MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 2

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007960	GGCTC	2	10	4578	4587	0 %	20 %	40 %	40 %	92109495
2	NC_007960	CAGGA	2	10	5174	5183	40 %	0 %	40 %	20 %	92109495
3	NC_007960	GGTGC	2	10	5780	5789	0 %	20 %	60 %	20 %	92109495
4	NC_007960	GGGCC	2	10	6286	6295	0 %	0 %	60 %	40 %	92109495
5	NC_007960	AACCG	2	10	7544	7553	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_007960	GTGAC	2	10	15280	15289	20 %	20 %	40 %	20 %	92109503
7	NC_007960	TCGCG	2	10	21298	21307	0 %	20 %	40 %	40 %	92109506
8	NC_007960	GCAGC	2	10	23088	23097	20 %	0 %	40 %	40 %	92109507
9	NC_007960	CGACC	2	10	23512	23521	20 %	0 %	20 %	60 %	92109508
10	NC_007960	ATCCA	2	10	23660	23669	40 %	20 %	0 %	40 %	92109508
11	NC_007960	CCAAT	2	10	24398	24407	40 %	20 %	0 %	40 %	92109508
12	NC_007960	GGTCC	2	10	26260	26269	0 %	20 %	40 %	40 %	92109511
13	NC_007960	GCGAT	2	10	27812	27821	20 %	20 %	40 %	20 %	92109513
14	NC_007960	CTGTG	2	10	28541	28550	0 %	40 %	40 %	20 %	92109513
15	NC_007960	CGGCG	2	10	34045	34054	0 %	0 %	60 %	40 %	92109516
16	NC_007960	CCTGA	2	10	35391	35400	20 %	20 %	20 %	40 %	92109518
17	NC_007960	TCCGA	2	10	36233	36242	20 %	20 %	20 %	40 %	92109520
18	NC_007960	CGGCA	2	10	37277	37286	20 %	0 %	40 %	40 %	92109521
19	NC_007960	ACGCG	2	10	37823	37832	20 %	0 %	40 %	40 %	92109521
20	NC_007960	GATGA	2	10	38580	38589	40 %	20 %	40 %	0 %	92109521
21	NC_007960	GGCGA	2	10	42148	42157	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007960	CGAAG	2	10	42876	42885	40 %	0 %	40 %	20 %	92109524
23	NC_007960	GCGCA	2	10	44763	44772	20 %	0 %	40 %	40 %	92109526
24	NC_007960	GATCG	2	10	46184	46193	20 %	20 %	40 %	20 %	92109527
25	NC_007960	CGTTG	2	10	47461	47470	0 %	40 %	40 %	20 %	92109528
26	NC_007960	GGGGA	2	10	50045	50054	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007960	CCGTC	2	10	50100	50109	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_007960	CGATC	2	10	50687	50696	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_007960	GCGCA	2	10	54345	54354	20 %	0 %	40 %	40 %	92109533
30	NC_007960	GACCG	2	10	55715	55724	20 %	0 %	40 %	40 %	92109534
31	NC_007960	GCGAG	2	10	55764	55773	20 %	0 %	60 %	20 %	92109534
32	NC_007960	GCCGA	2	10	55808	55817	20 %	0 %	40 %	40 %	92109534
33	NC_007960	GCGCG	2	10	55902	55911	0 %	0 %	60 %	40 %	92109534
34	NC_007960	ATGCA	2	10	57066	57075	40 %	20 %	20 %	20 %	92109536
35	NC_007960	CTTTC	2	10	58566	58575	0 %	60 %	0 %	40 %	92109538
36	NC_007960	CGATC	2	10	60674	60683	20 %	20 %	20 %	40 %	92109540
37	NC_007960	GCCGC	2	10	63843	63852	0 %	0 %	40 %	60 %	92109544
38	NC_007960	AAACG	2	10	64958	64967	60 %	0 %	20 %	20 %	92109546
39	NC_007960	CGGAA	2	10	67076	67085	40 %	0 %	40 %	20 %	92109551
40	NC_007960	GGAAT	2	10	67554	67563	40 %	20 %	40 %	0 %	92109551
41	NC_007960	CCTCA	2	10	69808	69817	20 %	20 %	0 %	60 %	92109552
42	NC_007960	CCGGA	2	10	72230	72239	20 %	0 %	40 %	40 %	92109555
43	NC_007960	GCCAC	2	10	72377	72386	20 %	0 %	20 %	60 %	92109555
44	NC_007960	CACGC	2	10	73126	73135	20 %	0 %	20 %	60 %	92109556
45	NC_007960	ACATC	2	10	73872	73881	40 %	20 %	0 %	40 %	92109556
46	NC_007960	AGGAA	2	10	74538	74547	60 %	0 %	40 %	0 %	92109556
47	NC_007960	CGAAA	2	10	74777	74786	60 %	0 %	20 %	20 %	92109556
48	NC_007960	CTTGC	2	10	75478	75487	0 %	40 %	20 %	40 %	92109557
