MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 78310

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3001	NC_013960	CTG	2	6	156140	156145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490308
3002	NC_013960	CTC	2	6	156200	156205	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490308
3003	NC_013960	TAA	2	6	156236	156241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490308
3004	NC_013960	CCT	2	6	156244	156249	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490308
3005	NC_013960	CTG	2	6	156284	156289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490308
3006	NC_013960	TTC	2	6	156323	156328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490308
3007	NC_013960	CCG	2	6	156401	156406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490308
3008	NC_013960	GGC	2	6	156431	156436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490308
3009	NC_013960	GCA	2	6	156454	156459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490308
3010	NC_013960	AGG	2	6	156475	156480	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490308
3011	NC_013960	TCA	2	6	156481	156486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490308
3012	NC_013960	CCA	2	6	156502	156507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490308
3013	NC_013960	CCAC	2	8	156529	156536	25 %	0 %	0 %	75 %	292490308
3014	NC_013960	CATC	2	8	156617	156624	25 %	25 %	0 %	50 %	292490308
3015	NC_013960	GGA	2	6	156647	156652	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490308
3016	NC_013960	ATG	2	6	156677	156682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490308
3017	NC_013960	GTT	2	6	156683	156688	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490308
3018	NC_013960	CTC	2	6	156695	156700	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490308
3019	NC_013960	TGG	2	6	156733	156738	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490308
3020	NC_013960	CGC	2	6	156800	156805	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490308
3021	NC_013960	AAG	2	6	156807	156812	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490308
3022	NC_013960	CAA	2	6	156842	156847	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490308
3023	NC_013960	CTA	2	6	156903	156908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490308
3024	NC_013960	TA	3	6	156916	156921	50 %	50 %	0 %	0 %	292490308
3025	NC_013960	TCCA	2	8	156930	156937	25 %	25 %	0 %	50 %	292490308
3026	NC_013960	ATC	2	6	156938	156943	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490308
3027	NC_013960	CGC	2	6	156986	156991	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490308
3028	NC_013960	ATA	2	6	157018	157023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490308
3029	NC_013960	CCA	2	6	157036	157041	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490308
3030	NC_013960	GTG	2	6	157082	157087	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490308
3031	NC_013960	GGT	2	6	157127	157132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490308
3032	NC_013960	GAA	2	6	157151	157156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490308
3033	NC_013960	TGAG	2	8	157239	157246	25 %	25 %	50 %	0 %	292490308
3034	NC_013960	CAG	2	6	157247	157252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490308
3035	NC_013960	A	7	7	157367	157373	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3036	NC_013960	ATT	2	6	157381	157386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3037	NC_013960	CAT	2	6	157390	157395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3038	NC_013960	TAC	2	6	157563	157568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3039	NC_013960	CCT	2	6	157654	157659	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3040	NC_013960	GC	3	6	157719	157724	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3041	NC_013960	AGGG	2	8	157726	157733	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3042	NC_013960	CTT	2	6	157801	157806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3043	NC_013960	TC	3	6	157819	157824	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3044	NC_013960	TC	3	6	157925	157930	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3045	NC_013960	CTGG	2	8	157943	157950	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3046	NC_013960	GA	3	6	157984	157989	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3047	NC_013960	GT	3	6	158002	158007	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3048	NC_013960	GTT	2	6	158044	158049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490309
3049	NC_013960	TAT	2	6	158076	158081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490309
3050	NC_013960	GTT	2	6	158110	158115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490309
3051	NC_013960	CCG	2	6	158225	158230	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490309
3052	NC_013960	CGGA	2	8	158231	158238	25 %	0 %	50 %	25 %	292490309
3053	NC_013960	ATA	2	6	158285	158290	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490309
3054	NC_013960	T	6	6	158365	158370	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3055	NC_013960	TGCT	2	8	158374	158381	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3056	NC_013960	AT	3	6	158384	158389	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3057	NC_013960	TAG	2	6	158450	158455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3058	NC_013960	T	7	7	158459	158465	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3059	NC_013960	A	6	6	158555	158560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3060	NC_013960	CTA	2	6	158628	158633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3061	NC_013960	GAT	2	6	158693	158698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490310
3062	NC_013960	GAG	2	6	158711	158716	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490310
3063	NC_013960	CCT	2	6	158767	158772	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490310
3064	NC_013960	TACC	2	8	158884	158891	25 %	25 %	0 %	50 %	292490310
3065	NC_013960	CGG	2	6	158906	158911	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490310
3066	NC_013960	TGCG	2	8	159045	159052	0 %	25 %	50 %	25 %	292490310
3067	NC_013960	ATC	2	6	159071	159076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490310
3068	NC_013960	ACTG	2	8	159100	159107	25 %	25 %	25 %	25 %	292490310
