MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Metallosphaera cuprina Ar-4 chromosome

Total Repeats: 245

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015435	TCAAC	2	10	42277	42286	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015435	TCAAA	2	10	42429	42438	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015435	TTATT	2	10	42545	42554	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015435	GATGT	2	10	77963	77972	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015435	ATTTT	2	10	97528	97537	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015435	GATTT	2	10	99386	99395	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015435	TTAGG	2	10	192152	192161	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015435	CTGAT	2	10	199625	199634	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015435	TAAAA	2	10	208612	208621	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015435	TCTAG	2	10	211400	211409	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015435	CTCTT	2	10	213371	213380	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015435	ATGTT	2	10	213794	213803	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015435	TAATG	2	10	217346	217355	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015435	TGAAT	2	10	226357	226366	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015435	ATTAA	2	10	227390	227399	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015435	TAAAG	2	10	227463	227472	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015435	ATTCA	2	10	242018	242027	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015435	TATAT	2	10	257229	257238	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015435	AAATT	2	10	265642	265651	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015435	AGTTA	2	10	306789	306798	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015435	AGGTT	2	10	306855	306864	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015435	TCTTT	2	10	333548	333557	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015435	TAAAA	2	10	348726	348735	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015435	TGCAA	2	10	389536	389545	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015435	CTCTC	2	10	392095	392104	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_015435	AGAGA	2	10	404862	404871	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015435	TTGAG	2	10	409988	409997	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015435	GAGCT	2	10	410150	410159	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015435	CCCCA	2	10	414467	414476	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
30	NC_015435	AGGTT	2	10	415107	415116	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015435	CTACG	2	10	415189	415198	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015435	CTCCC	2	10	416903	416912	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
33	NC_015435	GGTTG	2	10	417123	417132	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015435	TTTGG	2	10	417184	417193	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015435	GAGCC	2	10	417410	417419	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015435	TGGAG	2	10	418687	418696	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015435	AGGTT	2	10	419007	419016	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015435	AACTC	2	10	419198	419207	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_015435	AAAAT	2	10	423102	423111	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015435	TAAGA	2	10	439849	439858	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015435	GTTCT	2	10	440990	440999	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015435	ATTAA	2	10	451153	451162	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015435	TTTAT	2	10	451195	451204	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015435	AGTAA	2	10	454918	454927	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015435	AAGTT	2	10	509784	509793	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015435	ATCGT	2	10	557913	557922	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015435	TTTTA	2	10	559775	559784	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015435	TAATA	2	10	566488	566497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015435	AATGA	2	10	578610	578619	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015435	CAATA	2	10	579179	579188	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015435	AAATT	2	10	581231	581240	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015435	GTATT	2	10	581612	581621	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015435	AAATC	2	10	597448	597457	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015435	TTATT	2	10	613414	613423	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015435	TACTC	2	10	622300	622309	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_015435	TTCAA	2	10	622396	622405	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015435	AGAGG	2	10	624280	624289	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015435	GATAG	2	10	625852	625861	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015435	GAATT	2	10	629030	629039	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015435	GCTAA	2	10	629788	629797	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015435	ATTTT	2	10	647347	647356	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015435	TTTTA	2	10	648077	648086	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015435	TTAAA	2	10	651658	651667	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015435	ATTTA	2	10	651753	651762	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015435	AAAAG	2	10	664371	664380	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015435	TAAAA	2	10	666497	666506	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015435	AGTTT	2	10	676289	676298	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015435	AATTT	2	10	706192	706201	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015435	ATCTA	2	10	711559	711568	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015435	ATTAT	2	10	722409	722418	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015435	TGTGA	2	10	741424	741433	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015435	CTTAG	2	10	742766	742775	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015435	TTTAC	2	10	744214	744223	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015435	TTTTG	2	10	748036	748045	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015435	GGATT	2	10	749438	749447	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015435	