MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis K-10

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002944	TCCCCC	2	12	4469	4480	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
2	NC_002944	ACTGCC	2	12	9879	9890	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
3	NC_002944	TTGACT	2	12	34711	34722	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_002944	ATGCAG	2	12	97220	97231	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_002944	ACTGGA	2	12	102541	102552	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_002944	CCGCTT	2	12	108958	108969	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_002944	ACGCCG	2	12	110073	110084	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_002944	GGTCGC	2	12	144020	144031	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_002944	GTGCCG	2	12	189752	189763	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_002944	AATGGG	2	12	191518	191529	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002944	GGTAAC	2	12	192058	192069	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_002944	GCCGTT	2	12	226305	226316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_002944	ACCGTG	2	12	275283	275294	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_002944	CCGCCA	2	12	297107	297118	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_002944	GCCGCA	2	12	356699	356710	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_002944	GATGCC	2	12	356727	356738	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_002944	GCCGGG	2	12	381188	381199	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_002944	GGCGGA	2	12	391093	391104	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_002944	GGCCAG	2	12	400940	400951	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_002944	GCTCGA	2	12	410672	410683	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_002944	GCGATC	2	12	621750	621761	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_002944	ACCGCG	2	12	635719	635730	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_002944	GGCGTG	2	12	683456	683467	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_002944	CGTGCT	2	12	683562	683573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_002944	TCGTGC	2	12	683582	683593	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_002944	TGCGCG	2	12	683600	683611	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_002944	ACGAGA	2	12	714048	714059	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_002944	GGCGCG	2	12	725930	725941	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_002944	GTAACG	2	12	753903	753914	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_002944	TCGCCG	2	12	780366	780377	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_002944	TCGGGT	2	12	825638	825649	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_002944	GGCGTC	2	12	913471	913482	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_002944	CGCGGG	2	12	982786	982797	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_002944	GATGAC	2	12	1103933	1103944	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_002944	TCGGTC	2	12	1115480	1115491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_002944	GATTGA	2	12	1176175	1176186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002944	CGGAGG	2	12	1207435	1207446	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_002944	CTACCG	2	12	1211556	1211567	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_002944	GCGTTG	2	12	1229918	1229929	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_002944	GGGGTG	2	12	1276439	1276450	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002944	CGATGG	2	12	1448858	1448869	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_002944	TCCCAC	2	12	1454303	1454314	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_002944	CTGGTG	2	12	1523271	1523282	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_002944	TCCACC	2	12	1581886	1581897	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_002944	GTCGAC	2	12	1601015	1601026	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_002944	GCCTGG	2	12	1616594	1616605	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_002944	CGCCGG	2	12	1634111	1634122	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_002944	CGCGGC	2	12	1653109	1653120	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_002944	CCGCGC	2	12	1679388	1679399	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_002944	AGAGGA	2	12	1693574	1693585	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002944	GGCGCG	2	12	1723108	1723119	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_002944	GGCCCC	2	12	1735187	1735198	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_002944	GCCGAC	2	12	1751750	1751761	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_002944	CCGGCG	2	12	1771184	1771195	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_002944	CGCCGG	2	12	1792720	1792731	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_002944	CGGCGC	2	12	1812249	1812260	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_002944	ACCGCG	2	12	1820370	1820381	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_002944	GGGCCG	2	12	1849123	1849134	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_002944	CACGAG	2	12	2018010	2018021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_002944	CGGCGC	2	12	2020150	2020161	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_002944	GCCGGT	2	12	2064633	2064644	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_002944	GCGTTC	2	12	2072557	2072568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_002944	CCCGGG	2	12	2084396	2084407	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_002944	CTCAAC	2	12	2091243	2091254	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_002944	CGCTCG	2	12	2138818	2138829	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_002944	GCCCAC	2	12	2200976	2200987	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_002944	CTGCGA	2	12	2219938	2219949	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_002944	ACCGCG	2	12	2272288	2272299	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_002944	CCAGCC	2	12	2285557	2285568	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_002944	CCTCCC	2	12	2322214	2322225	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
71	NC_002944	CGTAGA	2	12	2343964	2343975	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_002944	GACGGC	2	12	2344010	2344021	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_002944	TGCCCA	2	12	2344363	2344374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_002944	GGCCTG	2	12	2386778	2386789	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_002944	TGGATG	2	12	2399407	2399418	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002944	GGCAGC	2	12	2450264	2450275	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_002944	GGTGAC	2	12	2475561	2475572	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_002944	CGAACC	2	12	2475641	2475652	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_002944	TGCTCC	2	12	2530715	2530726	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_002944	CCCCCA	2	12	2578545	2578556	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
