MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Meiothermus ruber DSM 1279 chromosome

Total Repeats: 300

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013946	CTGGA	2	10	10386	10395	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_013946	AACCC	2	10	11529	11538	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
3	NC_013946	CAGCA	2	10	11549	11558	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_013946	GGCTG	2	10	17857	17866	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013946	CAGGG	2	10	20487	20496	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_013946	CCAAC	2	10	22180	22189	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_013946	CCGTT	2	10	56100	56109	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_013946	GCCGC	2	10	65462	65471	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_013946	ACCAG	2	10	66308	66317	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_013946	TTTGG	2	10	72315	72324	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013946	TCTAG	2	10	75229	75238	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013946	TGCTT	2	10	88923	88932	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_013946	CTAAA	2	10	95376	95385	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_013946	CAGGC	2	10	96842	96851	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_013946	TCGCC	2	10	101006	101015	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_013946	CAGGC	2	10	106156	106165	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_013946	TGGGC	2	10	111044	111053	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_013946	ACAGC	2	10	133814	133823	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_013946	GAAAA	2	10	142996	143005	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013946	CTGGG	2	10	161807	161816	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013946	TATTT	2	10	161889	161898	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013946	GGTTG	2	10	189074	189083	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013946	AACCC	2	10	199024	199033	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_013946	AGGGC	2	10	210352	210361	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_013946	TTTAG	2	10	211869	211878	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013946	CCACC	2	10	232832	232841	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
27	NC_013946	TCCAA	2	10	233870	233879	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_013946	TCGTG	2	10	257503	257512	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013946	ACCCC	2	10	262655	262664	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
30	NC_013946	CCAAT	2	10	267146	267155	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_013946	ACCCC	2	10	267156	267165	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
32	NC_013946	CGTTC	2	10	287450	287459	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_013946	GGGCT	2	10	296609	296618	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_013946	GGGGT	2	10	304107	304116	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013946	CAACA	2	10	308593	308602	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_013946	TGCTT	2	10	315708	315717	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_013946	GTAGT	2	10	337630	337639	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013946	TCTGG	2	10	338783	338792	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_013946	CTTGC	2	10	357655	357664	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_013946	AACGG	2	10	375395	375404	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013946	ACACC	2	10	375685	375694	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_013946	CGGCG	2	10	399737	399746	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_013946	GCTGT	2	10	404428	404437	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_013946	CTTGG	2	10	405344	405353	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_013946	CTTTT	2	10	433163	433172	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_013946	AGAAA	2	10	446913	446922	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013946	TAAAA	2	10	458249	458258	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013946	GCCCG	2	10	458291	458300	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_013946	AGGCC	2	10	475154	475163	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_013946	GTTAG	2	10	478459	478468	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013946	GCCCA	2	10	482291	482300	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_013946	TCCCT	2	10	483339	483348	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
53	NC_013946	CATCT	2	10	483787	483796	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_013946	CCCAC	2	10	484477	484486	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
55	NC_013946	ACCCC	2	10	487242	487251	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
56	NC_013946	TTTCC	2	10	492257	492266	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_013946	GGAAG	2	10	494508	494517	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013946	ATATT	2	10	497965	497974	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013946	ACAAT	2	10	522152	522161	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013946	AGCCG	2	10	532929	532938	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_013946	GTGGG	2	10	533685	533694	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013946	ACCCC	2	10	534811	534820	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
63	NC_013946	TTCCC	2	10	534844	534853	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_013946	CACCT	2	10	537079	537088	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
65	NC_013946	GGTGA	2	10	541581	541590	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013946	AAAGC	2	10	542212	542221	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_013946	TCGCA	2	10	544624	544633	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013946	TCCCT	2	10	546147	546156	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
69	NC_013946	AGGGG	2	10	546819	546828	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013946	ACCGA	2	10	551843	551852	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_013946	CCCAC	2	10	558456	558465	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
72	NC_013946	TGGTT	2	10	578036	578045	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013946	CTGGG	2	10	582603	582612	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013946	ACGAA	2	10	583128	583137	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_013946	CACGA	2	10	591234	591243	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_013946	TGCAT	2	10	602344	602353	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013946	GGCCC	2	10	609073	609082	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
78	NC_013946	GTGTA	2	10	619348	619357	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013946	TAGCG	2	10	627690	627699	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_013946	CCGGG	2	10	643793	643802	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_013946	GGCTG	2	10	676534	676543	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013946	GGATA	2	10	683569	683578	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013946	AAGTT	2	10	692604	692613	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013946	GCTTT	2	10	693586	693595	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013946	GCCGC	2	10	710798	710807	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_013946	TGGGC	2	10	714517	714526	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_013946	CTACC	2	10	741200	741209	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_013946	CGGGC	2	10	757507	757516	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_013946	AGCCA	2	10	777028	777037	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_013946	GGCCT	2	10	784905	784914	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_013946	CTATC	2	10	796564	796573	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_013946	GGCTT	2	10	831825	831834	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_013946	GGCCG	2	10	842287	842296	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
