MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Nitrosospira multiformis ATCC 25196 plasmid 1

Total Repeats: 304

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007615	A	6	6	862	867	100 %	0 %	0 %	0 %	82703894
2	NC_007615	AGCA	2	8	869	876	50 %	0 %	25 %	25 %	82703894
3	NC_007615	GAT	2	6	913	918	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703894
4	NC_007615	CAGG	2	8	949	956	25 %	0 %	50 %	25 %	82703894
5	NC_007615	CCA	2	6	962	967	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703894
6	NC_007615	GCA	2	6	985	990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703894
7	NC_007615	CAG	2	6	1012	1017	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703894
8	NC_007615	TGG	2	6	1101	1106	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703894
9	NC_007615	GTG	2	6	1153	1158	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703894
10	NC_007615	GAT	2	6	1171	1176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703894
11	NC_007615	CCG	2	6	1189	1194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703895
12	NC_007615	AGT	2	6	1213	1218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703895
13	NC_007615	CTTAT	2	10	1221	1230	20 %	60 %	0 %	20 %	82703895
14	NC_007615	CTA	2	6	1245	1250	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703895
15	NC_007615	GTG	2	6	1267	1272	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703895
16	NC_007615	TACT	2	8	1287	1294	25 %	50 %	0 %	25 %	82703895
17	NC_007615	ATT	2	6	1413	1418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703895
18	NC_007615	AGC	2	6	1455	1460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703895
19	NC_007615	AAGCAA	2	12	1470	1481	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	82703895
20	NC_007615	AT	3	6	1664	1669	50 %	50 %	0 %	0 %	82703895
21	NC_007615	CCA	2	6	1716	1721	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703895
22	NC_007615	GCAG	2	8	1774	1781	25 %	0 %	50 %	25 %	82703895
23	NC_007615	GCA	2	6	1799	1804	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703895
24	NC_007615	GGC	2	6	1847	1852	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703895
25	NC_007615	TTG	2	6	1860	1865	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703895
26	NC_007615	GC	3	6	1931	1936	0 %	0 %	50 %	50 %	82703895
27	NC_007615	A	6	6	1984	1989	100 %	0 %	0 %	0 %	82703895
28	NC_007615	AAC	2	6	1999	2004	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703895
29	NC_007615	CCTG	2	8	2005	2012	0 %	25 %	25 %	50 %	82703895
30	NC_007615	CAGC	2	8	2063	2070	25 %	0 %	25 %	50 %	82703895
31	NC_007615	CAA	3	9	2104	2112	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703895
32	NC_007615	TCC	2	6	2113	2118	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82703895
33	NC_007615	TGAA	2	8	2130	2137	50 %	25 %	25 %	0 %	82703895
34	NC_007615	TCA	2	6	2141	2146	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703895
35	NC_007615	AAT	2	6	2171	2176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703895
36	NC_007615	ATGA	2	8	2189	2196	50 %	25 %	25 %	0 %	82703895
37	NC_007615	TGG	2	6	2207	2212	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703895
38	NC_007615	AGTC	2	8	2224	2231	25 %	25 %	25 %	25 %	82703895
39	NC_007615	GAAAGG	2	12	2354	2365	50 %	0 %	50 %	0 %	82703895
40	NC_007615	TGAT	2	8	2372	2379	25 %	50 %	25 %	0 %	82703896
41	NC_007615	AGC	2	6	2430	2435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703896
42	NC_007615	TTA	2	6	2447	2452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703896
43	NC_007615	TGC	2	6	2501	2506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703896
44	NC_007615	CAG	2	6	2526	2531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703896
45	NC_007615	TGT	2	6	2658	2663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703896
46	NC_007615	CAG	2	6	2754	2759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703896
47	NC_007615	AGC	2	6	3078	3083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703897
48	NC_007615	ACT	2	6	3095	3100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703897
49	NC_007615	TC	3	6	3104	3109	0 %	50 %	0 %	50 %	82703897
50	NC_007615	GGA	2	6	3162	3167	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703897
51	NC_007615	G	6	6	3233	3238	0 %	0 %	100 %	0 %	82703897
52	NC_007615	TTG	2	6	3408	3413	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703897
53	NC_007615	GCC	2	6	3426	3431	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703897
54	NC_007615	GGCA	2	8	3444	3451	25 %	0 %	50 %	25 %	82703897
