MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM01

Total Repeats: 200

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019957	GAACGT	2	12	264	275	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433644117
2	NC_019957	GATCGG	2	12	8849	8860	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644123
3	NC_019957	GGCTCA	2	12	10270	10281	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644124
4	NC_019957	CGACCG	2	12	13150	13161	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644126
5	NC_019957	CGTCGG	2	12	17088	17099	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644129
6	NC_019957	TCGAGA	2	12	21100	21111	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433644131
7	NC_019957	TGATCG	2	12	26699	26710	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644134
8	NC_019957	CGGCGA	2	12	27182	27193	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644134
9	NC_019957	CTGGCG	2	12	27286	27297	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644134
10	NC_019957	CGGCAA	2	12	29188	29199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644136
11	NC_019957	AACCCG	2	12	33572	33583	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644139
12	NC_019957	TGATGC	2	12	33877	33888	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644139
13	NC_019957	CGCCGA	2	12	36122	36133	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644140
14	NC_019957	GCCGTC	2	12	38865	38876	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644142
15	NC_019957	TGTCGA	2	12	41113	41124	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644144
16	NC_019957	CGGTGG	2	12	42682	42693	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644144
17	NC_019957	AGTCGA	2	12	43367	43378	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433644145
18	NC_019957	GTCGCC	2	12	43944	43955	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644145
19	NC_019957	ACGTAG	2	12	52288	52299	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433644149
20	NC_019957	CCCGGC	2	12	54558	54569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644150
21	NC_019957	GTCCCC	2	12	55451	55462	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	433644150
22	NC_019957	GACGGT	2	12	56120	56131	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644150
23	NC_019957	GTCGGG	2	12	56138	56149	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644150
24	NC_019957	CGTCGG	2	12	60254	60265	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644151
25	NC_019957	CGCAGA	2	12	60581	60592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644151
26	NC_019957	GCCGAC	2	12	61922	61933	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644152
27	NC_019957	CGGCGC	2	12	62158	62169	0 %	0 %	50 %	50 %	433644152
28	NC_019957	CGACGC	2	12	63893	63904	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644152
29	NC_019957	GGGGTG	2	12	64325	64336	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	433644153
30	NC_019957	GCGCTC	2	12	64529	64540	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644153
31	NC_019957	CGTCAG	2	12	64549	64560	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644153
32	NC_019957	AGCACG	2	12	65585	65596	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644153
33	NC_019957	GACGGT	2	12	66678	66689	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644154
34	NC_019957	GGGATG	2	12	68206	68217	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	433644157
35	NC_019957	CGGTGA	2	12	68651	68662	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644157
36	NC_019957	CTGCGC	2	12	69840	69851	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644159
37	NC_019957	CCTGCA	2	12	69852	69863	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644159
38	NC_019957	CTGCTT	2	12	70188	70199	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	433644160
39	NC_019957	GACTGT	2	12	70611	70622	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644160
40	NC_019957	CCGGCC	2	12	71143	71154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644160
41	NC_019957	GTCGGC	2	12	72936	72947	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644160
42	NC_019957	CGGTCG	2	12	73745	73756	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644160
43	NC_019957	GTGCTG	2	12	74387	74398	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644160
44	NC_019957	TCGGCG	2	12	74647	74658	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644160
45	NC_019957	GGGAAC	2	12	76993	77004	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	433644163
46	NC_019957	TCGAGG	2	12	77302	77313	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644163
47	NC_019957	CAGCAC	2	12	78408	78419	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644163
48	NC_019957	CGTCGA	2	12	78688	78699	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644164
49	NC_019957	TCGGCG	2	12	80935	80946	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644165
50	NC_019957	TCGACA	3	18	81070	81087	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644165
51	NC_019957	CTGGAT	2	12	81892	81903	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644167
52	NC_019957	GACTTT	2	12	83086	83097	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	433644167
53	NC_019957	CGGTGA	2	12	83226	83237	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644167
54	NC_019957	GCCGCA	2	12	85292	85303	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644168
55	NC_019957	AGTCGT	2	12	89092	89103	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644171
56	NC_019957	TGTCGA	2	12	92450	92461	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644172
57	NC_019957	CGAGCG	2	12	95808	95819	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644176
58	NC_019957	TCAGCG	2	12	96695	96706	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644178
59	NC_019957	CGACGG	2	12	103843	103854	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644182
60	NC_019957	GATGGC	2	12	106380	106391	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644183
61	NC_019957	GAAACC	2	12	110253	110264	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	433644187
62	NC_019957	ACCGGT	2	12	113648	113659	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644188
63	NC_019957	AAGCCG	2	12	113976	113987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644188
64	NC_019957	TCGCCG	2	12	114352	114363	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644188
65	NC_019957	GCCAGC	2	12	115751	115762	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644188
66	NC_019957	GCCAGC	2	12	116009	116020	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644188
