MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanoculleus marisnigri JR1 chromosome

Total Repeats: 333

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009051	CCTGC	2	10	440	449	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_009051	ACAGG	2	10	10819	10828	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009051	GGCGG	2	10	16834	16843	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009051	GCGGG	2	10	16926	16935	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009051	CCCGG	2	10	52551	52560	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_009051	CGGGC	2	10	58070	58079	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_009051	TTCTC	2	10	77885	77894	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_009051	CCCGC	2	10	77912	77921	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
9	NC_009051	CAAAC	2	10	89651	89660	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_009051	GAAAT	2	10	95997	96006	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009051	AGCGG	2	10	105411	105420	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_009051	CGGCA	2	10	106131	106140	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_009051	GCTCC	2	10	112663	112672	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_009051	AGGGG	2	10	112827	112836	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009051	CGATC	2	10	121332	121341	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_009051	TGAAC	2	10	125762	125771	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009051	GGGTA	2	10	136521	136530	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009051	GGCGA	2	10	141459	141468	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009051	GTTCC	2	10	153283	153292	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_009051	GATCC	2	10	161949	161958	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_009051	ATCAG	2	10	165064	165073	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009051	CGGAG	2	10	191653	191662	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009051	CAACA	2	10	193618	193627	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_009051	TCCCC	2	10	204556	204565	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
25	NC_009051	GGTGA	2	10	234791	234800	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009051	TGGAC	2	10	238602	238611	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009051	AGGGG	2	10	241834	241843	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009051	TGGGG	2	10	242020	242029	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009051	AGGGG	2	10	242060	242069	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009051	TTCGC	2	10	242105	242114	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_009051	GCTCC	2	10	242185	242194	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_009051	TCGCT	2	10	242231	242240	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_009051	CCCGC	2	10	248405	248414	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
34	NC_009051	GACTA	2	10	248537	248546	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_009051	GCACG	2	10	269022	269031	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_009051	CGAAC	2	10	269268	269277	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_009051	ATGCA	2	10	271860	271869	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_009051	ATGAT	2	10	273577	273586	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009051	ATGCA	2	10	287580	287589	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009051	ATGAT	2	10	289297	289306	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009051	CGGGA	2	10	306750	306759	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_009051	GGTAT	2	10	323462	323471	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009051	AGGGG	2	10	339374	339383	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009051	GAACG	2	10	354873	354882	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009051	GGGTG	2	10	359758	359767	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009051	TTATA	2	10	363212	363221	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009051	AGGGG	2	10	383150	383159	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009051	GTACT	2	10	395949	395958	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009051	GGGTG	2	10	406891	406900	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009051	AGGGG	2	10	406933	406942	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009051	GACCG	2	10	424362	424371	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_009051	CCCTG	2	10	430567	430576	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_009051	AACGG	2	10	441781	441790	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009051	TAGAA	2	10	445469	445478	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009051	TGCCG	2	10	448417	448426	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_009051	TGCGA	2	10	457752	457761	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009051	GAGAA	2	10	459212	459221	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009051	TCGCT	2	10	459948	459957	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_009051	GGCGC	2	10	529435	529444	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_009051	TATGG	2	10	535526	535535	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009051	CGGGG	2	10	546419	546428	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009051	TGGCG	2	10	549302	549311	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009051	CAAAA	2	10	598122	598131	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009051	CCGGC	2	10	598178	598187	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
65	NC_009051	ACCGG	2	10	598214	598223	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_009051	TCCTG	2	10	599601	599610	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_009051	ACTTC	2	10	600002	600011	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_009051	GGTGC	2	10	613709	613718	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009051	AGGGG	2	10	620167	620176	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009051	CCCCG	2	10	620433	620442	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