GCTGA	2	10	778757	778766	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015435	CTCTT	2	10	783151	783160	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_015435	TTTAA	2	10	809865	809874	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015435	GTTAA	2	10	818085	818094	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015435	ATTGA	2	10	820751	820760	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015435	GATTT	2	10	821284	821293	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015435	TTGTA	2	10	821704	821713	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015435	TTGAA	2	10	826806	826815	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015435	ATTAA	2	10	829656	829665	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015435	GTAAA	2	10	834762	834771	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015435	ATAGT	2	10	834868	834877	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015435	TTTCT	2	10	835941	835950	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015435	AATTT	2	10	843026	843035	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015435	CATTG	2	10	845403	845412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015435	TAACG	2	10	845430	845439	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015435	TTTTA	2	10	846162	846171	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015435	GTGAT	2	10	847715	847724	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015435	TGATA	2	10	852717	852726	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015435	TTTAT	2	10	861766	861775	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015435	GGGAC	2	10	865138	865147	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015435	AACGT	2	10	867605	867614	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015435	AATTA	2	10	873023	873032	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015435	CCTTT	2	10	877297	877306	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_015435	AAATA	2	10	888626	888635	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015435	AAACA	2	10	899532	899541	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015435	ACATT	2	10	902688	902697	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015435	AGCGT	2	10	912709	912718	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_015435	TTAAA	2	10	916285	916294	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015435	AATTA	2	10	916579	916588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015435	AAGCT	2	10	928994	929003	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015435	GAAAA	2	10	933745	933754	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015435	GAACG	2	10	939487	939496	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015435	TCCTT	2	10	945823	945832	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_015435	CAGCT	2	10	947780	947789	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_015435	ACTTC	2	10	955659	955668	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_015435	TCCCG	2	10	955760	955769	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_015435	AGCTT	2	10	956698	956707	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015435	TTAAT	2	10	962649	962658	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015435	ACCTT	2	10	962679	962688	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_015435	CCTAG	2	10	968874	968883	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_015435	AGAAA	2	10	969229	969238	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015435	GATTT	2	10	970955	970964	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015435	ACTCA	2	10	971619	971628	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_015435	AACGG	2	10	974741	974750	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015435	GAGAA	2	10	976705	976714	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015435	TTAAC	2	10	977952	977961	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015435	CTCAA	2	10	979843	979852	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015435	GAACT	2	10	982440	982449	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015435	TACCA	2	10	985828	985837	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_015435	CGAAA	2	10	986111	986120	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015435	TTATT	2	10	989127	989136	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015435	TGAGA	2	10	996435	996444	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015435	GAGAA	2	10	996702	996711	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015435	CGTGA	2	10	1003176	1003185	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015435	TGAGT	2	10	1007887	1007896	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015435	GACGA	2	10	1013974	1013983	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015435	CTTTA	2	10	1014394	1014403	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015435	TAACG	2	10	1028857	1028866	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_015435	TCAAT	2	10	1029634	1029643	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015435	AGGAC	2	10	1041390	1041399	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015435	TGAGA	2	10	1047326	1047335	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015435	GCGTT	2	10	1047443	1047452	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015435	ATAAA	2	10	1047995	1048004	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015435	GTGAA	2	10	1049939	1049948	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015435	CAAAA	2	10	1059665	1059674	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015435	AGCGC	2	10	1076834	1076843	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_015435	CAATC	2	10	1077158	1077167	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_015435	TGATG	2	10	1083456	1083465	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015435	AAACT	2	10	1084387	1084396	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_015435	GACGA	2	10	1085431	1085440	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_015435	ACGGA	2	10	1085483	1085492	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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149	NC_015435	GACCT	2	10	1108204	1108213	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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182	NC_015435	GTTAT	2	10	1398826	1398835	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_015435	ATTGA	2	10	1450269	1450278	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
188	NC_015435	TCGAA	2	10	1450358	1450367	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.