MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocaldococcus sp. FS406-22 chromosome

Total Repeats: 201

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013887	ATATTA	2	12	9335	9346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013887	AAAATA	2	12	11235	11246	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013887	TTTAAA	2	12	18072	18083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013887	AATAAA	2	12	42459	42470	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013887	TTATTT	2	12	42766	42777	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013887	GAGGGT	2	12	63570	63581	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013887	TAAAAA	2	12	68829	68840	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013887	TAAAAA	2	12	104668	104679	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013887	ATTTTA	2	12	156613	156624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013887	AAAGAA	2	12	163017	163028	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013887	GTTAAA	2	12	169193	169204	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013887	ACAAGA	2	12	176328	176339	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_013887	TTTTCT	2	12	180015	180026	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_013887	ATGTCC	2	12	189062	189073	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_013887	TTTATC	2	12	191049	191060	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_013887	TATAAT	2	12	192203	192214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013887	TAATCT	2	12	234172	234183	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_013887	CATAAA	2	12	234527	234538	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_013887	TTTTAT	2	12	237210	237221	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013887	TAAAAA	2	12	267421	267432	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013887	TTTTAT	2	12	290658	290669	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013887	TATTTT	2	12	300413	300424	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013887	AGATAA	2	12	304067	304078	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013887	TGTTAT	2	12	304886	304897	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013887	AATTAA	2	12	315609	315620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013887	ATTTAA	2	12	321065	321076	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013887	ATAATT	2	12	350113	350124	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013887	TTTATT	2	12	366159	366170	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013887	ATTTAA	2	12	375456	375467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013887	TTTAAA	2	12	375589	375600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013887	GAAAAA	2	12	376781	376792	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013887	ATTTTT	2	12	383117	383128	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013887	GATTAT	2	12	399847	399858	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013887	ATTTTT	2	12	407657	407668	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013887	CAAAAA	2	12	415013	415024	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013887	ACCAAC	2	12	418853	418864	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_013887	TTTAAG	2	12	425028	425039	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013887	GGTTTT	2	12	431619	431630	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013887	TTTTTA	2	12	432320	432331	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013887	ATATTC	2	12	434640	434651	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013887	GAGGGT	2	12	440256	440267	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013887	ATTTAA	2	12	448214	448225	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013887	AATAAA	2	12	451652	451663	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013887	CCAAAA	2	12	451743	451754	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013887	AATGGG	2	12	476287	476298	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013887	TATATT	2	12	489122	489133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013887	TTATAT	2	12	498276	498287	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013887	CTGGAA	2	12	512667	512678	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_013887	TCCTAT	2	12	512759	512770	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_013887	AAATAG	2	12	530791	530802	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013887	AATTTT	2	12	547208	547219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013887	TTAAAG	2	12	549167	549178	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013887	TAAAAA	2	12	550388	550399	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013887	ATATTT	2	12	571641	571652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013887	GATATT	2	12	575022	575033	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013887	TGAAAA	2	12	575577	575588	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013887	TAAAGA	2	12	576429	576440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013887	TATAGA	2	12	576441	576452	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013887	ATTATG	2	12	591223	591234	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013887	AGAAAA	2	12	592580	592591	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013887	AATTAA	2	12	612188	612199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013887	AGAAAC	2	12	649890	649901	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_013887	TTTCCT	2	12	665566	665577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_013887	ATTCCA	2	12	666090	666101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013887	ATTTTT	2	12	674549	674560	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013887	TATTTT	2	12	679493	679504	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013887	TTTAAT	2	12	680670	680681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013887	TAAAAT	2	12	720041	720052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013887	AATTCA	2	12	728704	728715	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_013887	TGAGAA	2	12	736152	736163	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013887	ATCTCT	2	12	736231	736242	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013887	AAAAAT	2	12	738504	738515	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013887	TTATTC	2	12	748580	748591	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_013887	ATTTAA	2	12	758409	758420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013887	GAGGGT	2	12	760270	760281	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013887	TAAAAA	2	12	771711	771722	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013887	TAAAAA	2	12	775547	775558	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013887	TTTGAG	2	12	776653	776664	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013887	ATTTTT	2	12	792190	792201	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013887	TTTAAG	2	12	792205	792216	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013887	ATTTTT	2	12	792237	792248	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013887	ATTAAT	2	12	794264	794275	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013887	AAATAA	2	12	802798	802809	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013887	AAAAAT	2	12	804084	804095	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013887	TTAAAA	2	12	809761	809772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013887	AAATTA	2	12	825770	825781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013887	GAGGGT	2	12	830942	830953	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013887	AAAATA	2	12	833319	833330	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013887	ATTTTT	2	12	833802	833813	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013887	AAGTTA	2	12	847843	847854	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013887	AAATTT	2	12	848711	848722	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013887	ACAAAA	2	12	854847	854858	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_013887	ACTATT	2	12	860009	860020	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_013887	ATTAAT	2	12	871039	871050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013887	TATCAT	2	12	881934	881945	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_013887	ATTTTT	2	12	907090	907101	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013887	GAGGGT	2	12	917869	917880	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013887	ATTTAA	2	12	926080	926091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013887	TTCTAA	2	12	926844	926855	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_013887	ATTTTA	2	12	941978	941989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013887	AAAGTT	2	12	946565	946576	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013887	TAAAGC	2	12	946665	946676	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_013887	TTTTTA	2	12	952970	952981	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013887	TAAAAT	2	12	956406	956417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013887	ATATAA	2	12	959241	959252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013887	AATTAA	2	12	968517	968528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013887	ATTTTT	2	12	972072	972083	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013887	TAGAAT	2	12	978736	978747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013887	AATTAA	2	12	979682	979693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013887	TAAATA	2	12	984855	984866	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013887	AAAAAT	2	12	1003899	1003910	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013887	ATTTAA	2	12	1021376	1021387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013887	TCCAAA	2	12	1022684	1022695	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_013887	TTTTTA	2	12	1024493	1024504	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013887	CATATA	2	12	1032541	1032552	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_013887	AACAAA	2	12	1032666	1032677	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_013887	AGTTAA	2	12	1037002	1037013	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013887	ATTTTT	2	12	1045928	1045939	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013887	TTATAT	2	12	1048474	1048485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013887	AAAAAT	2	12	1055656	1055667	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013887	ATTTTT	2	12	1060888	1060899	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013887	TCCCAA	2	12	1069909	1069920	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_013887	ATTAAA	2	12	1073790	1073801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013887	TAAAAA	2	12	1078850	1078861	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013887	TTATAA	2	12	1100589	1100600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013887	TTATTT	2	12	1103437	1103448	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013887	TCATTG	2	12	1104435	1104446	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_013887	TAGATT	2	12	1107636	1107647	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013887	AAAGCT	2	12	1150660	1150671	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_013887	ATTACT	2	12	1151190	1151201	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_013887	ATATAG	2	12	1151484	1151495	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013887	ATTTTT	2	12	1156145	1156156	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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137	NC_013887	GTATAT	2	12	1196217	1196228	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.