67	NC_019957	TGTCGG	2	12	120739	120750	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644190
68	NC_019957	CCGTCG	2	12	122051	122062	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644191
69	NC_019957	ACCGTG	2	12	122628	122639	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644192
70	NC_019957	ACGTCG	2	12	122698	122709	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644192
71	NC_019957	TCGACG	2	12	122944	122955	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644192
72	NC_019957	CGATCG	2	12	124194	124205	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644194
73	NC_019957	CCCGCG	2	12	125051	125062	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644194
74	NC_019957	TGTCGA	2	12	125861	125872	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644196
75	NC_019957	GGCCTC	2	12	134964	134975	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644200
76	NC_019957	CAGCGG	2	12	135224	135235	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644200
77	NC_019957	CCAGAT	2	12	135249	135260	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644200
78	NC_019957	GATGCC	2	12	136184	136195	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644201
79	NC_019957	AGCTGC	2	12	138623	138634	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644203
80	NC_019957	CGCCGG	2	12	138794	138805	0 %	0 %	50 %	50 %	433644203
81	NC_019957	CGGTGG	2	12	139424	139435	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644205
82	NC_019957	CGTCGG	2	12	140266	140277	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644206
83	NC_019957	GTGGCG	2	12	140773	140784	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644207
84	NC_019957	CATCCG	2	12	143137	143148	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644208
85	NC_019957	GGTGTT	2	12	148187	148198	0 %	50 %	50 %	0 %	433644212
86	NC_019957	CACCGC	2	12	148340	148351	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	433644212
87	NC_019957	AAGTTG	2	12	148453	148464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	433644213
88	NC_019957	CCAGCG	2	12	149998	150009	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644214
89	NC_019957	ACCCGG	2	12	153290	153301	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644219
90	NC_019957	AGGTCG	2	12	154675	154686	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644220
91	NC_019957	AACATC	2	12	156055	156066	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	433644221
92	NC_019957	CGGCTG	2	12	156653	156664	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644221
93	NC_019957	CGGCGT	2	12	159421	159432	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644224
94	NC_019957	CGTCGG	2	12	159525	159536	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644224
95	NC_019957	GACGTC	2	12	168032	168043	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644231
96	NC_019957	TGGCCT	2	12	176234	176245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433644239
97	NC_019957	GATCGT	2	12	180189	180200	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644244
98	NC_019957	CGTTCG	2	12	184702	184713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433644250
99	NC_019957	CCGGAG	2	12	186265	186276	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644251
100	NC_019957	CAGCAA	2	12	186393	186404	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	433644251
101	NC_019957	TGGGGC	2	12	187494	187505	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644252
102	NC_019957	CATCGA	2	12	188508	188519	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644252
103	NC_019957	CAGGGT	2	12	189168	189179	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644253
104	NC_019957	CACGGT	2	12	189219	189230	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644253
105	NC_019957	CAGTCA	2	12	189395	189406	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644253
106	NC_019957	CGCCGA	2	12	190965	190976	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644253
107	NC_019957	CGACAT	2	12	195043	195054	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644255
108	NC_019957	CAGCGT	2	12	196268	196279	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644257
109	NC_019957	CGCCAA	2	12	196661	196672	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644257
110	NC_019957	GTCGGC	2	12	204239	204250	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644266
111	NC_019957	GAGCAT	2	12	204723	204734	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433644267
112	NC_019957	CACCGT	2	12	206075	206086	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644268
113	NC_019957	GGCGCG	2	12	209947	209958	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	433644272
114	NC_019957	TCGGTG	2	12	212821	212832	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644276
115	NC_019957	TGAGGC	2	12	221130	221141	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644283
116	NC_019957	CCGTCG	2	12	224203	224214	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644284
117	NC_019957	GTCGGC	2	12	228157	228168	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644289
118	NC_019957	GGGCCG	2	12	230623	230634	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	433644290
119	NC_019957	GATCGC	2	12	231683	231694	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644291
120	NC_019957	CTGCGG	2	12	232672	232683	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644292
121	NC_019957	CGTCGG	2	12	233537	233548	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644294
122	NC_019957	ACGCCG	2	12	238946	238957	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644297
123	NC_019957	CCAGCA	2	12	241286	241297	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644299
124	NC_019957	GCCCGC	2	12	241353	241364	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644299
125	NC_019957	GGCCGG	2	12	243794	243805	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	433644300
126	NC_019957	GTCGAG	2	12	243929	243940	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644300
127	NC_019957	GACCGC	2	12	245164	245175	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644302
128	NC_019957	CGTGGG	2	12	247648	247659	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644306
129	NC_019957	ACGCGC	2	12	252991	253002	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644313
130	NC_019957	GGTCGG	2	12	253772	253783	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644314
131	NC_019957	CGGCGA	2	12	254599	254610	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644315
