MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Nocardia farcinica IFM 10152 plasmid pNF1

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006362	TGGTG	2	10	5343	5352	0 %	40 %	60 %	0 %	54027654
2	NC_006362	CGGGG	2	10	6292	6301	0 %	0 %	80 %	20 %	54027655
3	NC_006362	GACTG	2	10	10307	10316	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_006362	GCCAC	2	10	11204	11213	20 %	0 %	20 %	60 %	54027660
5	NC_006362	CGCCC	2	10	12924	12933	0 %	0 %	20 %	80 %	54027664
6	NC_006362	GGTTC	2	10	13503	13512	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_006362	GGGTG	2	10	14702	14711	0 %	20 %	80 %	0 %	54027665
8	NC_006362	CCGGA	2	10	16628	16637	20 %	0 %	40 %	40 %	54027667
9	NC_006362	ACCCG	2	10	17169	17178	20 %	0 %	20 %	60 %	54027667
10	NC_006362	CCGGC	2	10	18731	18740	0 %	0 %	40 %	60 %	54027669
11	NC_006362	CGGAT	2	10	19171	19180	20 %	20 %	40 %	20 %	54027669
12	NC_006362	CGGCG	2	10	19928	19937	0 %	0 %	60 %	40 %	54027669
13	NC_006362	GGCAC	2	10	20838	20847	20 %	0 %	40 %	40 %	54027670
14	NC_006362	CCGGA	2	10	23310	23319	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_006362	CGGCT	2	10	25820	25829	0 %	20 %	40 %	40 %	54027673
16	NC_006362	CCAGG	2	10	28989	28998	20 %	0 %	40 %	40 %	54027676
17	NC_006362	CTCGA	2	10	31125	31134	20 %	20 %	20 %	40 %	54027676
18	NC_006362	GGCAG	2	10	31523	31532	20 %	0 %	60 %	20 %	54027677
19	NC_006362	ATCGA	2	10	32343	32352	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_006362	TGTCG	2	10	32903	32912	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_006362	GGGAG	2	10	33027	33036	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_006362	GAACT	2	10	34145	34154	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_006362	TGTCG	3	15	34801	34815	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_006362	ACGGA	2	10	35006	35015	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_006362	GAACC	2	10	35905	35914	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_006362	CGCGC	2	10	42020	42029	0 %	0 %	40 %	60 %	54027682
27	NC_006362	GCGCG	2	10	43571	43580	0 %	0 %	60 %	40 %	54027683
28	NC_006362	CGCGG	2	10	43978	43987	0 %	0 %	60 %	40 %	54027684
29	NC_006362	ACACC	2	10	44772	44781	40 %	0 %	0 %	60 %	54027685
30	NC_006362	TGGCG	2	10	45153	45162	0 %	20 %	60 %	20 %	54027685
31	NC_006362	CGGGA	2	10	45636	45645	20 %	0 %	60 %	20 %	54027686
32	NC_006362	GCCCC	2	10	46001	46010	0 %	0 %	20 %	80 %	54027686
33	NC_006362	CGGGC	2	10	46833	46842	0 %	0 %	60 %	40 %	54027687
34	NC_006362	TCGCG	2	10	49344	49353	0 %	20 %	40 %	40 %	54027690
35	NC_006362	GCCGC	2	10	49397	49406	0 %	0 %	40 %	60 %	54027690
36	NC_006362	GCCCG	2	10	49733	49742	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_006362	GTGGC	2	10	50474	50483	0 %	20 %	60 %	20 %	54027692
38	NC_006362	GTGGC	2	10	51107	51116	0 %	20 %	60 %	20 %	54027692
39	NC_006362	TCGCC	2	10	52965	52974	0 %	20 %	20 %	60 %	54027695
40	NC_006362	CGGGC	2	10	53062	53071	0 %	0 %	60 %	40 %	54027695
