MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 1

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007959	ATCGGC	2	12	1457	1468	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_007959	CCAGCT	2	12	2843	2854	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109253
3	NC_007959	GCACCT	2	12	3224	3235	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109253
4	NC_007959	GGCCGC	2	12	6226	6237	0 %	0 %	50 %	50 %	92109256
5	NC_007959	CTGCAT	2	12	8148	8159	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109257
6	NC_007959	GTTCTC	2	12	10521	10532	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_007959	GCAAGG	2	12	11288	11299	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_007959	CTTTCT	2	12	13766	13777	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	92109262
9	NC_007959	CTCGTT	2	12	13941	13952	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	92109262
10	NC_007959	CTCGGG	2	12	24470	24481	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109266
11	NC_007959	CGGTCG	2	12	25144	25155	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109266
12	NC_007959	GTGGCC	2	12	25336	25347	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_007959	TTCTCG	2	12	30753	30764	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_007959	CGAGCC	2	12	31651	31662	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007959	TCGAGA	2	12	33240	33251	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_007959	TCTCGG	2	12	38026	38037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109275
17	NC_007959	GTTGGC	2	12	39071	39082	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	92109276
18	NC_007959	GGTCGA	2	12	39134	39145	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109276
19	NC_007959	CGAGGC	2	12	41256	41267	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109278
20	NC_007959	GCTGAC	2	12	44705	44716	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109280
21	NC_007959	ATCGGC	2	12	47656	47667	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_007959	GAAAAT	2	12	50658	50669	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	92109283
23	NC_007959	TCGGCC	2	12	51301	51312	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_007959	TTCGGT	2	12	55329	55340	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	92109289
25	NC_007959	GCCATC	2	12	55929	55940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109289
26	NC_007959	GGCGAC	2	12	59457	59468	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_007959	CTGGAG	2	12	60499	60510	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_007959	GTGGTC	2	12	60960	60971	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007959	GAAGGC	2	12	64334	64345	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	92109291
30	NC_007959	TCGGCA	2	12	65933	65944	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109292
31	NC_007959	GTGTCG	2	12	67932	67943	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	92109295
32	NC_007959	CTGAAA	2	12	72944	72955	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	92109303
33	NC_007959	AGGCCG	2	12	74247	74258	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_007959	GTCGCC	2	12	78870	78881	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109309
35	NC_007959	CGGTCG	2	12	80971	80982	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109311
36	NC_007959	TACGTG	2	12	82980	82991	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_007959	ATGCCA	2	12	84234	84245	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_007959	CAAGTC	2	12	87396	87407	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109316
39	NC_007959	GCGACC	2	12	88480	88491	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109317
40	NC_007959	CGTCCG	2	12	90772	90783	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109318
41	NC_007959	CGCCTA	2	12	90967	90978	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109318
42	NC_007959	GCGCCC	2	12	91060	91071	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	92109318
43	NC_007959	CACGTA	2	12	91736	91747	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007959	GCGTTT	2	12	95508	95519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_007959	CCAGCC	2	12	97241	97252	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	92109320
46	NC_007959	TGTCGG	2	12	100859	100870	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_007959	TCATTA	2	12	105117	105128	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	92109325
48	NC_007959	AGCCGA	2	12	109121	109132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007959	TCGGCA	2	12	114337	114348	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007959	GGTCGG	2	12	119646	119657	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_007959	AGCATT	2	12	120266	120277	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	92109333
52	NC_007959	CGTCCG	2	12	123794	123805	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109336
53	NC_007959	CGCCTA	2	12	123989	124000	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109336
54	NC_007959	GCGCCC	2	12	124082	124093	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	92109336
55	NC_007959	GACGCT	2	12	126329	126340	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109337
56	NC_007959	GGCAAC	2	12	126611	126622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109337
57	NC_007959	GCGCTC	2	12	127238	127249	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109337
58	NC_007959	CATTTT	2	12	129402	129413	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007959	GCCGAT	2	12	129888	129899	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_007959	AGGCCG	2	12	136429	136440	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109345
61	NC_007959	CCCGCC	2	12	139711	139722	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	92109348
62	NC_007959	CGATAG	2	12	139852	139863	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109348
63	NC_007959	AGGCCG	3	18	140743	140760	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109350
64	NC_007959	GCGAGC	2	12	141475	141486	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109350
65	NC_007959	GCCGTC	2	12	141974	141985	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109351
66	NC_007959	AAGCAG	2	12	142238	142249	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	92109351
67	NC_007959	CACGGC	2	12	142273	142284	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109352
68	NC_007959	GATGGC	2	12	147129	147140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109355
69	NC_007959	TCGTGC	2	12	149902	149913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109357
