MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocella arvoryzae MRE50 chromosome

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009464	CTTGCT	2	12	20636	20647	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009464	TAGTGG	2	12	22173	22184	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009464	TATATC	2	12	44638	44649	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009464	GTCCCG	2	12	55373	55384	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
5	NC_009464	AAAAGT	2	12	68359	68370	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009464	CCCTCC	2	12	83226	83237	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
7	NC_009464	CTGTAG	2	12	92348	92359	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_009464	TGGGCA	2	12	108812	108823	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009464	GTGTAA	2	12	141787	141798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009464	ATGGAT	2	12	160971	160982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009464	CTCTTC	2	12	183292	183303	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_009464	TTATAC	2	12	194021	194032	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_009464	CCTTGC	2	12	199800	199811	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_009464	ATAAAT	2	12	215665	215676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009464	AATATA	2	12	223094	223105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009464	GCTGGT	2	12	229465	229476	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_009464	ATTTTA	2	12	236972	236983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009464	CGCATT	2	12	251354	251365	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009464	AGTGTT	2	12	257930	257941	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009464	ATTAAA	2	12	265995	266006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009464	AGACCC	2	12	306275	306286	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_009464	AGCCCC	2	12	306306	306317	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_009464	TGCCCT	2	12	321677	321688	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_009464	TACAAT	2	12	332445	332456	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_009464	AGCCAG	2	12	333626	333637	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_009464	CCTCCC	2	12	354920	354931	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
27	NC_009464	GATCAG	2	12	354988	354999	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_009464	AAAGCT	2	12	357514	357525	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009464	ATCGTT	2	12	372742	372753	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_009464	ACAGAT	2	12	439953	439964	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_009464	CGAAGA	2	12	445560	445571	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009464	AGCTTT	2	12	445607	445618	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_009464	TCCTGT	2	12	545969	545980	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_009464	GTAATC	2	12	550935	550946	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_009464	CAGAAG	2	12	565506	565517	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_009464	AAAGCT	2	12	565520	565531	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_009464	GTAAAA	2	12	581456	581467	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009464	ACCCGT	2	12	631520	631531	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_009464	TCTGGG	2	12	700356	700367	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_009464	GAAAAA	2	12	706217	706228	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009464	GTATGA	2	12	707026	707037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009464	GATCAG	2	12	759735	759746	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_009464	TTGAGT	2	12	784292	784303	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009464	TGATAC	2	12	840157	840168	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009464	AGATAA	2	12	937538	937549	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009464	CAGATT	2	12	1085356	1085367	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_009464	GGCGGA	2	12	1091383	1091394	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_009464	TATAAA	2	12	1134366	1134377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009464	CGCCGA	2	12	1162044	1162055	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_009464	AGTTGA	2	12	1190557	1190568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009464	TGCCAT	2	12	1203787	1203798	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009464	CTTGCC	2	12	1215686	1215697	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_009464	ATATCT	2	12	1228188	1228199	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_009464	TATTTA	2	12	1254406	1254417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009464	ATCGTA	2	12	1265917	1265928	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_009464	ACTGAC	2	12	1284683	1284694	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009464	TGGGCA	2	12	1287982	1287993	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009464	TAGCAA	2	12	1292691	1292702	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_009464	GAAGCC	2	12	1297022	1297033	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009464	GGAGTC	2	12	1311055	1311066	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009464	AGTGTG	2	12	1363708	1363719	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009464	TTGTTT	2	12	1367608	1367619	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009464	CAGAGG	2	12	1401379	1401390	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_009464	TTTTTA	2	12	1412708	1412719	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009464	TGCCAG	2	12	1429806	1429817	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_009464	GTACCG	2	12	1454786	1454797	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009464	GCCGCG	2	12	1454985	1454996	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_009464	AAAAAC	2	12	1489212	1489223	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009464	TTCGTT	2	12	1514559	1514570	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009464	