81	NC_002944	ATCGAC	2	12	2649482	2649493	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_002944	GCGGTG	2	12	2740993	2741004	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_002944	CGCGAG	2	12	2741078	2741089	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_002944	AGCGTC	2	12	2757242	2757253	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_002944	TCGACG	2	12	2757326	2757337	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_002944	TGACCG	2	12	2786052	2786063	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_002944	GCCGGC	2	12	2790272	2790283	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_002944	CGTCAC	2	12	2790307	2790318	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_002944	CTGCCG	2	12	2820773	2820784	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_002944	CGCCGG	2	12	2824247	2824258	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_002944	GTGGTC	2	12	2836937	2836948	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_002944	CGGTGC	2	12	2899462	2899473	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_002944	GACCGC	2	12	2899538	2899549	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_002944	TGCCGG	2	12	2926370	2926381	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_002944	GGCCGG	2	12	2928841	2928852	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_002944	CCGGGT	2	12	3013289	3013300	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_002944	CCAGTC	2	12	3013498	3013509	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_002944	CGGGCG	2	12	3036846	3036857	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_002944	CGGGCC	2	12	3077931	3077942	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_002944	CAGCGG	2	12	3092467	3092478	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_002944	CGCAGT	2	12	3095581	3095592	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_002944	GCCCCC	2	12	3101825	3101836	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
103	NC_002944	TTGCCC	2	12	3125329	3125340	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_002944	CGACAT	2	12	3148556	3148567	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_002944	CGCTCG	2	12	3185239	3185250	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_002944	CGGCGA	2	12	3219379	3219390	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_002944	CCGGCC	2	12	3235296	3235307	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_002944	CAGGCC	2	12	3278260	3278271	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
109	NC_002944	TTCGAT	2	12	3343968	3343979	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_002944	ACGGCC	2	12	3355560	3355571	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_002944	TCGCCG	2	12	3422123	3422134	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_002944	TCGCGG	2	12	3431597	3431608	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_002944	GGGCGG	2	12	3432441	3432452	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_002944	CGGGTT	2	12	3480600	3480611	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_002944	TCGGTT	2	12	3490040	3490051	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_002944	CGCGGC	2	12	3498481	3498492	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_002944	ATATCG	2	12	3518780	3518791	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_002944	TACACC	2	12	3530897	3530908	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_002944	TTCGAA	2	12	3598794	3598805	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_002944	GGCGCG	2	12	3637094	3637105	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_002944	TTCCGG	2	12	3647681	3647692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_002944	TGTCAG	2	12	3649081	3649092	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_002944	ACCGCG	2	12	3674986	3674997	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_002944	GAGCCG	2	12	3682334	3682345	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_002944	TCGACG	2	12	3695782	3695793	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_002944	TGCCGG	2	12	3700634	3700645	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_002944	GGACCG	2	12	3708013	3708024	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_002944	GCCCGC	2	12	3722824	3722835	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_002944	TTCCTG	2	12	3735942	3735953	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_002944	TCGCCG	2	12	3808343	3808354	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_002944	TCCGGC	2	12	3916819	3916830	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_002944	CGGCGC	2	12	3929258	3929269	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_002944	ACCGCG	2	12	4025928	4025939	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_002944	TCCGGC	2	12	4054529	4054540	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_002944	TGGCCT	2	12	4054607	4054618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_002944	GCCCGC	2	12	4128550	4128561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_002944	AGATTC	2	12	4138682	4138693	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_002944	GCATCA	2	12	4211941	4211952	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_002944	GCGCCG	2	12	4258707	4258718	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_002944	GACGAT	2	12	4288135	4288146	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_002944	GCCGAC	2	12	4306327	4306338	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
142	NC_002944	CGAGCG	2	12	4367205	4367216	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_002944	CCCATC	2	12	4436546	4436557	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_002944	ACCAGT	2	12	4449708	4449719	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_002944	GCGCGG	2	12	4450106	4450117	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_002944	CGGCCC	2	12	4468452	4468463	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_002944	CTGCAG	2	12	4470741	4470752	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_002944	CGCGAT	2	12	4476861	4476872	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_002944	CGCCAT	2	12	4571344	4571355	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
150	NC_002944	CCGGCG	2	12	4583448	4583459	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_002944	CAGGAG	2	12	4598229	4598240	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_002944	CCAACA	2	12	4617727	4617738	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_002944	GCGCCG	2	12	4623066	4623077	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_002944	ACCGGC	2	12	4692086	4692097	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
155	NC_002944	GAGAAG	2	12	4700362	4700373	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
156	NC_002944	GCACGT	2	12	4724919	4724930	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_002944	GTTCCG	2	12	4744382	4744393	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_002944	GCAGAT	2	12	4771787	4771798	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_002944	GCCCAC	2	12	4811561	4811572	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.