70	NC_007959	CTGCAT	2	12	151186	151197	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109358
71	NC_007959	GCATTG	2	12	152356	152367	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	92109359
72	NC_007959	CCGGCG	2	12	153160	153171	0 %	0 %	50 %	50 %	92109361
73	NC_007959	GAAGGC	2	12	156976	156987	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	92109364
74	NC_007959	GCCGAA	2	12	158213	158224	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109365
75	NC_007959	TCCTGC	2	12	163029	163040	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	92109369
76	NC_007959	CGCATT	2	12	163672	163683	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109370
77	NC_007959	CCAGCC	2	12	165398	165409	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_007959	TTCGCA	2	12	167687	167698	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109373
79	NC_007959	TTCGAC	2	12	172046	172057	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109378
80	NC_007959	GCTTGA	2	12	173038	173049	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007959	CCGGTA	2	12	173753	173764	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109380
82	NC_007959	CCGGCA	2	12	179429	179440	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109384
83	NC_007959	ATCTCC	2	12	179495	179506	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	92109384
84	NC_007959	GCGCCA	2	12	187267	187278	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109393
85	NC_007959	CGGTCG	2	12	188291	188302	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109394
86	NC_007959	TGCGCG	2	12	189000	189011	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109395
87	NC_007959	CAAGTC	2	12	192299	192310	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109398
88	NC_007959	CGGCGC	2	12	195765	195776	0 %	0 %	50 %	50 %	92109401
89	NC_007959	TCGAGA	2	12	199883	199894	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_007959	TCACGA	2	12	205952	205963	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109408
91	NC_007959	TTCGGT	2	12	211605	211616	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	92109414
92	NC_007959	CCGCCA	2	12	212915	212926	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_007959	AAGGAA	2	12	214594	214605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007959	TCGTAT	2	12	214981	214992	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	92109416
95	NC_007959	CCCGTC	2	12	223418	223429	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	92109423
96	NC_007959	TCGAGA	2	12	225802	225813	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109426
97	NC_007959	CGGCCT	2	12	227195	227206	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109428
98	NC_007959	CGCCTC	2	12	227871	227882	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	92109428
99	NC_007959	GTCTGA	2	12	233683	233694	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	92109435
100	NC_007959	TCGCGC	2	12	240736	240747	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109439
101	NC_007959	GGAAGC	2	12	241179	241190	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	92109440
102	NC_007959	CGTCCG	2	12	243613	243624	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109441
103	NC_007959	CGCCTA	2	12	243808	243819	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109441
104	NC_007959	GCGCCC	2	12	243901	243912	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	92109441
105	NC_007959	CACGTA	2	12	244577	244588	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109442
106	NC_007959	GATGAC	2	12	246597	246608	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_007959	GTAATG	2	12	247432	247443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007959	TTGGTT	2	12	248455	248466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007959	TCGCGG	2	12	249918	249929	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109446
110	NC_007959	CCGGTC	2	12	251299	251310	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_007959	TTCCGA	2	12	255844	255855	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109453
112	NC_007959	TCGCCT	2	12	258040	258051	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_007959	GTAGGC	2	12	258847	258858	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109458
114	NC_007959	CGGACG	2	12	259043	259054	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109458
115	NC_007959	CACCCG	2	12	262374	262385	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_007959	CTCGTG	2	12	265329	265340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109463
117	NC_007959	GCAGGT	2	12	267064	267075	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109464
118	NC_007959	CGAGCG	2	12	267607	267618	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109464
119	NC_007959	GGTCAA	2	12	268711	268722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109464
120	NC_007959	TCACCA	2	12	269402	269413	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_007959	ACCGGC	2	12	269542	269553	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
122	NC_007959	GAGACC	2	12	269647	269658	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_007959	TCCTCG	2	12	269707	269718	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
124	NC_007959	CTCGTG	2	12	272248	272259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109467
125	NC_007959	GCAGGT	2	12	273983	273994	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109468
126	NC_007959	CGAGCG	2	12	274526	274537	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109468
127	NC_007959	GGTCAA	2	12	275630	275641	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109468
128	NC_007959	CCAGCT	2	12	276275	276286	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109470
129	NC_007959	GCACCT	2	12	276656	276667	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109470
130	NC_007959	AGTTCG	2	12	278612	278623	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	92109471
131	NC_007959	TCGCCA	2	12	278639	278650	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109471
132	NC_007959	GGCCAG	2	12	281107	281118	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109473
133	NC_007959	GCTGGC	2	12	282935	282946	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109474
134	NC_007959	TGCCGG	2	12	283168	283179	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109474
135	NC_007959	ACGTCA	2	12	285282	285293	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109479
136	NC_007959	CTCGAC	2	12	288309	288320	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109483
137	NC_007959	CGAGGC	2	12	290190	290201	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109484

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.