MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanosphaera stadtmanae DSM 3091 chromosome

Total Repeats: 260

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007681	TATTTT	2	12	513	524	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007681	AATATA	2	12	672	683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007681	GTTTAA	3	18	41192	41209	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007681	AAATAT	2	12	47775	47786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007681	ATTTAT	2	12	117872	117883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007681	ATTTTT	2	12	122851	122862	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007681	TTTATT	2	12	124296	124307	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007681	ATTTTT	2	12	132820	132831	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007681	TTTCTT	2	12	134688	134699	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_007681	TTTTTG	2	12	138222	138233	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007681	GTATTT	2	12	146077	146088	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007681	TATGAA	2	12	153311	153322	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007681	ATATTT	2	12	167012	167023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007681	ATAATT	2	12	169862	169873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007681	TATATT	2	12	181979	181990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007681	AAATAA	2	12	183671	183682	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007681	AAATCA	2	12	187542	187553	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_007681	GTGTAT	2	12	188826	188837	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007681	ATATTT	2	12	196466	196477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007681	GAATAT	2	12	198175	198186	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007681	TAATAT	2	12	215422	215433	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007681	ATTTAT	2	12	219395	219406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007681	TTTTCT	2	12	243822	243833	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_007681	TGAAAT	2	12	269010	269021	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007681	TAGTTT	2	12	272772	272783	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007681	TAAAAA	2	12	279540	279551	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007681	ATATTT	2	12	296286	296297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007681	TAGTTT	2	12	308172	308183	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007681	TATAAT	2	12	312009	312020	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007681	TTATTT	2	12	318851	318862	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007681	ATTTGA	2	12	324454	324465	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007681	TAATTA	3	18	324869	324886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007681	TTATAT	2	12	335510	335521	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007681	CGGCCC	2	12	337503	337514	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_007681	TTATAT	2	12	337697	337708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007681	ATATTT	2	12	338882	338893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007681	TATATT	2	12	341461	341472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007681	TATAAT	2	12	344171	344182	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007681	TATTAA	2	12	347838	347849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007681	TTGTTT	2	12	368153	368164	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007681	ATTTGT	2	12	371908	371919	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007681	TTTCTT	2	12	375206	375217	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_007681	GGTTAT	2	12	386919	386930	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007681	TAAAAA	2	12	400215	400226	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007681	TACTTA	2	12	408582	408593	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_007681	TCTTTG	2	12	411326	411337	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_007681	AAGCTT	2	12	411402	411413	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_007681	TGGGAT	2	12	413637	413648	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007681	TAGTAT	2	12	414489	414500	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007681	CTATTT	2	12	428345	428356	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_007681	AAATAA	2	12	449557	449568	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007681	ATTTTT	2	12	461017	461028	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007681	TTATAT	2	12	461147	461158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007681	TAAAAT	2	12	461222	461233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007681	TTTATT	2	12	471762	471773	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007681	TTTTAA	2	12	479541	479552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007681	TAAATT	2	12	479675	479686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007681	AATTAA	2	12	481425	481436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007681	AAATTT	2	12	481610	481621	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007681	ATTATA	2	12	490469	490480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007681	AACAGA	2	12	491541	491552	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_007681	TACAAT	2	12	492000	492011	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_007681	GGAAAA	2	12	497808	497819	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007681	TTAAAT	2	12	500985	500996	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007681	AATAAA	2	12	539597	539608	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007681	TTAAAT	2	12	542368	542379	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007681	ATAAAA	2	12	547143	547154	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007681	ATAATG	2	12	582035	582046	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007681	TGTTAT	2	12	582083	582094	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007681	TTTAAT	2	12	582359	582370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007681	TAAAAA	2	12	595847	595858	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007681	TATATT	2	12	595924	595935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007681	TAAAAA	2	12	596222	596233	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007681	TTATAT	2	12	613594	613605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007681	AAATAT	2	12	615394	615405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007681	TTAGAT	2	12	624507	624518	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007681	TTATAA	2	12	646446	646457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007681	ATTTTT	2	12	679178	679189	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007681	TAAAAT	2	12	702714	702725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007681	ACAATA	2	12	710265	710276	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007681	TCATGT	2	12	717640	717651	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_007681	ATAATT	2	12	733100	733111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007681	TTATAT	2	12	772582	772593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007681	GACTAT	2	12	776050	776061	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_007681	TAATTT	2	12	792996	793007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007681	ATTTTT	2	12	798876	798887	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007681	GATATG	2	12	799554	799565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007681	TAAATA	2	12	799768	799779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007681	ATAAAT	2	12	806953	806964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007681	TTAAAT	2	12	818879	818890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007681	CACATT	2	12	825818	825829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_007681	ATTTAT	2	12	826693	826704	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007681	TATTTT	2	12	828089	828100	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007681	AATTAG	2	12	831826	831837	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007681	TATTTT	2	12	840319	840330	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007681	CAATTT	2	12	845132	845143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_007681	ATACAT	2	12	845586	845597	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_007681	TATAAT	2	12	850781	850792	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007681	TCTTTG	2	12	856980	856991	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_007681	AAGCTT	2	12	857056	857067	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_007681	TGGGAT	2	12	859291	859302	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007681	TCTATT	2	12	866845	866856	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_007681	AAGTAG	2	12	870902	870913	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007681	TTTATT	2	12	886475	886486	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007681	TCTTTT	2	12	892782	892793	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_007681	ATTTAT	2	12	902828	902839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007681	AAATAA	2	12	914082	914093	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007681	ACATGT	2	12	924107	924118	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_007681	TAAAAT	2	12	924134	924145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007681	AATATA	2	12	932959	932970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007681	TCAAAA	2	12	936902	936913	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_007681	ATCCCA	2	12	943877	943888	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_007681	CTGTGA	2	12	946039	946050	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_007681	AAGCTT	2	12	946112	946123	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_007681	CAAAGA	2	12	946188	946199	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_007681	ATTAAA	2	12	957285	957296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007681	TATAAA	2	12	960997	961008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007681	ATAAAA	2	12	966327	966338	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007681	ACCTAC	2	12	968591	968602	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_007681	ATTTTT	2	12	976718	976729	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007681	ATTAGA	2	12	994834	994845	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007681	TAATTA	2	12	994949	994960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007681	ATTAGA	2	12	1010124	1010135	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007681	ATTTAA	2	12	1033825	1033836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007681	ATTTAA	2	12	1040321	1040332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007681	ATAATT	2	12	1045178	1045189	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007681	ATTTTT	2	12	1047284	1047295	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007681	TGAATC	2	12	1052197	1052208	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_007681	TTTTAA	2	12	1061637	1061648	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007681	TGAAAT	2	12	1091634	1091645	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007681	TGAAAT	2	12	1091701	1091712	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007681	GAAATA	2	12	1091741	1091752	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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259	NC_007681	TAAAAG	2	12	1748012	1748023	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
260	NC_007681	TTTAAT	2	12	1765036	1765047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.