41	NC_006362	GGGTG	2	10	54589	54598	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006362	CCGCA	2	10	55034	55043	20 %	0 %	20 %	60 %	54027697
43	NC_006362	CATCG	2	10	56728	56737	20 %	20 %	20 %	40 %	54027699
44	NC_006362	CCGAC	2	10	57767	57776	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_006362	CCTGC	2	10	57980	57989	0 %	20 %	20 %	60 %	54027701
46	NC_006362	CGCAC	2	10	60728	60737	20 %	0 %	20 %	60 %	54027703
47	NC_006362	TCGCT	2	10	60892	60901	0 %	40 %	20 %	40 %	54027703
48	NC_006362	GCCGA	2	10	61597	61606	20 %	0 %	40 %	40 %	54027703
49	NC_006362	GACCA	2	10	62635	62644	40 %	0 %	20 %	40 %	54027704
50	NC_006362	CCCGA	2	10	62815	62824	20 %	0 %	20 %	60 %	54027704
51	NC_006362	TTCCC	2	10	63922	63931	0 %	40 %	0 %	60 %	54027705
52	NC_006362	GAACC	2	10	64147	64156	40 %	0 %	20 %	40 %	54027705
53	NC_006362	CCACA	2	10	64639	64648	40 %	0 %	0 %	60 %	54027706
54	NC_006362	GTGCG	2	10	65485	65494	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_006362	CCGAC	2	10	66533	66542	20 %	0 %	20 %	60 %	54027707
56	NC_006362	GGGCT	2	10	66784	66793	0 %	20 %	60 %	20 %	54027707
57	NC_006362	GCAGC	2	10	68119	68128	20 %	0 %	40 %	40 %	54027708
58	NC_006362	ACCCA	2	10	71053	71062	40 %	0 %	0 %	60 %	54027711
59	NC_006362	ACATC	2	10	72070	72079	40 %	20 %	0 %	40 %	54027712
60	NC_006362	GCCGC	2	10	72332	72341	0 %	0 %	40 %	60 %	54027712
61	NC_006362	TCCCG	2	10	72535	72544	0 %	20 %	20 %	60 %	54027712
62	NC_006362	TCGCG	2	10	72619	72628	0 %	20 %	40 %	40 %	54027712
63	NC_006362	CGGTC	2	10	74239	74248	0 %	20 %	40 %	40 %	54027713
64	NC_006362	GGGCC	2	10	74943	74952	0 %	0 %	60 %	40 %	54027714
65	NC_006362	ACCCA	2	10	75837	75846	40 %	0 %	0 %	60 %	54027715
66	NC_006362	CACCG	2	10	75965	75974	20 %	0 %	20 %	60 %	54027715
67	NC_006362	CGAAC	2	10	76531	76540	40 %	0 %	20 %	40 %	54027715
68	NC_006362	CCGCG	2	10	76591	76600	0 %	0 %	40 %	60 %	54027715
69	NC_006362	GTCGG	2	10	78309	78318	0 %	20 %	60 %	20 %	54027717
70	NC_006362	CGTCG	2	10	78438	78447	0 %	20 %	40 %	40 %	54027717
71	NC_006362	AGGGC	2	10	78886	78895	20 %	0 %	60 %	20 %	54027717
72	NC_006362	CCGGC	2	10	81537	81546	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_006362	GTCCT	2	10	81623	81632	0 %	40 %	20 %	40 %	54027719
74	NC_006362	CGGGC	2	10	82357	82366	0 %	0 %	60 %	40 %	54027719
75	NC_006362	CAGGA	2	10	84106	84115	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_006362	CAACA	2	10	84985	84994	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_006362	CGGCG	2	10	88527	88536	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
78	NC_006362	GGTCG	2	10	90460	90469	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
79	NC_006362	AGGAG	2	10	90865	90874	40 %	0 %	60 %	0 %	54027726
80	NC_006362	CCTCG	2	10	91405	91414	0 %	20 %	20 %	60 %	54027727
81	NC_006362	GGTGG	2	10	92358	92367	0 %	20 %	80 %	0 %	54027728
82	NC_006362	GGGCT	2	10	92517	92526	0 %	20 %	60 %	20 %	54027728
