MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 chromosome

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000909	AACTCC	2	12	13652	13663	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_000909	ATTTTA	2	12	36403	36414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_000909	GATAAA	2	12	48748	48759	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000909	AAATAA	2	12	55054	55065	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000909	ATAAAA	2	12	58895	58906	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000909	CAAATT	2	12	58918	58929	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_000909	TATTTT	2	12	59326	59337	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000909	GTTGGT	2	12	74657	74668	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000909	TTTTAA	2	12	78526	78537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000909	TTAAAT	2	12	78717	78728	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000909	TTTAAA	2	12	106441	106452	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000909	ATTTTT	2	12	108463	108474	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000909	AGATTA	2	12	111549	111560	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_000909	AAATTT	2	12	115115	115126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000909	CTTCAT	2	12	128074	128085	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_000909	TAATTT	2	12	128563	128574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000909	TTCATT	2	12	133578	133589	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_000909	ACTGCG	2	12	155777	155788	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_000909	TCATTT	2	12	171075	171086	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_000909	AATAAA	2	12	205673	205684	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_000909	ATAATT	2	12	215426	215437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000909	ATCTTT	2	12	217593	217604	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_000909	CTAATA	2	12	221457	221468	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_000909	AAAAGT	2	12	236527	236538	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000909	GTTATA	2	12	242233	242244	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000909	ATTAAA	2	12	245064	245075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000909	ATTTTT	2	12	250709	250720	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000909	ATTTTA	2	12	252937	252948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000909	TAGAGG	2	12	257931	257942	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000909	AAAATT	2	12	260481	260492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000909	TAAAAA	2	12	264776	264787	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000909	AGGAAT	2	12	276281	276292	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000909	ATATTT	2	12	282955	282966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000909	TAAAAA	2	12	285126	285137	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000909	TAAAAA	2	12	290211	290222	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000909	TAAATT	2	12	296426	296437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000909	GAAAAA	2	12	324349	324360	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000909	TTCTAT	2	12	334496	334507	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_000909	ATATTA	2	12	345600	345611	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000909	ATTATA	2	12	387047	387058	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000909	ACAATT	2	12	387115	387126	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_000909	TTCAAC	2	12	391276	391287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_000909	ATATAA	2	12	403178	403189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000909	TTGTTT	2	12	410386	410397	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000909	CCCCGT	2	12	412607	412618	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_000909	TATTTT	2	12	435477	435488	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000909	ATTTTA	2	12	435506	435517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000909	TAAAAA	2	12	448390	448401	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000909	AATATA	2	12	451159	451170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000909	TTTTTA	2	12	451998	452009	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000909	TTTAGT	2	12	452072	452083	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000909	AAAATC	2	12	471965	471976	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_000909	ATAGAG	2	12	473786	473797	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000909	TATTTT	2	12	476952	476963	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000909	ACTCTA	2	12	488895	488906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_000909	ATTACA	2	12	495548	495559	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_000909	TAAAAA	3	18	524594	524611	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000909	TGCCTA	2	12	540793	540804	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_000909	AAAATT	2	12	551143	551154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000909	ATTGTT	2	12	565770	565781	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000909	TAATTG	2	12	565814	565825	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000909	ATTAAA	2	12	569998	570009	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000909	AGGAAT	2	12	581087	581098	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000909	TTTTTA	2	12	584404	584415	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000909	TAAATT	2	12	584433	584444	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000909	TTTATA	2	12	585496	585507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000909	CAAAAA	2	12	607884	607895	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_000909	TTATAT	2	12	618913	618924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000909	ATTTTT	2	12	621377	621388	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_000909	CCCTGC	2	12	638051	638062	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_000909	TCCCGG	2	12	638136	638147	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_000909	TTTTAA	2	12	655089	655100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000909	ATTAAA	2	12	656609	656620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000909	CAATTA	2	12	666829	666840	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_000909	TTTTAT	2	12	670837	670848	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000909	TCCTCT	2	12	677684	677695	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_000909	AAATGG	2	12	680801	680812	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000909	AAAAAT	3	18	688700	688717	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000909	AATATA	2	12	690445	690456	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000909	TAAAAA	2	12	693841	693852	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000909	ATTTAA	2	12	695066	695077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_000909	AAATAA	2	12	713703	713714	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000909	TAACTT	2	12	732419	732430	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_000909	ACTATA	2	12	732986	732997	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_000909	ATTAGG	2	12	742478	742489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000909	TAAAGA	2	12	750917	750928	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000909	ATTTTT	2	12	764091	764102	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000909	ATTTTA	2	12	768313	768324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000909	