MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanosphaerula palustris E1-9c chromosome

Total Repeats: 154

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011832	AGGTCA	2	12	42717	42728	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_011832	CGGCAT	2	12	44333	44344	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011832	GATGGG	2	12	52133	52144	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011832	AGGATC	2	12	52288	52299	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_011832	TTTAAT	2	12	69916	69927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011832	TAATTG	2	12	88419	88430	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011832	TGATCG	2	12	111119	111130	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011832	GATCCG	2	12	116718	116729	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_011832	ATCGGT	2	12	140034	140045	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_011832	GAAATT	2	12	194203	194214	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011832	ACACCG	2	12	203857	203868	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_011832	GACTGG	2	12	203970	203981	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_011832	TCCCGG	2	12	219951	219962	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_011832	AGCATC	2	12	264214	264225	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011832	GAGGGT	2	12	312509	312520	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011832	AAAAAC	2	12	347703	347714	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_011832	GATCCC	2	12	367907	367918	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_011832	TAAAAA	2	12	378777	378788	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011832	GGAAGA	2	12	379163	379174	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011832	GGGATC	2	12	380596	380607	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011832	ATTTTT	2	12	380821	380832	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011832	CGATCC	2	12	389826	389837	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
23	NC_011832	CCAGAA	2	12	396239	396250	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_011832	CACTGA	2	12	402279	402290	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_011832	TGATCC	2	12	409651	409662	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_011832	GAAAAT	2	12	476361	476372	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011832	CGTTTT	2	12	496279	496290	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011832	GTCTTT	2	12	497363	497374	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011832	GCGATC	2	12	582487	582498	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_011832	CGGGGA	2	12	657982	657993	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_011832	TCCTCT	2	12	690914	690925	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_011832	TGGGTG	2	12	709437	709448	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011832	TCGATT	2	12	716759	716770	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_011832	GAGGGA	2	12	729446	729457	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011832	CGGTTC	2	12	770953	770964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_011832	ATTAAT	2	12	781687	781698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011832	GTTTTT	2	12	781720	781731	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011832	AAATGA	2	12	855650	855661	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011832	ATTCCC	2	12	880360	880371	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_011832	GCGGTG	2	12	891076	891087	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011832	TTTATC	2	12	891614	891625	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011832	GGGATC	2	12	897993	898004	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_011832	GCCGGC	2	12	912102	912113	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_011832	TTTTTA	2	12	921000	921011	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011832	AGACAT	2	12	931852	931863	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011832	TCTCGC	2	12	960164	960175	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_011832	GAGGAA	2	12	965614	965625	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011832	GTGATC	2	12	1008534	1008545	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_011832	GAGGGG	2	12	1017089	1017100	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011832	CATCTT	2	12	1027446	1027457	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_011832	TAAGAT	2	12	1032342	1032353	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011832	TCGTTT	2	12	1080474	1080485	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011832	TGAAAT	2	12	1085019	1085030	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011832	GGGAAT	2	12	1095653	1095664	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011832	TATTGT	2	12	1116245	1116256	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011832	CCTGCA	2	12	1120992	1121003	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_011832	GCCGGC	2	12	1137683	1137694	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_011832	GATCGC	2	12	1151801	1151812	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011832	TTTGAA	2	12	1158824	1158835	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011832	TGATCC	2	12	1185615	1185626	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_011832	GACGCC	2	12	1223577	1223588	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_011832	TTGAGA	2	12	1259986	1259997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011832	AATATG	2	12	1260073	1260084	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011832	TTATTG	2	12	1296034	1296045	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011832	AGTGGA	2	12	1333557	1333568	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011832	TTCTGC	2	12	1390557	1390568	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_011832	GCCGGC	2	12	1395784	1395795	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_011832	TCAGGG	2	12	1403682	1403693	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_011832	CACCTT	2	12	1420039	1420050	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_011832	GAGGTT	2	12	1435554	1435565	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011832	CGCCGT	2	12	1443648	1443659	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_011832	CTCGTT	2	12	1444111	1444122	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_011832	AAGGGG	2	12	1455004	1455015	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011832	CGGTCA	2	12	1459727	1459738	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_011832	GACGCC	2	12	1467723	1467734	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
