MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis MAP4

Total Repeats: 217

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021200	ACTGCC	2	12	9879	9890	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_021200	GAATCT	2	12	72274	72285	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021200	CGTCGG	2	12	102045	102056	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_021200	CGGCGT	2	12	127485	127496	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021200	AAGGCC	2	12	156347	156358	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021200	GCCGGA	2	12	156426	156437	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021200	TCGACG	2	12	160161	160172	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021200	CCGCGC	2	12	242708	242719	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_021200	GGCGCC	2	12	281693	281704	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_021200	TGCACG	2	12	379894	379905	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021200	GGGTCG	2	12	380200	380211	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021200	CGTGCA	2	12	380450	380461	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021200	CGGCGA	2	12	402612	402623	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_021200	GCACCG	2	12	443572	443583	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021200	CAGGAA	2	12	475013	475024	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_021200	GGAAGT	2	12	500750	500761	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021200	CCGGTC	2	12	502941	502952	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_021200	CCGGCT	2	12	528620	528631	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_021200	CTGACA	2	12	561874	561885	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021200	CCGGAA	2	12	563274	563285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021200	CCGCGC	2	12	573860	573871	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_021200	CGCATC	2	12	573917	573928	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
23	NC_021200	TTCGAA	2	12	612163	612174	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021200	TCGCGG	2	12	642265	642276	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_021200	GGTGTA	2	12	680057	680068	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021200	CGGCAT	2	12	680527	680538	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_021200	TCGATA	2	12	692173	692184	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021200	CGAGGA	2	12	696085	696096	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021200	GTTCGG	2	12	696619	696630	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021200	GCCAGC	2	12	713196	713207	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_021200	AACCCG	2	12	730354	730365	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_021200	TGGTCG	2	12	746626	746637	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021200	GGCCCG	2	12	747035	747046	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_021200	GCACCT	2	12	747368	747379	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_021200	CGAGGT	2	12	748007	748018	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021200	AAGCTG	2	12	748364	748375	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021200	CCACGG	2	12	829825	829836	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021200	GGCCGT	2	12	855351	855362	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021200	CGAAAT	2	12	866939	866950	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021200	ACGCGG	2	12	911219	911230	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021200	GGGCCT	2	12	932649	932660	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021200	GTCGCC	2	12	985465	985476	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_021200	TCGCCG	2	12	991530	991541	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_021200	GCGCGA	2	12	1025667	1025678	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021200	ACGTGC	2	12	1043715	1043726	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_021200	CGGCCG	2	12	1050066	1050077	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_021200	ATGTCG	2	12	1062352	1062363	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021200	AGGGCA	2	12	1085578	1085589	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021200	GACTGC	2	12	1114939	1114950	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_021200	GGGGGT	2	12	1118958	1118969	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021200	CGGGCC	2	12	1132588	1132599	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_021200	CGCCCG	2	12	1173673	1173684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_021200	CGCCGG	2	12	1192424	1192435	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_021200	ACCCGG	2	12	1197230	1197241	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_021200	GGCCGG	2	12	1198599	1198610	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021200	CCGGCA	2	12	1284143	1284154	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_021200	GCGGTC	2	12	1310974	1310985	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_021200	CGGCAC	2	12	1311048	1311059	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_021200	GCCGGC	2	12	1386264	1386275	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021200	GCGATG	2	12	1388254	1388265	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021200	GTCAAC	2	12	1389181	1389192	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021200	GCCCAC	2	12	1389394	1389405	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_021200	CGGCAG	2	12	1389739	1389750	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021200	CGCCGG	2	12	1391856	1391867	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_021200	GTGACG	2	12	1420238	1420249	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021200	GCGCCG	2	12	1420271	1420282	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_021200	CTCGCG	2	12	1469465	1469476	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_021200	GCCACC	2	12	1469548	1469559	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_021200	CCGGCG	2	12	1488695	1488706	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021200	GGGCAC	2	12	1564782	1564793	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021200	CCGCGC	2	12	1710741	1710752	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_021200	GGGTTC	2	12	1734900	1734911	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021200	GTCACC	2	12	1734981	1734992	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021200	GTGGCG	2	12	1736131	1736142	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_021200	GCTGCC	2	12	1760278	1760289	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
76	NC_021200	ACCTGT	2	12	1779973	1779984	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_021200	TCGCCA	2	12	1780846	1780857	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_021200	CGTCAA	2	12	1780946	1780957	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_021200	CATCCA	2	12	1809723	1809734	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021200	CCAGGC	2	12	1822351	1822362	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_021200	GTCGAC	2	12	1845071	1845082	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_021200	CGGCAG	2	12	1845113	1845124	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021200	ATGGGC	2	12	1864766	1864777	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021200	CCTCAC	2	12	1864825	1864836	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_021200	CTGGCG	2	12	1864958	1864969	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_021200	CGCCGT	2	12	1865119	1865130	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_021200	TCTACG	2	12	1865166	1865177	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021200	TCGGTC	2	12	1875329	1875340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_021200	GGGCTG	2	12	1923736	1923747	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021200	TCGCAG	2	12	1989335	1989346	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021200	GTGGGC	2	12	2008297	2008308	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021200	GCGTCG	2	12	2041973	2041984	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021200	CGAGCG	2	12	2070433	2070444	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_021200	CACGCC	2	12	2117842	2117853	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_021200	TAACTC	2	12	2117993	2118004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_021200	GGTTGA	2	12	2118008	2118019	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021200	CGGGCC	2	12	2124852	2124863	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_021200	GAACGC	2	12	2136695	2136706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021200	CACCGG	2	12	2144618	2144629	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_021200	CCTGGC	2	12	2200701	2200712	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_021200	CGCCGA	2	12	2201538	2201549	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_021200	ACCAGA	2	12	2257225	2257236	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_021200	GCCATC	2	12	2314781	2314792	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_021200	CGGTGT	2	12	2318705	2318716	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_021200	CCCGCC	2	12	2347481	2347492	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
