MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623

Total Repeats: 154

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019966	GACGAT	2	12	14454	14465	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_019966	CCGTCC	2	12	27898	27909	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_019966	CGTCAT	2	12	97648	97659	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_019966	TTGATC	2	12	162980	162991	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_019966	GGCCGG	2	12	169521	169532	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_019966	GGGTGA	2	12	228627	228638	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019966	CGGTGG	2	12	261665	261676	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_019966	AGTTTC	2	12	288263	288274	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_019966	TCGTTG	2	12	342904	342915	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_019966	CGAATG	2	12	389073	389084	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_019966	GGTCGA	2	12	390031	390042	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_019966	GCGGGC	2	12	390135	390146	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_019966	CCGTGT	2	12	542072	542083	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_019966	CTGCGT	2	12	629880	629891	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_019966	TGGCGT	2	12	643527	643538	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_019966	CGACGC	2	12	653612	653623	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_019966	CGCGAG	2	12	664882	664893	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_019966	ATGGCC	2	12	672937	672948	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_019966	CGTCAC	2	12	676737	676748	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_019966	CCTCGC	2	12	738353	738364	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_019966	CACCAA	2	12	751402	751413	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_019966	GATGCG	2	12	827943	827954	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_019966	GCGGAC	2	12	828073	828084	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_019966	CAACCA	2	12	856184	856195	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_019966	CCACTG	2	12	859980	859991	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_019966	CCTCCA	2	12	908438	908449	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_019966	AACACC	2	12	927621	927632	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_019966	TCGGTA	2	12	1051543	1051554	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_019966	GCGTCA	2	12	1100576	1100587	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019966	CCTCGC	2	12	1148021	1148032	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_019966	TCCCGT	2	12	1221431	1221442	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_019966	ACCGCG	2	12	1255026	1255037	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_019966	CTTCTC	2	12	1276244	1276255	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_019966	TAGAGT	2	12	1413218	1413229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019966	GTCAGT	2	12	1460484	1460495	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_019966	GATCTG	2	12	1485130	1485141	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_019966	ATGCCT	2	12	1561228	1561239	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_019966	GGACGA	2	12	1575858	1575869	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_019966	TGCGTG	2	12	1623305	1623316	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_019966	GTGATG	2	12	1646427	1646438	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019966	ATGGTC	2	12	1743137	1743148	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019966	TCCATG	2	12	1745027	1745038	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_019966	TGTCGC	2	12	1787287	1787298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_019966	CGATCG	2	12	1798433	1798444	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_019966	TGCGGC	2	12	1817226	1817237	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_019966	ATCGGC	2	12	1829316	1829327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_019966	CAGCCG	2	12	1846989	1847000	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_019966	GGGGTC	2	12	1893198	1893209	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_019966	TCGCGC	2	12	1900670	1900681	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_019966	ATCCGA	2	12	1916849	1916860	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_019966	CGGTAA	2	12	2093152	2093163	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_019966	GTTCGC	2	12	2129181	2129192	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_019966	ATGTAC	2	12	2138247	2138258	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_019966	GAATTG	2	12	2147324	2147335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019966	TGACGG	2	12	2310946	2310957	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_019966	TGCGTC	2	12	2373299	2373310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_019966	GCAGGC	2	12	2396319	2396330	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_019966	GCCACC	2	12	2415294	2415305	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_019966	GGCCAC	2	12	2522885	2522896	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_019966	TGTGGT	2	12	2622895	2622906	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019966	GTGGAG	2	12	2623627	2623638	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019966	AATTTT	2	12	2763095	2763106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019966	TTGGCG	2	12	2810543	2810554	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_019966	GACCGC	2	12	2952338	2952349	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_019966	GCCCAC	2	12	2980990	2981001	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_019966	TACGAA	2	12	2991159	2991170	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_019966	CTTTTC	2	12	2998873	2998884	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_019966	AGGCCA	2	12	3134613	3134624	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019966	GCGGTG	2	12	3260401	3260412	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_019966	CATGCG	2	12	3331806	3331817	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_019966	ACCGCC	2	12	3336820	3336831	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_019966	TGACGA	2	12	3372762	3372773	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_019966	CACCGC	2	12	3391247	3391258	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_019966	GTGCCG	2	12	3423778	3423789	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019966	CTGCAC	2	12	3434217	3434228	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_019966	TTCGAC	2	12	3493794	3493805	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_019966	CACCGA	2	12	3515817	3515828	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_019966	