MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanosaeta concilii GP6 chromosome

Total Repeats: 401

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015416	CCAGA	2	10	3457	3466	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015416	GGCTC	2	10	3946	3955	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_015416	TCCTC	2	10	16128	16137	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_015416	CCAGC	2	10	16522	16531	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_015416	CCATG	2	10	19651	19660	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015416	ATTTT	2	10	21101	21110	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015416	CTCTA	2	10	21429	21438	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_015416	TCACA	2	10	26137	26146	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015416	TATCA	2	10	39599	39608	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015416	AATTG	2	10	46430	46439	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015416	ATATA	2	10	47071	47080	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015416	TGCAA	2	10	57812	57821	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015416	CAAAC	2	10	57842	57851	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_015416	TCGGC	2	10	77557	77566	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_015416	CTTTT	2	10	97276	97285	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015416	TCCCC	2	10	112016	112025	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
17	NC_015416	TTTGA	2	10	112070	112079	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015416	GTATA	2	10	116221	116230	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015416	TAATG	2	10	120495	120504	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015416	TGAAA	2	10	120621	120630	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015416	GGATG	2	10	122660	122669	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015416	ACTGG	2	10	131807	131816	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015416	GTAGG	2	10	133220	133229	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015416	GGGAG	2	10	135982	135991	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015416	CATAT	2	10	140806	140815	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015416	GAATT	2	10	150311	150320	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015416	CGCCC	2	10	166525	166534	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
28	NC_015416	TGGAT	2	10	178573	178582	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015416	TTATT	2	10	186793	186802	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015416	TTGAT	2	10	194932	194941	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015416	ATATT	2	10	197870	197879	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015416	ACCCA	2	10	201433	201442	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
33	NC_015416	TTCCT	2	10	206963	206972	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_015416	GAATC	2	10	220750	220759	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015416	GATAA	2	10	222725	222734	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015416	CATTA	2	10	227511	227520	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015416	TAGCT	2	10	234351	234360	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_015416	CAATG	2	10	234521	234530	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015416	TGGCT	2	10	238544	238553	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015416	TCGAC	2	10	239113	239122	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015416	TTCCA	2	10	240347	240356	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015416	TTTCC	2	10	242481	242490	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015416	TAGAT	2	10	253742	253751	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015416	CAAAT	2	10	257720	257729	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015416	TAACT	2	10	267237	267246	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015416	CTCAT	2	10	273573	273582	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_015416	AAAAT	2	10	277441	277450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015416	AATAA	2	10	277451	277460	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015416	GATTG	2	10	282934	282943	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015416	GCATC	2	10	291213	291222	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015416	GGCTC	2	10	293208	293217	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_015416	CCCAC	2	10	297405	297414	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
53	NC_015416	TCAGA	2	10	297610	297619	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015416	GATCA	2	10	302116	302125	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015416	AGGAT	2	10	302390	302399	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015416	TGCCG	2	10	302616	302625	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_015416	TCGAT	2	10	303052	303061	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015416	TAATT	2	10	305437	305446	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015416	TTCCA	2	10	322441	322450	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_015416	ATTAT	2	10	324566	324575	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015416	TGCGA	2	10	324622	324631	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015416	CTAAG	2	10	324655	324664	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015416	CTGAT	2	10	393729	393738	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015416	ATCTA	2	10	411595	411604	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015416	TGTAT	2	10	411617	411626	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015416	TGTGG	2	10	412226	412235	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015416	AATTT	2	10	413865	413874	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015416	TGAGA	2	10	453065	453074	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015416	ATAGC	2	10	454008	454017	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015416	CATAG	2	10	457917	457926	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015416	GAAGC	2	10	458088	458097	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015416	TCTTT	2	10	461857	461866	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015416	CTCTT	2	10	470655	470664	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015416	TCAAA	2	10	470842	470851	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015416	ATGGG	2	10	472491	472500	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015416	TCGAA	2	10	495067	495076	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015416	TCTTG	2	10	502395	502404	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015416	AGATA	2	10	529943	529952	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015416	CAATG	2	10	530533	530542	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015416	TATTT	2	10	533619	533628	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015416	AGTAC	2	10	538517	538526	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015416	TATTT	2	10	538794	538803	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015416	CATTT	2	10	539754	539763	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015416	AGTCC	2	10	549939	549948	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015416	AGGGG	2	10	553461	553470	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015416	GAAGA	2	10	575124	575133	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015416	ACAAT	2	10	577446	577455	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015416	CAATG	2	10	577897	577906	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015416	ATGTG	2	10	580920	580929	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015416	TCAGA	2	10	604744	604753	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015416	TGAGA	2	10	624928	624937	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015416	TGCCC	2	10	628370	628379	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_015416	GAAGA	2	10	630222	630231	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015416	CGAAG	2	10	630259	630268	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015416	TTTCC	2	10	649305	649314	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_015416	GGCCA	2	10	650499	650508	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_015416	ATAGA	2	10	667972	667981	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015416	TCCCC	2	10	684981	684990	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