83	NC_006362	TCGGT	2	10	93829	93838	0 %	40 %	40 %	20 %	54027729
84	NC_006362	CGCGC	2	10	96311	96320	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
85	NC_006362	GGCCG	2	10	96977	96986	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_006362	CCAGG	2	10	97363	97372	20 %	0 %	40 %	40 %	54027733
87	NC_006362	GCGGT	2	10	99807	99816	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_006362	ACGGA	2	10	100388	100397	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_006362	CGCTG	2	10	103795	103804	0 %	20 %	40 %	40 %	54027736
90	NC_006362	GCGGA	2	10	104157	104166	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_006362	TCGCC	2	10	105996	106005	0 %	20 %	20 %	60 %	54027737
92	NC_006362	CGCGG	2	10	106354	106363	0 %	0 %	60 %	40 %	54027737
93	NC_006362	AGTCC	2	10	106781	106790	20 %	20 %	20 %	40 %	54027738
94	NC_006362	CGCGG	2	10	108090	108099	0 %	0 %	60 %	40 %	54027738
95	NC_006362	TCGCC	2	10	108102	108111	0 %	20 %	20 %	60 %	54027738
96	NC_006362	GGTCG	2	10	108454	108463	0 %	20 %	60 %	20 %	54027738
97	NC_006362	CAGCG	2	10	108936	108945	20 %	0 %	40 %	40 %	54027739
98	NC_006362	CACCG	2	10	110479	110488	20 %	0 %	20 %	60 %	54027740
99	NC_006362	AGCCG	2	10	111656	111665	20 %	0 %	40 %	40 %	54027741
100	NC_006362	GCGGT	2	10	112126	112135	0 %	20 %	60 %	20 %	54027742
101	NC_006362	CCGGA	2	10	112513	112522	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_006362	GCAGC	2	10	113357	113366	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_006362	GTTGG	2	10	113478	113487	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_006362	ACCGG	2	10	114400	114409	20 %	0 %	40 %	40 %	54027743
105	NC_006362	CGACC	2	10	115932	115941	20 %	0 %	20 %	60 %	54027745
106	NC_006362	ACCTG	2	10	116294	116303	20 %	20 %	20 %	40 %	54027745
107	NC_006362	GAGCT	2	10	119475	119484	20 %	20 %	40 %	20 %	54027748
108	NC_006362	CGCAG	2	10	120506	120515	20 %	0 %	40 %	40 %	54027748
109	NC_006362	CACCC	2	10	120524	120533	20 %	0 %	0 %	80 %	54027748
110	NC_006362	CCCTC	2	10	120788	120797	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
111	NC_006362	CATTG	2	10	123155	123164	20 %	40 %	20 %	20 %	54027750
112	NC_006362	CAGCA	2	10	124119	124128	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_006362	TCAGG	2	10	127829	127838	20 %	20 %	40 %	20 %	54027755
114	NC_006362	CGCTG	2	10	128544	128553	0 %	20 %	40 %	40 %	54027756
115	NC_006362	GTCGG	2	10	129444	129453	0 %	20 %	60 %	20 %	54027756
116	NC_006362	CCGAT	2	10	130065	130074	20 %	20 %	20 %	40 %	54027756
117	NC_006362	GCGGG	2	10	130146	130155	0 %	0 %	80 %	20 %	54027756
118	NC_006362	CCGAA	2	10	132195	132204	40 %	0 %	20 %	40 %	54027756
119	NC_006362	CGACC	2	10	133249	133258	20 %	0 %	20 %	60 %	54027756
120	NC_006362	GCCGC	2	10	133290	133299	0 %	0 %	40 %	60 %	54027756
121	NC_006362	GCCGC	2	10	134511	134520	0 %	0 %	40 %	60 %	54027756
122	NC_006362	TCGAG	2	10	136317	136326	20 %	20 %	40 %	20 %	54027758
