MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Methanosaeta harundinacea 6Ac plasmid pH6Ac

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016637	CTC	2	6	246	251	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003072
2	NC_016637	ACT	2	6	279	284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003072
3	NC_016637	GAT	2	6	349	354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003072
4	NC_016637	ATG	2	6	1197	1202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003074
5	NC_016637	CCT	2	6	1204	1209	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003074
6	NC_016637	ACG	2	6	1234	1239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003074
7	NC_016637	TTG	2	6	1338	1343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386003074
8	NC_016637	GTT	2	6	1466	1471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386003075
9	NC_016637	GCC	2	6	1562	1567	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003075
10	NC_016637	GGT	3	9	1596	1604	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003075
11	NC_016637	CTC	2	6	1624	1629	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
12	NC_016637	CTC	2	6	1667	1672	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
13	NC_016637	GAA	2	6	1685	1690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003076
14	NC_016637	TTC	2	6	1701	1706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003076
15	NC_016637	GGA	2	6	1724	1729	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
16	NC_016637	GGC	2	6	1757	1762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
17	NC_016637	CGG	2	6	1766	1771	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
18	NC_016637	GAC	2	6	1836	1841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
19	NC_016637	CTC	2	6	1848	1853	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
20	NC_016637	TGG	2	6	1960	1965	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003076
21	NC_016637	GCG	2	6	2000	2005	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
22	NC_016637	GGC	2	6	2035	2040	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
23	NC_016637	TCC	2	6	2077	2082	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
24	NC_016637	GTG	2	6	2175	2180	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003076
25	NC_016637	GGA	2	6	2189	2194	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
26	NC_016637	CCA	2	6	2206	2211	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003076
27	NC_016637	AAG	2	6	2298	2303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003076
28	NC_016637	CCG	2	6	2307	2312	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003076
29	NC_016637	ACG	3	9	2313	2321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
30	NC_016637	GGC	2	6	2388	2393	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
31	NC_016637	TTC	2	6	2397	2402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003076
32	NC_016637	TCG	2	6	2443	2448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003076
33	NC_016637	GTG	3	9	2468	2476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003076
34	NC_016637	CGG	3	9	2492	2500	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
35	NC_016637	ATC	2	6	2532	2537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003076
36	NC_016637	TCC	2	6	2581	2586	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
37	NC_016637	CGA	2	6	2624	2629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
38	NC_016637	GGA	2	6	2687	2692	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
39	NC_016637	GGA	2	6	2702	2707	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
40	NC_016637	GCG	2	6	2721	2726	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
41	NC_016637	GGC	2	6	2750	2755	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
42	NC_016637	CGG	2	6	2760	2765	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
43	NC_016637	GGC	2	6	2825	2830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
44	NC_016637	TCT	2	6	2831	2836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003076
45	NC_016637	CGA	3	9	2855	2863	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
46	NC_016637	CGA	3	9	2870	2878	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
47	NC_016637	CGT	2	6	2941	2946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003076
48	NC_016637	ACC	2	6	3010	3015	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003076
49	NC_016637	GGC	2	6	3204	3209	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
50	NC_016637	GAC	2	6	3210	3215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
51	NC_016637	CCG	2	6	3238	3243	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003076
52	NC_016637	TCC	2	6	3258	3263	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
53	NC_016637	TAA	2	6	3512	3517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386003076
54	NC_016637	CAC	2	6	3535	3540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003076
55	NC_016637	ATG	2	6	3555	3560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003076
56	NC_016637	CGG	3	9	3650	3658	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
57	NC_016637	GAC	2	6	3746	3751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
58	NC_016637	TCC	3	9	3778	3786	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
59	NC_016637	GGA	2	6	3814	3819	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
60	NC_016637	TCC	2	6	3891	3896	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
61	NC_016637	GGC	2	6	4010	4015	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
62	NC_016637	CCG	2	6	4132	4137	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003076
63	NC_016637	CAG	2	6	4181	4186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
64	NC_016637	CCG	2	6	4192	4197	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003076
65	NC_016637	AGA	2	6	4468	4473	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003076
