MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanosarcina mazei Tuc01

Total Repeats: 411

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020389	TTTGAT	2	12	21	32	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020389	ACAAGC	2	12	9532	9543	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_020389	AATAGG	2	12	15049	15060	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020389	AAAAAT	2	12	16363	16374	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020389	TAAGAA	2	12	19821	19832	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020389	TTAAGA	2	12	21353	21364	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020389	TGAAAT	2	12	24471	24482	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020389	TCTTTA	2	12	27142	27153	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020389	ATTTCT	2	12	43025	43036	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_020389	CTTTTA	2	12	55934	55945	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020389	TTAACC	2	12	65881	65892	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020389	TTATCC	2	12	66670	66681	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020389	AAAGAA	2	12	95089	95100	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020389	ATTATG	2	12	98046	98057	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020389	TTTTGA	2	12	100180	100191	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020389	TAAAAA	2	12	100832	100843	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020389	GCAAAA	2	12	103950	103961	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_020389	AGAAGC	2	12	110104	110115	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_020389	TAACCA	2	12	114884	114895	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020389	TGCAGG	2	12	143438	143449	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_020389	TAGTAA	3	18	156403	156420	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020389	CTTGGG	2	12	197850	197861	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_020389	ACCCGT	2	12	200473	200484	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_020389	GCCCGG	2	12	204545	204556	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_020389	TTTAAG	2	12	212751	212762	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020389	CTGAAT	2	12	216740	216751	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_020389	TAAAGG	2	12	221127	221138	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020389	GGTACA	2	12	225985	225996	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020389	TGAAAT	2	12	229867	229878	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020389	ATGGGA	2	12	233191	233202	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020389	AAAAAG	2	12	248685	248696	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020389	AAATAT	2	12	273470	273481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020389	GAAAAA	2	12	276964	276975	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020389	GAAAAA	2	12	277417	277428	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020389	AACCCC	2	12	277954	277965	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_020389	AAAGAT	2	12	291169	291180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020389	ATCATT	2	12	310126	310137	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020389	TTATAT	2	12	310361	310372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020389	TTTAAT	2	12	349961	349972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020389	AATAAA	2	12	364742	364753	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020389	AATAGA	2	12	364819	364830	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020389	AAATAA	2	12	364833	364844	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020389	ATTTTT	2	12	366322	366333	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020389	GCAATT	2	12	371139	371150	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_020389	TTCAGA	2	12	372005	372016	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_020389	AATATC	2	12	376380	376391	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_020389	CAGGAT	2	12	380688	380699	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020389	GTTGAA	2	12	393031	393042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020389	GGACCA	2	12	405934	405945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_020389	TTTTCT	2	12	406002	406013	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_020389	ATCCTG	2	12	409707	409718	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_020389	ATTATA	2	12	410573	410584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020389	TTTAAA	2	12	411817	411828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020389	ACCAAA	2	12	420822	420833	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020389	CCTTGA	2	12	426512	426523	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_020389	ACCAAA	2	12	433443	433454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_020389	TATATT	2	12	435458	435469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020389	AATAAC	2	12	435560	435571	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_020389	ATTTTT	2	12	437046	437057	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020389	GATTTT	5	30	441769	441798	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020389	TATTAA	2	12	445650	445661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020389	TTTCCT	2	12	450169	450180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_020389	AAGACA	2	12	459667	459678	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_020389	TACTTA	2	12	464053	464064	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_020389	AGGGAA	2	12	479345	479356	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020389	CTTTTT	2	12	482782	482793	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_020389	AAATTT	2	12	483473	483484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020389	ATCAGT	2	12	493245	493256	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_020389	GAATTT	2	12	497400	497411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020389	TTTTCA	2	12	511926	511937	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_020389	TTCTGT	2	12	513931	513942	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_020389	TAAGCT	2	12	513986	513997	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020389	CTTTGG	2	12	519115	519126	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_020389	GAGCCA	2	12	519354	519365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020389	TCTATT	2	12	526528	526539	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_020389	AGAAAA	2	12	530007	530018	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020389	GATGAA	2	12	531945	531956	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020389	GATAAA	2	12	532356	532367	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020389	CGAGGA	2	12	544550	544561	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020389	ACTTTC	2	12	548438	548449	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020389	GGATTC	2	12	549306	549317	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_020389	TCCAGC	2	12	551161	551172	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020389	ATAAGA	2	12	565896	565907	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020389	CTCCAC	2	12	570513	570524	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_020389	GTTGGT	2	12	570641	570652	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020389	GAGTTG	2	12	570705	570716	