TTGGCT	2	12	1519895	1519906	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_009464	CAAATA	2	12	1566702	1566713	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009464	GGCCCG	2	12	1568663	1568674	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_009464	AAAAAC	2	12	1568924	1568935	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_009464	CCGGCG	2	12	1595744	1595755	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_009464	CCCCGG	2	12	1627996	1628007	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_009464	CAAGGG	2	12	1678289	1678300	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009464	CCGGGA	2	12	1719043	1719054	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_009464	CGAAGC	2	12	1772273	1772284	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009464	TTTTTA	2	12	1787598	1787609	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009464	ACTCTC	2	12	1806291	1806302	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009464	GGGGCC	2	12	1810660	1810671	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_009464	TCATTT	2	12	1811236	1811247	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009464	AAAAAG	2	12	1811258	1811269	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009464	GCCAGC	2	12	1867208	1867219	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_009464	GATCAG	2	12	1881200	1881211	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009464	ATCAAG	2	12	1886518	1886529	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_009464	ATGCCC	2	12	1938801	1938812	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009464	CGTACC	2	12	1957846	1957857	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_009464	GCTTGA	2	12	1965402	1965413	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_009464	CCCGCC	2	12	1982690	1982701	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
91	NC_009464	TGTCCC	2	12	1986472	1986483	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009464	GGTACC	2	12	1992633	1992644	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_009464	CGGGCA	2	12	2026706	2026717	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_009464	ACTACC	2	12	2089776	2089787	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_009464	CTTGAT	2	12	2089853	2089864	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009464	TAAAAA	2	12	2141488	2141499	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009464	TTGGTG	2	12	2178031	2178042	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009464	ATTCAA	2	12	2201522	2201533	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_009464	TTTACC	2	12	2286275	2286286	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_009464	CCTGCA	2	12	2286339	2286350	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_009464	GAACAG	2	12	2309774	2309785	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009464	GCTCGG	2	12	2320178	2320189	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009464	GCAGGC	2	12	2327623	2327634	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009464	TGATAT	2	12	2351370	2351381	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009464	AATATA	2	12	2373620	2373631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009464	GATCGA	2	12	2375547	2375558	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_009464	GTCGCT	2	12	2386878	2386889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_009464	TTCTAC	2	12	2424625	2424636	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_009464	AACTAA	2	12	2462927	2462938	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_009464	AATAGC	2	12	2475479	2475490	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_009464	GATCAG	2	12	2485882	2485893	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_009464	TCGACC	2	12	2513635	2513646	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_009464	ATTGCT	2	12	2515713	2515724	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_009464	TAAAAA	2	12	2532567	2532578	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009464	TATAAA	2	12	2564154	2564165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009464	TTCATT	2	12	2585739	2585750	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_009464	TGCGGA	2	12	2609711	2609722	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_009464	TGGACG	2	12	2609799	2609810	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_009464	ACATAA	2	12	2615979	2615990	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009464	GCCAGG	2	12	2658099	2658110	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009464	GAGGCT	2	12	2719741	2719752	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_009464	AACGAA	2	12	2740084	2740095	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_009464	GGCGCA	2	12	2740476	2740487	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_009464	GACCTG	2	12	2809191	2809202	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009464	ATCCTG	2	12	2811111	2811122	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009464	TTCGTG	2	12	2842297	2842308	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_009464	TTATTT	2	12	2866456	2866467	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009464	GGCTGG	2	12	2877206	2877217	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_009464	AAAATT	2	12	2894488	2894499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009464	TATTTT	2	12	3009140	3009151	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009464	CTGTAT	2	12	3028073	3028084	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_009464	ACGCTG	2	12	3037328	3037339	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_009464	CCGGCA	2	12	3071132	3071143	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_009464	TTTTCT	2	12	3095868	3095879	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_009464	TCGATC	2	12	3149187	3149198	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009464	GTATGG	2	12	3160218	3160229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009464	CCCGGA	2	12	3170361	3170372	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
138	NC_009464	TTGATA	2	12	3179900	3179911	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.