GCGCTT	2	12	3580164	3580175	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019966	CCATCA	2	12	3656038	3656049	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_019966	CCAACC	2	12	3656198	3656209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_019966	ATCGGC	2	12	3755970	3755981	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_019966	CTCAAC	2	12	3776462	3776473	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_019966	GAACTC	2	12	3908400	3908411	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_019966	GCGCTC	2	12	3980853	3980864	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_019966	TTCGCG	2	12	4123846	4123857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_019966	TGCCGG	2	12	4140926	4140937	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_019966	CGCCAG	2	12	4225666	4225677	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_019966	GCAGCG	2	12	4266667	4266678	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_019966	GCAGGT	2	12	4275247	4275258	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_019966	CATCGC	2	12	4276910	4276921	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_019966	GCTTGT	2	12	4359412	4359423	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_019966	CGAGGG	2	12	4417212	4417223	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_019966	GCCGAC	2	12	4449811	4449822	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_019966	AGAATG	2	12	4531307	4531318	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019966	TGCGCC	2	12	4544103	4544114	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_019966	ACCTGG	2	12	4578003	4578014	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_019966	GCGACC	2	12	4632948	4632959	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_019966	CTTCGT	2	12	4676585	4676596	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019966	CGACGG	2	12	4705424	4705435	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_019966	GGGCGC	2	12	4722813	4722824	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019966	CCAGCA	2	12	4883010	4883021	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_019966	AGCGAG	2	12	4888074	4888085	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_019966	GAAGTA	2	12	4892929	4892940	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019966	TGGCGG	2	12	4908473	4908484	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_019966	GTTCGA	2	12	4908803	4908814	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_019966	GAGCCG	2	12	4914275	4914286	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_019966	CGTCGG	2	12	4975265	4975276	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_019966	ATTGAT	2	12	4986737	4986748	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019966	CCCGCG	2	12	4989592	4989603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_019966	CGGCCA	3	18	4992846	4992863	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_019966	CGATGG	2	12	5069450	5069461	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_019966	GGCCGA	2	12	5087739	5087750	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_019966	GGCGCC	2	12	5151427	5151438	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
114	NC_019966	TCCTAG	2	12	5192195	5192206	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_019966	CGCCCG	2	12	5198737	5198748	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_019966	AGCACC	2	12	5198939	5198950	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_019966	GCCCGC	2	12	5199004	5199015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_019966	ACTCCC	2	12	5263019	5263030	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_019966	ACTCCC	2	12	5263096	5263107	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_019966	GGATCG	2	12	5277812	5277823	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_019966	GGCGGG	2	12	5304216	5304227	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_019966	TGGGTT	2	12	5368722	5368733	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019966	ATCGAC	2	12	5420011	5420022	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_019966	CGGGCC	2	12	5485902	5485913	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_019966	CGGCCA	2	12	5500217	5500228	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
126	NC_019966	GAAGTC	2	12	5500335	5500346	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_019966	TGACGC	2	12	5531654	5531665	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_019966	CACCGG	2	12	5534867	5534878	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
129	NC_019966	CGCCCG	2	12	5730003	5730014	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_019966	TCACCG	2	12	5730199	5730210	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
131	NC_019966	TCCCCC	2	12	5733472	5733483	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
132	NC_019966	CTGGAC	2	12	5793263	5793274	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019966	GCCGTC	2	12	5795572	5795583	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_019966	CGCAGC	2	12	5852062	5852073	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_019966	AGCGCC	2	12	5852270	5852281	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
136	NC_019966	TGCGAG	2	12	5932621	5932632	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_019966	CGATGT	2	12	5997904	5997915	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_019966	CGACGC	2	12	6001832	6001843	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
139	NC_019966	TGGCGG	2	12	6057815	6057826	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_019966	TAACTG	2	12	6057913	6057924	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_019966	CGCTGG	2	12	6085565	6085576	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_019966	TGGCGG	2	12	6089546	6089557	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_019966	CTCGGC	2	12	6102147	6102158	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
144	NC_019966	GGTTGA	2	12	6122006	6122017	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019966	CCGGCA	2	12	6139265	6139276	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
146	NC_019966	CCGTGC	2	12	6161511	6161522	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
147	NC_019966	GCCACC	2	12	6183886	6183897	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_019966	ACCGCC	2	12	6183970	6183981	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_019966	GCCGAA	2	12	6184075	6184086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_019966	CGCTGG	2	12	6368536	6368547	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_019966	CCTCTC	2	12	6384537	6384548	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_019966	GGCTCG	6	36	6403709	6403744	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_019966	GCTGCG	2	12	6404098	6404109	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_019966	CCCTCG	2	12	6415652	6415663	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.