MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Natronococcus occultus SP4 plasmid 2

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019976	CTTCTC	2	12	601	612	0 %	50 %	0 %	50 %	435849397
2	NC_019976	TCTGGA	2	12	623	634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	435849397
3	NC_019976	CGTGGC	2	12	10639	10650	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849402
4	NC_019976	GCTGGC	2	12	11440	11451	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849402
5	NC_019976	CGACCA	2	12	11749	11760	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	435849402
6	NC_019976	GTTGTG	2	12	12125	12136	0 %	50 %	50 %	0 %	435849402
7	NC_019976	TTGGCC	2	12	13520	13531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849404
8	NC_019976	CGATCG	2	12	17499	17510	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849407
9	NC_019976	ATCGAT	2	12	24964	24975	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	435849413
10	NC_019976	GAAAAC	2	12	26211	26222	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_019976	CACCGA	2	12	29311	29322	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	435849417
12	NC_019976	GTGCCT	2	12	29491	29502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849417
13	NC_019976	GAGGAA	2	12	30707	30718	50 %	0 %	50 %	0 %	435849419
14	NC_019976	GACGAA	2	12	34106	34117	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	435849422
15	NC_019976	GCCGAA	2	12	34421	34432	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_019976	ACATCG	2	12	35933	35944	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_019976	GTAGCG	2	12	39105	39116	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_019976	CGCCGG	2	12	48983	48994	0 %	0 %	50 %	50 %	435849441
19	NC_019976	GAAATT	2	12	50724	50735	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019976	CTTGCT	2	12	54431	54442	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	435849445
21	NC_019976	GCGTGA	2	12	56194	56205	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	435849449
22	NC_019976	ACGAGC	2	12	60424	60435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_019976	GTCCCA	2	12	61648	61659	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	435849454
24	NC_019976	AGCCGA	2	12	63565	63576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	435849456
25	NC_019976	GGCGCA	2	12	64854	64865	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	435849457
26	NC_019976	CGCTCG	2	12	65505	65516	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849458
27	NC_019976	GATGCG	2	12	65896	65907	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	435849458
28	NC_019976	GGTGCA	2	12	66126	66137	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	435849458
29	NC_019976	CTGTGG	2	12	73117	73128	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	435849462
30	NC_019976	GCCCTT	2	12	75371	75382	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	435849463
31	NC_019976	CCGATC	2	12	79568	79579	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	435849468
32	NC_019976	GTGGGT	2	12	82134	82145	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	435849470
33	NC_019976	CCCGAG	2	12	83932	83943	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849472
34	NC_019976	GGACGA	2	12	83952	83963	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	435849472
35	NC_019976	CGAGCC	2	12	84051	84062	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849472
36	NC_019976	CTCGTC	2	12	84574	84585	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	435849472
37	NC_019976	GACGGT	2	12	84927	84938	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	435849473
38	NC_019976	GTGATC	2	12	85600	85611	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	435849473
39	NC_019976	CCGTCG	2	12	85817	85828	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849474
40	NC_019976	ATCGGG	2	12	87005	87016	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	435849475
41	NC_019976	AGCTTC	2	12	87396	87407	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	435849475
42	NC_019976	GCGACG	2	12	87447	87458	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	435849475
43	NC_019976	CGCCGA	2	12	89080	89091	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849476
44	NC_019976	CGGCTC	2	12	90002	90013	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849477
45	NC_019976	GCTGGG	2	12	91501	91512	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	435849478
46	NC_019976	GCTCGT	2	12	91552	91563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849478
47	NC_019976	CGTCCG	2	12	98244	98255	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849485
48	NC_019976	CGCTCG	2	12	101534	101545	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_019976	CGACGT	2	12	103285	103296	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849489
50	NC_019976	TGATCG	2	12	103855	103866	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	435849490
51	NC_019976	CGTCAG	2	12	104026	104037	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849491
52	NC_019976	CGGCCG	2	12	104876	104887	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_019976	CGAAGA	2	12	107236	107247	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	435849495
54	NC_019976	CGACGT	2	12	110780	110791	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849497
55	NC_019976	ACGGTC	2	12	113456	113467	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849499
56	NC_019976	TCGCGC	2	12	113673	113684	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849499
57	NC_019976	CGGCGA	2	12	119367	119378	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	435849500
58	NC_019976	CGACGC	2	12	124361	124372	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849504
59	NC_019976	CCTCGA	2	12	125571	125582	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	435849505
60	NC_019976	GAACAT	2	12	126777	126788	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	435849507
61	NC_019976	GAATTG	2	12	131494	131505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019976	ACGTCA	2	12	132838	132849	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	435849513
63	NC_019976	TGAACG	2	12	133213	133224	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	435849513
64	NC_019976	CAGCCG	2	12	133313	133324	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849514
65	NC_019976	CGACGG	2	12	133509	133520	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	435849514
66	NC_019976	CTCTGT	2	12	135977	135988	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_019976	AGCGTC	2	12	138323	138334	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849522
68	NC_019976	CGTACT	2	12	141188	141199	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	435849524
69	NC_019976	CGTCGG	2	12	142361	142372	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849525
70	NC_019976	AGGCCG	2	12	149431	149442	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	435849528
71	NC_019976	ACGTCA	2	12	150586	150597	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	435849529
72	NC_019976	TCAACG	2	12	150784	150795	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	435849529
73	NC_019976	GTAACT	2	12	154075	154086	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_019976	CGGGAT	2	12	154825	154836	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	435849533
75	NC_019976	GCGGTC	2	12	155426	155437	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849534
76	NC_019976	CGTTCA	2	12	158806	158817	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_019976	GAGAAC	2	12	159644	159655	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	435849537
78	NC_019976	TCGGCC	2	12	164131	164142	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849541