99	NC_015416	CATTT	2	10	685197	685206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015416	AGATC	2	10	703792	703801	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015416	TTAAA	2	10	708371	708380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015416	CTATT	2	10	708595	708604	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_015416	CAATC	2	10	715734	715743	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015416	CCAAC	2	10	720783	720792	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
105	NC_015416	CAAGA	2	10	731858	731867	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015416	ACAAG	2	10	740634	740643	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015416	GATTG	2	10	744974	744983	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015416	GATCA	2	10	746581	746590	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015416	GATTG	2	10	760940	760949	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015416	TCCCC	2	10	762969	762978	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
111	NC_015416	GAAGA	2	10	779527	779536	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015416	GATCA	2	10	797147	797156	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015416	GGTCC	2	10	801573	801582	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_015416	TAACC	2	10	806310	806319	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_015416	AGGTT	2	10	808036	808045	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015416	CATGG	2	10	831483	831492	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_015416	TTCTC	2	10	833698	833707	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_015416	GCATC	2	10	836535	836544	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_015416	GGCTC	2	10	838520	838529	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_015416	TATCA	2	10	861431	861440	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015416	CAATC	2	10	861450	861459	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_015416	CGATC	2	10	863877	863886	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015416	AACCT	2	10	871408	871417	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_015416	CCTTC	2	10	905019	905028	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_015416	AATCA	2	10	929564	929573	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015416	TGAGA	3	15	939786	939800	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015416	CAATG	2	10	968168	968177	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015416	ATTCG	2	10	974791	974800	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_015416	CATAG	2	10	983096	983105	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015416	CGATA	2	10	1013617	1013626	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_015416	TATCC	2	10	1019707	1019716	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_015416	AAATT	2	10	1033325	1033334	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015416	AGAGG	2	10	1057355	1057364	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015416	TAAAC	2	10	1073071	1073080	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015416	TCCCC	2	10	1078750	1078759	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
136	NC_015416	GTAAG	2	10	1079693	1079702	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015416	ATTTC	2	10	1081384	1081393	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015416	TCATG	2	10	1084493	1084502	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015416	GCCTG	2	10	1111085	1111094	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015416	CGGGC	2	10	1113073	1113082	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
141	NC_015416	AATTA	2	10	1116954	1116963	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015416	AAATG	2	10	1117071	1117080	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015416	GAATT	2	10	1126638	1126647	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015416	GAAGA	2	10	1137271	1137280	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015416	ACCAC	2	10	1144163	1144172	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_015416	AAAGG	2	10	1152841	1152850	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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148	NC_015416	TGTAT	2	10	1155288	1155297	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_015416	GACCT	2	10	1311799	1311808	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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183	NC_015416	AAATC	2	10	1418579	1418588	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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286	NC_015416	CATGA	2	10	2065811	2065820	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
287	NC_015416	ATCCA	2	10	2077232	2077241	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
288	NC_015416	GCGCA	2	10	2077336	2077345	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
289	NC_015416	GGGTG	2	10	2103467	2103476	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
290	NC_015416	GCCCG	2	10	2111719	2111728	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
291	NC_015416	GCAAC	2	10	2122794	2122803	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_015416	AGAAA	2	10	2122851	2122860	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
293	NC_015416	ATCAG	2	10	2122911	2122920	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
294	NC_015416	AAAGG	2	10	2123201	2123210	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
295	NC_015416	AAAGC	2	10	2123714	2123723	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_015416	ATGGG	2	10	2123753	2123762	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
297	NC_015416	CCCCG	2	10	2143114	2143123	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
298	NC_015416	ACCAG	2	10	2144052	2144061	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
299	NC_015416	AAACT	2	10	2145679	2145688	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_015416	CTACC	2	10	2146902	2146911	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
301	NC_015416	TGATC	2	10	2149285	2149294	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
302	NC_015416	AGAGT	2	10	2166940	2166949	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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304	NC_015416	AGCGG	2	10	2171313	2171322	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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309	NC_015416	TCGTA	2	10	2195756	2195765	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
310	NC_015416	AGGTG	2	10	2225143	2225152	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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319	NC_015416	GGTTG	2	10	2366530	2366539	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
320	NC_015416	GGATA	2	10	2375090	2375099	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
321	NC_015416	GCCCA	2	10	2378363	2378372	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
322	NC_015416	TTTGG	2	10	2381812	2381821	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
323	NC_015416	CATAC	2	10	2396308	2396317	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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331	NC_015416	TCAGA	2	10	2470761	2470770	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
332	NC_015416	ATTAT	2	10	2478029	2478038	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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347	NC_015416	GAGAA	2	10	2633516	2633525	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
348	NC_015416	GGATC	2	10	2634504	2634513	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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351	NC_015416	GTGCT	2	10	2667191	2667200	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
352	NC_015416	ATATC	2	10	2667408	2667417	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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389	NC_015416	ATCGA	2	10	2920585	2920594	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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392	NC_015416	TGCCG	2	10	2931871	2931880	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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397	NC_015416	TCTCT	2	10	2975104	2975113	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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399	NC_015416	AATGA	2	10	2983893	2983902	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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401	NC_015416	AAGGT	2	10	2993163	2993172	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.