MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mannheimia haemolytica USDA-ARS-SAM-185

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020834	CAAAAA	2	12	18119	18130	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_020834	CGAAAA	2	12	23135	23146	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_020834	TCGGCT	2	12	58765	58776	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020834	ATAATT	2	12	69651	69662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020834	ATTTAA	2	12	102974	102985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020834	TGATTT	2	12	141635	141646	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020834	TTAAAC	2	12	203711	203722	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_020834	AATATC	2	12	231948	231959	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020834	TTTTAT	2	12	238693	238704	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020834	TATTTA	2	12	242707	242718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020834	GCTTTT	2	12	244989	245000	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020834	TAAGGC	2	12	267694	267705	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_020834	AAAAAT	2	12	273331	273342	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020834	TTAAAA	2	12	285967	285978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020834	CACTAT	2	12	300503	300514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_020834	TGAAAG	2	12	330428	330439	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020834	TAAAAA	2	12	333712	333723	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020834	CTATTG	2	12	362864	362875	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_020834	AATATT	2	12	381149	381160	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020834	TATTTA	2	12	390675	390686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020834	AATTTG	2	12	411351	411362	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020834	ATACAA	2	12	413553	413564	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_020834	CAAATA	2	12	450408	450419	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_020834	CCCTCT	2	12	471934	471945	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_020834	AATTGA	2	12	498560	498571	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020834	TAATGA	2	12	498660	498671	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020834	TTAATT	2	12	508542	508553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020834	CGAAGG	2	12	509330	509341	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020834	TGAAAT	2	12	512645	512656	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020834	AAGCAA	2	12	513864	513875	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020834	GGTAAA	2	12	513954	513965	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020834	TGAGAA	2	12	550135	550146	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020834	CACCAA	2	12	563472	563483	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020834	AAATGA	2	12	615047	615058	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020834	TTTATT	2	12	654882	654893	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020834	TAGAAA	2	12	659081	659092	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020834	AGCGGA	2	12	684443	684454	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020834	ACAGTT	2	12	684684	684695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020834	TTTTTA	2	12	720317	720328	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020834	TCAAAG	2	12	737166	737177	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020834	TCCCTC	2	12	818404	818415	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_020834	GGATAA	2	12	851847	851858	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020834	AAACAT	2	12	851888	851899	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_020834	GGCAAA	2	12	880606	880617	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_020834	ACTGAA	2	12	941740	941751	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_020834	GATATA	2	12	944632	944643	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020834	AAAATT	2	12	974411	974422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020834	TTTGTG	2	12	1012238	1012249	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020834	GCGTTT	2	12	1068277	1068288	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_020834	TGTGAT	2	12	1219478	1219489	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020834	TAATCT	2	12	1274654	1274665	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_020834	GATATA	2	12	1274762	1274773	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020834	TAAAAA	2	12	1293947	1293958	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020834	AAAAGT	2	12	1315407	1315418	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020834	TTTTAT	2	12	1344471	1344482	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020834	TATTAA	2	12	1420298	1420309	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020834	AAAAAT	2	12	1442906	1442917	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020834	TATTTT	2	12	1442948	1442959	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020834	CATATA	2	12	1465584	1465595	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020834	AAGCCT	2	12	1526279	1526290	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020834	CTTTAA	2	12	1527971	1527982	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_020834	AAAAGT	2	12	1587378	1587389	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020834	AAAAAT	2	12	1646662	1646673	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020834	ATTTTT	2	12	1672712	1672723	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020834	ATTTTC	2	12	1673355	1673366	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_020834	AAAATA	2	12	1674136	1674147	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020834	AAAACA	2	12	1674207	1674218	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_020834	TTGATT	2	12	1690185	1690196	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020834	AGCGTA	2	12	1702195	1702206	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_020834	AAATTT	2	12	1769470	1769481	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020834	TTTTGC	2	12	1839928	1839939	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_020834	ATTTCA	2	12	1841149	1841160	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020834	GCCTTC	2	12	1844579	1844590	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020834	AATTAA	2	12	1845368	1845379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020834	TCTATT	2	12	1890485	1890496	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_020834	TTTTAT	2	12	1894401	1894412	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020834	TTTTCG	2	12	1922072	1922083	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020834	AGCCAT	3	18	1943924	1943941	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_020834	AACTCA	2	12	1945502	1945513	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_020834	TTTTAT	2	12	1971887	1971898	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020834	AATGCA	2	12	1980215	1980226	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_020834	CCTTTT	2	12	1987405	1987416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020834	GATAAA	2	12	2047900	2047911	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020834	AGTTTA	2	12	2094841	2094852	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020834	AATGAA	2	12	2111515	2111526	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020834	AGTGAC	2	12	2124799	2124810	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_020834	CTGTAT	2	12	2168945	2168956	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_020834	TAAACT	2	12	2182490	2182501	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_020834	CTTGAA	2	12	2213306	2213317	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_020834	TATAGG	2	12	2258399	2258410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020834	TATAAA	2	12	2285319	2285330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020834	ATTTTA	2	12	2289059	2289070	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020834	GTTTTT	2	12	2300678	2300689	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020834	TTTTGC	2	12	2318754	2318765	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020834	ATTTCA	2	12	2319975	2319986	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_020834	GCCTTC	2	12	2323289	2323300	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020834	AATTAA	2	12	2324078	2324089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020834	TAAATT	2	12	2353026	2353037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020834	TTTTGC	2	12	2354516	2354527	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_020834	ATTTCA	2	12	2355737	2355748	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020834	GCCTTC	2	12	2359154	2359165	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020834	AATTAA	2	12	2359943	2359954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020834	ACTTTA	2	12	2417003	2417014	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_020834	CTATAA	2	12	2428059	2428070	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_020834	ATTTCA	2	12	2463116	2463127	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_020834	GCCTTC	2	12	2466430	2466441	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_020834	AATTAA	2	12	2467219	2467230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020834	AAAAAC	2	12	2467429	2467440	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_020834	CTCTTT	2	12	2502876	2502887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_020834	ATTTCA	2	12	2520931	2520942	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_020834	GCCTTC	2	12	2524361	2524372	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
112	NC_020834	AATTAA	2	12	2525150	2525161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020834	TTTAAA	2	12	2528419	2528430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020834	CTATTC	2	12	2532983	2532994	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.