MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocaldococcus sp. FS406-22 chromosome

Total Repeats: 309

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013887	AATTT	2	10	750	759	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013887	ATTTT	2	10	6216	6225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013887	ACATT	2	10	7132	7141	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_013887	ATTTT	2	10	16619	16628	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013887	TTATT	2	10	16629	16638	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013887	ATATT	2	10	26218	26227	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013887	GTGAG	2	10	26339	26348	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013887	ATAAA	2	10	31398	31407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013887	TCTTT	2	10	32208	32217	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013887	TAACT	2	10	32293	32302	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013887	CCACA	2	10	38729	38738	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
12	NC_013887	TTAAA	2	10	39678	39687	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013887	AGAAT	2	10	42264	42273	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013887	TTTTA	2	10	59788	59797	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013887	ATTTT	2	10	59827	59836	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013887	GGCTA	2	10	74560	74569	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013887	TGTTT	2	10	77868	77877	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013887	TTGTG	2	10	83359	83368	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013887	TTTTA	2	10	84092	84101	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013887	CCCTC	2	10	100873	100882	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
21	NC_013887	GGCTC	2	10	101548	101557	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_013887	TTTTA	2	10	104618	104627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013887	TACTA	2	10	126178	126187	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013887	AGCGA	2	10	133420	133429	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_013887	AAATT	2	10	151047	151056	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013887	ATTTT	2	10	155575	155584	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013887	ATAAA	2	10	163034	163043	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013887	TTAAA	2	10	171433	171442	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013887	ACATT	2	10	191348	191357	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013887	TCCCC	2	10	212306	212315	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
31	NC_013887	TAAAA	2	10	214150	214159	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013887	ATCTA	2	10	232610	232619	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013887	AAAAT	2	10	234190	234199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013887	ATTAT	2	10	238880	238889	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013887	AAATA	2	10	257834	257843	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013887	ACCTC	2	10	259788	259797	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_013887	ATTAT	2	10	286356	286365	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013887	TTTTA	2	10	290740	290749	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013887	TAAAA	2	10	290843	290852	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013887	AAAAG	2	10	318125	318134	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013887	ATAAA	2	10	325163	325172	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013887	ATAAA	2	10	340427	340436	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013887	TAAAA	2	10	360160	360169	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013887	ATATT	2	10	365176	365185	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013887	AAAAT	2	10	376841	376850	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013887	GGTTT	2	10	412470	412479	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013887	TATGA	2	10	412848	412857	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013887	TAAAA	2	10	414997	415006	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013887	TAAAA	2	10	431774	431783	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013887	AATTT	2	10	432297	432306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013887	ATTAC	2	10	434071	434080	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013887	TATAA	2	10	437250	437259	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013887	CTCTA	2	10	439553	439562	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_013887	CTCTA	2	10	439772	439781	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_013887	CCTCT	2	10	439927	439936	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_013887	AAATA	2	10	442482	442491	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013887	GTTAT	2	10	451757	451766	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013887	TTTAT	2	10	460672	460681	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013887	GGCAA	2	10	475173	475182	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013887	AAATT	2	10	476617	476626	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013887	ATTTT	2	10	477974	477983	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013887	GTTTT	2	10	480627	480636	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013887	TTTAC	2	10	489153	489162	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_013887	ACTAT	2	10	493451	493460	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_013887	TAAAT	2	10	500197	500206	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013887	TTAAA	2	10	501919	501928	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013887	GGAGG	2	10	511185	511194	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013887	GTTAA	2	10	513895	513904	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013887	AGGGG	2	10	514195	514204	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013887	ATTAA	2	10	532816	532825	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013887	AAACA	2	10	554677	554686	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_013887	AAATT	2	10	555230	555239	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013887	TTATT	2	10	575623	575632	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013887	GCACT	2	10	575881	575890	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_013887	CAAAA	2	10	576042	576051	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_013887	AAAAT	2	10	576473	576482	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013887	GACTG	2	10	576631	576640	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013887	TTTAT	2	10	578630	578639	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013887	ATCAA	2	10	579312	579321	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_013887	