MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methylomicrobium alcaliphilum chromosome

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016112	TAAATA	2	12	1636	1647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016112	ATTCCA	2	12	33177	33188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016112	AACGGT	2	12	124490	124501	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016112	TGAAAT	2	12	128897	128908	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016112	AGGTTA	2	12	129901	129912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016112	CCAGCT	2	12	188102	188113	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_016112	TTTTAA	2	12	245866	245877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016112	TTTCGA	2	12	247027	247038	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016112	TTATGG	2	12	256397	256408	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016112	CCGATA	2	12	257220	257231	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_016112	TAACCA	2	12	288306	288317	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_016112	GAGCAG	2	12	332797	332808	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_016112	AGGGGC	2	12	336874	336885	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016112	CGGTTG	2	12	342855	342866	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016112	TTTAAT	2	12	357588	357599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016112	CGATAA	2	12	363300	363311	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_016112	ATTCTT	2	12	385453	385464	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016112	TCTAAT	2	12	431686	431697	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_016112	ATATGG	2	12	478925	478936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016112	GGGGTG	2	12	501537	501548	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016112	TTCCGC	2	12	541709	541720	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_016112	TAGCTA	2	12	592837	592848	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016112	AGAGTT	2	12	618296	618307	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016112	AACGGT	2	12	618733	618744	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_016112	TGAAAT	2	12	623141	623152	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016112	AGGTTA	2	12	624145	624156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016112	AACAAA	2	12	646905	646916	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016112	CAAAGG	2	12	649347	649358	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016112	ATTCTT	2	12	668841	668852	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016112	TAACCA	2	12	675319	675330	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016112	TAGTCG	2	12	678880	678891	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016112	GCGGTA	2	12	722214	722225	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016112	AAAAAG	2	12	727705	727716	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016112	AAATAC	2	12	861504	861515	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016112	CAATAA	2	12	862461	862472	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_016112	GCCAAA	2	12	872600	872611	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_016112	ATAAAA	2	12	889407	889418	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016112	GGAGGG	2	12	903486	903497	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016112	ATCTTT	2	12	936138	936149	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016112	CGATGA	2	12	1009352	1009363	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016112	TAAGTT	2	12	1024199	1024210	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016112	TAAAAT	2	12	1068216	1068227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016112	CGACTA	2	12	1082475	1082486	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_016112	CGAGTG	2	12	1099175	1099186	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016112	TAACCG	2	12	1099567	1099578	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016112	ACCCAC	2	12	1110130	1110141	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_016112	TGGGTA	2	12	1224441	1224452	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016112	ATTCTT	2	12	1227361	1227372	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016112	TCAAGC	2	12	1234038	1234049	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_016112	GAAGGG	2	12	1259505	1259516	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016112	CAAGCT	2	12	1259604	1259615	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016112	GATGTC	2	12	1261672	1261683	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016112	GAAAGG	2	12	1277773	1277784	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016112	GATGGG	2	12	1279306	1279317	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016112	ATAAAC	2	12	1308687	1308698	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_016112	CGCTAA	2	12	1337848	1337859	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_016112	GCCAAA	2	12	1347999	1348010	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_016112	TTTTTA	2	12	1352735	1352746	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016112	CTTTTC	2	12	1366952	1366963	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_016112	CTGTTT	2	12	1375340	1375351	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016112	CTCGTT	3	18	1391789	1391806	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_016112	GTTAGC	2	12	1393691	1393702	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016112	AGGGTG	2	12	1407242	1407253	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016112	CTAAAT	2	12	1411265	1411276	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016112	TCGAAT	2	12	1422321	1422332	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016112	CTATTG	2	12	1460520	1460531	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_016112	AGCTGG	2	12	1466807	1466818	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016112	AAAGAT	2	12	1616721	1616732	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016112	TAACCA	2	12	1666279	1666290	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_016112	AAATTA	2	12	1669921	1669932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016112	TAACCA	2	12	1684446	1684457	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_016112	TAACCA	2	12	1686566	1686577	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_016112	ACAGCT	2	12	1742154	1742165	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016112	CGGCGC	2	12	1815696	1815707	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_016112	GAAATT	2	12	1843614	1843625	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016112	GTAAGT	2	12	1964634	1964645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016112	ATCAGA	2	12	2018846	2018857	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016112	CAGTAA	2	12	2022251	2022262	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016112	TTTTTG	2	12	2060178	2060189	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016112	TTAAAA	2	12	2186686	2186697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016112	GCAAAG	2	12	2263896	2263907	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016112	GTTATT	2	12	2272391	2272402	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016112	CTACGG	2	12	2306610	2306621	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_016112	ATGCTA	2	12	2346823	2346834	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_016112	GGATTC	2	12	2418541	2418552	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016112	CATTCT	2	