MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanococcus maripaludis C5 chromosome

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009135	AGTTA	2	10	11222	11231	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009135	TTTAT	2	10	18127	18136	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009135	TCCCT	2	10	18719	18728	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_009135	ATATT	2	10	18804	18813	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009135	TAATA	2	10	22709	22718	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009135	TTTAA	2	10	23362	23371	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009135	TTAAT	2	10	30443	30452	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009135	TTAAA	2	10	33656	33665	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009135	AATTT	2	10	35036	35045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009135	TTCCT	2	10	50821	50830	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_009135	TTTAT	2	10	52258	52267	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009135	AATAT	2	10	59193	59202	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009135	AAATT	2	10	59313	59322	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009135	TAATA	2	10	72836	72845	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009135	TACTT	2	10	72861	72870	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_009135	ATTTT	2	10	75565	75574	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009135	CTTTT	2	10	78928	78937	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_009135	ATTTT	2	10	84053	84062	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009135	TAAAT	2	10	87533	87542	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009135	TTTTA	2	10	97176	97185	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009135	ATTTA	2	10	97274	97283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009135	GTTTT	2	10	97806	97815	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009135	TTTTA	2	10	112329	112338	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009135	TTTTA	2	10	124384	124393	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009135	ATTTT	2	10	127242	127251	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009135	TTAAA	2	10	130076	130085	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009135	ATTTG	2	10	135222	135231	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009135	ATTTT	2	10	147003	147012	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009135	AAAGG	2	10	159427	159436	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009135	TATTT	2	10	161220	161229	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009135	AAAAT	2	10	175321	175330	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009135	TTTAA	2	10	182791	182800	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009135	AAATA	2	10	185518	185527	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009135	AATTT	2	10	196573	196582	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009135	TTATA	2	10	209953	209962	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009135	AAATT	2	10	210744	210753	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009135	CAAAT	2	10	219426	219435	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_009135	AAAAT	2	10	219462	219471	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009135	TAAAA	2	10	220211	220220	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009135	TAGTC	2	10	234705	234714	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009135	ATTTT	2	10	247386	247395	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009135	AATTT	2	10	285337	285346	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009135	TATTT	2	10	287260	287269	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009135	TAATA	2	10	303953	303962	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009135	AGATA	2	10	309138	309147	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009135	ATTTT	2	10	319993	320002	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009135	TTAAA	2	10	327105	327114	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009135	ACATA	2	10	356223	356232	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009135	TATAA	2	10	363421	363430	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009135	TGATT	2	10	365839	365848	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009135	GTTTT	2	10	370995	371004	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009135	AATTT	2	10	380219	380228	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009135	TATTT	2	10	380965	380974	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009135	TTTTA	2	10	393434	393443	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009135	TAAAA	2	10	397164	397173	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009135	TTTAA	2	10	399541	399550	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009135	TTTTA	2	10	407343	407352	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009135	TTATT	2	10	413079	413088	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009135	ATTTT	2	10	418518	418527	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009135	AATTA	2	10	423584	423593	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009135	AAAAC	2	10	424386	424395	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009135	TATAT	2	10	424690	424699	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009135	TTTTA	2	10	425572	425581	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009135	TCTAT	2	10	426735	426744	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009135	TAAAT	2	10	428525	428534	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009135	TGATT	2	10	438262	438271	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009135	ATTAT	2	10	446805	446814	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009135	TAAAT	2	10	449134	449143	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009135	AAATC	2	10	469302	469311	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009135	ATTGG	2	10	484896	484905	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009135	ATTAA	2	10	484943	484952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009135	TAATA	2	10	497411	497420	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009135	TAAAT	2	10	497441	497450	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009135	TAAAA	2	10	497495	497504	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009135	AAATT	2	10	502659	502668	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009135	AGATT	2	10	512088	512097	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009135	ATATA	2	10	515753	515762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009135	TACTA	2	10	522664	522673	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_009135	