76	NC_011832	TGGTCC	2	12	1469654	1469665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_011832	TTCCAT	2	12	1471876	1471887	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_011832	TACCGA	2	12	1490002	1490013	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_011832	GGAAGA	2	12	1493891	1493902	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011832	AACTGA	2	12	1494055	1494066	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011832	AAACCA	2	12	1512626	1512637	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_011832	ATCTTC	2	12	1513903	1513914	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_011832	ACCAAC	2	12	1525677	1525688	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_011832	ATCAAA	2	12	1546986	1546997	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_011832	CAGAAC	2	12	1550473	1550484	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011832	AAACCA	2	12	1570044	1570055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_011832	GGGTGT	2	12	1627909	1627920	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011832	CACCTG	2	12	1628408	1628419	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_011832	AATTAT	2	12	1635603	1635614	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011832	GGTCGG	2	12	1644338	1644349	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_011832	TCAGGT	2	12	1648377	1648388	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_011832	AGCCGG	2	12	1660550	1660561	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011832	AATAAA	2	12	1661411	1661422	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011832	ACGTGA	2	12	1668740	1668751	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_011832	CTCGAC	2	12	1700670	1700681	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_011832	CCTCAA	2	12	1700759	1700770	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_011832	GTAAAA	2	12	1733904	1733915	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011832	CGATCC	2	12	1734210	1734221	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_011832	CTCGCC	2	12	1744391	1744402	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_011832	TAATTG	2	12	1753257	1753268	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011832	GGACCA	2	12	1753342	1753353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_011832	GAAAAA	2	12	1753402	1753413	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011832	TCCCTT	2	12	1781234	1781245	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_011832	GGAGAG	2	12	1800128	1800139	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011832	TTTTCT	2	12	1825320	1825331	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_011832	TCTGGT	2	12	1915642	1915653	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011832	GACCAG	2	12	1963051	1963062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011832	CCGATC	2	12	1964061	1964072	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_011832	GCTGAC	2	12	2013339	2013350	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_011832	ACCGGC	2	12	2016250	2016261	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_011832	CGACTC	2	12	2019568	2019579	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
112	NC_011832	CAGAGA	2	12	2088577	2088588	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_011832	ATCTGC	2	12	2115202	2115213	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_011832	TCTCAT	2	12	2126084	2126095	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_011832	CGGGAT	2	12	2150509	2150520	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_011832	GGCGGG	2	12	2151797	2151808	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011832	ATTCCC	2	12	2158037	2158048	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_011832	TTCTGA	2	12	2199835	2199846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_011832	CTATCA	2	12	2235639	2235650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_011832	TATTTT	2	12	2241530	2241541	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011832	TTGAGG	2	12	2249556	2249567	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011832	ATTAAC	2	12	2268079	2268090	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_011832	TAGAAT	2	12	2343999	2344010	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011832	AGCCGT	2	12	2359763	2359774	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_011832	CGATCA	2	12	2359928	2359939	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_011832	TGGAGA	2	12	2433079	2433090	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011832	CATCAC	2	12	2440669	2440680	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_011832	ATCTCT	2	12	2446699	2446710	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_011832	TAATAT	2	12	2453338	2453349	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011832	GAGATT	2	12	2482474	2482485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011832	AGGAGA	2	12	2501092	2501103	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011832	GTCACA	2	12	2507002	2507013	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_011832	GAGGGG	2	12	2507023	2507034	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011832	GCACCT	2	12	2507455	2507466	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
135	NC_011832	CATCTC	2	12	2572568	2572579	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_011832	GATGGA	2	12	2579548	2579559	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011832	GATCAG	2	12	2579770	2579781	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_011832	GCCAGG	2	12	2580287	2580298	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_011832	CGAGGC	2	12	2580393	2580404	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_011832	CTCTCG	2	12	2637054	2637065	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
141	NC_011832	GGGGAG	2	12	2637343	2637354	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011832	TTATAA	2	12	2644002	2644013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011832	TTTATC	2	12	2657872	2657883	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_011832	ATATTG	2	12	2678932	2678943	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011832	AAGATA	2	12	2682556	2682567	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011832	TTAGTT	2	12	2691594	2691605	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011832	GATCTC	2	12	2699669	2699680	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_011832	GTCGAG	2	12	2746232	2746243	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_011832	TTATAA	2	12	2760589	2760600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011832	TTTTAC	2	12	2768946	2768957	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_011832	GATCCC	2	12	2772968	2772979	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
152	NC_011832	CTCACC	2	12	2879600	2879611	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_011832	TGAAGA	2	12	2883492	2883503	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_011832	ATTAAA	2	12	2885580	2885591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.