AAATT	2	10	579764	579773	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013887	ATTAA	2	10	591309	591318	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013887	ATATT	2	10	602109	602118	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013887	ATAAA	2	10	609093	609102	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013887	CACTG	2	10	609967	609976	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_013887	AATTT	2	10	616232	616241	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013887	AATAA	2	10	623387	623396	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013887	ATTTT	2	10	640158	640167	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013887	GCTTT	2	10	640327	640336	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013887	TAAAT	2	10	642348	642357	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013887	AATAA	2	10	642497	642506	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013887	TTTAT	2	10	658844	658853	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013887	TTTAT	2	10	658860	658869	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013887	TATAT	2	10	665490	665499	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013887	ATAAA	2	10	679051	679060	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013887	TATTT	2	10	688267	688276	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013887	TAAAT	2	10	689240	689249	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013887	ACACC	2	10	692451	692460	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_013887	TTTTA	2	10	703631	703640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013887	ATTTA	2	10	709111	709120	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013887	AAATA	2	10	717026	717035	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013887	ATGTA	2	10	718796	718805	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013887	TATCA	2	10	725138	725147	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_013887	TACAA	2	10	728671	728680	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_013887	TTTTA	2	10	728694	728703	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013887	ATTTT	2	10	728748	728757	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013887	CTTCA	2	10	736796	736805	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_013887	ACCAG	2	10	759111	759120	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_013887	CAATA	2	10	760367	760376	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013887	ATTAA	3	15	770926	770940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013887	ATATA	2	10	783362	783371	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013887	TAAAA	2	10	783400	783409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013887	TTCAA	2	10	786483	786492	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_013887	CTTTA	2	10	786716	786725	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_013887	ATTAA	2	10	792250	792259	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013887	ATTTT	3	15	793402	793416	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013887	AATTT	2	10	793436	793445	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013887	TTAAT	2	10	799914	799923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013887	AACAA	2	10	802774	802783	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_013887	ATAAA	2	10	802788	802797	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013887	TAATA	2	10	817018	817027	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013887	TCCAA	2	10	817255	817264	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_013887	TTAAA	2	10	817822	817831	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013887	TATAA	2	10	820064	820073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013887	TAAAT	2	10	835187	835196	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013887	TATTT	2	10	836336	836345	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013887	ATTAA	2	10	839266	839275	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013887	TTTAT	2	10	840057	840066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013887	TTATA	2	10	853259	853268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013887	CATCT	2	10	856622	856631	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_013887	AATAA	2	10	857780	857789	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013887	AAAGA	2	10	860325	860334	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013887	GAGAT	2	10	860731	860740	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013887	TAAAA	2	10	863834	863843	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013887	TAAAA	2	10	875966	875975	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013887	TCAAT	2	10	878230	878239	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013887	ATCTT	2	10	879591	879600	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_013887	AGCGA	2	10	881264	881273	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013887	ATTAT	2	10	883955	883964	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013887	TAAAA	2	10	883973	883982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013887	AATGT	2	10	907069	907078	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013887	AGGCT	2	10	920008	920017	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_013887	TCCCC	2	10	923068	923077	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
143	NC_013887	TATTT	2	10	923079	923088	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013887	ATTTT	2	10	933615	933624	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013887	TTAAG	2	10	933632	933641	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013887	ATAAA	2	10	939799	939808	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013887	ATTAT	2	10	945298	945307	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013887	ATTAT	2	10	945660	945669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013887	TATCT	2	10	945842	945851	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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291	NC_013887	CTAAT	2	10	1653257	1653266	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
292	NC_013887	TAAAA	2	10	1656274	1656283	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_013887	AAATA	2	10	1661152	1661161	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_013887	TTTGT	2	10	1674903	1674912	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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297	NC_013887	TTAAT	2	10	1688183	1688192	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_013887	ATTAT	2	10	1693258	1693267	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_013887	TTAAT	2	10	1695736	1695745	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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309	NC_013887	AGGGG	2	10	1757653	1757662	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.