MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methanothermococcus okinawensis IH1 chromosome

Total Repeats: 792

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015636	ACAATA	2	12	3746	3757	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	336121005
2	NC_015636	AATATA	2	12	4463	4474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336121006
3	NC_015636	TTTCTA	2	12	7573	7584	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336121009
4	NC_015636	ATAAAA	3	18	7595	7612	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121009
5	NC_015636	TAGATG	2	12	9280	9291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336121012
6	NC_015636	AGATAT	2	12	9338	9349	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336121012
7	NC_015636	AAATGA	2	12	11237	11248	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	336121014
8	NC_015636	AATATG	2	12	12662	12673	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336121016
9	NC_015636	GTTTTT	2	12	13851	13862	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	336121017
10	NC_015636	AATCAA	2	12	15491	15502	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	336121019
11	NC_015636	GCAAAC	2	12	17102	17113	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	336121021
12	NC_015636	TAAAAT	2	12	21685	21696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336121027
13	NC_015636	ATTTAT	2	12	22207	22218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121027
14	NC_015636	TTTTAT	2	12	23662	23673	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336121028
15	NC_015636	ATTTTA	2	12	25245	25256	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121028
16	NC_015636	TTTTTA	2	12	25934	25945	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336121030
17	NC_015636	CTTTTA	2	12	26016	26027	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336121030
18	NC_015636	TATCAA	2	12	44702	44713	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336121050
19	NC_015636	TCCTTT	2	12	45928	45939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336121052
20	NC_015636	GTCGTT	2	12	49757	49768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	336121054
21	NC_015636	ATTTAT	2	12	50019	50030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121055
22	NC_015636	TCTATC	2	12	51049	51060	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	336121056
23	NC_015636	TTATTT	2	12	52737	52748	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336121056
24	NC_015636	ATCTAT	2	12	53647	53658	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	336121056
25	NC_015636	TATTTA	2	12	53864	53875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121057
26	NC_015636	ATTTGC	2	12	54033	54044	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	336121057
27	NC_015636	ATATTT	2	12	54415	54426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121057
28	NC_015636	ATTTAT	2	12	55200	55211	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121058
29	NC_015636	AAAAAC	2	12	57246	57257	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	336121059
30	NC_015636	TGAAGG	2	12	61407	61418	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	336121063
31	NC_015636	GTAAAT	2	12	61603	61614	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336121063
32	NC_015636	ATAGAT	2	12	61912	61923	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336121063
33	NC_015636	TCAAAA	2	12	65927	65938	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	336121068
34	NC_015636	AATGAA	2	12	68714	68725	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	336121072
35	NC_015636	GAAAAA	2	12	69282	69293	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	336121073
36	NC_015636	AATGGA	2	12	70393	70404	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	336121073
37	NC_015636	AAAACC	2	12	70590	70601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	336121074
38	NC_015636	CTAATG	2	12	74994	75005	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	336121079
39	NC_015636	ACATCA	2	12	77782	77793	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	336121082
40	NC_015636	TCGCTT	2	12	85897	85908	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	336121091
41	NC_015636	GAAAAA	2	12	88512	88523	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	336121097
42	NC_015636	GAAAAT	2	12	88641	88652	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	336121097
43	NC_015636	ATTTTT	2	12	88829	88840	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336121097
44	NC_015636	AAAAAT	2	12	88983	88994	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121097
45	NC_015636	TAAAAA	2	12	89341	89352	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121097
46	NC_015636	TGAAAT	2	12	90090	90101	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336121098
47	NC_015636	CAGAAA	2	12	91363	91374	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	336121100
48	NC_015636	CAGAAC	2	12	91378	91389	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	336121100
49	NC_015636	TCTTTA	2	12	92978	92989	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336121102
50	NC_015636	ATATTA	2	12	93316	93327	50 %	50 %	0 %	0 %	336121102
51	NC_015636	AGTTAA	2	12	93617	93628	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336121103
52	NC_015636	TATGAA	2	12	99179	99190	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336121107
53	NC_015636	GCTATG	2	12	100894	100905	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	336121108
54	NC_015636	TCAAAA	2	12	105636	105647	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	336121111
55	NC_015636	TTTTTC	2	12	106136	106147	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	336121111
56	NC_015636	TAGTTT	2	12	108312	108323	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336121115
57	NC_015636	ATAAAA	2	12	109404	109415	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121115
58	NC_015636	TTTTCA	2	12	110809	110820	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336121117
