182869	182880	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88608710
43	NC_007798	TTTGGT	2	12	184946	184957	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	88608411
44	NC_007798	AGGTAA	2	12	191115	191126	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88608367
45	NC_007798	TTTTTG	2	12	196575	196586	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	88608684
46	NC_007798	CTCTTT	2	12	204391	204402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	88608664
47	NC_007798	TTGCTC	2	12	204688	204699	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	88608664
48	NC_007798	TCAATT	2	12	207996	208007	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	88607959
49	NC_007798	TGTTCA	2	12	208314	208325	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88607959
50	NC_007798	TGCTTT	2	12	215730	215741	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88608298
51	NC_007798	GTGAGC	2	12	231018	231029	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	88608312
52	NC_007798	AAGGGA	2	12	231393	231404	50 %	0 %	50 %	0 %	88608312
53	NC_007798	CCACAT	2	12	244145	244156	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	88608116
54	NC_007798	GCAATA	2	12	248641	248652	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88608167
55	NC_007798	GAAAAA	2	12	249186	249197	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	88608167
56	NC_007798	GTTGGA	2	12	250842	250853	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	88608638
57	NC_007798	TCCTTC	2	12	252717	252728	0 %	50 %	0 %	50 %	88608331
58	NC_007798	TAAGCT	2	12	256745	256756	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88608467
59	NC_007798	TAGCCC	2	12	262400	262411	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	88608712
60	NC_007798	AGTATG	2	12	270739	270750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88607974
61	NC_007798	GAAAAA	2	12	271268	271279	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	88608311
62	NC_007798	TAAAAG	2	12	272790	272801	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88608185
63	NC_007798	TGAGGA	2	12	272844	272855	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	88608185
64	NC_007798	AGCAAA	2	12	275356	275367	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	88608613
65	NC_007798	CGGTAC	2	12	281071	281082	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	88608360
66	NC_007798	GCATCA	2	12	284104	284115	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88608544
67	NC_007798	TGAAAA	2	12	290583	290594	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88608794
68	NC_007798	TTGTTA	2	12	290977	290988	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	88608415
69	NC_007798	GTTCTG	2	12	303040	303051	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	88608476
70	NC_007798	GGGCTC	2	12	312876	312887	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	88608132
71	NC_007798	CTTTTT	2	12	323282	323293	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	88608811
72	NC_007798	ACTTGC	2	12	323515	323526	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88608811
73	NC_007798	GCTTGA	2	12	324512	324523	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88608612
74	NC_007798	CAATTG	2	12	324954	324965	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88608378
75	NC_007798	AAAGTT	2	12	330149	330160	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	88608013
76	NC_007798	AGATGT	2	12	330260	330271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88608013
77	NC_007798	GCAAGA	2	12	334927	334938	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	88608815
78	NC_007798	AACAGT	2	12	340673	340684	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88608634
79	NC_007798	CAAAGT	2	12	341971	341982	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88608603
80	NC_007798	AAAACG	2	12	345264	345275	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	88608441
81	NC_007798	TTTTCC	2	12	352652	352663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	88608319
82	NC_007798	ATTTGA	2	12	356416	356427	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88608817
83	NC_007798	GGTGTT	2	12	364633	364644	0 %	50 %	50 %	0 %	88607956
84	NC_007798	AGTACA	2	12	365697	365708	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88608768
85	NC_007798	TTTGGG	2	12	370389	370400	0 %	50 %	50 %	0 %	88608089
86	NC_007798	GAGATA	2	12	389072	389083	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88608080
87	NC_007798	AGGTAT	2	12	394663	394674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88608344
88	NC_007798	GGAATT	2	12	397005	397016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88608103
89	NC_007798	TGCTTT	2	12	398639	398650	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88608117
90	NC_007798	TCTAGC	2	12	400434	400445	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88608395
91	NC_007798	GATGCA	2	12	407543	407554	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	88608574
92	NC_007798	GATGTT	2	12	414157	414168	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88608640
93	NC_007798	TGAGCG	2	12	414655	414666	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	88608640
94	NC_007798	TATTGA	2	12	414841	414852	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88608640
95	NC_007798	TTTTCT	2	12	418648	418659	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	88608382
96	NC_007798	ACCAAT	2	12	426659	426670	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	88608827
97	NC_007798	AGTGTA	2	12	431671	431682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88608092
98	NC_007798	GAGTAA	2	12	442862	442873	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88608371
99	NC_007798	TCAGGT	2	12	447050	447061	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88608686
100	NC_007798	AATGAG	2	12	447116	447127	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88608686
101	NC_007798	ATAAGC	2	12	447784	447795	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88608686
102	NC_007798	AGGCTC	2	12	451405	451416	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	88608173
103	NC_007798	GCTGCA	2	12	452013	452024	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	88608173
104	NC_007798	AGCTTT	2	12	455075	455086	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88608575
105	NC_007798	CAATTG	2	12	456347	456358	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88608093
106	NC_007798	TAAACT	2	12	461604	461615	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	88608567
107	NC_007798	AAATAC	2	12	470719	470730	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	88608516
108	NC_007798	AAAGAG	2	12	471813	471824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	88608516
109	NC_007798	CTTCTC	2	12	473472	473483	0 %	50 %	0 %	50 %	88608434
110	NC_007798	ACTCAA	2	12	478954	478965	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	88608120
111	NC_007798	GTTTTT	2	12	480530	480541	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	88608818
112	NC_007798	AATAGC	2	12	488413	488424	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88608527
113	NC_007798	CACCTT	2	12	489561	489572	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	88608077
114	NC_007798	CAGCTT	2	12	493996	494007	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88608228
115	NC_007798	AAGAAC	2	12	496025	496036	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	88608118
116	NC_007798	TTTGGA	2	12	498218	498229	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88608436
117	NC_007798	GATCAT	2	12	508579	508590	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88608082
118	NC_007798	GAAAGT	2	12	509970	509981	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88608572
119	NC_007798	TCGCCT	2	12	514151	514162	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	88608420
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.