132	NC_019957	GTCACG	2	12	256364	256375	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644316
133	NC_019957	CGCCGG	2	12	267782	267793	0 %	0 %	50 %	50 %	433644324
134	NC_019957	GGGTGC	2	12	269507	269518	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644326
135	NC_019957	CTCGAA	2	12	271616	271627	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644328
136	NC_019957	TTCGAC	2	12	271942	271953	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433644329
137	NC_019957	AGCGCA	2	12	271964	271975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644329
138	NC_019957	TCCCGA	2	12	277711	277722	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644338
139	NC_019957	ATCCCG	2	12	277769	277780	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644338
140	NC_019957	TCGCCG	2	12	278094	278105	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644338
141	NC_019957	GGCATG	2	12	279215	279226	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644338
142	NC_019957	TTGCCG	2	12	282419	282430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433644339
143	NC_019957	CGCCGG	2	12	283668	283679	0 %	0 %	50 %	50 %	433644339
144	NC_019957	CGTCGC	2	12	285015	285026	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644341
145	NC_019957	GCCGAC	2	12	289367	289378	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644343
146	NC_019957	CGTCGG	2	12	290210	290221	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644344
147	NC_019957	GGTGAT	2	12	297076	297087	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	433644354
148	NC_019957	GCTGGG	2	12	297334	297345	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644354
149	NC_019957	GAGGTG	2	12	297353	297364	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	433644354
150	NC_019957	CCCGCG	2	12	299317	299328	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644356
151	NC_019957	GCGCCG	2	12	299413	299424	0 %	0 %	50 %	50 %	433644356
152	NC_019957	ATCGAC	2	12	300484	300495	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644356
153	NC_019957	ACCGCC	2	12	300597	300608	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	433644356
154	NC_019957	GGCGGT	2	12	301016	301027	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644357
155	NC_019957	GTGTCG	2	12	301371	301382	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644357
156	NC_019957	GATGCG	2	12	302104	302115	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644357
157	NC_019957	CCGGCA	2	12	303357	303368	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644358
158	NC_019957	CGGTGG	2	12	303866	303877	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644359
159	NC_019957	CGGCCG	2	12	304349	304360	0 %	0 %	50 %	50 %	433644359
160	NC_019957	TGCGGT	2	12	304488	304499	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644359
161	NC_019957	GGTGCG	2	12	304632	304643	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644359
162	NC_019957	GCCGGT	2	12	307239	307250	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644362
163	NC_019957	CGCGAC	2	12	307833	307844	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644362
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165	NC_019957	ACGAAG	2	12	311876	311887	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433644368
166	NC_019957	GGTCGC	2	12	312983	312994	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644370
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169	NC_019957	GTCGAG	2	12	320296	320307	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644379
170	NC_019957	GCCCGC	2	12	321817	321828	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644379
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172	NC_019957	CGCGCT	2	12	327404	327415	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644385
173	NC_019957	GGTGAT	2	12	329572	329583	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	433644387
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175	NC_019957	CGTTGA	2	12	330234	330245	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644387
176	NC_019957	GGTTTG	2	12	330568	330579	0 %	50 %	50 %	0 %	433644387
177	NC_019957	ATGACC	2	12	332140	332151	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644389
178	NC_019957	CAAGGC	2	12	337658	337669	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644392
179	NC_019957	CTGCAG	2	12	338435	338446	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644393
180	NC_019957	GCCGAC	2	12	339599	339610	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644393
181	NC_019957	CGAAGC	2	12	339754	339765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644393
182	NC_019957	ATACCT	2	12	340975	340986	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	433644393
183	NC_019957	ACGGTC	2	12	343136	343147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644395
184	NC_019957	CCCCGC	2	12	345696	345707	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	433644399
185	NC_019957	GCATCT	2	12	353210	353221	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433644405
186	NC_019957	TACCGC	2	12	354001	354012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644407
187	NC_019957	CGGGGG	2	12	354139	354150	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	433644407
188	NC_019957	GCCGAG	2	12	355075	355086	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644407
189	NC_019957	CGCCCT	2	12	362845	362856	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	433644411
190	NC_019957	CCGTGG	2	12	374255	374266	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644420
191	NC_019957	GCCTGA	2	12	374938	374949	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644421
192	NC_019957	CATCGA	2	12	376975	376986	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644424
193	NC_019957	CGACGC	2	12	377204	377215	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644425
194	NC_019957	CCCCGG	2	12	378525	378536	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644426
195	NC_019957	GGCGCC	2	12	379073	379084	0 %	0 %	50 %	50 %	433644427
196	NC_019957	TCGCGG	2	12	382653	382664	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644430
197	NC_019957	GCTGGT	2	12	383128	383139	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644430
198	NC_019957	GCCGAG	2	12	384458	384469	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644431
199	NC_019957	GTAGCG	2	12	388216	388227	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644433
200	NC_019957	GCGCAG	2	12	392009	392020	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644436

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.