MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mannheimia haemolytica USMARC_2286

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021883	CAAAAA	2	12	3436	3447	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021883	CGAAAA	2	12	9206	9217	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021883	ATAATT	2	12	55663	55674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021883	ATTTAA	2	12	88983	88994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021883	TGATTT	2	12	127644	127655	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021883	TTAAAC	2	12	189594	189605	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021883	TTTTAT	2	12	224576	224587	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021883	GCTTTT	2	12	230872	230883	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021883	TAAGGC	2	12	253577	253588	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021883	AAAAAT	2	12	259214	259225	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021883	TTAAAA	2	12	273681	273692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021883	TGAAAG	2	12	317866	317877	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021883	TAAAAA	2	12	321150	321161	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021883	CTATTG	2	12	350266	350277	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021883	AATATT	2	12	367292	367303	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021883	TATTTA	2	12	376818	376829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021883	AATTTG	2	12	397494	397505	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021883	ATACAA	2	12	399696	399707	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021883	CAAATA	2	12	436429	436440	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021883	AATTGA	2	12	484344	484355	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021883	TAATGA	2	12	484444	484455	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021883	TTAATT	2	12	494327	494338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021883	CGAAGG	2	12	495115	495126	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021883	TGAAAT	2	12	498430	498441	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021883	AAGCAA	2	12	499649	499660	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021883	GGTAAA	2	12	499739	499750	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021883	TGAGAA	2	12	535935	535946	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021883	CACCAA	2	12	549272	549283	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_021883	AAATGA	2	12	637278	637289	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021883	TAGAAA	2	12	681310	681321	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021883	TTTTTA	2	12	742624	742635	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021883	TCAAAG	2	12	759473	759484	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021883	TCCCTC	2	12	840712	840723	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_021883	GGATAA	2	12	874155	874166	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021883	AAACAT	2	12	874196	874207	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021883	GGCAAA	2	12	902914	902925	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021883	ATTGAA	2	12	911833	911844	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021883	ACTGAA	2	12	965629	965640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021883	GATATA	2	12	968521	968532	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021883	TTATCG	2	12	995385	995396	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021883	CGGCAG	2	12	995671	995682	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021883	AAAATT	2	12	998302	998313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021883	TTTGTG	2	12	1036129	1036140	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021883	TTACGC	2	12	1048608	1048619	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021883	TTAAAG	2	12	1066791	1066802	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021883	CTAAAG	2	12	1069086	1069097	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021883	ATCACA	2	12	1075206	1075217	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021883	TGTGCT	2	12	1077075	1077086	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021883	ATATTA	2	12	1077621	1077632	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021883	ATCTTG	2	12	1080468	1080479	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_021883	CGGTAA	2	12	1081474	1081485	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021883	AACAAA	2	12	1104566	1104577	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021883	GTATAT	2	12	1146670	1146681	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021883	TTGTAA	2	12	1161104	1161115	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021883	CCCCTT	2	12	1168251	1168262	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_021883	TAAAAA	2	12	1185394	1185405	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021883	AAAAAT	2	12	1187991	1188002	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021883	ATTTTT	2	12	1188034	1188045	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021883	TTAATA	2	12	1210642	1210653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021883	ACTTTT	2	12	1314971	1314982	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021883	ATTTTT	2	12	1348235	1348246	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021883	AGATTA	2	12	1356935	1356946	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021883	ATTTTT	2	12	1382341	1382352	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021883	GTTTTA	2	12	1437626	1437637	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021883	AAATAA	2	12	1449331	1449342	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021883	ATCACA	2	12	1471434	1471445	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021883	ATAATT	2	12	1500088	1500099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021883	CAAACG	2	12	1618039	1618050	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021883	AAAAGT	2	12	1704674	1704685	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021883	GTTTTT	2	12	1751641	1751652	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021883	AAAAAT	2	12	1786370	1786381	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021883	TCTGTT	2	12	1792524	1792535	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021883	AAAATA	2	12	1813871	1813882	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021883	AAAACA	2	12	1813942	1813953	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_021883	ATGGAA	2	12	1820396	1820407	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021883	AGCACA	2	12	1836340	1836351	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_021883	AAATTT	2	12	1872636	1872647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021883	TTTTGC	2	12	1943075	1943086	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_021883	ATTTCA	2	12	1944296	1944307	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021883	GCCTTC	2	12	1947726	1947737	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_021883	AATTAA	2	12	1948515	1948526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021883	TCTATT	2	12	1993632	1993643	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021883	TTTTAT	2	12	1997548	1997559	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021883	ATATTC	2	12	2013281	2013292	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021883	TTTTCG	2	12	2025219	2025230	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021883	AGCCAT	2	12	2047128	2047139	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_021883	TTTTAT	2	12	2069865	2069876	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021883	GATAAA	2	12	2145827	2145838	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021883	AGTTTA	2	12	2192768	2192779	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021883	AATGAA	2	12	2209346	2209357	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021883	AGTGAC	2	12	2222630	2222641	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021883	CTGTAT	2	12	2266776	2266787	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_021883	TAAACT	2	12	2282385	2282396	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021883	CTTGAA	2	12	2313201	2313212	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021883	TGCTTT	2	12	2353612	2353623	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_021883	AAGAGC	2	12	2353680	2353691	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021883	TATAGG	2	12	2358377	2358388	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021883	TATAAA	2	12	2384421	2384432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021883	ATTTTA	2	12	2388161	2388172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021883	GTTTTT	2	12	2399780	2399791	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021883	TTTTGC	2	12	2417856	2417867	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021883	ATTTCA	2	12	2419077	2419088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021883	GCCTTC	2	12	2422391	2422402	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_021883	AATTAA	2	12	2423180	2423191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021883	TAAATT	2	12	2452128	2452139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021883	TTTTGC	2	12	2453618	2453629	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021883	ATTTCA	2	12	2454839	2454850	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_021883	GCCTTC	2	12	2458269	2458280	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021883	AATTAA	2	12	2459058	2459069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021883	ACTTTA	2	12	2516077	2516088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021883	CTATAA	2	12	2527133	2527144	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021883	ATTTCA	2	12	2562002	2562013	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_021883	GCCTTC	2	12	2565316	2565327	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
114	NC_021883	AATTAA	2	12	2566105	2566116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021883	AAAAAC	2	12	2566315	2566326	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021883	CTCTTT	2	12	2602971	2602982	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_021883	ATTTCA	2	12	2621026	2621037	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_021883	GCCTTC	2	12	2624456	2624467	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_021883	AATTAA	2	12	2625245	2625256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021883	TTTAAA	2	12	2628514	2628525	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021883	CTATTC	2	12	2633156	2633167	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.