MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H chromosome

Total Repeats: 449

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000916	TAAA	2	8	144	151	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000916	ATCA	2	8	26171	26178	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_000916	ATAA	2	8	32736	32743	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000916	GTGG	2	8	33354	33361	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000916	GTGA	2	8	35737	35744	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000916	GGAT	2	8	36321	36328	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000916	AATT	2	8	37855	37862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000916	TCTG	2	8	39963	39970	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_000916	GCAA	2	8	40151	40158	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_000916	TTTC	2	8	40249	40256	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_000916	TTTA	2	8	42347	42354	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000916	TGTT	2	8	53195	53202	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000916	CAAA	2	8	53513	53520	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_000916	CAAA	2	8	54134	54141	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_000916	TTGG	2	8	59608	59615	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000916	TAAT	2	8	61821	61828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000916	ATTT	2	8	64479	64486	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000916	AAAT	2	8	70441	70448	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000916	ATAG	2	8	70530	70537	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000916	CAAT	2	8	70564	70571	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_000916	ATTG	2	8	71169	71176	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000916	ACTT	2	8	72968	72975	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_000916	AGGG	2	8	73072	73079	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000916	AAAG	2	8	75956	75963	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000916	TTGA	2	8	76991	76998	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000916	ACGA	2	8	77601	77608	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_000916	ATTA	2	8	80911	80918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000916	TTAA	2	8	82024	82031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000916	ATTC	2	8	83566	83573	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_000916	AAAG	2	8	92477	92484	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000916	ATTC	2	8	92545	92552	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_000916	ATTT	2	8	106854	106861	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000916	TCCA	2	8	118489	118496	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_000916	TAAT	2	8	118538	118545	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000916	TTCC	2	8	134180	134187	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_000916	TTAA	2	8	144290	144297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000916	TTTG	2	8	146585	146592	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000916	CTTT	2	8	150193	150200	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_000916	AGGG	2	8	157856	157863	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000916	TTGG	2	8	159804	159811	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000916	GATA	2	8	159859	159866	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000916	AAAT	2	8	161681	161688	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_000916	TCTT	2	8	163537	163544	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_000916	ATTA	2	8	163621	163628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000916	TGGC	2	8	166625	166632	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_000916	ATAA	2	8	167175	167182	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000916	CCTT	2	8	173315	173322	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_000916	ATTA	2	8	174309	174316	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000916	ATCA	2	8	175179	175186	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_000916	ATCC	2	8	177727	177734	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_000916	TTAA	2	8	177805	177812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000916	ACTG	2	8	183694	183701	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_000916	CATC	2	8	186293	186300	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_000916	ATTT	2	8	187274	187281	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000916	CAGA	2	8	192269	192276	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_000916	AACC	2	8	197604	197611	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_000916	GATG	2	8	198151	198158	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000916	CAGG	2	8	207000	207007	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_000916	CAGT	2	8	208360	208367	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_000916	TAAT	2	8	211823	211830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000916	CAGC	2	8	211962	211969	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_000916	AGGA	2	8	216829	216836	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000916	TCAT	2	8	217877	217884	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_000916	TAAA	2	8	217913	217920	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000916	CCAT	2	8	225680	225687	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_000916	TCAA	2	8	226216	226223	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_000916	TTAA	2	8	226797	226804	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000916	TAAT	2	8	226809	226816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000916	CCCG	2	8	226948	226955	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
70	NC_000916	TATT	2	8	227180	227187	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000916	TGGC	2	8	228938	228945	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_000916	TACA	2	8	230205	230212	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_000916	CCTC	2	8	236443	236450	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