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020389	GAATAG	2	12	573421	573432	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020389	CAAAAA	2	12	575605	575616	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_020389	CTATAG	2	12	576569	576580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_020389	TCCAAT	2	12	579684	579695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_020389	CCTTTC	2	12	589152	589163	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_020389	TTACTA	2	12	593964	593975	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_020389	ATTTGA	2	12	594564	594575	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020389	TGATAA	2	12	595792	595803	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020389	TTACAA	2	12	599879	599890	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_020389	TCATTT	2	12	610488	610499	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_020389	ATAAAA	2	12	614390	614401	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020389	AAGCTT	2	12	622905	622916	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_020389	AAAAAG	2	12	626958	626969	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020389	GCAAAT	2	12	628203	628214	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020389	GAAAAA	2	12	640167	640178	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020389	GGTTTC	2	12	649393	649404	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_020389	AAGTAT	2	12	649812	649823	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020389	GAAAAA	2	12	654413	654424	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020389	TCACAC	2	12	666496	666507	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_020389	AATCAA	2	12	669878	669889	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_020389	TCTGGA	2	12	671758	671769	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_020389	TATAAA	2	12	676068	676079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020389	CCTGTT	2	12	739943	739954	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_020389	CAAAAA	2	12	746470	746481	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_020389	CATCAA	2	12	754832	754843	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_020389	TAAAAA	2	12	766896	766907	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020389	TGTAGA	2	12	782973	782984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020389	TTTTCT	2	12	790806	790817	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_020389	ACCATA	2	12	796114	796125	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_020389	AAAGCC	2	12	799707	799718	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_020389	CGGTAT	2	12	799810	799821	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_020389	TTTGAT	2	12	799950	799961	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020389	TGATGC	2	12	800435	800446	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_020389	TATAAA	2	12	837339	837350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020389	GAAAAA	2	12	837380	837391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020389	GGAATA	2	12	867485	867496	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020389	AGAAAA	2	12	872957	872968	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020389	GCCTTT	2	12	882837	882848	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_020389	ATCCCC	2	12	883050	883061	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_020389	CATTTT	2	12	887624	887635	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_020389	CTTAAA	2	12	888083	888094	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_020389	TCAATA	2	12	898684	898695	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_020389	TTTATT	2	12	901159	901170	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020389	TTATGT	2	12	902060	902071	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020389	TCAATA	2	12	916431	916442	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_020389	TTTCAT	2	12	917633	917644	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_020389	AAAGAA	2	12	925672	925683	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020389	TTTTAT	2	12	935437	935448	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020389	CTTTCT	2	12	960763	960774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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138	NC_020389	TCAAAA	2	12	976573	976584	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_020389	ATAGAG	2	12	987829	987840	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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145	NC_020389	TCAATA	2	12	1086428	1086439	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_020389	TAAAAA	2	12	1115393	1115404	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_020389	CTTGGG	2	12	1301711	1301722	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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241	NC_020389	TCAAAA	2	12	2003683	2003694	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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244	NC_020389	AATTTC	2	12	2054075	2054086	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
245	NC_020389	TTTCTG	2	12	2062121	2062132	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
246	NC_020389	GTATTT	2	12	2062272	2062283	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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248	NC_020389	TTTTAT	2	12	2080175	2080186	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
249	NC_020389	ACGGGT	2	12	2081238	2081249	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
250	NC_020389	CCCAAG	2	12	2083797	2083808	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
251	NC_020389	ATCTTT	2	12	2104409	2104420	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
252	NC_020389	TTTAAT	2	12	2150094	2150105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
253	NC_020389	TCCAAA	2	12	2155214	2155225	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
254	NC_020389	TTTAAT	2	12	2155620	2155631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
255	NC_020389	GCCTGT	2	12	2157550	2157561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
256	NC_020389	ATTGGA	2	12	2159029	2159040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
257	NC_020389	TTATCT	2	12	2160839	2160850	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
258	NC_020389	TCATTG	2	12	2194116	2194127	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
259	NC_020389	AAAATT	2	12	2207200	2207211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_020389	AGATAA	2	12	2217989	2218000	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
261	NC_020389	TTCTCC	2	12	2218848	2218859	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
262	NC_020389	TGATAA	2	12	2221189	2221200	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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371	NC_020389	TTTCAG	3	18	3058182	3058199	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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373	NC_020389	TGTAAG	2	12	3095021	3095032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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377	NC_020389	AAATTT	2	12	3128339	3128350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
378	NC_020389	TAATTT	2	12	3133665	3133676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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381	NC_020389	TATCAA	2	12	3150968	3150979	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.