MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Nitrosospira multiformis ATCC 25196 plasmid 3

Total Repeats: 282

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007617	CGCTT	2	10	61	70	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_007617	TCA	3	9	88	96	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_007617	CCG	2	6	196	201	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_007617	CTG	2	6	278	283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_007617	ACG	2	6	285	290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_007617	CG	3	6	289	294	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_007617	ATC	2	6	324	329	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_007617	CG	3	6	349	354	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_007617	TGTT	2	8	421	428	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007617	GGA	2	6	436	441	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007617	TTA	2	6	602	607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007617	TAT	2	6	620	625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007617	TAA	2	6	673	678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007617	GTA	2	6	680	685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007617	AT	3	6	687	692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007617	TAA	2	6	703	708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007617	T	7	7	718	724	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007617	T	6	6	727	732	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007617	AC	3	6	812	817	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_007617	T	8	8	832	839	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007617	CTG	2	6	845	850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_007617	GAA	2	6	880	885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007617	CCA	2	6	1005	1010	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703929
24	NC_007617	TG	3	6	1069	1074	0 %	50 %	50 %	0 %	82703929
25	NC_007617	CTG	2	6	1185	1190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703929
26	NC_007617	CAT	2	6	1210	1215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703929
27	NC_007617	GCAG	2	8	1273	1280	25 %	0 %	50 %	25 %	82703929
28	NC_007617	GGC	2	6	1284	1289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703929
29	NC_007617	CA	3	6	1311	1316	50 %	0 %	0 %	50 %	82703929
30	NC_007617	GAT	2	6	1351	1356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703929
31	NC_007617	AGG	2	6	1359	1364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703929
32	NC_007617	GCT	2	6	1393	1398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703929
33	NC_007617	AAGT	2	8	1439	1446	50 %	25 %	25 %	0 %	82703929
34	NC_007617	ATC	2	6	1462	1467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_007617	TGC	2	6	1477	1482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_007617	CAG	3	9	1493	1501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_007617	GGT	2	6	1503	1508	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007617	GTT	2	6	1554	1559	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703930
39	NC_007617	CTT	2	6	1696	1701	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703930
40	NC_007617	GCTTTT	2	12	1843	1854	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	82703930
41	NC_007617	ATA	2	6	1906	1911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703931
42	NC_007617	TCC	2	6	1918	1923	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82703931
43	NC_007617	GCTCTT	2	12	1941	1952	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	82703931
44	NC_007617	CAT	2	6	2027	2032	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703931
45	NC_007617	ACT	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703931
46	NC_007617	TCTT	2	8	2167	2174	0 %	75 %	0 %	25 %	82703931
47	NC_007617	TCT	2	6	2203	2208	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703931
48	NC_007617	TCA	2	6	2209	2214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703931
49	NC_007617	AGC	2	6	2310	2315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007617	AGC	2	6	2328	2333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007617	ATTT	2	8	2345	2352	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007617	GCT	2	6	2356	2361	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007617	TTG	2	6	2386	2391	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703932
54	NC_007617	CT	3	6	2428	2433	0 %	50 %	0 %	50 %	82703932
55	NC_007617	CG	3	6	2436	2441	0 %	0 %	50 %	50 %	82703932
56	NC_007617	GGT	2	6	2463	2468	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703932
57	NC_007617	GGC	2	6	2675	2680	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703932
58	NC_007617	GAT	2	6	2715	2720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703932
59	NC_007617	GGC	2	6	2825	2830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703932
60	NC_007617	TGAA	2	8	2950	2957	50 %	25 %	25 %	0 %	82703932
61	NC_007617	C	6	6	3057	3062	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
62	NC_007617	AAT	2	6	3082	3087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007617	GATA	2	8	3311	3318	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007617	AGC	2	6	3336	3341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_007617	CAT	2	6	3357	3362	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_007617	GAA	2	6	3373	3378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007617	GAG	2	6	3499	3504	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703933
68	NC_007617	GAAAT	2	10	3590	3599	60 %	20 %	20 %	0 %	82703933
69	NC_007617	AGC	2	6	3609	3614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703933
70	NC_007617	ACG	2	6	3624	3629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703933
71	NC_007617	TGC	2	6	3645	3650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703933
72	NC_007617	A	6	6	3766	3771	100 %	0 %	0 %	0 %	82703933
73	NC_007617	TTG	2	6	3845	3850	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703933
74	NC_007617	GAC	2	6	3877	3882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703933
75	NC_007617	T	6	6	3905	3910	0 %	100 %	0 %	0 %	82703933
76	NC_007617	CAAC	2	8	4130	4137	50 %	0 %	0 %	50 %	82703933
77	NC_007617	G	7	7	4147	4153	0 %	0 %	100 %	0 %	82703933
78	NC_007617	AAC	2	6	4197	4202	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703933
79	NC_007617	AAG	2	6	4241	4246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703933
80	NC_007617	TGA	2	6	4293	4298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703933