55	NC_007615	GGA	2	6	3453	3458	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703897
56	NC_007615	CAGT	2	8	3544	3551	25 %	25 %	25 %	25 %	82703897
57	NC_007615	CAT	2	6	3554	3559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703897
58	NC_007615	TGA	2	6	3602	3607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703897
59	NC_007615	ACT	2	6	3706	3711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703897
60	NC_007615	A	6	6	3739	3744	100 %	0 %	0 %	0 %	82703897
61	NC_007615	ATC	3	9	3864	3872	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703897
62	NC_007615	CAG	2	6	3918	3923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703897
63	NC_007615	GCGG	2	8	3944	3951	0 %	0 %	75 %	25 %	82703897
64	NC_007615	GAC	2	6	4041	4046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703897
65	NC_007615	TAC	2	6	4113	4118	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703897
66	NC_007615	AACC	2	8	4208	4215	50 %	0 %	0 %	50 %	82703897
67	NC_007615	GAT	2	6	4229	4234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703897
68	NC_007615	GC	4	8	4238	4245	0 %	0 %	50 %	50 %	82703897
69	NC_007615	CCAG	2	8	4282	4289	25 %	0 %	25 %	50 %	82703897
70	NC_007615	CG	3	6	4333	4338	0 %	0 %	50 %	50 %	82703897
71	NC_007615	GAA	2	6	4402	4407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703897
72	NC_007615	T	6	6	4464	4469	0 %	100 %	0 %	0 %	82703897
73	NC_007615	AGG	2	6	4487	4492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703897
74	NC_007615	A	6	6	4494	4499	100 %	0 %	0 %	0 %	82703897
75	NC_007615	G	6	6	4535	4540	0 %	0 %	100 %	0 %	82703897
76	NC_007615	GGC	2	6	4569	4574	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703897
77	NC_007615	CTG	3	9	4652	4660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703898
78	NC_007615	TATT	2	8	4744	4751	25 %	75 %	0 %	0 %	82703898
79	NC_007615	TTC	2	6	4890	4895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703898
80	NC_007615	CTT	2	6	4922	4927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703898
81	NC_007615	T	6	6	4949	4954	0 %	100 %	0 %	0 %	82703898
82	NC_007615	CGT	2	6	5024	5029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703898
83	NC_007615	CAGT	2	8	5078	5085	25 %	25 %	25 %	25 %	82703898
84	NC_007615	AGC	2	6	5104	5109	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703898
85	NC_007615	CCAG	2	8	5168	5175	25 %	0 %	25 %	50 %	82703898
86	NC_007615	ATAA	2	8	5181	5188	75 %	25 %	0 %	0 %	82703898
87	NC_007615	CCA	2	6	5304	5309	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703899
88	NC_007615	AAT	2	6	5384	5389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703899
89	NC_007615	CCTT	2	8	5433	5440	0 %	50 %	0 %	50 %	82703899
90	NC_007615	CCTT	2	8	5454	5461	0 %	50 %	0 %	50 %	82703899
91	NC_007615	GCCA	2	8	5499	5506	25 %	0 %	25 %	50 %	82703899
92	NC_007615	CGGC	2	8	5605	5612	0 %	0 %	50 %	50 %	82703899
93	NC_007615	C	6	6	5679	5684	0 %	0 %	0 %	100 %	82703900
94	NC_007615	ATT	2	6	5839	5844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703900
95	NC_007615	T	6	6	5843	5848	0 %	100 %	0 %	0 %	82703900
96	NC_007615	GCA	2	6	5858	5863	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703900
97	NC_007615	CG	3	6	6234	6239	0 %	0 %	50 %	50 %	82703901
98	NC_007615	TGC	2	6	6424	6429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703901
99	NC_007615	CTG	2	6	6469	6474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703901
100	NC_007615	AGC	2	6	6506	6511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703901
101	NC_007615	A	6	6	6687	6692	100 %	0 %	0 %	0 %	82703902
102	NC_007615	AT	3	6	6771	6776	50 %	50 %	0 %	0 %	82703902
103	NC_007615	A	7	7	6848	6854	100 %	0 %	0 %	0 %	82703902
104	NC_007615	CCG	2	6	6859	6864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703902
105	NC_007615	CCAT	2	8	6870	6877	25 %	25 %	0 %	50 %	82703902
106	NC_007615	TGC	2	6	7218	7223	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703903
107	NC_007615	ACC	2	6	7332	7337	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703903
108	NC_007615	CACT	2	8	7338	7345	25 %	25 %	0 %	50 %	82703903
109	NC_007615	CTTG	2	8	7413	7420	0 %	50 %	25 %	25 %	82703904
110	NC_007615	T	6	6	7427	7432	0 %	100 %	0 %	0 %	82703904
111	NC_007615	CAA	2	6	7448	7453	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703904
112	NC_007615	T	6	6	7515	7520	0 %	100 %	0 %	0 %	82703904
113	NC_007615	CAC	2	6	7542	7547	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703904
114	NC_007615	TTTCA	2	10	7632	7641	20 %	60 %	0 %	20 %	82703904
