MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM03

Total Repeats: 399

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019959	TTG	3	9	756	764	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019959	CAG	2	6	770	775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_019959	TCT	2	6	2628	2633	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_019959	TTGA	2	8	2636	2643	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019959	CTG	2	6	2707	2712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_019959	GCC	2	6	2752	2757	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_019959	GGC	2	6	2758	2763	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_019959	AGC	3	9	2776	2784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_019959	CTC	2	6	3566	3571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_019959	GGA	2	6	3645	3650	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019959	GCG	2	6	4166	4171	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_019959	CCGC	2	8	4204	4211	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_019959	GCG	2	6	4245	4250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_019959	TGG	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019959	CTC	2	6	4315	4320	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_019959	GTG	2	6	4350	4355	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019959	GCAAA	2	10	4404	4413	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_019959	CG	3	6	7034	7039	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_019959	GCC	3	9	7796	7804	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_019959	CCG	3	9	7816	7824	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_019959	TCC	2	6	12448	12453	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_019959	TGG	2	6	12474	12479	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019959	GCC	2	6	18442	18447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_019959	CCG	2	6	18516	18521	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_019959	CCG	2	6	18556	18561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_019959	CCA	2	6	18655	18660	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_019959	CCA	2	6	18689	18694	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_019959	CGG	2	6	18695	18700	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_019959	GCT	2	6	18711	18716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019959	CGT	2	6	18731	18736	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019959	CGCCC	2	10	18754	18763	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
32	NC_019959	GAT	2	6	21860	21865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019959	GCC	2	6	23228	23233	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_019959	CGA	2	6	23258	23263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_019959	GGA	2	6	23281	23286	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019959	TC	3	6	26200	26205	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_019959	CG	4	8	26240	26247	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_019959	GCC	2	6	26280	26285	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_019959	GCC	2	6	26301	26306	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_019959	GAG	2	6	26380	26385	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019959	GGT	2	6	26709	26714	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019959	AGCC	2	8	26719	26726	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_019959	AGG	2	6	26766	26771	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019959	GTG	2	6	28917	28922	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019959	CGA	2	6	28930	28935	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_019959	GCCC	2	8	28976	28983	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
47	NC_019959	CA	3	6	31341	31346	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_019959	TTG	2	6	31464	31469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019959	CGA	3	9	31490	31498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_019959	TTC	2	6	31509	31514	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_019959	CCCA	2	8	33009	33016	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
52	NC_019959	GAC	2	6	33571	33576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_019959	CGC	2	6	33598	33603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_019959	G	6	6	33672	33677	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019959	ACC	2	6	33679	33684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_019959	TCC	2	6	33688	33693	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_019959	TCG	2	6	33717	33722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_019959	ACC	2	6	33751	33756	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_019959	TTC	2	6	33760	33765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_019959	TCCT	2	8	37234	37241	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_019959	GAC	2	6	38970	38975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_019959	CAGC	2	8	39032	39039	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_019959	ACG	2	6	39589	39594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019959	GGCAGG	2	12	39602	39613	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_019959	GCAA	3	12	39615	39626	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_019959	AGC	2	6	39635	39640	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_019959	CAC	2	6	39668	39673	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_019959	CGG	2	6	39687	39692	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019959	CCGG	3	12	39693	39704	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_019959	GGC	2	6	41299	41304	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_019959	GC	3	6	41303	41308	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_019959	G	6	6	41312	41317	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019959	GC	3	6	41330	41335	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_019959	CGG	2	6	41336	41341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019959	GC	3	6	41377	41382	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_019959	TGG	2	6	41386	41391	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019959	CGT	2	6	41393	41398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_019959	AGTC	2	8	41452	41459	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_019959	TCTG	2	8	41936	41943	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_019959	GT	3	6	41957	41962	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019959	CAG	2	6	42016	42021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_019959	GCT	2	6	42047	42052	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019959	GTC	2	6	42058	42063	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_019959	CCA	2	6	42104	42109	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_019959	GCG	2	6	42116	42121	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_019959	TTC	2	6	42132	42137	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_019959	CCA	2	6	42140	42145	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_019959	CGA	2	6	42178	42183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_019959	CCG	2	6	42558	42563	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_019959	GGC	2	6	42980	42985	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_019959	TCG	2	6	42987	42992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_019959	GAC	2	6	43046	43051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_019959	GGT	2	6	43109	43114	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019959	ATGTCG	2	12	43119	43130	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_019959	