12	2445634	2445645	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_016112	GCCGGC	2	12	2482918	2482929	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_016112	ACCCTG	2	12	2486583	2486594	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_016112	AGTCGT	2	12	2534473	2534484	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016112	AGCTGG	2	12	2534653	2534664	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016112	CAAAAA	2	12	2548471	2548482	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016112	TTTTAT	2	12	2555338	2555349	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016112	CGGCAA	2	12	2578737	2578748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_016112	GAAAAA	2	12	2628079	2628090	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016112	CGCAAT	2	12	2661921	2661932	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016112	GACAAC	2	12	2762714	2762725	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_016112	GTTATC	2	12	2763444	2763455	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016112	CGAACC	2	12	2764539	2764550	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_016112	AAATTT	2	12	2858101	2858112	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016112	AAAGAT	2	12	2861602	2861613	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016112	AGAATA	2	12	2893815	2893826	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016112	TCCAGG	2	12	2917712	2917723	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016112	CAGATA	2	12	2932616	2932627	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_016112	GCCAAT	2	12	2949294	2949305	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_016112	TCAAAT	2	12	2993614	2993625	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016112	ATTTTC	2	12	3032808	3032819	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016112	AAACAA	2	12	3033150	3033161	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_016112	TTGTTC	2	12	3095300	3095311	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_016112	AAATTG	2	12	3100904	3100915	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016112	AAACCA	2	12	3107792	3107803	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016112	CGGCAA	2	12	3163190	3163201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_016112	AGTCGT	2	12	3178160	3178171	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016112	AACCAA	2	12	3206959	3206970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_016112	CTAAAT	2	12	3219316	3219327	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016112	GATCGG	2	12	3249676	3249687	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_016112	ATGTGT	2	12	3254750	3254761	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016112	TAAGAA	2	12	3275100	3275111	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016112	TAGTCG	2	12	3301814	3301825	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_016112	TTCGCC	2	12	3355959	3355970	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
120	NC_016112	TAAATT	2	12	3393477	3393488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016112	AATGAC	2	12	3464829	3464840	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016112	AGGCTC	2	12	3483415	3483426	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_016112	GATAGG	2	12	3483966	3483977	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016112	TTTATC	2	12	3494697	3494708	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_016112	AAAATA	2	12	3548347	3548358	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016112	TTATTT	2	12	3560190	3560201	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016112	AATTAA	2	12	3630260	3630271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016112	CGGTTT	2	12	3651837	3651848	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016112	TACGAC	2	12	3687373	3687384	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_016112	TGGCCT	2	12	3691877	3691888	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_016112	CGGCTT	2	12	3706958	3706969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_016112	AATAAC	2	12	3721553	3721564	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_016112	AAAACC	2	12	3723862	3723873	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_016112	TTTGTT	2	12	3749395	3749406	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016112	ACCTTC	2	12	3749448	3749459	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_016112	TCCCGA	2	12	3750204	3750215	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
137	NC_016112	TTCGAA	2	12	3750230	3750241	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_016112	CTATAC	2	12	3761189	3761200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_016112	CGCCCT	2	12	3829459	3829470	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_016112	GGTTTT	2	12	3971654	3971665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016112	TTTGCA	2	12	3986164	3986175	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_016112	GAAAGC	2	12	3994366	3994377	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_016112	TTATAG	2	12	4055585	4055596	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016112	AAAGTA	2	12	4070571	4070582	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016112	TAACCT	2	12	4079450	4079461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_016112	ATTTCA	2	12	4080454	4080465	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_016112	ACCGTT	2	12	4084862	4084873	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_016112	TCTTGT	2	12	4123305	4123316	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_016112	TATAAA	2	12	4125937	4125948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016112	GAGGCC	2	12	4226738	4226749	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_016112	ATAGGT	2	12	4233099	4233110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016112	ACCGAT	2	12	4274208	4274219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_016112	GATACC	3	18	4274229	4274246	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_016112	GATACG	2	12	4274259	4274270	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_016112	ACGGAT	2	12	4274286	4274297	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_016112	GATACT	2	12	4274325	4274336	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_016112	ACGGAT	2	12	4274370	4274381	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_016112	GATACC	2	12	4274409	4274420	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_016112	GATACG	2	12	4274439	4274450	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_016112	AGGCTT	2	12	4283913	4283924	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_016112	TCGCCG	2	12	4370380	4370391	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
162	NC_016112	GAGCCC	2	12	4370528	4370539	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
163	NC_016112	TAACAA	2	12	4395098	4395109	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
164	NC_016112	AAGCAT	2	12	4398168	4398179	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
165	NC_016112	CAAGCT	2	12	4422210	4422221	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_016112	GTTATA	2	12	4434952	4434963	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
167	NC_016112	ATAGTC	2	12	4482996	4483007	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
168	NC_016112	ACCCAA	2	12	4529781	4529792	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
169	NC_016112	TAAGAA	2	12	4615826	4615837	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
170	NC_016112	TGACGC	2	12	4658479	4658490	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.