ATTTC	2	10	523529	523538	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_009135	AAAAT	2	10	525531	525540	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009135	AAAAT	2	10	525833	525842	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009135	ATTTT	2	10	530656	530665	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009135	TAAAA	2	10	542199	542208	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009135	ATTTA	2	10	561380	561389	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009135	TATAA	2	10	564608	564617	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009135	TTAAA	2	10	564804	564813	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009135	TAAAT	2	10	564979	564988	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009135	GATAC	2	10	565155	565164	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009135	TAAAT	2	10	565166	565175	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009135	CGGTC	2	10	566111	566120	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_009135	TAAAT	2	10	567237	567246	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009135	AATTA	2	10	568305	568314	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009135	ATTCA	2	10	571289	571298	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_009135	TTTTC	2	10	573594	573603	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009135	AATTA	2	10	576129	576138	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009135	ATATT	2	10	586738	586747	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009135	TAATC	2	10	586932	586941	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_009135	ATATA	2	10	591054	591063	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009135	ATCAA	2	10	598413	598422	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_009135	TAAAT	2	10	600487	600496	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009135	TATCA	2	10	603793	603802	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_009135	ACAAT	2	10	605138	605147	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_009135	GATAG	2	10	605224	605233	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009135	ATTGA	2	10	613976	613985	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009135	TAATA	2	10	614969	614978	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009135	TAATA	2	10	615915	615924	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009135	TTTAA	2	10	646465	646474	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009135	ATTTT	2	10	656052	656061	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009135	AAATT	2	10	661486	661495	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009135	TTTTA	2	10	662395	662404	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009135	TATGA	2	10	668848	668857	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009135	ATTAT	2	10	672746	672755	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009135	TAAAA	2	10	681192	681201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009135	TTAAA	2	10	681214	681223	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009135	TCTCA	2	10	684983	684992	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_009135	TTAAA	2	10	685905	685914	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009135	TTAAA	2	10	710809	710818	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009135	AAAAT	2	10	710865	710874	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009135	GAAAC	2	10	723386	723395	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_009135	TTTAA	2	10	723423	723432	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009135	ATTTT	2	10	723849	723858	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009135	CAATA	2	10	731737	731746	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_009135	GCAGG	2	10	744974	744983	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_009135	TTTAA	2	10	746221	746230	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009135	CTATA	2	10	754701	754710	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_009135	TAAAA	2	10	764689	764698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009135	AATTA	2	10	764707	764716	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009135	TAAAA	2	10	765246	765255	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009135	TTTAT	2	10	775444	775453	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009135	AATTT	2	10	779349	779358	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009135	TTAAA	2	10	794683	794692	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009135	TAATA	2	10	798731	798740	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009135	TAAAT	2	10	798918	798927	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009135	TACAA	2	10	800760	800769	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009135	AATTT	2	10	815482	815491	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009135	TAAAA	2	10	840957	840966	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009135	GTTTA	2	10	854915	854924	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009135	AGATC	2	10	865060	865069	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_009135	TTTAA	2	10	872735	872744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009135	ACAAT	2	10	872823	872832	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_009135	TAAAA	2	10	876220	876229	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009135	ATATA	2	10	876298	876307	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009135	TTTTA	2	10	880198	880207	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009135	ATTTA	2	10	880214	880223	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009135	TTTTG	2	10	883425	883434	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009135	ATTTA	2	10	885828	885837	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009135	ATAAA	2	10	889109	889118	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009135	AATAT	2	10	889392	889401	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009135	ATTAA	2	10	896366	896375	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_009135	TTTAG	2	10	1015633	1015642	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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331	NC_009135	GTTAT	2	10	1743927	1743936	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
332	NC_009135	AATTC	2	10	1758770	1758779	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
333	NC_009135	AATTT	2	10	1759031	1759040	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_009135	AAAAT	2	10	1767311	1767320	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_009135	TCTTT	2	10	1773885	1773894	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
336	NC_009135	TATAT	2	10	1778093	1778102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.