MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanobacterium sp. AL-21 chromosome

Total Repeats: 223

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015216	ATTTAA	2	12	9014	9025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015216	TAAAAA	2	12	10509	10520	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015216	TAAAAA	2	12	15822	15833	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015216	TTAAAA	2	12	54577	54588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015216	CTAAAT	2	12	58380	58391	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015216	TTTAAA	2	12	66157	66168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015216	ATTTAA	2	12	88863	88874	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015216	AAAATT	2	12	95203	95214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015216	TTTTAA	2	12	107473	107484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015216	AATAAA	2	12	107638	107649	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015216	ATAATT	2	12	113068	113079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015216	AAGTTA	2	12	113178	113189	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015216	AAAATT	2	12	149202	149213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015216	ATTGCT	2	12	178004	178015	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015216	GAGGTA	2	12	221963	221974	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015216	AATCCA	2	12	238341	238352	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015216	GCAGGG	2	12	299600	299611	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015216	TTATTT	2	12	352125	352136	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015216	CTAATA	2	12	372089	372100	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015216	GTTTTT	2	12	384672	384683	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015216	GTTTTT	2	12	384864	384875	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015216	ATATTT	2	12	385753	385764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015216	TATTTT	2	12	394719	394730	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015216	ATTTTT	2	12	418908	418919	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015216	TATTAA	2	12	419634	419645	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015216	TAAAAA	2	12	429832	429843	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015216	TTTAAA	2	12	434695	434706	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015216	TAAAAT	2	12	450325	450336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015216	ATTTAA	2	12	457946	457957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015216	TGGTTA	2	12	458149	458160	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015216	TTTATC	2	12	464885	464896	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015216	AAAAGA	2	12	488723	488734	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015216	GTTTGA	2	12	490314	490325	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015216	TCCTAA	2	12	492810	492821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015216	TAAGGT	2	12	493470	493481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015216	ATAATT	2	12	496005	496016	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015216	AATTAG	2	12	496154	496165	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015216	TAAATA	2	12	502333	502344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015216	TATAAT	2	12	521097	521108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015216	ATTGTT	2	12	521143	521154	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015216	ATTTAT	2	12	543916	543927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015216	TAAAAA	2	12	560321	560332	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015216	TTGATT	2	12	575115	575126	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015216	AAAATA	2	12	584332	584343	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015216	ATTTCT	2	12	607445	607456	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015216	AAATTT	2	12	609456	609467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015216	TTAATA	2	12	666439	666450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015216	AAAAAG	2	12	666511	666522	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015216	CCCGGC	2	12	681376	681387	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_015216	TGTAAA	2	12	699441	699452	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015216	AGAATT	2	12	723167	723178	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015216	TGATTG	2	12	725633	725644	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015216	AATTAA	2	12	742213	742224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015216	GTCAAA	2	12	773432	773443	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015216	GAAAAG	2	12	773786	773797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015216	ATAAAA	2	12	784415	784426	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015216	TAAAAA	2	12	785958	785969	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015216	TTATTT	2	12	791697	791708	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015216	TAACAA	2	12	791896	791907	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015216	TAAATA	2	12	805064	805075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015216	AAATTT	2	12	805221	805232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015216	CAAATA	2	12	830790	830801	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015216	TTTTCT	2	12	834350	834361	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015216	AAATAA	2	12	836514	836525	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015216	ACTTAA	2	12	847469	847480	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015216	TAGTTT	2	12	879660	879671	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015216	TCAAAT	2	12	884345	884356	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_015216	ATTTTA	2	12	915729	915740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015216	TTTGTT	2	12	915827	915838	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015216	TATTGG	2	12	917751	917762	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015216	GTTTAT	2	12	926511	926522	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015216	TTTATA	2	12	956023	956034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015216	TCAAAT	2	12	967558	967569	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015216	TTATTT	2	12	996894	996905	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015216	TTAATA	2	12	1001520	1001531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015216	TGAAAA	2	12	1001819	1001830	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015216	ATTAAA	2	12	1002526	1002537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015216	CATTTA	2	12	1010937	1010948	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015216	AAAATA	2	12	1029716	1029727	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015216	TAAAAA	2	12	1031088	1031099	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015216	TAAAAA	2	12	1043058	1043069	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015216	AAACGA	2	12	1047810	1047821	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015216	ATTAAC	2	12	1102700	1102711	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015216	AAAATA	2	12	1133544	1133555	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015216	TAAAAA	2	12	1135590	1135601	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015216	TTAAGT	2	12	1136505	1136516	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015216	AATTAA	2	12	1142605	1142616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015216	AATTAC	2	12	1152451	1152462	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_015216	TTTATT	2	12	1189044	1189055	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015216	TTTAAA	2	12	1201987	1201998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015216	TTTCTA	2	12	1224119	1224130	