MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mannheimia haemolytica USDA-ARS-USMARC-183

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020833	TTTTAT	2	12	43083	43094	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020833	TTTTCG	2	12	48898	48909	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_020833	GAATAG	2	12	83455	83466	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020833	TTTAAA	2	12	88060	88071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020833	TTAATT	2	12	91329	91340	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020833	CGAAGG	2	12	92117	92128	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_020833	AAGCGA	2	12	93101	93112	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_020833	TGAAAT	2	12	95548	95559	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020833	TTAATT	2	12	150470	150481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020833	CGAAGG	2	12	151258	151269	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020833	TGAAAT	2	12	154573	154584	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020833	AAAAGA	2	12	162502	162513	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020833	TAAAGT	2	12	200686	200697	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020833	TTAATT	2	12	257717	257728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020833	CGAAGG	2	12	258505	258516	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_020833	AAGCGA	2	12	259489	259500	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020833	TGAAAT	2	12	261936	261947	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020833	AAGCAA	2	12	263155	263166	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_020833	GGTAAA	2	12	263245	263256	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020833	AATTTA	2	12	264647	264658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020833	TTAATT	2	12	293863	293874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020833	CGAAGG	2	12	294651	294662	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_020833	TGAAAT	2	12	297966	297977	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020833	AAGCAA	2	12	299185	299196	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_020833	GGTAAA	2	12	299275	299286	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020833	TTATTT	2	12	312909	312920	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020833	AAAAAC	2	12	317263	317274	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020833	TTAAAA	2	12	328881	328892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020833	TTTATA	2	12	332622	332633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020833	ACCTAT	2	12	360749	360760	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020833	GTTCAA	2	12	406030	406041	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_020833	TGTCAC	2	12	496673	496684	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020833	ACAAAA	2	12	510273	510284	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020833	TAAACT	2	12	526536	526547	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_020833	CCTTAA	2	12	586664	586675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_020833	TTGCAT	2	12	641110	641121	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020833	ATAAAA	2	12	649505	649516	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020833	TGGATT	2	12	670659	670670	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020833	TATGGC	3	18	672241	672258	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_020833	CGAAAA	2	12	694100	694111	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020833	ATAAAA	2	12	721777	721788	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020833	AATAGA	2	12	725693	725704	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020833	TTAATT	2	12	770810	770821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020833	CGAAGG	2	12	771598	771609	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_020833	AAGCGA	2	12	772582	772593	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_020833	TGAAAT	2	12	775029	775040	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020833	AAGCAA	2	12	776248	776259	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020833	GGTAAA	2	12	776338	776349	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020833	TGTGCT	2	12	882984	882995	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_020833	TGTTTT	2	12	905382	905393	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020833	TTATTT	2	12	905452	905463	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020833	ATGAAA	2	12	906224	906235	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020833	TATTTT	2	12	932919	932930	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020833	TTTATT	2	12	937839	937850	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020833	TTGATT	2	12	987237	987248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020833	AGTGCA	2	12	993057	993068	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_020833	AACAAA	2	12	1010332	1010343	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_020833	TAATCT	2	12	1060896	1060907	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_020833	GATATA	2	12	1061004	1061015	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020833	TAAAAA	2	12	1081396	1081407	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020833	AAAAGT	2	12	1102867	1102878	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020833	TTTTAT	2	12	1133139	1133150	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020833	TATTAA	2	12	1210280	1210291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020833	AAAAAT	2	12	1232888	1232899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020833	TATTTT	2	12	1232930	1232941	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020833	AGCTTG	2	12	1252009	1252020	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_020833	TTACAA	2	12	1259842	1259853	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_020833	CATATA	2	12	1273067	1273078	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_020833	CTTTAA	2	12	1336082	1336093	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_020833	AAAAGT	2	12	1395461	1395472	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020833	GTTTTA	2	12	1442271	1442282	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020833	AAATAA	2	12	1453976	1453987	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020833	ATCACA	2	12	1476070	1476081	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_020833	ATAATT	2	12	1504724	1504735	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020833	CAAACG	2	12	1625632	1625643	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_020833	CACAAA	2	12	1681758	1681769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_020833	GATCGA	2	12	1681869	1681880	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020833	AATTTT	2	12	1719585	1719596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020833	TATATC	2	12	1749363	1749374	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020833	CCAAAA	2	12	1782072	1782083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020833	TTTGCC	2	12	1813882	1813893	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_020833	TATGTT	2	12	1842599	1842610	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020833	CTTTGA	2	12	1958531	1958542	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_020833	TAAAAA	2	12	1975380	1975391	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020833	AAATAA	2	12	2040844	2040855	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020833	TCATTT	2	12	2080679	2080690	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_020833	GTTGGT	2	12	2168705	2168716	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020833	ATTCTC	2	12	2182042	2182053	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020833	TTTTGC	2	12	2218534	2218545	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_020833	ATTTCA	2	12	2219755	2219766	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_020833	GCCTTC	2	12	2223069	2223080	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_020833	AATTAA	2	12	2223858	2223869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020833	AAAAAC	2	12	2224068	2224079	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_020833	ATCATT	2	12	2233741	2233752	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020833	TCAATT	2	12	2233842	2233853	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_020833	GATCGA	2	12	2237743	2237754	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_020833	TAAATA	2	12	2257045	2257056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020833	GTATTT	2	12	2281756	2281767	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020833	CAAAAA	2	12	2286586	2286597	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_020833	TTTGTA	2	12	2318489	2318500	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020833	TTACAC	2	12	2339172	2339183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_020833	TAAATA	2	12	2341368	2341379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020833	TAAAAA	2	12	2347981	2347992	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020833	AATATT	2	12	2350894	2350905	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020833	CAATAG	2	12	2367919	2367930	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_020833	TTTTTA	2	12	2397035	2397046	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020833	CTTTCA	2	12	2400319	2400330	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020833	TTTTAA	2	12	2444504	2444515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020833	ATTTTT	2	12	2457120	2457131	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020833	TAAATA	2	12	2476566	2476577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020833	AAAAGC	2	12	2485462	2485473	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_020833	TAAATA	2	12	2487744	2487755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020833	ATAAAA	2	12	2491758	2491769	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020833	GATATT	2	12	2498503	2498514	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020833	GTTTAA	2	12	2526741	2526752	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020833	AGGGGG	2	12	2552524	2552535	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020833	AATAAA	2	12	2588155	2588166	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020833	AAATCA	2	12	2588816	2588827	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_020833	TTAAAT	2	12	2627477	2627488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.