74	NC_000916	AATA	2	8	238658	238665	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_000916	TATC	2	8	243959	243966	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_000916	GCAC	2	8	246060	246067	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_000916	AGAT	2	8	248257	248264	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000916	CATA	2	8	256840	256847	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_000916	ATCA	2	8	273403	273410	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_000916	AGAC	2	8	282043	282050	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_000916	ATTT	2	8	294441	294448	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_000916	TTAA	2	8	296652	296659	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000916	ATTA	2	8	297103	297110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000916	TTTA	2	8	305144	305151	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_000916	TTGA	2	8	316597	316604	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000916	GGAT	2	8	318289	318296	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000916	GGAA	2	8	318383	318390	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000916	ATTC	2	8	318397	318404	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_000916	CCTG	2	8	328798	328805	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_000916	TCAA	2	8	336015	336022	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_000916	AGAA	2	8	340980	340987	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_000916	CACC	2	8	344392	344399	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
93	NC_000916	TCTG	3	12	344451	344462	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_000916	AACA	2	8	347722	347729	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_000916	AATT	2	8	347772	347779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000916	TCTG	2	8	358961	358968	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_000916	AATT	2	8	359256	359263	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000916	TTTA	2	8	370906	370913	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000916	TAAT	2	8	372594	372601	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000916	TTAT	2	8	372686	372693	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000916	ATAA	2	8	374898	374905	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000916	ACCA	2	8	388773	388780	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_000916	GATT	2	8	402143	402150	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000916	ATGT	2	8	402196	402203	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000916	GTTT	2	8	402322	402329	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000916	AGAT	2	8	403787	403794	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000916	TTAA	2	8	404813	404820	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000916	GGAA	2	8	404865	404872	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000916	GTAT	2	8	407869	407876	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000916	TCAT	2	8	408004	408011	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_000916	TTTC	2	8	408055	408062	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_000916	CAGT	2	8	411050	411057	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_000916	TAAT	2	8	411162	411169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000916	TGAT	2	8	414482	414489	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000916	ATAA	2	8	446846	446853	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000916	GATG	2	8	453958	453965	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000916	AATA	3	12	454000	454011	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_000916	TCCA	2	8	458615	458622	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_000916	ATCA	2	8	469739	469746	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_000916	TTCC	2	8	475862	475869	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_000916	AAAT	2	8	489362	489369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_000916	CCAA	2	8	491407	491414	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_000916	GCCA	2	8	494802	494809	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_000916	TATT	2	8	503126	503133	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000916	CTTT	2	8	508504	508511	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_000916	AATA	2	8	509407	509414	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_000916	ACTC	2	8	510993	511000	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_000916	ATTT	2	8	513280	513287	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000916	GAAG	2	8	520333	520340	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000916	AAAT	2	8	525843	525850	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000916	TAAA	2	8	537273	537280	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_000916	GACT	2	8	537591	537598	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_000916	AATA	2	8	537770	537777	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000916	AAGG	2	8	542043	542050	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000916	AATA	2	8	542901	542908	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_000916	TCAG	2	8	549300	549307	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_000916	TCCA	2	8	550503	550510	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_000916	GTCT	2	8	551880	551887	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_000916	ATAA	2	8	552089	552096	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_000916	GACA	2	8	556211	556218	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_000916	TATC	2	8	556683	556690	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_000916	CAGC	2	8	559205	559212	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_000916	CTAA	2	8	575356	575363	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_000916	ATGC	2	8	579168	579175	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_000916	TTTA	2	8	590593	590600	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_000916	GGAT	2	8	593051	593058	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000916	ATTC	2	8	597769	597776	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_000916	AAAT	2	8	597777	597784	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_000916	TTTA	2	8	597785	597792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_000916	TTAC	2	8	607285	607292	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_000916	GATG	2	8	607297	607304	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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440	NC_000916	TGTT	2	8	1723543	1723550	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
441	NC_000916	TTAA	2	8	1723920	1723927	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
442	NC_000916	TTTA	2	8	1726532	1726539	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_000916	ATCT	2	8	1729503	1729510	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
444	NC_000916	ACTG	2	8	1732817	1732824	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
445	NC_000916	AATG	2	8	1733001	1733008	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
446	NC_000916	TTCC	2	8	1738818	1738825	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
447	NC_000916	CTTC	2	8	1744887	1744894	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
448	NC_000916	ATTT	2	8	1745419	1745426	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
449	NC_000916	TGAA	2	8	1750582	1750589	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.