81	NC_007617	ATCC	2	8	4372	4379	25 %	25 %	0 %	50 %	82703933
82	NC_007617	GCA	2	6	4445	4450	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703933
83	NC_007617	TAC	2	6	4481	4486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703933
84	NC_007617	TCT	2	6	4639	4644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703933
85	NC_007617	CG	4	8	4831	4838	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_007617	T	6	6	4839	4844	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007617	C	6	6	4870	4875	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
88	NC_007617	AGC	2	6	5094	5099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_007617	AGG	2	6	5252	5257	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007617	ATCT	2	8	5350	5357	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_007617	C	6	6	5464	5469	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
92	NC_007617	AC	3	6	5502	5507	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_007617	AGGG	2	8	5525	5532	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007617	GCA	2	6	5606	5611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_007617	CAA	2	6	5616	5621	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007617	TATT	2	8	5648	5655	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007617	GCA	2	6	5657	5662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_007617	T	7	7	5692	5698	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007617	AT	3	6	5729	5734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007617	CCCT	2	8	5766	5773	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_007617	CTG	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007617	T	6	6	5832	5837	0 %	100 %	0 %	0 %	82703934
103	NC_007617	CAG	2	6	5842	5847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703934
104	NC_007617	GC	3	6	5916	5921	0 %	0 %	50 %	50 %	82703934
105	NC_007617	CCA	2	6	5967	5972	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703934
106	NC_007617	ATC	2	6	5984	5989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703934
107	NC_007617	GCG	2	6	5996	6001	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703934
108	NC_007617	GGC	2	6	6061	6066	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703934
109	NC_007617	GCT	2	6	6095	6100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703934
110	NC_007617	CG	3	6	6106	6111	0 %	0 %	50 %	50 %	82703934
111	NC_007617	CAG	3	9	6166	6174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703934
112	NC_007617	TGG	2	6	6185	6190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703934
113	NC_007617	AGCC	2	8	6220	6227	25 %	0 %	25 %	50 %	82703934
114	NC_007617	CCT	2	6	6257	6262	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_007617	TTG	2	6	6265	6270	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007617	GCA	2	6	6300	6305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_007617	GC	3	6	6339	6344	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_007617	GTT	2	6	6348	6353	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007617	CAAA	2	8	6426	6433	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_007617	CG	3	6	6460	6465	0 %	0 %	50 %	50 %	82703935
121	NC_007617	TGC	2	6	6508	6513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703935
122	NC_007617	GC	3	6	6523	6528	0 %	0 %	50 %	50 %	82703935
123	NC_007617	GCA	2	6	6532	6537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
124	NC_007617	GCT	2	6	6616	6621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703935
125	NC_007617	GCA	2	6	6651	6656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
126	NC_007617	ACC	2	6	6662	6667	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703935
127	NC_007617	GGAGAT	2	12	6673	6684	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	82703935
128	NC_007617	TCG	2	6	6738	6743	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703935
129	NC_007617	GGGCG	2	10	6916	6925	0 %	0 %	80 %	20 %	82703935
130	NC_007617	GC	3	6	6973	6978	0 %	0 %	50 %	50 %	82703935
131	NC_007617	AGC	2	6	7035	7040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
132	NC_007617	GC	4	8	7050	7057	0 %	0 %	50 %	50 %	82703935
133	NC_007617	TCT	2	6	7093	7098	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703935
134	NC_007617	GAA	2	6	7105	7110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703935
135	NC_007617	G	6	6	7131	7136	0 %	0 %	100 %	0 %	82703935
136	NC_007617	CAT	2	6	7150	7155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703935
137	NC_007617	GCGG	2	8	7171	7178	0 %	0 %	75 %	25 %	82703935
138	NC_007617	GCA	2	6	7204	7209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
139	NC_007617	TCA	2	6	7236	7241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703935
140	NC_007617	GAG	2	6	7280	7285	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703935
141	NC_007617	ATCA	2	8	7366	7373	50 %	25 %	0 %	25 %	82703935
142	NC_007617	GAA	2	6	7580	7585	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703935
143	NC_007617	CGA	2	6	7621	7626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
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145	NC_007617	GCA	2	6	7729	7734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
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148	NC_007617	CA	3	6	7855	7860	50 %	0 %	0 %	50 %	82703935
149	NC_007617	GCA	2	6	7966	7971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
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179	NC_007617	TCT	2	6	9265	9270	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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242	NC_007617	ATT	2	6	12609	12614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
243	NC_007617	TACGA	2	10	12620	12629	40 %	20 %	20 %	20 %	82703940
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262	NC_007617	CTGA	2	8	13240	13247	25 %	25 %	25 %	25 %	82703938
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271	NC_007617	TAAT	2	8	13672	13679	50 %	50 %	0 %	0 %	82703938
272	NC_007617	TAA	2	6	13723	13728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_007617	CGG	2	6	13735	13740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
274	NC_007617	TCAT	2	8	13777	13784	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
275	NC_007617	TGAAG	2	10	13813	13822	40 %	20 %	40 %	0 %	82703939
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281	NC_007617	GCT	2	6	14109	14114	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
282	NC_007617	GCT	2	6	14130	14135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.