MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methanomethylovorans hollandica DSM 15978 plasmid pMETHO01

Total Repeats: 84

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019972	ACTGGA	2	12	543	554	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	435849689
2	NC_019972	ATCAAG	2	12	5092	5103	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	435849691
3	NC_019972	ATGGAA	2	12	22172	22183	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	435849708
4	NC_019972	TCACAT	2	12	25538	25549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	435849709
5	NC_019972	CAGAAT	2	12	35221	35232	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	435849724
6	NC_019972	GATGCT	2	12	36801	36812	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	435849725
7	NC_019972	AGTTTT	2	12	37181	37192	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	435849725
8	NC_019972	ATTCTC	2	12	39622	39633	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	435849730
9	NC_019972	TAGAAT	2	12	41007	41018	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	435849730
10	NC_019972	GTCTTC	2	12	41629	41640	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	435849730
11	NC_019972	GCCATT	2	12	42434	42445	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	435849730
12	NC_019972	GTATTT	2	12	42467	42478	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	435849730
13	NC_019972	AACATA	2	12	54833	54844	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	435849741
14	NC_019972	ATTACT	2	12	63948	63959	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	435849750
15	NC_019972	TTTCCA	2	12	65040	65051	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	435849752
16	NC_019972	TTAACT	2	12	72434	72445	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	435849759
17	NC_019972	CCTGAA	2	12	74846	74857	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	435849761
18	NC_019972	CTCTTT	2	12	75659	75670	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	435849762
19	NC_019972	TTTCAG	2	12	76805	76816	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	435849763
20	NC_019972	TTTCTT	2	12	79907	79918	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	435849766
21	NC_019972	TATCAA	2	12	87741	87752	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	435849774
22	NC_019972	TCCTTT	2	12	88129	88140	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	435849774
23	NC_019972	AATATC	2	12	90687	90698	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	435849777
24	NC_019972	CTGATG	2	12	90746	90757	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	435849777
25	NC_019972	ATTTTC	2	12	90817	90828	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	435849777
26	NC_019972	ATCCAG	2	12	96543	96554	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	435849786
27	NC_019972	CGATGA	2	12	98376	98387	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	435849788
28	NC_019972	AATCCT	2	12	106658	106669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	435849796
29	NC_019972	ATCCAG	2	12	109557	109568	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	435849800
30	NC_019972	AGAGAT	2	12	114396	114407	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	435849804
31	NC_019972	CAAGTG	2	12	118532	118543	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	435849807
32	NC_019972	TTTCCA	2	12	118855	118866	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	435849807
33	NC_019972	AGGAGC	2	12	119373	119384	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	435849807
34	NC_019972	TGGAAA	2	12	119861	119872	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	435849808
35	NC_019972	CTTTTG	2	12	127783	127794	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	435849813
36	NC_019972	TTTTTC	2	12	129982	129993	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	435849814
37	NC_019972	AGAAAC	2	12	141884	141895	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	435849820
38	NC_019972	TGCAAT	2	12	143857	143868	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	435849821
39	NC_019972	ATGATA	2	12	144605	144616	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	435849822
40	NC_019972	TGAATT	2	12	145314	145325	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	435849823
41	NC_019972	GAAAAT	2	12	145440	145451	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	435849823
42	NC_019972	CTGTAA	2	12	147772	147783	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	435849825
43	NC_019972	CAGCAC	2	12	151069	151080	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	435849825
44	NC_019972	TTGTAA	2	12	152875	152886	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	435849825
45	NC_019972	TCACTG	2	12	155807	155818	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	435849827
46	NC_019972	AAGGCA	2	12	156352	156363	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	435849827
47	NC_019972	GAATCC	2	12	160230	160241	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	435849831
48	NC_019972	TATATT	2	12	161572	161583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	435849833
49	NC_019972	TGATAA	2	12	166195	166206	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	435849834
50	NC_019972	AGGATA	2	12	171615	171626	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	435849838
51	NC_019972	TTTAAG	2	12	175988	175999	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	435849840
52	NC_019972	CATATA	2	12	180431	180442	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	435849842
53	NC_019972	AACTTC	2	12	181819	181830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	435849842
54	NC_019972	CTTCAG	2	12	182967	182978	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	435849842
55	NC_019972	AAAATA	2	12	185257	185268	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	435849843
56	NC_019972	ATATGG	2	12	188640	188651	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	435849848
57	NC_019972	TACAAC	2	12	200012	200023	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	435849861
58	NC_019972	TTGGCC	2	12	201824	201835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	435849862
59	NC_019972	ATTCCA	2	12	202212	202223	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	435849862
60	NC_019972	CTTGTG	2	12	204647	204658	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	435849867
61	NC_019972	TTACGT	2	12	206102	206113	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	435849868
62	NC_019972	TTGAGT	2	12	208007	208018	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	435849869
63	NC_019972	CATTTC	2	12	211173	211184	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	435849871
64	NC_019972	ATTGTT	2	12	213095	213106	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	435849872
65	NC_019972	GCTCTT	2	12	214272	214283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	435849872
66	NC_019972	TCATTT	2	12	215572	215583	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	435849873
67	NC_019972	AAAATA	2	12	219061	219072	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	435849877
68	NC_019972	ATCTTG	2	12	219274	219285	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	435849877
69	NC_019972	TTTGAT	2	12	221363	221374	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	435849879
70	NC_019972	TCTTTT	2	12	224022	224033	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	435849882
71	NC_019972	TTTTGA	2	12	234109	234120	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	435849892
72	NC_019972	TTGCTG	2	12	235369	235380	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	435849893
73	NC_019972	TGATTT	2	12	236592	236603	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	435849895
74	NC_019972	CTTTCT	3	18	238565	238582	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	435849896
75	NC_019972	AGTTAT	2	12	239470	239481	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	435849896
76	NC_019972	ATCGAT	2	12	239854	239865	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	435849896
77	NC_019972	GCTGTT	2	12	250137	250148	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	435849907
78	NC_019972	TTGATC	2	12	259814	259825	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	435849914
79	NC_019972	TTGATG	2	12	261024	261035	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	435849915
80	NC_019972	AAACAG	2	12	261302	261313	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	435849915
81	NC_019972	TTGTCA	2	12	268928	268939	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	435849923
82	NC_019972	CATTTT	2	12	274808	274819	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	435849932
83	NC_019972	TAGAAT	2	12	276710	276721	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	435849934
84	NC_019972	ATTACT	2	12	278208	278219	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	435849937

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.