MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methylophaga sp. JAM1 chromosome

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017857	TTGAGA	2	12	104392	104403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017857	TTTGAT	2	12	105129	105140	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017857	GACACT	2	12	105950	105961	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017857	AAACTG	2	12	111376	111387	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017857	TAAAGA	2	12	139200	139211	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017857	AATGAG	2	12	211774	211785	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017857	AATCAA	2	12	214422	214433	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017857	AATATC	2	12	342766	342777	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017857	TGCCAA	2	12	371985	371996	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017857	GACAAA	2	12	380743	380754	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017857	GGCTTT	2	12	502085	502096	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017857	TTTAAA	2	12	503416	503427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017857	CAGCGG	2	12	599792	599803	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017857	TACCTC	2	12	600268	600279	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017857	TACCGT	2	12	627086	627097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017857	TAATTC	2	12	627606	627617	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017857	GTAATA	2	12	784293	784304	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017857	TAAAAA	2	12	800917	800928	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017857	AGTTTT	2	12	818806	818817	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017857	ATCTAG	2	12	867640	867651	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017857	AGCAAC	2	12	921655	921666	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017857	ACTACC	2	12	938975	938986	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017857	GGTCAG	2	12	941009	941020	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017857	GCAGGC	2	12	948348	948359	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017857	ATAAAC	2	12	954611	954622	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017857	GGATAT	2	12	1038323	1038334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017857	GTTTTT	2	12	1107591	1107602	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017857	AAGCTG	2	12	1130364	1130375	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017857	GTTGAA	2	12	1133251	1133262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017857	TCGTTG	8	48	1135792	1135839	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017857	CGTTGC	2	12	1175904	1175915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017857	TTGCGT	2	12	1180263	1180274	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017857	TTGAAG	2	12	1285735	1285746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017857	GTTTTT	2	12	1292048	1292059	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017857	ACCATT	2	12	1303569	1303580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017857	ATGTTT	2	12	1342456	1342467	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017857	CATTTC	2	12	1359590	1359601	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017857	CTTAAA	2	12	1434736	1434747	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017857	TTTATT	2	12	1460093	1460104	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017857	TGATGT	2	12	1493827	1493838	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017857	ATCATT	2	12	1502665	1502676	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017857	TTTTAA	2	12	1616404	1616415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017857	GATAGC	2	12	1706123	1706134	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017857	ATCATT	2	12	1736450	1736461	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017857	GTAAAA	2	12	1748947	1748958	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017857	TAAAAT	2	12	1796854	1796865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017857	TAATTG	2	12	1831152	1831163	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017857	AGAATG	2	12	1831446	1831457	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017857	ACTGAA	2	12	1851066	1851077	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017857	GGGTCA	2	12	1872345	1872356	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017857	AACCTA	2	12	1920305	1920316	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017857	TATTGC	2	12	1923287	1923298	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017857	TTAAAA	2	12	1938796	1938807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017857	TAAACA	2	12	2020212	2020223	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017857	TTAGGT	2	12	2024424	2024435	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017857	TAATGT	2	12	2037149	2037160	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017857	AATAAA	2	12	2058758	2058769	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017857	GTCAAG	2	12	2103629	2103640	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017857	CCGGTT	2	12	2105362	2105373	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017857	AGCATG	2	12	2178692	2178703	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017857	CGCTAT	2	12	2205716	2205727	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017857	TATTTT	2	12	2221673	2221684	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017857	TTCTAG	2	12	2234173	2234184	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017857	ATTTTT	2	12	2248686	2248697	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017857	TGTTTT	2	12	2269356	2269367	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017857	CGCTAT	2	12	2317809	2317820	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017857	CAATTT	2	12	2359808	2359819	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017857	AGTTAT	2	12	2523106	2523117	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017857	AAGATT	2	12	2551188	2551199	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017857	CAATTT	2	12	2593057	2593068	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017857	ACAATG	2	12	2646735	2646746	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017857	ACAATG	2	12	2649076	2649087	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017857	TGATAT	2	12	2731365	2731376	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017857	ATGGCC	2	12	2733615	2733626	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017857	ACTTTG	2	12	2750398	2750409	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017857	TCAGGC	2	12	2790935	2790946	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017857	GAACTG	2	12	2810642	2810653	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017857	TTTTAC	2	12	2810842	2810853	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017857	AAACGT	2	12	2811347	2811358	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017857	ATTTAG	2	12	2830035	2830046	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017857	TTGCCG	2	12	2836107	2836118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017857	ATATCA	2	12	2891839	2891850	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017857	CGACTG	2	12	2892339	2892350	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017857	ATCCTG	2	12	2892650	2892661	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017857	ATGATA	2	12	2892841	2892852	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017857	TAAAAT	2	12	2952939	2952950	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017857	GCATCG	2	12	3030318	3030329	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017857	GTTATT	2	12	3042110	3042121	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017857	AGTTTT	2	12	3070051	3070062	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017857	GCAATT	2	12	3079802	3079813	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017857	AGCGAA	2	12	3087789	3087800	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017857	CAATTT	2	12	3132444	3132455	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.