94	NC_013946	TACGT	2	10	864882	864891	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_013946	TCCAA	2	10	872703	872712	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_013946	ACCCA	2	10	883264	883273	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_013946	GGGCG	2	10	883297	883306	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
98	NC_013946	CCCCT	2	10	889215	889224	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
99	NC_013946	TACGG	2	10	889462	889471	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013946	GCCTA	2	10	889625	889634	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_013946	GCCTC	2	10	889692	889701	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_013946	CTCCC	2	10	890573	890582	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
103	NC_013946	GTTGT	2	10	904836	904845	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013946	CAAAA	2	10	910929	910938	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_013946	GGATA	2	10	924582	924591	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013946	CAGGC	2	10	939771	939780	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_013946	ACACA	2	10	941205	941214	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_013946	TCGTG	2	10	982789	982798	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013946	ACAGC	2	10	989874	989883	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_013946	TGGGT	2	10	1008635	1008644	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013946	AGGGG	2	10	1008762	1008771	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013946	CTTGG	2	10	1018626	1018635	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_013946	GTGCT	2	10	1022274	1022283	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_013946	AGGCC	2	10	1030554	1030563	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_013946	GTGAG	2	10	1033773	1033782	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013946	TAAGG	2	10	1045080	1045089	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013946	GGGGA	2	10	1075971	1075980	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013946	ATTGT	2	10	1078640	1078649	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013946	AGGAT	2	10	1111334	1111343	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013946	TCCAG	2	10	1112898	1112907	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_013946	ATCCG	2	10	1121973	1121982	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_013946	TAGCC	2	10	1131592	1131601	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_013946	GGGAG	2	10	1143750	1143759	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013946	CCGAG	2	10	1144279	1144288	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_013946	GAGCA	2	10	1165319	1165328	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_013946	CGGGG	2	10	1178339	1178348	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013946	AAAAG	2	10	1190981	1190990	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013946	GAGGG	2	10	1196571	1196580	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013946	AACGG	2	10	1203359	1203368	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_013946	TTCTG	2	10	1215342	1215351	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_013946	AGGCC	2	10	1222705	1222714	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_013946	CTTGT	2	10	1228004	1228013	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_013946	GTAGG	2	10	1230979	1230988	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013946	CCCGC	2	10	1232343	1232352	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
135	NC_013946	GGCGG	2	10	1232356	1232365	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013946	CTATG	2	10	1232489	1232498	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_013946	GGCTG	2	10	1239974	1239983	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013946	CCCGC	2	10	1242060	1242069	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
139	NC_013946	CGACC	2	10	1246583	1246592	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_013946	CCGCA	2	10	1246633	1246642	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_013946	GCCAG	2	10	1248733	1248742	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_013946	CCGGC	2	10	1249061	1249070	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
143	NC_013946	CCGGG	2	10	1249235	1249244	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
144	NC_013946	CGGGC	3	15	1249360	1249374	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_013946	CCCGG	2	10	1250048	1250057	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
146	NC_013946	CTGGG	2	10	1250535	1250544	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_013946	GCGCC	2	10	1251350	1251359	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
148	NC_013946	TAGCC	2	10	1279138	1279147	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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153	NC_013946	ACCCC	2	10	1296394	1296403	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
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155	NC_013946	GGTTG	2	10	1312379	1312388	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013946	GCTGG	2	10	1320058	1320067	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
157	NC_013946	TAGCG	2	10	1321146	1321155	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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162	NC_013946	GCTCG	2	10	1393735	1393744	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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165	NC_013946	CTGGT	2	10	1457958	1457967	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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174	NC_013946	CGGGG	2	10	1521499	1521508	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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182	NC_013946	TAGGG	2	10	1641678	1641687	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_013946	GCTTG	2	10	1738436	1738445	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_013946	GCACC	2	10	1816664	1816673	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
192	NC_013946	CCTTT	2	10	1835130	1835139	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
193	NC_013946	CAATA	2	10	1855505	1855514	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_013946	GCGCC	2	10	1866962	1866971	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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273	NC_013946	GCCTC	2	10	2861732	2861741	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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284	NC_013946	AGTAA	2	10	2959344	2959353	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
285	NC_013946	CAGGG	2	10	2960807	2960816	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
286	NC_013946	GCCGC	2	10	2963926	2963935	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
287	NC_013946	CCTAA	2	10	2967067	2967076	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
288	NC_013946	CAAGC	2	10	2985049	2985058	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_013946	AGGGT	2	10	2997000	2997009	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
290	NC_013946	GGGTG	2	10	2998277	2998286	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
291	NC_013946	GCCCA	2	10	2998886	2998895	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
292	NC_013946	GAGCC	2	10	3007355	3007364	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
293	NC_013946	GGCTG	2	10	3009528	3009537	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
294	NC_013946	GGCCT	2	10	3013541	3013550	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
295	NC_013946	GGGCC	2	10	3020511	3020520	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
296	NC_013946	GCCAG	2	10	3035107	3035116	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
297	NC_013946	CAGGC	2	10	3045327	3045336	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
298	NC_013946	TACAT	2	10	3050801	3050810	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
299	NC_013946	GCGTA	2	10	3065679	3065688	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
300	NC_013946	GCTGG	2	10	3082087	3082096	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.