GTGC	2	8	43155	43162	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_019959	GCG	2	6	43182	43187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_019959	GCG	2	6	43200	43205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_019959	GGC	2	6	43211	43216	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019959	CGA	2	6	43222	43227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_019959	GGT	2	6	43235	43240	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019959	CGA	2	6	43261	43266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_019959	GGT	2	6	43273	43278	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019959	GCG	2	6	43308	43313	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_019959	CGC	2	6	43351	43356	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_019959	GTG	2	6	43389	43394	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019959	GC	3	6	43396	43401	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_019959	GTGAGG	2	12	43407	43418	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019959	GGC	2	6	43421	43426	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_019959	CGT	2	6	43429	43434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_019959	CGG	2	6	43441	43446	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_019959	CGC	2	6	43504	43509	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_019959	GGC	2	6	43559	43564	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_019959	GAT	2	6	43574	43579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019959	ATG	2	6	43614	43619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019959	GCTTC	2	10	43656	43665	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_019959	TG	3	6	43673	43678	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019959	GT	3	6	43683	43688	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019959	CGGG	2	8	44697	44704	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
119	NC_019959	GTAC	2	8	47357	47364	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_019959	CCG	3	9	47710	47718	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_019959	GCG	2	6	47738	47743	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_019959	CG	3	6	50787	50792	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_019959	G	6	6	50872	50877	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019959	G	6	6	50907	50912	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019959	GCG	2	6	52131	52136	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_019959	GGT	2	6	52204	52209	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019959	GCC	2	6	52249	52254	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_019959	GCGG	2	8	52255	52262	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
129	NC_019959	AC	3	6	54312	54317	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_019959	TGC	2	6	54377	54382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_019959	GCG	2	6	54396	54401	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_019959	CGG	2	6	54465	54470	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019959	GC	4	8	54487	54494	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_019959	ACG	2	6	54509	54514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_019959	TGG	3	9	54576	54584	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019959	CGG	2	6	54594	54599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_019959	TGT	2	6	54619	54624	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019959	GC	3	6	54703	54708	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_019959	GAAT	2	8	54709	54716	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019959	CGC	2	6	54798	54803	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_019959	GCG	2	6	54832	54837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_019959	GTC	2	6	55192	55197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_019959	GTG	2	6	55198	55203	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019959	CTT	2	6	55216	55221	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_019959	GTG	2	6	57320	57325	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019959	GTT	2	6	57349	57354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_019959	GC	3	6	57532	57537	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
148	NC_019959	GTG	2	6	57548	57553	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019959	GTGC	2	8	57562	57569	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_019959	GGT	2	6	57578	57583	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019959	CGC	2	6	57631	57636	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_019959	G	7	7	57692	57698	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
153	NC_019959	TCC	2	6	57709	57714	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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161	NC_019959	G	6	6	65752	65757	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
162	NC_019959	CTGCC	2	10	74871	74880	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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182	NC_019959	AAG	2	6	88228	88233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_019959	CGGCGC	2	12	88991	89002	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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187	NC_019959	AC	3	6	89829	89834	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
188	NC_019959	CTG	2	6	95480	95485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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263	NC_019959	GGT	3	9	121421	121429	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_019959	TGG	2	6	129176	129181	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_019959	GTGTG	2	10	129246	129255	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
282	NC_019959	TCG	2	6	129263	129268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_019959	GAG	2	6	129297	129302	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
284	NC_019959	CGG	2	6	129306	129311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
285	NC_019959	TCG	2	6	129324	129329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
286	NC_019959	TCGA	2	8	129337	129344	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
287	NC_019959	CGGG	2	8	129359	129366	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
288	NC_019959	GGT	2	6	134142	134147	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
289	NC_019959	ACC	2	6	134328	134333	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
290	NC_019959	CGG	2	6	134377	134382	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
291	NC_019959	C	6	6	134393	134398	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
292	NC_019959	CGC	2	6	134407	134412	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
293	NC_019959	GTC	2	6	134453	134458	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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314	NC_019959	CGG	2	6	136280	136285	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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318	NC_019959	GCC	2	6	137864	137869	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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320	NC_019959	GCC	2	6	137996	138001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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323	NC_019959	GC	3	6	138251	138256	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
324	NC_019959	C	6	6	138260	138265	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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334	NC_019959	CGGG	2	8	138695	138702	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.