66	NC_016637	TGG	2	6	4562	4567	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003076
67	NC_016637	GGA	2	6	4652	4657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
68	NC_016637	AGA	2	6	4665	4670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003076
69	NC_016637	CCT	2	6	4817	4822	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
70	NC_016637	CGA	2	6	4823	4828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
71	NC_016637	GAG	2	6	5447	5452	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003077
72	NC_016637	GAG	2	6	5489	5494	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003077
73	NC_016637	GGA	2	6	5539	5544	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003077
74	NC_016637	GGC	2	6	5873	5878	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003078
75	NC_016637	ACG	2	6	5915	5920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003078
76	NC_016637	GCG	2	6	6168	6173	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003079
77	NC_016637	CGA	2	6	6181	6186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003079
78	NC_016637	GGC	3	9	6241	6249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003079
79	NC_016637	ATG	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003079
80	NC_016637	CGG	2	6	6321	6326	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003080
81	NC_016637	CGA	2	6	6358	6363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003080
82	NC_016637	GAG	2	6	6414	6419	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003080
83	NC_016637	CCG	2	6	6423	6428	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003080
84	NC_016637	GAT	2	6	6483	6488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003080
85	NC_016637	CTG	2	6	6577	6582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003081
86	NC_016637	CGA	2	6	6594	6599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003081
87	NC_016637	AGA	2	6	6660	6665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003081
88	NC_016637	ACC	2	6	7118	7123	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003082
89	NC_016637	CCT	2	6	7159	7164	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003082
90	NC_016637	GCC	2	6	7175	7180	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003082
91	NC_016637	AGA	2	6	7248	7253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003082
92	NC_016637	CAG	2	6	7331	7336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003082
93	NC_016637	CAA	2	6	7484	7489	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386003083
94	NC_016637	TAT	2	6	7544	7549	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386003083
95	NC_016637	TCG	2	6	7585	7590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003083
96	NC_016637	TGT	2	6	7695	7700	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386003083
97	NC_016637	TCT	2	6	7747	7752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003083
98	NC_016637	GTT	2	6	7780	7785	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386003083
99	NC_016637	AGA	2	6	7977	7982	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003084
100	NC_016637	ATT	2	6	8046	8051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386003084
101	NC_016637	TCT	2	6	8052	8057	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003084
102	NC_016637	AGC	2	6	8151	8156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003084
103	NC_016637	CTT	2	6	8810	8815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003085
104	NC_016637	AGC	2	6	8835	8840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003085
105	NC_016637	GGC	4	12	9107	9118	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003086
106	NC_016637	CGA	2	6	9122	9127	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003086
107	NC_016637	CGT	2	6	9149	9154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003086
108	NC_016637	ATC	2	6	9201	9206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003086
109	NC_016637	CTT	2	6	9369	9374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003086
110	NC_016637	GGA	2	6	9389	9394	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003086
111	NC_016637	CAA	2	6	9476	9481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386003086
112	NC_016637	CGG	2	6	9493	9498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003086
113	NC_016637	GTG	2	6	9500	9505	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003086
114	NC_016637	CGA	2	6	9514	9519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003086
115	NC_016637	CGA	3	9	9553	9561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003086
116	NC_016637	TCC	2	6	9637	9642	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003086
117	NC_016637	GAG	2	6	9672	9677	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003086
118	NC_016637	GCG	2	6	9684	9689	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003086
119	NC_016637	CCA	2	6	9717	9722	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003086
120	NC_016637	ATT	2	6	10285	10290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386003087
121	NC_016637	TGA	2	6	10337	10342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003087
122	NC_016637	AGA	2	6	10723	10728	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003087
123	NC_016637	ATC	2	6	10989	10994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003088
124	NC_016637	CAT	2	6	11107	11112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003089
125	NC_016637	CTA	2	6	11125	11130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003089
126	NC_016637	GAC	2	6	11327	11332	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003089
127	NC_016637	CGG	2	6	11353	11358	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003089
128	NC_016637	GAA	2	6	11752	11757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003089
129	NC_016637	TTC	2	6	11816	11821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003089

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.