3069	NC_013960	AT	3	6	159115	159120	50 %	50 %	0 %	0 %	292490310
3070	NC_013960	AGG	2	6	159138	159143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490310
3071	NC_013960	TGA	2	6	159198	159203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490310
3072	NC_013960	ACT	2	6	159207	159212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490310
3073	NC_013960	TGGAA	2	10	159252	159261	40 %	20 %	40 %	0 %	292490310
3074	NC_013960	GGC	2	6	159289	159294	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490310
3075	NC_013960	GGA	2	6	159295	159300	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490310
3076	NC_013960	GGT	2	6	159313	159318	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490310
3077	NC_013960	GGATCG	2	12	159321	159332	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	292490310
3078	NC_013960	CATGGG	2	12	159460	159471	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	292490310
3079	NC_013960	AGG	2	6	159477	159482	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490310
3080	NC_013960	CTTA	2	8	159624	159631	25 %	50 %	0 %	25 %	292490310
3081	NC_013960	CGC	2	6	159635	159640	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490310
3082	NC_013960	AGC	2	6	159657	159662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490310
3083	NC_013960	C	6	6	159678	159683	0 %	0 %	0 %	100 %	292490310
3084	NC_013960	ATG	2	6	159771	159776	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490310
3085	NC_013960	GCT	2	6	159799	159804	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490310
3086	NC_013960	AGA	2	6	159808	159813	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490310
3087	NC_013960	GC	4	8	159890	159897	0 %	0 %	50 %	50 %	292490310
3088	NC_013960	AATG	2	8	159905	159912	50 %	25 %	25 %	0 %	292490310
3089	NC_013960	CGG	2	6	159925	159930	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490310
3090	NC_013960	ATG	2	6	160020	160025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490310
3091	NC_013960	CAT	2	6	160027	160032	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490310
3092	NC_013960	CGC	2	6	160136	160141	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490310
3093	NC_013960	A	6	6	160173	160178	100 %	0 %	0 %	0 %	292490310
3094	NC_013960	A	7	7	160214	160220	100 %	0 %	0 %	0 %	292490310
3095	NC_013960	C	6	6	160226	160231	0 %	0 %	0 %	100 %	292490310
3096	NC_013960	GCC	2	6	160347	160352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490311
3097	NC_013960	TGAT	2	8	160374	160381	25 %	50 %	25 %	0 %	292490311
3098	NC_013960	CTG	2	6	160382	160387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490311
3099	NC_013960	GGT	2	6	160460	160465	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490311
3100	NC_013960	TTTC	2	8	160527	160534	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3101	NC_013960	GTG	2	6	160582	160587	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3102	NC_013960	TCCT	2	8	160615	160622	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3103	NC_013960	GAAG	2	8	160638	160645	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3104	NC_013960	GTGTTG	2	12	160718	160729	0 %	50 %	50 %	0 %	292490312
3105	NC_013960	GTT	2	6	160759	160764	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490312
3106	NC_013960	TGGAC	2	10	160800	160809	20 %	20 %	40 %	20 %	292490312
3107	NC_013960	AG	3	6	160849	160854	50 %	0 %	50 %	0 %	292490312
3108	NC_013960	GC	3	6	160865	160870	0 %	0 %	50 %	50 %	292490312
3109	NC_013960	ATG	2	6	160949	160954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490312
3110	NC_013960	TGG	2	6	160972	160977	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3111	NC_013960	T	6	6	161008	161013	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3112	NC_013960	GAG	2	6	161060	161065	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3113	NC_013960	T	6	6	161072	161077	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3114	NC_013960	ATTT	2	8	161097	161104	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3115	NC_013960	T	7	7	161102	161108	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3116	NC_013960	TTG	2	6	161121	161126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3117	NC_013960	CAA	2	6	161171	161176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3118	NC_013960	A	6	6	161175	161180	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3119	NC_013960	GTT	2	6	161219	161224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3120	NC_013960	TAA	2	6	161266	161271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3121	NC_013960	TAA	2	6	161282	161287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3122	NC_013960	CAG	2	6	161329	161334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3123	NC_013960	TTC	2	6	161344	161349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3124	NC_013960	CCG	2	6	161375	161380	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3125	NC_013960	T	9	9	161386	161394	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3126	NC_013960	CTC	2	6	161400	161405	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3127	NC_013960	GAG	2	6	161438	161443	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3128	NC_013960	TCCT	2	8	161444	161451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3129	NC_013960	TGA	3	9	161456	161464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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3371	NC_013960	CGG	2	6	173505	173510	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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3374	NC_013960	GGC	2	6	173623	173628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3375	NC_013960	GGA	2	6	173724	173729	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3376	NC_013960	GGA	2	6	173753	173758	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3377	NC_013960	GTTTT	2	10	173779	173788	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3378	NC_013960	TTA	2	6	173826	173831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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3499	NC_013960	GATG	2	8	180486	180493	25 %	25 %	50 %	0 %	292490328
3500	NC_013960	AGC	2	6	180506	180511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490328

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