MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanosarcina mazei Go1 chromosome

Total Repeats: 472

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003901	GATTTT	3	18	35	52	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003901	ATAATT	2	12	330	341	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003901	AATAGG	2	12	16041	16052	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003901	TAAGAA	2	12	20823	20834	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003901	TTAAGA	2	12	22507	22518	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003901	TGAAAT	2	12	25626	25637	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003901	TCTTTA	2	12	28353	28364	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_003901	TTTGAC	2	12	33560	33571	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_003901	TCATTT	2	12	41939	41950	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_003901	ATTTCT	2	12	54754	54765	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_003901	CTTTTA	2	12	68186	68197	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_003901	TTAACC	2	12	80491	80502	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_003901	TTATCC	2	12	81315	81326	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_003901	AAAGAA	2	12	110483	110494	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003901	ATTATG	2	12	113562	113573	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003901	TTTTGA	2	12	115771	115782	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003901	TAAAAA	2	12	116712	116723	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003901	TAAAAG	2	12	122694	122705	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003901	TATACA	2	12	129681	129692	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_003901	TAACCA	2	12	133762	133773	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_003901	TAATAT	2	12	153137	153148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003901	AGGATA	2	12	162228	162239	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003901	TTTCTC	2	12	162389	162400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_003901	TGCAGG	2	12	164047	164058	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_003901	CATAAG	2	12	166265	166276	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_003901	TAGTAA	3	18	177819	177836	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003901	TTTTCA	2	12	181421	181432	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_003901	ATCAGA	2	12	187863	187874	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_003901	ACAGTA	2	12	188776	188787	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_003901	CCTGAG	2	12	205571	205582	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_003901	CTTGGG	2	12	233886	233897	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_003901	ACCCGT	2	12	236509	236520	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_003901	TTTAAG	2	12	249168	249179	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003901	CTGAAT	2	12	253300	253311	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_003901	TAAAGG	2	12	258111	258122	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003901	TTTATG	2	12	264092	264103	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003901	GTCTTC	2	12	274830	274841	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_003901	AAAGAA	2	12	276907	276918	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003901	GCTGAA	2	12	282821	282832	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_003901	CCTTTT	2	12	284119	284130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_003901	TTTCAT	2	12	316888	316899	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_003901	GAAAAA	2	12	322709	322720	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003901	ATATTT	2	12	330034	330045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003901	ATAATT	2	12	333434	333445	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003901	GAAAAA	2	12	335192	335203	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003901	AATTAA	2	12	335287	335298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003901	GAAAAA	2	12	335725	335736	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003901	AACCCC	2	12	336308	336319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_003901	AAAGAT	2	12	351807	351818	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003901	TTAAAA	2	12	385877	385888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003901	ATCATT	2	12	386704	386715	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_003901	AGAAAA	2	12	421483	421494	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003901	TTTAAT	2	12	428646	428657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003901	ATTATA	2	12	440213	440224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003901	AATAAA	2	12	445420	445431	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003901	AATAGA	2	12	445497	445508	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003901	AAATAA	2	12	445511	445522	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003901	ATTTTT	2	12	447080	447091	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003901	ATTTTT	2	12	449717	449728	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003901	AATATC	2	12	457277	457288	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_003901	TCCTTT	2	12	458267	458278	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_003901	TGGCTC	2	12	463994	464005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_003901	GTTGAA	2	12	476436	476447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003901	ATCCTG	2	12	493452	493463	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_003901	ATTATA	2	12	494318	494329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003901	TTTAAA	2	12	495835	495846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003901	CCTTGA	2	12	512067	512078	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_003901	TATATT	2	12	522245	522256	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003901	AATAAC	2	12	522347	522358	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_003901	ATTTTT	2	12	523890	523901	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003901	TTGATT	12	72	529517	529588	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003901	TATTAA	2	12	534520	534531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003901	AAGTAT	2	12	534806	534817	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_003901	TTTCCT	2	12	539256	539267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_003901	ATAAAA	3	18	543975	543992	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003901	TTATTT	2	12	555341	555352	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003901	TTATTT	2	12	555356	555367	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003901	TTATTT	2	12	555371	555382	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003901	TTATTT	2	12	555402	555413	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003901	TACTTA	2	12	555547	555558	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_003901	AGGGAA	2	12	571687	571698	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003901	TTCTTT	2	12	573688	573699	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_003901	CTTTTT	2	12	576011	576022	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_003901	AAATTT	2	12	576702	576713	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003901	ATCAGT	2	12	586546	586557	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_003901	GAATTT	2	12	590934	590945	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003901	TTTTCA	2	12	606148	606159	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_003901	TAAGCT	2	12	608319	608330	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_003901	GGAAAC	2	12	641584	641595	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_003901	ATAAGA	2	12	665464	665475	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003901	GAATAG	2	12	674374	674385	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003901	CAAAAA	2	12	676581	676592	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_003901	ATTAAA	2	12	696489	696500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003901	TTACTA	2	12	719592	719603	