79	NC_019976	GTCGTG	2	12	165556	165567	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	435849542
80	NC_019976	CGGCTC	2	12	165994	166005	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849542
81	NC_019976	GCGTCG	2	12	172710	172721	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849550
82	NC_019976	CCTCGC	2	12	173499	173510	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	435849551
83	NC_019976	GATCGT	2	12	173925	173936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	435849552
84	NC_019976	CGAGGA	2	12	174507	174518	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	435849552
85	NC_019976	TTCGAG	2	12	174541	174552	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	435849552
86	NC_019976	GGTCTC	2	12	174737	174748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849553
87	NC_019976	CGGCGT	2	12	175552	175563	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849553
88	NC_019976	CCTCGT	2	12	175593	175604	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	435849554
89	NC_019976	TCGCCT	2	12	176082	176093	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	435849554
90	NC_019976	TCCTCG	2	12	177029	177040	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	435849555
91	NC_019976	GCGTCG	2	12	178731	178742	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849557
92	NC_019976	AGCTCG	2	12	180102	180113	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849559
93	NC_019976	GACGTC	2	12	182655	182666	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849560
94	NC_019976	AACGAC	2	12	185917	185928	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	435849561
95	NC_019976	CGGCCG	2	12	185991	186002	0 %	0 %	50 %	50 %	435849561
96	NC_019976	GTCGGC	2	12	186108	186119	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849561
97	NC_019976	TGTACG	2	12	187256	187267	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_019976	CCGACG	2	12	187740	187751	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849562
99	NC_019976	GCTGGC	2	12	187877	187888	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849562
100	NC_019976	GCGTCG	2	12	188597	188608	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849563
101	NC_019976	CCAGTC	2	12	189048	189059	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	435849564
102	NC_019976	AGGTGT	2	12	189881	189892	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	435849564
103	NC_019976	GACGCC	2	12	191098	191109	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849566
104	NC_019976	CCGAAC	2	12	195827	195838	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	435849570
105	NC_019976	CGCCGA	2	12	195866	195877	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849570
106	NC_019976	TCTCGG	2	12	198420	198431	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849571
107	NC_019976	CGTCGC	2	12	198660	198671	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849571
108	NC_019976	CGTCCT	2	12	198699	198710	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	435849571
109	NC_019976	TCGAGC	2	12	201910	201921	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849575
110	NC_019976	GTCGAG	2	12	201945	201956	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	435849575
111	NC_019976	CCTCGT	2	12	203127	203138	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	435849576
112	NC_019976	GTTCGC	2	12	204025	204036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849577
113	NC_019976	GCCTCG	2	12	206197	206208	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849580
114	NC_019976	ACGCTC	2	12	207734	207745	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	435849583
115	NC_019976	TCGACG	2	12	207840	207851	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849583
116	NC_019976	CCTCGA	2	12	208109	208120	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	435849584
117	NC_019976	CCGTCC	2	12	208276	208287	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	435849584
118	NC_019976	CGTCCT	2	12	208535	208546	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	435849584
119	NC_019976	CGCCGA	2	12	210163	210174	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849585
120	NC_019976	GCCTCG	2	12	211376	211387	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849586
121	NC_019976	GAGTTC	2	12	211574	211585	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	435849587
122	NC_019976	GCTCGC	2	12	213089	213100	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849588
123	NC_019976	GCCGTC	2	12	213330	213341	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849588
124	NC_019976	TTCGGC	2	12	213909	213920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849588
125	NC_019976	GGCGAG	2	12	214729	214740	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_019976	GAGTAG	2	12	215511	215522	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019976	TGGCCT	2	12	218731	218742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849591
128	NC_019976	CCTCGC	2	12	219037	219048	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	435849591
129	NC_019976	GCTGTT	2	12	221239	221250	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	435849594
130	NC_019976	GCCCGC	2	12	222273	222284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	435849595
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136	NC_019976	GACGGC	2	12	227078	227089	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	435849598
137	NC_019976	TTGATA	2	12	230761	230772	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	435849601
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139	NC_019976	CGCCGG	2	12	233446	233457	0 %	0 %	50 %	50 %	435849604
140	NC_019976	GGCGTC	2	12	234288	234299	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	435849605
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142	NC_019976	CGATCT	2	12	235859	235870	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	435849605
143	NC_019976	ACGCCT	2	12	239335	239346	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	435849607
144	NC_019976	TCGCCG	2	12	241968	241979	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849608
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146	NC_019976	CGAGGA	2	12	247764	247775	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	435849611
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149	NC_019976	CCGTCG	2	12	249603	249614	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	435849613
150	NC_019976	CCGACG	2	12	255360	255371	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849619
151	NC_019976	TGGCGG	2	12	258693	258704	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	435849621
152	NC_019976	CGGAAG	2	12	264970	264981	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	435849626
153	NC_019976	TCGCGA	2	12	271905	271916	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_019976	TCGATT	2	12	272891	272902	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_019976	GCCGAC	2	12	273002	273013	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	435849632
156	NC_019976	ACGGAT	2	12	275807	275818	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	435849633
157	NC_019976	CGAGGA	2	12	278044	278055	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	435849634
158	NC_019976	CCGATT	2	12	279367	279378	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_019976	CGAAGG	2	12	279527	279538	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	435849635
160	NC_019976	AGGGCG	2	12	280175	280186	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	435849635
161	NC_019976	CGGAGT	2	12	280199	280210	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	435849635
162	NC_019976	GACGTC	2	12	281733	281744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	435849636

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.