49	NC_007960	GACCT	2	10	75580	75589	20 %	20 %	20 %	40 %	92109557
50	NC_007960	TCACA	2	10	78101	78110	40 %	20 %	0 %	40 %	92109561
51	NC_007960	GATCG	2	10	81605	81614	20 %	20 %	40 %	20 %	92109564
52	NC_007960	CCCTG	2	10	83042	83051	0 %	20 %	20 %	60 %	92109565
53	NC_007960	CCGAA	2	10	85928	85937	40 %	0 %	20 %	40 %	92109567
54	NC_007960	CTGCC	2	10	87309	87318	0 %	20 %	20 %	60 %	92109568
55	NC_007960	CGGTT	2	10	87433	87442	0 %	40 %	40 %	20 %	92109568
56	NC_007960	TGACG	2	10	88508	88517	20 %	20 %	40 %	20 %	92109570
57	NC_007960	AGGCG	2	10	88566	88575	20 %	0 %	60 %	20 %	92109570
58	NC_007960	GCTGC	2	10	91453	91462	0 %	20 %	40 %	40 %	92109573
59	NC_007960	TGCGG	2	10	92065	92074	0 %	20 %	60 %	20 %	92109574
60	NC_007960	GCATC	2	10	93513	93522	20 %	20 %	20 %	40 %	92109574
61	NC_007960	GCCGA	2	10	94295	94304	20 %	0 %	40 %	40 %	92109576
62	NC_007960	AGGCG	2	10	95142	95151	20 %	0 %	60 %	20 %	92109577
63	NC_007960	GGCTG	2	10	95566	95575	0 %	20 %	60 %	20 %	92109578
64	NC_007960	TGCCC	2	10	98096	98105	0 %	20 %	20 %	60 %	92109583
65	NC_007960	AGAGG	2	10	103318	103327	40 %	0 %	60 %	0 %	92109588
66	NC_007960	ACCTG	2	10	105360	105369	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_007960	GGCCC	2	10	105683	105692	0 %	0 %	40 %	60 %	92109590
68	NC_007960	CGGAA	2	10	105779	105788	40 %	0 %	40 %	20 %	92109590
69	NC_007960	GGGGC	2	10	105999	106008	0 %	0 %	80 %	20 %	92109590
70	NC_007960	TCCTC	2	10	106106	106115	0 %	40 %	0 %	60 %	92109590
71	NC_007960	TGACC	2	10	107688	107697	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_007960	CGGCC	2	10	109450	109459	0 %	0 %	40 %	60 %	92109592
73	NC_007960	CTGGG	2	10	109962	109971	0 %	20 %	60 %	20 %	92109592
74	NC_007960	GCTTG	2	10	111074	111083	0 %	40 %	40 %	20 %	92109592
75	NC_007960	GCAGA	2	10	114341	114350	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_007960	CGCGC	2	10	115051	115060	0 %	0 %	40 %	60 %	92109597
77	NC_007960	TCTGG	2	10	116182	116191	0 %	40 %	40 %	20 %	92109598
78	NC_007960	CGCGC	2	10	117140	117149	0 %	0 %	40 %	60 %	92109600
79	NC_007960	TGCGC	2	10	117326	117335	0 %	20 %	40 %	40 %	92109600
80	NC_007960	CCGGA	2	10	117360	117369	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_007960	CGGCC	2	10	117439	117448	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
82	NC_007960	CGATC	2	10	119044	119053	20 %	20 %	20 %	40 %	92109603
83	NC_007960	GCACG	2	10	119287	119296	20 %	0 %	40 %	40 %	92109603
84	NC_007960	CGATC	2	10	120457	120466	20 %	20 %	20 %	40 %	92109603
85	NC_007960	GACGA	2	10	121220	121229	40 %	0 %	40 %	20 %	92109603
86	NC_007960	CGTCC	2	10	121327	121336	0 %	20 %	20 %	60 %	92109603
87	NC_007960	GCTCG	2	10	122650	122659	0 %	20 %	40 %	40 %	92109603
88	NC_007960	CCGAC	2	10	123796	123805	20 %	0 %	20 %	60 %	92109604
89	NC_007960	CTCGC	2	10	125901	125910	0 %	20 %	20 %	60 %	92109605
90	NC_007960	CGTCG	2	10	127536	127545	0 %	20 %	40 %	40 %	92109608
91	NC_007960	GAACG	2	10	127668	127677	40 %	0 %	40 %	20 %	92109608
92	NC_007960	CAGCC	2	10	127743	127752	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_007960	CGCCT	2	10	128108	128117	0 %	20 %	20 %	60 %	92109609
94	NC_007960	CGGTC	2	10	128398	128407	0 %	20 %	40 %	40 %	92109609
95	NC_007960	GCTGC	2	10	128804	128813	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_007960	CCATT	2	10	129264	129273	20 %	40 %	0 %	40 %	92109610