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_003901	ATTTGA	2	12	720232	720243	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003901	TGATAA	2	12	721460	721471	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003901	TTACAA	2	12	725644	725655	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_003901	TGAAAT	2	12	725699	725710	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003901	AATTTT	2	12	730452	730463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003901	TCATTT	2	12	736536	736547	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_003901	ATAAAA	2	12	740443	740454	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003901	AAGCTT	2	12	749587	749598	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_003901	GGATCT	2	12	751186	751197	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_003901	AAAAAG	2	12	753670	753681	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003901	AGAAAA	2	12	760286	760297	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003901	GAAAAA	2	12	767410	767421	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003901	GAAAAA	2	12	792100	792111	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003901	TCACAC	2	12	804820	804831	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_003901	AATCAA	2	12	808476	808487	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_003901	TCTGGA	2	12	810491	810502	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_003901	TATAAA	2	12	814899	814910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003901	CAAAAT	2	12	825240	825251	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_003901	TTCAGG	2	12	851268	851279	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_003901	TTCAGA	2	12	879776	879787	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_003901	CCTGTT	2	12	892906	892917	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_003901	CAAAAA	2	12	899653	899664	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_003901	TAAAAA	2	12	924192	924203	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003901	TGTAGA	2	12	942665	942676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003901	TTTTCT	2	12	950773	950784	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_003901	TATAAA	2	12	953720	953731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003901	TAAAAA	2	12	953915	953926	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_003901	ACCATA	2	12	956982	956993	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_003901	GGTAAA	2	12	978850	978861	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003901	AAATCA	2	12	978893	978904	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_003901	TATAAA	2	12	1001775	1001786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003901	GAAAAA	2	12	1001816	1001827	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003901	ATCCCT	2	12	1013723	1013734	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_003901	AATTAA	2	12	1035238	1035249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003901	TAAAAA	2	12	1038456	1038467	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_003901	AGAAAA	2	12	1044650	1044661	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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252	NC_003901	TATTTT	2	12	2197102	2197113	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
253	NC_003901	CTCTTT	2	12	2227881	2227892	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
254	NC_003901	CTCTTT	2	12	2227903	2227914	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
255	NC_003901	CTCTTT	2	12	2227925	2227936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
256	NC_003901	CTCTTT	2	12	2227947	2227958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
257	NC_003901	TATATT	2	12	2230788	2230799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
258	NC_003901	TCCTCT	2	12	2234382	2234393	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
259	NC_003901	AAACCA	2	12	2264568	2264579	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
260	NC_003901	GTTTAT	2	12	2266025	2266036	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
261	NC_003901	TAAAGC	2	12	2287967	2287978	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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264	NC_003901	CGTCAT	2	12	2305864	2305875	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
265	NC_003901	TTCGGT	2	12	2305976	2305987	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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267	NC_003901	GTTTCT	2	12	2327737	2327748	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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273	NC_003901	TTTTAT	2	12	2399889	2399900	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_003901	ACGGGT	2	12	2400952	2400963	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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278	NC_003901	CTGAGT	2	12	2478661	2478672	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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280	NC_003901	ATTTTG	2	12	2486906	2486917	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
281	NC_003901	ATAAAA	2	12	2492467	2492478	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_003901	ATAAAA	2	12	2493989	2494000	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_003901	TTTTTA	2	12	2500843	2500854	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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285	NC_003901	GCTAAT	2	12	2506897	2506908	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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288	NC_003901	TTTTTG	2	12	2552358	2552369	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_003901	AATTAA	2	12	2554971	2554982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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318	NC_003901	TATAAT	3	18	2827862	2827879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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362	NC_003901	GAAGCT	2	12	3335169	3335180	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
363	NC_003901	GCTAAT	2	12	3338813	3338824	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
364	NC_003901	AAAATA	8	48	3353374	3353421	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
365	NC_003901	AAATGA	2	12	3353430	3353441	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
366	NC_003901	AGGGAG	2	12	3355906	3355917	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
367	NC_003901	TTTTCT	2	12	3356985	3356996	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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370	NC_003901	TTCTCT	2	12	3371938	3371949	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
371	NC_003901	TGTACC	2	12	3377394	3377405	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
372	NC_003901	GAAAAA	2	12	3378230	3378241	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
373	NC_003901	ATTTTT	2	12	3394359	3394370	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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375	NC_003901	ATTTCC	2	12	3402712	3402723	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
376	NC_003901	ATTTTC	3	18	3402724	3402741	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
377	NC_003901	TTTCTT	2	12	3410159	3410170	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
378	NC_003901	ATTAAA	2	12	3414458	3414469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
379	NC_003901	AATTAA	2	12	3414470	3414481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
380	NC_003901	TTCTCT	2	12	3429476	3429487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
381	NC_003901	TTCTCT	2	12	3429492	3429503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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384	NC_003901	TTCTCT	2	12	3429540	3429551	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
385	NC_003901	TTCTCT	2	12	3429556	3429567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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408	NC_003901	ATTAAT	2	12	3557142	3557153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
409	NC_003901	TGATAA	2	12	3558336	3558347	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.