MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Mannheimia haemolytica USDA-ARS-USMARC-183

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020833	AGCCG	2	10	13340	13349	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_020833	AAAAG	2	10	13725	13734	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020833	CAAAA	2	10	16189	16198	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020833	TTTAG	2	10	18468	18477	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020833	TTAAA	2	10	43017	43026	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020833	AAAAT	2	10	45939	45948	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020833	ATATA	2	10	57797	57806	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020833	TTGAA	2	10	58606	58615	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020833	CACAC	2	10	85356	85365	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_020833	TTGAA	2	10	91396	91405	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020833	AGTCG	2	10	94645	94654	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020833	AGGTT	2	10	94972	94981	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020833	CTTTT	2	10	101609	101618	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020833	CCTTT	2	10	113929	113938	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_020833	AATGT	2	10	131957	131966	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020833	TTGAA	2	10	150537	150546	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020833	AGTCG	2	10	153670	153679	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020833	AGGTT	2	10	153997	154006	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020833	TCCTT	2	10	166432	166441	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_020833	ATTTT	2	10	182252	182261	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020833	ATTCA	2	10	194688	194697	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020833	GTTGC	2	10	197088	197097	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020833	GGAAT	2	10	200412	200421	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020833	TAGAA	2	10	209411	209420	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020833	GTTTT	2	10	222314	222323	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020833	AACAA	2	10	239805	239814	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020833	AATAA	2	10	257177	257186	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020833	TTGAA	2	10	257784	257793	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020833	AGTCG	2	10	261033	261042	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020833	AGGTT	2	10	261360	261369	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020833	TTTAA	2	10	263103	263112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020833	ATTTT	2	10	270597	270606	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020833	ATTTG	2	10	281168	281177	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020833	TTTTG	2	10	293656	293665	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020833	TTGAA	2	10	293930	293939	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020833	AGTCG	2	10	297063	297072	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020833	AGGTT	2	10	297390	297399	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020833	TTTAA	2	10	299133	299142	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020833	ATAAA	2	10	305571	305580	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020833	TTGTT	2	10	312809	312818	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020833	TAAAG	2	10	314845	314854	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020833	AAGAG	2	10	314866	314875	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020833	ATAGA	2	10	342853	342862	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020833	TTTCT	2	10	353189	353198	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020833	TTCGC	2	10	363160	363169	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_020833	ATAGA	2	10	366214	366223	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020833	ATAAA	2	10	371842	371851	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020833	ATTAT	2	10	373749	373758	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020833	ATTTA	2	10	374323	374332	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020833	AAAAT	2	10	385923	385932	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020833	TTTTA	2	10	388804	388813	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020833	TTAAT	2	10	393785	393794	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020833	TCTTT	2	10	408854	408863	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020833	TTTAA	2	10	427870	427879	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020833	CATAT	2	10	431347	431356	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020833	CATTT	2	10	431357	431366	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020833	TAGTC	2	10	442090	442099	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020833	TTTGT	2	10	443984	443993	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020833	ATAAA	2	10	444576	444585	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020833	ATTTA	2	10	444601	444610	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020833	AAAAT	2	10	444666	444675	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020833	ACTTA	2	10	446149	446158	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020833	TTTAT	2	10	450723	450732	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020833	TGCAT	2	10	460033	460042	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020833	CCCCT	2	10	463715	463724	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
66	NC_020833	GTTTT	2	10	471496	471505	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020833	GTTGC	2	10	475039	475048	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020833	ACACA	2	10	476575	476584	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_020833	TATAT	2	10	477697	477706	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020833	ATTTT	2	10	477720	477729	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020833	GCATG	2	10	481643	481652	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020833	AAAAC	2	10	502226	502235	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020833	AAGAC	2	10	510158	510167	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_020833	TAATT	2	10	517467	517476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020833	AGCAG	2	10	538981	538990	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020833	CTAGT	2	10	541633	541642	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020833	AAAAG	2	10	549322	549331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020833	ATTTA	2	10	555224	555233	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020833	TTCGC	2	10	599930	599939	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_020833	ACATA	2	10	620975	620984	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020833	AAATA	2	10	630466	630475	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020833	TTAAA	2	10	636943	636952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020833	TTTTA	2	10	644243	644252	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020833	GTATG	2	10	663147	663156	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020833	TATAA	2	10	677890	677899	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020833	AAATT	2	10	680525	680534	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020833	ATTTA	2	10	697875	697884	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020833	AATCA	2	10	698899	698908	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020833	TTCAT	2	10	706768	706777	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020833	ATCTA	2	10	707050	707059	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020833	AAAAT	2	10	711826	711835	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020833	TAATA	2	10	725616	725625	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020833	TAGCA	2	10	733063	733072	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020833	AATTT	2	10	750998	751007	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020833	AATAA	2	10	753835	753844	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020833	TTAAT	2	10	758582	758591	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020833	TAAAA	2	10	768481	768490	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020833	TTGAA	2	10	770877	770886	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020833	AGTCG	2	10	774126	774135	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020833	AGGTT	2	10	774453	774462	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020833	TTTAA	2	10	776196	776205	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020833	TATTG	2	10	776597	776606	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020833	TTAAT	2	10	824359	824368	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020833	TCGTT	2	10	830638	830647	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020833	TAAAA	2	10	864090	864099	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020833	TTATT	2	10	864251	864260	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020833	ATTTC	2	10	874820	874829	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_020833	CGATT	2	10	876291	876300	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020833	ATAAA	2	10	879910	879919	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020833	ACTTT	2	10	879968	879977	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020833	TAAAC	2	10	895714	895723	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_020833	GTTTT	2	10	905710	905719	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020833	AGTAT	2	10	905805	905814	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020833	AATGA	2	10	905872	905881	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020833	TAAAA	2	10	915614	915623	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020833	TAGTA	2	10	919793	919802	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020833	GTTAA	2	10	920377	920386	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020833	CTTTA	2	10	921281	921290	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_020833	TAATT	2	10	921654	921663	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020833	TTTAA	2	10	929467	929476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020833	ATTTT	2	10	951210	951219	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020833	TTTTA	2	10	951789	951798	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020833	TAAAT	2	10	971623	971632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020833	ATTTA	2	10	971674	971683	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020833	CTAAA	2	10	976344	976353	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020833	TGTAT	2	10	977808	977817	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020833	AAAAT	2	10	984695	984704	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020833	TTTAT	2	10	987191	987200	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020833	TAAAT	2	10	1010404	1010413	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020833	ATTTT	2	10	1019894	1019903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020833	TTTTG	2	10	1027298	1027307	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020833	ATTTT	2	10	1033241	1033250	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020833	TTTGT	2	10	1034471	1034480	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020833	AATTA	2	10	1050191	1050200	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020833	ATTTT	2	10	1050240	1050249	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020833	ATTTA	2	10	1051416	1051425	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020833	GTTTT	2	10	1060908	1060917	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020833	TCGAA	2	10	1081328	1081337	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_020833	TACAT	2	10	1084632	1084641	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_020833	CAAAA	2	10	1093453	1093462	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_020833	AAGTT	2	10	1105497	1105506	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020833	AGAAT	2	10	1148031	1148040	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020833	TTTCC	2	10	1161461	1161470	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_020833	ATTTC	2	10	1174648	1174657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_020833	ATAAA	2	10	1194255	1194264	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020833	AGCAT	2	10	1205390	1205399	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_020833	TAAAA	2	10	1217943	1217952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.