71	NC_009051	TAAAT	2	10	622905	622914	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009051	GATAG	2	10	629808	629817	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009051	ATTGA	2	10	635577	635586	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009051	TGGGA	2	10	637889	637898	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009051	TCACC	2	10	638006	638015	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_009051	CCCGG	2	10	647021	647030	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_009051	ATTTT	2	10	652453	652462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009051	AGGGG	2	10	654363	654372	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009051	CGGGA	2	10	656998	657007	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_009051	GTGGC	2	10	664054	664063	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
81	NC_009051	GTGTG	2	10	677665	677674	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009051	CCTCT	2	10	682089	682098	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_009051	CCCCT	2	10	696929	696938	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
84	NC_009051	CGTCC	2	10	697004	697013	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_009051	GTAGC	2	10	698668	698677	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_009051	TCCCC	2	10	712797	712806	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
87	NC_009051	ACCCT	2	10	712933	712942	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_009051	CTCCC	2	10	719777	719786	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
89	NC_009051	CCCGG	2	10	720806	720815	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
90	NC_009051	TACTG	2	10	720841	720850	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009051	CGTCC	2	10	732510	732519	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_009051	ATTTA	2	10	736417	736426	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009051	GTAGT	2	10	740751	740760	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009051	CGGCG	2	10	742767	742776	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
95	NC_009051	AGGGG	2	10	744869	744878	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009051	GACGT	2	10	756296	756305	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009051	GGGAA	2	10	760820	760829	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009051	TACCA	2	10	765411	765420	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_009051	GAGTA	2	10	778039	778048	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009051	TCGCT	2	10	796988	796997	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_009051	GGTGC	2	10	812236	812245	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
102	NC_009051	AGGGG	2	10	828934	828943	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009051	CCCGG	2	10	833714	833723	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_009051	GTCCG	2	10	836314	836323	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_009051	TCTTT	2	10	838095	838104	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009051	CGATA	2	10	846374	846383	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009051	CCTAT	2	10	851356	851365	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_009051	TGAAG	2	10	874589	874598	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009051	TTCTC	2	10	882587	882596	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_009051	CGGCA	2	10	884535	884544	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_009051	CTGCA	2	10	887432	887441	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_009051	TCTGT	2	10	887442	887451	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009051	GAGAG	2	10	902826	902835	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009051	CCGGC	2	10	909951	909960	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
115	NC_009051	AGGGG	2	10	915085	915094	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009051	CCGCT	2	10	918725	918734	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_009051	AGGGG	2	10	921179	921188	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009051	GTGAG	2	10	935298	935307	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009051	CTGCC	2	10	943702	943711	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
120	NC_009051	GGGAC	2	10	950595	950604	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_009051	GGTTC	2	10	955768	955777	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_009051	CCGGA	2	10	958095	958104	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_009051	CACTA	2	10	959078	959087	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_009051	CCCCG	2	10	968302	968311	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
125	NC_009051	GGGTG	3	15	968338	968352	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009051	AGGGG	2	10	968384	968393	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009051	ATGGT	2	10	972626	972635	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009051	CCCCG	2	10	977194	977203	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
129	NC_009051	AGACC	2	10	983310	983319	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_009051	CGGGG	2	10	985291	985300	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
131	NC_009051	CCCCG	2	10	985788	985797	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
132	NC_009051	TCGCT	2	10	990998	991007	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_009051	AGGGG	2	10	991392	991401	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009051	CCCCA	2	10	991425	991434	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