115	NC_007615	TCC	2	6	7689	7694	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82703904
116	NC_007615	CTT	2	6	7785	7790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703904
117	NC_007615	ATG	2	6	7839	7844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703904
118	NC_007615	T	6	6	7911	7916	0 %	100 %	0 %	0 %	82703904
119	NC_007615	TCC	2	6	7952	7957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82703904
120	NC_007615	GTA	2	6	7965	7970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703904
121	NC_007615	ATA	2	6	7995	8000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703904
122	NC_007615	GGC	2	6	8019	8024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703904
123	NC_007615	TGC	2	6	8058	8063	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703904
124	NC_007615	ATC	2	6	8085	8090	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703904
125	NC_007615	GAT	2	6	8120	8125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703904
126	NC_007615	TGC	2	6	8160	8165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703904
127	NC_007615	GCACAA	2	12	8219	8230	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	82703904
128	NC_007615	ATT	2	6	8359	8364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703904
129	NC_007615	A	6	6	8409	8414	100 %	0 %	0 %	0 %	82703904
130	NC_007615	ATC	2	6	8428	8433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703904
131	NC_007615	AAT	2	6	8457	8462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703904
132	NC_007615	GAA	2	6	8477	8482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703904
133	NC_007615	TTC	2	6	8496	8501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703904
134	NC_007615	CTT	2	6	8610	8615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703904
135	NC_007615	CAAG	2	8	8705	8712	50 %	0 %	25 %	25 %	82703904
136	NC_007615	AAG	2	6	8811	8816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703904
137	NC_007615	CTGC	2	8	9078	9085	0 %	25 %	25 %	50 %	82703905
138	NC_007615	CGG	2	6	9093	9098	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703905
139	NC_007615	ATG	2	6	9169	9174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703905
140	NC_007615	CGC	2	6	9180	9185	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703905
141	NC_007615	ACA	2	6	9190	9195	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703905
142	NC_007615	TGA	2	6	9239	9244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703905
143	NC_007615	CGA	2	6	9284	9289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703905
144	NC_007615	CGC	2	6	9335	9340	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703905
145	NC_007615	CT	3	6	9347	9352	0 %	50 %	0 %	50 %	82703905
146	NC_007615	GAAA	2	8	9369	9376	75 %	0 %	25 %	0 %	82703905
147	NC_007615	GCT	2	6	9473	9478	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703905
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158	NC_007615	TTC	2	6	9824	9829	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703905
159	NC_007615	ACC	2	6	9964	9969	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703905
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161	NC_007615	TCT	2	6	10940	10945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703906
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174	NC_007615	GCC	2	6	11638	11643	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703906
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251	NC_007615	GCG	2	6	15825	15830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703907
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255	NC_007615	CCTGC	2	10	16110	16119	0 %	20 %	20 %	60 %	82703907
256	NC_007615	ATC	2	6	16134	16139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703907
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259	NC_007615	CGC	2	6	16370	16375	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703907
260	NC_007615	ATC	2	6	16389	16394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703907
261	NC_007615	GGC	2	6	16407	16412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703907
262	NC_007615	AGG	2	6	16438	16443	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703907
263	NC_007615	ATT	3	9	16471	16479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703907
264	NC_007615	GGGCG	2	10	16804	16813	0 %	0 %	80 %	20 %	82703908
265	NC_007615	GCA	2	6	16865	16870	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703908
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.