MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Macrococcus caseolyticus JCSC5402 plasmid pMCCL2

Total Repeats: 453

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011996	GAA	2	6	5	10	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011996	AGG	2	6	35	40	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011996	TAA	2	6	155	160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011996	AT	3	6	4709	4714	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011996	ATT	2	6	4752	4757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011996	ATTA	2	8	4862	4869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011996	ATG	2	6	4877	4882	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011996	ATT	2	6	4892	4897	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011996	T	6	6	4943	4948	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011996	AAC	2	6	4998	5003	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_011996	GAC	2	6	5009	5014	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_011996	AAT	2	6	5021	5026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011996	AAT	2	6	5033	5038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011996	CAA	2	6	5041	5046	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011996	ATT	2	6	5049	5054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011996	CCT	2	6	5068	5073	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_011996	T	7	7	5171	5177	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011996	AAAT	2	8	5186	5193	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011996	AGG	2	6	5194	5199	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011996	TA	3	6	6151	6156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011996	TA	3	6	6170	6175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011996	TTA	3	9	8220	8228	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011996	T	7	7	8237	8243	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011996	GGA	2	6	8247	8252	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011996	GA	3	6	10111	10116	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011996	TG	3	6	10995	11000	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011996	CTA	2	6	11013	11018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_011996	TA	3	6	11017	11022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011996	CCA	2	6	11057	11062	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_011996	GTG	2	6	11089	11094	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011996	CCA	2	6	11135	11140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_011996	CATA	2	8	11191	11198	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_011996	CGTA	2	8	11219	11226	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_011996	AAAT	2	8	11249	11256	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011996	AAT	2	6	11262	11267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011996	GA	3	6	11278	11283	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011996	GAT	2	6	11287	11292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011996	AGA	2	6	11311	11316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011996	AGT	2	6	11348	11353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011996	TAA	2	6	11379	11384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011996	GA	3	6	11428	11433	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011996	AAG	2	6	11436	11441	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011996	TGA	2	6	11443	11448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011996	TAA	3	9	11473	11481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011996	GAA	2	6	11498	11503	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011996	CAAA	2	8	11504	11511	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_011996	AGA	2	6	11530	11535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011996	A	8	8	11539	11546	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011996	T	7	7	13394	13400	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011996	AGG	2	6	13408	13413	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011996	T	7	7	13724	13730	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011996	AGG	2	6	13734	13739	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011996	GTT	2	6	13769	13774	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011996	GAA	2	6	13787	13792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011996	TTA	2	6	13817	13822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011996	A	7	7	13822	13828	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011996	ATT	2	6	13832	13837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011996	TAC	2	6	13843	13848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011996	GAA	2	6	13880	13885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011996	AAAAT	2	10	13914	13923	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011996	GGA	2	6	13927	13932	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011996	TAGAA	2	10	15463	15472	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011996	ATT	2	6	15479	15484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011996	TA	4	8	17631	17638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011996	TTAT	2	8	17642	17649	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011996	TAT	2	6	17652	17657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011996	AGG	2	6	17658	17663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011996	ACC	2	6	18180	18185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_011996	TA	3	6	18191	18196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011996	AAG	2	6	18201	18206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011996	CTT	2	6	18231	18236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011996	GAG	2	6	18244	18249	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011996	TAT	2	6	20047	20052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011996	TAG	2	6	20055	20060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011996	TTA	2	6	20425	20430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011996	TAA	2	6	20439	20444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011996	AGA	2	6	20491	20496	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011996	ATT	2	6	20501	20506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011996	TCAA	2	8	20536	20543	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_011996	ATC	2	6	20576	20581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_011996	CA	3	6	20626	20631	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_011996	A	7	7	20679	20685	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011996	AGG	2	6	20695	20700	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011996	AAAAT	2	10	20701	20710	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011996	AT	3	6	20728	20733	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011996	ATG	2	6	20773	20778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011996	AAG	2	6	20812	20817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011996	T	7	7	20868	20874	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011996	GGA	2	6	20882	20887	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011996	AT	3	6	21649	21654	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011996	TTA	2	6	21675	21680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011996	ATT	2	6	21700	21705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011996	ATT	2	6	21760	21765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011996	AT	3	6	21766	21771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011996	TAA	2	6	21802	21807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011996	TA	3	6	21847	21852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011996	CTT	2	6	22670	22675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_011996	CATT	2	8	23097	23104	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_011996	A	7	7	23125	23131	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011996	CTT	2	6	23246	23251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_011996	AC	3	6	23300	23305	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_011996	TGA	2	6	25460	25465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011996	AT	3	6	25477	25482	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011996	AGG	2	6	25497	25502	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011996	AATATT	2	12	28415	28426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011996	AAC	2	6	28439	28444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_011996	A	6	6	28458	28463	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011996	GTT	2	6	28469	28474	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011996	AT	3	6	28550	28555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011996	AGA	2	6	28559	28564	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011996	ATT	2	6	28571	28576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011996	TTAAT	2	10	28601	28610	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011996	CTT	2	6	28621	28626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_011996	TAAA	2	8	28639	28646	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011996	ATA	2	6	28693	28698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011996	AG	3	6	28705	28710	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011996	TA	3	6	30908	30913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011996	TAA	3	9	32720	32728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011996	TAA	2	6	32743	32748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011996	TCT	2	6	32763	32768	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_011996	TCT	2	6	32781	32786	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_011996	ATC	2	6	32789	32794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_011996	T	6	6	32874	32879	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011996	CTTG	2	8	32911	32918	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_011996	ATT	3	9	32927	32935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011996	AT	3	6	32944	32949	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011996	A	6	6	33000	33005	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011996	A	7	7	33008	33014	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011996	TAA	2	6	33015	33020	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011996	TATT	2	8	33052	33059	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011996	AAC	2	6	33064	33069	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011996	T	6	6	33076	33081	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011996	GTG	2	6	33090	33095	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011996	AGTA	2	8	33125	33132	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011996	AGA	2	6	33138	33143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011996	TAA	2	6	33214	33219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011996	ATA	2	6	33733	33738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011996	TATAA	2	10	33744	33753	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011996	AAT	2	6	33774	33779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011996	AAT	3	9	33788	33796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011996	AGG	2	6	33800	33805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011996	AT	3	6	35180	35185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011996	TAT	2	6	35213	35218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011996	ATTAT	2	10	35244	35253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011996	AT	3	6	35275	35280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011996	ATT	2	6	35288	35293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011996	AATC	2	8	35332	35339	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_011996	AT	4	8	35393	35400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011996	TAA	2	6	35413	35418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_011996	A	6	6	60607	60612	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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433	NC_011996	T	6	6	79507	79512	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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439	NC_011996	CAACA	2	10	79703	79712	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
440	NC_011996	TGT	2	6	79715	79720	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
441	NC_011996	TATTT	2	10	79728	79737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
442	NC_011996	ATG	2	6	79889	79894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
443	NC_011996	ATT	2	6	79938	79943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_011996	TAA	2	6	79959	79964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
445	NC_011996	GATACA	2	12	79993	80004	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
446	NC_011996	ACA	2	6	80219	80224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
447	NC_011996	AT	3	6	80247	80252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
448	NC_011996	CAT	2	6	80351	80356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
449	NC_011996	AGA	2	6	80397	80402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
450	NC_011996	TGT	2	6	80433	80438	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
451	NC_011996	TTA	2	6	80443	80448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
452	NC_011996	TGAA	2	8	80480	80487	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
453	NC_011996	AT	3	6	80517	80522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.