TTCTAT	2	12	781933	781944	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_000909	ATAAAA	2	12	785251	785262	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000909	TTTAAT	2	12	787484	787495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_000909	AAAATA	2	12	804393	804404	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000909	AAATTA	2	12	856649	856660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000909	ATTTTT	2	12	862423	862434	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000909	TTTATT	2	12	862438	862449	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000909	CAAAAG	2	12	866083	866094	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_000909	TCATAT	2	12	869260	869271	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_000909	TAAAAG	2	12	877497	877508	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000909	TATTTT	2	12	883751	883762	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000909	ATTTTA	2	12	883856	883867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000909	TTTATT	2	12	887311	887322	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000909	AATTTG	2	12	921743	921754	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000909	ATTTTT	2	12	929984	929995	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000909	AAAATA	2	12	939110	939121	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000909	ATTTTT	2	12	941292	941303	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000909	TATTTT	2	12	950330	950341	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000909	TTTAAA	2	12	950365	950376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000909	TTTAAT	2	12	972540	972551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000909	TAACAT	2	12	981305	981316	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_000909	TCAAAA	2	12	982607	982618	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_000909	ATTCCT	2	12	986686	986697	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_000909	AGGAAT	2	12	990539	990550	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_000909	TCTTTA	2	12	1012794	1012805	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_000909	AACATA	2	12	1049485	1049496	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_000909	TAAAAA	2	12	1085266	1085277	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000909	ATGAAA	2	12	1104983	1104994	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000909	TAATAT	2	12	1111484	1111495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_000909	ATTTTT	2	12	1125060	1125071	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000909	ATTAGA	2	12	1130429	1130440	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_000909	TATGGT	2	12	1134302	1134313	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000909	TTATCT	2	12	1140201	1140212	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_000909	TTATTT	2	12	1150020	1150031	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000909	ATTAAA	2	12	1154091	1154102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_000909	ATATTA	2	12	1167023	1167034	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000909	AAATTT	2	12	1167048	1167059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_000909	TTTTAT	2	12	1177387	1177398	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_000909	ATCCAA	2	12	1177750	1177761	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_000909	TTAAAA	2	12	1182230	1182241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000909	AAAAAT	2	12	1202250	1202261	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000909	ATATTT	2	12	1220197	1220208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000909	TCCTAG	2	12	1220551	1220562	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_000909	AAAGTT	2	12	1222490	1222501	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_000909	AGGAAT	2	12	1228443	1228454	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000909	AAAGTA	2	12	1264933	1264944	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000909	AGCAAT	2	12	1266439	1266450	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_000909	AAAATA	2	12	1267774	1267785	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_000909	TGGGGT	2	12	1289319	1289330	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_000909	TTTTTA	2	12	1299887	1299898	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_000909	CTAACG	2	12	1300931	1300942	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_000909	ATTTTT	2	12	1304043	1304054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_000909	TAAAAA	2	12	1337056	1337067	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000909	TAAAAA	2	12	1338469	1338480	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_000909	TAAATT	2	12	1340076	1340087	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_000909	ATTCCT	2	12	1363002	1363013	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_000909	ATTTTA	2	12	1368815	1368826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_000909	ATAAAT	2	12	1370774	1370785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000909	TTCTTA	2	12	1385449	1385460	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_000909	ATTCCT	2	12	1385745	1385756	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_000909	TTGAAG	2	12	1387455	1387466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_000909	TTTAAA	2	12	1387520	1387531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_000909	GTTGCA	2	12	1456746	1456757	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_000909	TAGTAA	2	12	1456911	1456922	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_000909	TTTTTA	2	12	1464269	1464280	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_000909	TAATTA	2	12	1465637	1465648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_000909	TATATT	2	12	1468470	1468481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_000909	TGGCAT	2	12	1474988	1474999	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_000909	TATTCT	2	12	1500218	1500229	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_000909	TAAAAT	2	12	1507008	1507019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_000909	ATATTT	2	12	1515753	1515764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_000909	TTATTT	2	12	1544660	1544671	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_000909	AATTTT	2	12	1544821	1544832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_000909	ATTAAT	2	12	1550711	1550722	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_000909	AAAAAC	2	12	1554019	1554030	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
164	NC_000909	ATTTTT	3	18	1554901	1554918	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_000909	TTTCTA	2	12	1568553	1568564	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
166	NC_000909	TAAAAT	2	12	1576129	1576140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_000909	TTTTCT	2	12	1576388	1576399	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
168	NC_000909	TTATAT	2	12	1576403	1576414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_000909	AAAGAA	2	12	1578696	1578707	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
170	NC_000909	CAATTT	2	12	1581546	1581557	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
171	NC_000909	TATTCT	2	12	1606380	1606391	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
172	NC_000909	AATACA	2	12	1615781	1615792	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
173	NC_000909	TTTATT	2	12	1629080	1629091	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_000909	CAACTA	2	12	1633420	1633431	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_000909	TTAATA	2	12	1659538	1659549	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.