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015216	TATCCT	2	12	1228253	1228264	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015216	TAATAT	2	12	1231127	1231138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015216	TTAAAT	2	12	1231971	1231982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015216	TTAGTG	2	12	1236799	1236810	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015216	ATTTAT	2	12	1252064	1252075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015216	GATTTA	2	12	1262190	1262201	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015216	AAAATT	2	12	1268723	1268734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015216	TAAAAA	2	12	1274196	1274207	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015216	TTTATT	2	12	1277620	1277631	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015216	TATAAA	2	12	1299444	1299455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015216	TCAAAG	2	12	1305703	1305714	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_015216	TAATTT	2	12	1314157	1314168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015216	ATTAAA	2	12	1317762	1317773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015216	ATTAAT	2	12	1322249	1322260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015216	TTTGAT	2	12	1331641	1331652	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015216	GATACA	2	12	1332588	1332599	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015216	AATATA	2	12	1336264	1336275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015216	TTTATA	2	12	1354801	1354812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015216	AATAGT	2	12	1360326	1360337	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015216	TTAATA	2	12	1368106	1368117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015216	TATTAA	2	12	1369505	1369516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015216	ATCCAT	2	12	1386780	1386791	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015216	TCTATT	2	12	1406548	1406559	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_015216	TGGGAT	2	12	1406793	1406804	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015216	CAAAAA	2	12	1412656	1412667	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015216	GTATTA	2	12	1424513	1424524	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015216	ATCCAC	2	12	1425413	1425424	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_015216	TATAAA	2	12	1428737	1428748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015216	ATATTT	2	12	1461891	1461902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015216	TTATAT	2	12	1465874	1465885	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015216	ACGGTT	2	12	1475888	1475899	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015216	TATCAT	2	12	1476207	1476218	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_015216	AAATCT	2	12	1476384	1476395	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_015216	ATTTTT	2	12	1478664	1478675	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015216	ATTTCT	2	12	1478719	1478730	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015216	ATTATA	2	12	1478902	1478913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015216	TTTTAT	2	12	1483033	1483044	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015216	CAATGG	2	12	1483895	1483906	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_015216	GTTAGC	2	12	1485153	1485164	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_015216	GAAATT	2	12	1488297	1488308	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015216	ATTTTA	2	12	1490572	1490583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015216	ATTTTT	2	12	1498920	1498931	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015216	TAGGTA	2	12	1503031	1503042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015216	ATTAAA	2	12	1525788	1525799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015216	ATATGT	2	12	1537066	1537077	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015216	ACCTTA	2	12	1542507	1542518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015216	TTAGGA	2	12	1543167	1543178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015216	TCAAAC	2	12	1545667	1545678	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_015216	TAACCC	2	12	1552382	1552393	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_015216	TGAGCA	2	12	1564520	1564531	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_015216	GGTTAA	2	12	1567178	1567189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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144	NC_015216	CAATTA	2	12	1610463	1610474	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_015216	TAATTA	2	12	1640365	1640376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015216	TAAAAA	2	12	1647350	1647361	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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148	NC_015216	TAATTT	2	12	1661925	1661936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015216	CAATTT	2	12	1667850	1667861	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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151	NC_015216	TATACC	2	12	1693286	1693297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_015216	TTGTAC	2	12	1712813	1712824	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_015216	TTAGGT	2	12	1737187	1737198	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015216	GATATA	2	12	1739259	1739270	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_015216	TGTGGG	2	12	1767023	1767034	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
156	NC_015216	TTGAAT	2	12	1782845	1782856	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
157	NC_015216	TTTAAA	2	12	1787869	1787880	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015216	AAATAT	2	12	1793056	1793067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_015216	TTATGT	2	12	1806384	1806395	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_015216	ATTTAA	2	12	1813611	1813622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015216	ATATCA	2	12	1826611	1826622	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_015216	AAATAA	2	12	1828222	1828233	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015216	TAAAAA	2	12	1849637	1849648	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_015216	ATCATT	2	12	1857100	1857111	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
165	NC_015216	TTTTTG	2	12	1863592	1863603	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_015216	TAAATA	3	18	1867811	1867828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_015216	TTAAAT	2	12	1868013	1868024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_015216	AAAATT	2	12	1882685	1882696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_015216	AAATTA	2	12	1902405	1902416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_015216	TAATGT	2	12	1918114	1918125	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
171	NC_015216	TTGATA	2	12	1924951	1924962	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
172	NC_015216	TTTCCA	2	12	1937800	1937811	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_015216	TAACCA	2	12	1939651	1939662	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_015216	TAAATA	2	12	1952789	1952800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_015216	AGGAAA	2	12	1980413	1980424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NC_015216	ATAACT	2	12	1995492	1995503	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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178	NC_015216	TTATAA	2	12	2028511	2028522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_015216	TTGATT	2	12	2040346	2040357	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_015216	ATTTTA	2	12	2057283	2057294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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223	NC_015216	TTAAAC	2	12	2570081	2570092	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.