135	NC_009051	TCGCC	2	10	992630	992639	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_009051	AGGGG	2	10	1000801	1000810	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009051	GTTTT	2	10	1002649	1002658	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009051	AGGGG	2	10	1008287	1008296	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009051	ATGTA	2	10	1008463	1008472	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009051	CTGCC	2	10	1019576	1019585	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_009051	GGGTG	2	10	1020520	1020529	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009051	AGGGG	2	10	1020562	1020571	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009051	GGGGA	2	10	1023180	1023189	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009051	ACTAT	2	10	1027200	1027209	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_009051	ATTTT	2	10	1035703	1035712	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009051	CCCCT	2	10	1035943	1035952	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
147	NC_009051	GTGCA	2	10	1036070	1036079	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_009051	CTTCG	2	10	1987124	1987133	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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273	NC_009051	TCCGC	2	10	1998992	1999001	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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279	NC_009051	CGCTC	2	10	2011612	2011621	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
280	NC_009051	CGCTC	2	10	2011698	2011707	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
281	NC_009051	CGCTC	2	10	2011784	2011793	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
282	NC_009051	CGCTC	2	10	2011870	2011879	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
283	NC_009051	CGCTC	2	10	2011956	2011965	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
284	NC_009051	CCGGC	2	10	2013457	2013466	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
285	NC_009051	ACGCC	2	10	2023613	2023622	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
286	NC_009051	AGGGG	2	10	2034073	2034082	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
287	NC_009051	AGGGG	2	10	2047502	2047511	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
288	NC_009051	GGAGC	2	10	2047731	2047740	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
289	NC_009051	GTCCC	2	10	2092586	2092595	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
290	NC_009051	GTTTG	2	10	2112278	2112287	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
291	NC_009051	TGCGG	2	10	2121848	2121857	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
292	NC_009051	CAAAA	2	10	2144555	2144564	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_009051	AAAGG	2	10	2162464	2162473	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
294	NC_009051	GTGCG	2	10	2165253	2165262	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
295	NC_009051	AAAAG	2	10	2170228	2170237	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
296	NC_009051	CAGGA	2	10	2172300	2172309	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
297	NC_009051	ACGCG	2	10	2177006	2177015	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
298	NC_009051	CCCGG	2	10	2182611	2182620	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
299	NC_009051	TGCAT	2	10	2242345	2242354	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
300	NC_009051	CTGAT	2	10	2242614	2242623	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
301	NC_009051	TTTCT	2	10	2242659	2242668	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
302	NC_009051	ATGAT	2	10	2250654	2250663	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
303	NC_009051	TCTCC	2	10	2273657	2273666	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
304	NC_009051	TCCGG	2	10	2273670	2273679	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
305	NC_009051	ATTTT	2	10	2275797	2275806	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_009051	TGCGC	2	10	2278989	2278998	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
307	NC_009051	CCCCT	2	10	2293987	2293996	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
308	NC_009051	CCCCG	2	10	2294103	2294112	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
309	NC_009051	CGCTC	2	10	2294261	2294270	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
310	NC_009051	CCGGG	2	10	2294551	2294560	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
311	NC_009051	CCGGG	2	10	2308919	2308928	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
312	NC_009051	CCCGG	2	10	2322098	2322107	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
313	NC_009051	GGCAC	2	10	2323081	2323090	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
314	NC_009051	GCTCC	2	10	2326380	2326389	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
315	NC_009051	GGGAC	2	10	2330345	2330354	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
316	NC_009051	CCGCT	2	10	2330412	2330421	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
317	NC_009051	ATCGT	2	10	2334667	2334676	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
318	NC_009051	GATTC	2	10	2344601	2344610	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
319	NC_009051	CGCTC	2	10	2353922	2353931	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
320	NC_009051	GATCC	2	10	2362575	2362584	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
321	NC_009051	CGGGC	2	10	2381383	2381392	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
322	NC_009051	ATGCG	2	10	2398010	2398019	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
323	NC_009051	GGAGC	2	10	2406456	2406465	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
324	NC_009051	GCCGG	2	10	2409102	2409111	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
325	NC_009051	CCGGC	2	10	2414086	2414095	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
326	NC_009051	CTGAA	2	10	2415074	2415083	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
327	NC_009051	CGCTT	2	10	2439681	2439690	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
328	NC_009051	CCACA	2	10	2445286	2445295	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
329	NC_009051	GCCGG	2	10	2445405	2445414	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
330	NC_009051	GCCTG	2	10	2452954	2452963	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
331	NC_009051	TCCGT	2	10	2463358	2463367	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
332	NC_009051	CTTCT	2	10	2465788	2465797	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
333	NC_009051	CCCTG	2	10	2478025	2478034	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.