MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocaldococcus infernus ME chromosome

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014122	AGAAA	2	10	23555	23564	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014122	GTAAT	2	10	29031	29040	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014122	TAAAA	2	10	29594	29603	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014122	GTTTT	2	10	41091	41100	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014122	ATTTT	2	10	41136	41145	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014122	AACCT	2	10	41204	41213	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_014122	ATTTT	2	10	41384	41393	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014122	AAAAT	2	10	41466	41475	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014122	AAAAT	2	10	71301	71310	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014122	TGAGG	2	10	101127	101136	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014122	AAATT	2	10	106813	106822	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014122	ATTTT	2	10	109665	109674	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014122	TTTAA	2	10	160907	160916	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014122	ATTAA	2	10	160922	160931	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014122	ATAAA	2	10	161776	161785	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014122	CTATC	2	10	161788	161797	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_014122	ATTTT	2	10	161886	161895	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014122	TAAAA	2	10	169051	169060	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014122	AATTA	2	10	226877	226886	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014122	TATAT	2	10	235618	235627	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014122	AGGTT	2	10	236455	236464	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014122	TAAAA	2	10	236522	236531	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014122	AAAAT	2	10	236568	236577	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014122	TTATT	2	10	245719	245728	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014122	ACTAT	2	10	246650	246659	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014122	AAGCC	2	10	246895	246904	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_014122	TTTCT	2	10	247100	247109	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_014122	TAGCC	2	10	279375	279384	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_014122	ATTTT	2	10	279551	279560	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014122	TAAAT	2	10	283649	283658	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014122	ATTTA	2	10	346867	346876	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014122	GTTAA	2	10	362941	362950	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014122	TATTT	2	10	399963	399972	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014122	GGGGA	2	10	400010	400019	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014122	ATATT	2	10	422046	422055	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014122	TAAAA	2	10	443040	443049	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014122	TTAAA	2	10	511281	511290	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014122	CTTTA	2	10	516141	516150	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_014122	AGCCG	2	10	534717	534726	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_014122	CAGAT	2	10	538899	538908	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014122	CTCTT	2	10	565628	565637	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_014122	ATTAA	2	10	599125	599134	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014122	TAAAA	2	10	627530	627539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014122	AAAAT	2	10	631173	631182	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014122	ACCCC	2	10	634924	634933	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
46	NC_014122	TAAAT	2	10	660393	660402	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014122	TAAGT	2	10	664909	664918	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014122	TGGGT	2	10	664945	664954	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014122	ACTTA	2	10	686285	686294	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014122	ATAAA	2	10	696081	696090	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014122	TTTAA	2	10	696128	696137	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014122	AGGTT	2	10	716441	716450	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014122	TAAAA	2	10	716508	716517	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014122	AAAAT	2	10	716554	716563	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014122	TAGAA	2	10	716820	716829	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014122	TTAAA	2	10	717092	717101	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014122	ATTTT	2	10	724272	724281	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014122	ATTAG	2	10	751413	751422	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014122	TTATT	2	10	767720	767729	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014122	TAAAA	2	10	796008	796017	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014122	AAAAT	2	10	822151	822160	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014122	TTTAT	2	10	825935	825944	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014122	AGGTT	2	10	826875	826884	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014122	TAAAA	2	10	826942	826951	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014122	AAAAT	2	10	826988	826997	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014122	TTAGA	2	10	832894	832903	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014122	GGTTT	2	10	834555	834564	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014122	TACTC	2	10	841603	841612	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_014122	TTTAG	2	10	841651	841660	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014122	TATAT	2	10	874031	874040	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014122	ATTTT	2	10	885094	885103	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014122	ATTTT	2	10	885139	885148	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014122	AACCT	2	10	885207	885216	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_014122	ATAAA	2	10	894684	894693	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014122	ATTAA	2	10	894772	894781	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014122	TCTCC	2	10	898745	898754	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_014122	AAATG	2	10	898767	898776	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014122	GGCTC	2	10	900658	900667	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_014122	AGGCG	2	10	903567	903576	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_014122	TCAAA	2	10	909309	909318	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_014122	TAAAA	2	10	922884	922893	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014122	TGAAA	2	10	955593	955602	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014122	ATTTA	2	10	989188	989197	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014122	CATTT	2	10	1001388	1001397	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_014122	ATTAT	2	10	1003842	1003851	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014122	TGATA	2	10	1009852	1009861	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014122	TTAAT	2	10	1047754	1047763	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014122	TAAAA	2	10	1047782	1047791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014122	TTAAA	2	10	1051826	1051835	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014122	ATTAT	2	10	1068183	1068192	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014122	TTTCT	2	10	1068200	1068209	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014122	TAAAA	2	10	1071855	1071864	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014122	TAAAA	2	10	1104273	1104282	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014122	TGAAA	2	10	1110489	1110498	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014122	GATAA	2	10	1111539	1111548	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014122	TTAAG	2	10	1116621	1116630	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014122	TAAAA	2	10	1119172	1119181	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014122	TTACC	2	10	1120367	1120376	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_014122	TGTAT	2	10	1120440	1120449	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014122	AGGTT	2	10	1120977	1120986	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014122	TAAAA	2	10	1121044	1121053	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014122	AATTT	2	10	1124703	1124712	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014122	TAGAA	2	10	1131420	1131429	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014122	TAATA	2	10	1132464	1132473	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014122	ATTTA	2	10	1132505	1132514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014122	AGAAA	2	10	1134905	1134914	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014122	TGAGG	2	10	1142144	1142153	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014122	TTTAA	2	10	1150135	1150144	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014122	ATAAG	2	10	1150459	1150468	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014122	CGCCT	2	10	1150713	1150722	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_014122	CGAGC	2	10	1153622	1153631	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_014122	GGAGG	2	10	1154313	1154322	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014122	CATTT	2	10	1155514	1155523	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_014122	AGGGG	2	10	1155533	1155542	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014122	ACCCC	2	10	1155660	1155669	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
116	NC_014122	AGGGG	2	10	1155687	1155696	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014122	TTAAA	2	10	1156183	1156192	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014122	ATTTA	2	10	1164881	1164890	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014122	ATTTT	2	10	1179634	1179643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014122	TAAAA	2	10	1181562	1181571	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014122	TAAAA	2	10	1183087	1183096	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014122	TAAAA	2	10	1184374	1184383	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014122	TAACA	2	10	1185356	1185365	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_014122	TTTTA	2	10	1225286	1225295	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014122	TCCTA	2	10	1233305	1233314	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_014122	TGCAC	2	10	1247213	1247222	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_014122	TATTT	2	10	1248496	1248505	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014122	CATTC	2	10	1266919	1266928	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_014122	TTAAA	2	10	1266996	1267005	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014122	CCATG	2	10	1267113	1267122	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_014122	AAAAG	2	10	1267650	1267659	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014122	AAAAC	2	10	1269474	1269483	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_014122	TAATT	2	10	1270087	1270096	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014122	AATAT	2	10	1270327	1270336	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014122	AAGAA	2	10	1270550	1270559	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014122	TTATA	2	10	1275818	1275827	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014122	TAAAA	2	10	1279733	1279742	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014122	ATTTT	2	10	1295595	1295604	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014122	TATTT	2	10	1304811	1304820	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014122	AGGTA	2	10	1319841	1319850	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014122	TAAAG	2	10	1319916	1319925	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014122	TAAAA	2	10	1324911	1324920	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014122	TTTTA	2	10	1325010	1325019	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.