97	NC_007960	CGCCA	2	10	133847	133856	20 %	0 %	20 %	60 %	92109615
98	NC_007960	TCGCC	2	10	138534	138543	0 %	20 %	20 %	60 %	92109622
99	NC_007960	CGCAG	2	10	139196	139205	20 %	0 %	40 %	40 %	92109622
100	NC_007960	GGCGA	2	10	139943	139952	20 %	0 %	60 %	20 %	92109623
101	NC_007960	CATGA	2	10	142453	142462	40 %	20 %	20 %	20 %	92109625
102	NC_007960	TGCCG	2	10	145313	145322	0 %	20 %	40 %	40 %	92109626
103	NC_007960	CGGGG	2	10	146411	146420	0 %	0 %	80 %	20 %	92109626
104	NC_007960	CGGGC	2	10	148492	148501	0 %	0 %	60 %	40 %	92109628
105	NC_007960	AGCCT	2	10	149012	149021	20 %	20 %	20 %	40 %	92109628
106	NC_007960	TCAGT	2	10	150319	150328	20 %	40 %	20 %	20 %	92109628
107	NC_007960	TGCGC	2	10	150852	150861	0 %	20 %	40 %	40 %	92109629
108	NC_007960	GAAGG	2	10	151992	152001	40 %	0 %	60 %	0 %	92109630
109	NC_007960	TGCGA	2	10	152275	152284	20 %	20 %	40 %	20 %	92109630
110	NC_007960	GCGCG	2	10	152783	152792	0 %	0 %	60 %	40 %	92109631
111	NC_007960	AAGCG	2	10	153991	154000	40 %	0 %	40 %	20 %	92109632
112	NC_007960	CGCGC	2	10	156580	156589	0 %	0 %	40 %	60 %	92109634
113	NC_007960	CGCGC	2	10	156814	156823	0 %	0 %	40 %	60 %	92109634
114	NC_007960	GCGGT	2	10	158122	158131	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
115	NC_007960	GCGCC	2	10	158229	158238	0 %	0 %	40 %	60 %	92109636
116	NC_007960	GTCGG	2	10	158657	158666	0 %	20 %	60 %	20 %	92109636
117	NC_007960	CGCGA	2	10	158668	158677	20 %	0 %	40 %	40 %	92109636
118	NC_007960	GCGCC	2	10	158882	158891	0 %	0 %	40 %	60 %	92109636
119	NC_007960	CGGCG	2	10	159264	159273	0 %	0 %	60 %	40 %	92109637
120	NC_007960	GCCTC	2	10	160164	160173	0 %	20 %	20 %	60 %	92109637
121	NC_007960	GGCGC	2	10	162164	162173	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
122	NC_007960	AAAAG	2	10	165987	165996	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007960	GCCAA	2	10	167556	167565	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_007960	GCGCT	2	10	167881	167890	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_007960	TCGTA	2	10	169713	169722	20 %	40 %	20 %	20 %	92109648
126	NC_007960	GCTGG	2	10	170076	170085	0 %	20 %	60 %	20 %	92109648
127	NC_007960	GCAGG	2	10	173472	173481	20 %	0 %	60 %	20 %	92109652
128	NC_007960	CGATG	2	10	175714	175723	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_007960	ACCTG	2	10	176573	176582	20 %	20 %	20 %	40 %	92109653
130	NC_007960	GCTCG	2	10	176877	176886	0 %	20 %	40 %	40 %	92109654
131	NC_007960	GCGCG	2	10	177253	177262	0 %	0 %	60 %	40 %	92109654
132	NC_007960	GGCTC	2	10	177435	177444	0 %	20 %	40 %	40 %	92109654
133	NC_007960	GGCGG	2	10	177639	177648	0 %	0 %	80 %	20 %	92109654
134	NC_007960	CGAAG	2	10	179641	179650	40 %	0 %	40 %	20 %	92109657
135	NC_007960	TCGGA	2	10	179998	180007	20 %	20 %	40 %	20 %	92109657
136	NC_007960	GCGCG	2	10	180766	180775	0 %	0 %	60 %	40 %	92109657
137	NC_007960	ATCAG	2	10	181707	181716	40 %	20 %	20 %	20 %	92109657
138	NC_007960	TGGTC	2	10	182095	182104	0 %	40 %	40 %	20 %	92109657
139	NC_007960	TCGCG	2	10	183182	183191	0 %	20 %	40 %	40 %	92109658
140	NC_007960	CCGGC	2	10	183728	183737	0 %	0 %	40 %	60 %	92109658
141	NC_007960	GCTTC	2	10	184538	184547	0 %	40 %	20 %	40 %	92109658

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.