123	NC_006362	CGGCG	2	10	137518	137527	0 %	0 %	60 %	40 %	54027759
124	NC_006362	TCCAC	2	10	138022	138031	20 %	20 %	0 %	60 %	54027759
125	NC_006362	GCGCG	2	10	139066	139075	0 %	0 %	60 %	40 %	54027761
126	NC_006362	TGCGG	2	10	139249	139258	0 %	20 %	60 %	20 %	54027761
127	NC_006362	GCGCG	2	10	140957	140966	0 %	0 %	60 %	40 %	54027761
128	NC_006362	CCGCT	2	10	141266	141275	0 %	20 %	20 %	60 %	54027762
129	NC_006362	GCGCC	2	10	141559	141568	0 %	0 %	40 %	60 %	54027763
130	NC_006362	GCGCG	2	10	141696	141705	0 %	0 %	60 %	40 %	54027763
131	NC_006362	GTGGC	2	10	143512	143521	0 %	20 %	60 %	20 %	54027765
132	NC_006362	TGCGC	2	10	144623	144632	0 %	20 %	40 %	40 %	54027766
133	NC_006362	GTTCG	2	10	145249	145258	0 %	40 %	40 %	20 %	54027767
134	NC_006362	GATCG	2	10	148754	148763	20 %	20 %	40 %	20 %	54027774
135	NC_006362	GCGCC	2	10	150096	150105	0 %	0 %	40 %	60 %	54027775
136	NC_006362	CCGGG	2	10	150661	150670	0 %	0 %	60 %	40 %	54027776
137	NC_006362	GGGGC	2	10	150863	150872	0 %	0 %	80 %	20 %	54027776
138	NC_006362	TGCAA	2	10	151820	151829	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_006362	CGAAC	2	10	153515	153524	40 %	0 %	20 %	40 %	54027781
140	NC_006362	AGGGG	2	10	154637	154646	20 %	0 %	80 %	0 %	54027782
141	NC_006362	CATCG	2	10	156390	156399	20 %	20 %	20 %	40 %	54027783
142	NC_006362	ATCCA	2	10	159888	159897	40 %	20 %	0 %	40 %	54027787
143	NC_006362	CGCGC	2	10	162401	162410	0 %	0 %	40 %	60 %	54027789
144	NC_006362	CCACG	2	10	164299	164308	20 %	0 %	20 %	60 %	54027790
145	NC_006362	CCTGC	2	10	164555	164564	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_006362	CCCGG	2	10	165066	165075	0 %	0 %	40 %	60 %	54027791
147	NC_006362	TCGAC	2	10	165910	165919	20 %	20 %	20 %	40 %	54027791
148	NC_006362	GATCA	2	10	167090	167099	40 %	20 %	20 %	20 %	54027793
149	NC_006362	TGCGG	2	10	167517	167526	0 %	20 %	60 %	20 %	54027793
150	NC_006362	GCTGC	2	10	167613	167622	0 %	20 %	40 %	40 %	54027793
151	NC_006362	CAGCG	2	10	169676	169685	20 %	0 %	40 %	40 %	54027797
152	NC_006362	GATCA	2	10	170365	170374	40 %	20 %	20 %	20 %	54027798
153	NC_006362	CGGGC	2	10	172652	172661	0 %	0 %	60 %	40 %	54027800
154	NC_006362	GGCTC	2	10	173281	173290	0 %	20 %	40 %	40 %	54027800
155	NC_006362	GGCCG	2	10	173534	173543	0 %	0 %	60 %	40 %	54027800
156	NC_006362	GACGC	2	10	174080	174089	20 %	0 %	40 %	40 %	54027801
157	NC_006362	CACTC	2	10	174635	174644	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
158	NC_006362	GCGCT	2	10	174976	174985	0 %	20 %	40 %	40 %	54027802
159	NC_006362	GAGGG	2	10	175969	175978	20 %	0 %	80 %	0 %	54027804
160	NC_006362	ACGCG	2	10	176387	176396	20 %	0 %	40 %	40 %	54027804
161	NC_006362	CCACG	2	10	179548	179557	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
162	NC_006362	ACGCC	2	10	179804	179813	20 %	0 %	20 %	60 %	54027807
163	NC_006362	AACCC	2	10	179872	179881	40 %	0 %	0 %	60 %	54027807

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.