106	NC_021200	CGGCCC	2	12	2360126	2360137	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_021200	GGCCCG	2	12	2377476	2377487	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021200	ACGGCG	2	12	2377769	2377780	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021200	CGCGGT	2	12	2388877	2388888	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_021200	CCGGCG	2	12	2416515	2416526	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_021200	CGCCGG	2	12	2438051	2438062	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_021200	CGCCGG	2	12	2474038	2474049	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
113	NC_021200	TCGGGT	2	12	2525713	2525724	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021200	GCCGCG	2	12	2556126	2556137	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_021200	CGCCGG	2	12	2575121	2575132	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_021200	GCCTTG	2	12	2575860	2575871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_021200	GCCGGT	2	12	2575944	2575955	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_021200	TCGGGG	2	12	2581747	2581758	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_021200	CTACCT	2	12	2582551	2582562	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_021200	CCAGGC	2	12	2592640	2592651	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_021200	CGGCGC	2	12	2677866	2677877	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_021200	CACCAG	2	12	2685962	2685973	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_021200	GGCGAC	2	12	2721260	2721271	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021200	GTGGGA	2	12	2754929	2754940	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021200	CGCCGA	2	12	2763772	2763783	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
126	NC_021200	CTGGCC	2	12	2765188	2765199	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
127	NC_021200	CAGCCC	2	12	2808945	2808956	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_021200	TCGGCT	2	12	2875386	2875397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_021200	CAACGC	2	12	2979313	2979324	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
130	NC_021200	GCCGGC	2	12	2983004	2983015	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021200	CGGTAG	2	12	2997675	2997686	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_021200	CCGCAC	2	12	3002154	3002165	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_021200	CGGTGG	2	12	3067742	3067753	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_021200	AGACCG	2	12	3093749	3093760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_021200	AGGACC	2	12	3142708	3142719	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_021200	TGGGCC	2	12	3143043	3143054	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_021200	GCGCCC	2	12	3226438	3226449	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_021200	CCGGCG	2	12	3296251	3296262	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_021200	GGTGCG	2	12	3296594	3296605	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_021200	GGTGAA	2	12	3382397	3382408	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021200	AACCCG	2	12	3383590	3383601	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
142	NC_021200	TGGCGG	2	12	3422330	3422341	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_021200	CGGGCA	2	12	3422662	3422673	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_021200	CGGTGG	2	12	3423531	3423542	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_021200	CGGCGA	2	12	3428863	3428874	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_021200	GGACGG	2	12	3441191	3441202	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_021200	TTACCG	2	12	3455322	3455333	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_021200	CCGCGC	2	12	3483298	3483309	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_021200	TCTCGT	2	12	3495181	3495192	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_021200	GGTCGC	2	12	3524417	3524428	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_021200	CGCGGT	2	12	3573490	3573501	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_021200	GATCGC	2	12	3587459	3587470	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_021200	GCGCCG	2	12	3625989	3626000	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_021200	GCACCC	2	12	3626016	3626027	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_021200	CGTGCA	2	12	3626527	3626538	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_021200	GGTCAG	2	12	3629695	3629706	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_021200	GCGGCC	2	12	3630185	3630196	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
158	NC_021200	CGGCGA	2	12	3697651	3697662	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_021200	CCAGGT	2	12	3699015	3699026	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_021200	CGCCGG	2	12	3699195	3699206	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
161	NC_021200	GGCGGT	2	12	3752888	3752899	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
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164	NC_021200	TCCGCC	2	12	3818121	3818132	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
165	NC_021200	CCCGGC	2	12	3828026	3828037	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
166	NC_021200	TGGCGG	2	12	3843785	3843796	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
167	NC_021200	GCATCG	2	12	3852488	3852499	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_021200	GGTCGC	2	12	3903074	3903085	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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170	NC_021200	TGGCGG	2	12	3912107	3912118	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
171	NC_021200	CACGGT	2	12	3933931	3933942	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_021200	CAACGG	2	12	3982908	3982919	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_021200	GTTACC	2	12	4017156	4017167	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_021200	CCCATT	2	12	4017696	4017707	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
175	NC_021200	CGCCGG	2	12	4039163	4039174	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
176	NC_021200	AACGAC	2	12	4053601	4053612	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_021200	GGCGCT	2	12	4056052	4056063	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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181	NC_021200	CTGCTC	2	12	4076692	4076703	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
182	NC_021200	CCGGGG	2	12	4076838	4076849	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_021200	CGCTGC	2	12	4077543	4077554	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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208	NC_021200	CAGGAG	2	12	4597877	4597888	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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210	NC_021200	GCGCCG	2	12	4622713	4622724	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
211	NC_021200	ACCGGC	2	12	4691731	4691742	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
212	NC_021200	GAGAAG	2	12	4700007	4700018	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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214	NC_021200	GTTCCG	2	12	4744026	4744037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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216	NC_021200	CCAGGC	2	12	4797775	4797786	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
217	NC_021200	GCCCAC	2	12	4811205	4811216	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.