59	NC_015636	CTTTAT	2	12	111140	111151	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336121117
60	NC_015636	AATCCA	2	12	111819	111830	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	336121118
61	NC_015636	TTTCTT	2	12	113863	113874	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	336121118
62	NC_015636	AACATT	2	12	114677	114688	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336121119
63	NC_015636	TTCAAT	2	12	115988	115999	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	336121121
64	NC_015636	TTAGAT	2	12	119494	119505	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336121122
65	NC_015636	TGGATG	2	12	119950	119961	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	336121123
66	NC_015636	CAACAC	2	12	120768	120779	50 %	0 %	0 %	50 %	336121124
67	NC_015636	AATAAA	2	12	129207	129218	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121133
68	NC_015636	TGGAAC	2	12	129855	129866	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336121133
69	NC_015636	CTTCCA	2	12	130262	130273	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	336121134
70	NC_015636	CAAACT	2	12	133193	133204	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	336121136
71	NC_015636	GAGAAA	2	12	134234	134245	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336121136
72	NC_015636	AATAGA	2	12	136739	136750	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	336121139
73	NC_015636	AAATAA	2	12	137842	137853	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121139
74	NC_015636	AAAATT	2	12	138434	138445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336121140
75	NC_015636	ATTTTA	2	12	141115	141126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121143
76	NC_015636	AAATTT	2	12	141171	141182	50 %	50 %	0 %	0 %	336121143
77	NC_015636	AGTGGA	2	12	147739	147750	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	336121148
78	NC_015636	TTCGAT	2	12	148750	148761	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	336121149
79	NC_015636	CTACAA	2	12	152051	152062	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	336121151
80	NC_015636	AAAAGA	2	12	154057	154068	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	336121152
81	NC_015636	AATAAA	2	12	154069	154080	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121152
82	NC_015636	ATAAAA	2	12	157098	157109	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121155
83	NC_015636	GCTGTT	2	12	159178	159189	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	336121158
84	NC_015636	TTATTT	2	12	160767	160778	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336121159
85	NC_015636	ATCAAT	2	12	160907	160918	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336121160
86	NC_015636	TTTTGA	2	12	162055	162066	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336121161
87	NC_015636	CATTTT	2	12	163366	163377	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336121161
88	NC_015636	ATTTTT	2	12	163795	163806	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336121161
89	NC_015636	GAGGCA	2	12	168486	168497	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	336121164
90	NC_015636	ATTCTT	2	12	177247	177258	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336121174
91	NC_015636	TCACCA	2	12	178938	178949	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	336121176
92	NC_015636	CATTTA	2	12	178978	178989	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	336121176
93	NC_015636	TTAAAA	2	12	180721	180732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336121177
94	NC_015636	GATAAA	2	12	181626	181637	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	336121178
95	NC_015636	CTTGAA	2	12	185691	185702	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	336121182
96	NC_015636	AGAAAA	2	12	186440	186451	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	336121182
97	NC_015636	ATGAAT	2	12	198504	198515	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336121193
98	NC_015636	AATATT	2	12	198938	198949	50 %	50 %	0 %	0 %	336121193
99	NC_015636	AAGAGC	2	12	200628	200639	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	336121194
100	NC_015636	TCTATA	2	12	203868	203879	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	336121198
101	NC_015636	CCATTG	2	12	205777	205788	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	336121198
102	NC_015636	TTGTGG	2	12	207231	207242	0 %	50 %	50 %	0 %	336121199
103	NC_015636	ATTCCA	2	12	209558	209569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336121200
104	NC_015636	AATTTA	2	12	213568	213579	50 %	50 %	0 %	0 %	336121202
105	NC_015636	ATAATT	3	18	217310	217327	50 %	50 %	0 %	0 %	336121205
106	NC_015636	TTAATT	2	12	218671	218682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121206
107	NC_015636	CAATGG	2	12	219356	219367	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336121206
108	NC_015636	CAATAT	2	12	220105	220116	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336121207
109	NC_015636	TGCCAC	2	12	220901	220912	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336121208
110	NC_015636	GAAAAG	2	12	221677	221688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336121208
111	NC_015636	TTTATC	2	12	231110	231121	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336121211
112	NC_015636	ATTTTT	2	12	235825	235836	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336121215
113	NC_015636	TTTAAT	2	12	236254	236265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121215
114	NC_015636	AACAGG	2	12	236593	236604	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	336121215
115	NC_015636	AAATAA	2	12	242543	242554	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336121223
116	NC_015636	GAATTT	2	12	246652	246663	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336121226
117	NC_015636	TTTATA	2	12	247197	247208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336121226
118	NC_015636	CAAGAC	2	12	248245	248256	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	336121227
119	NC_015636	TTGAAG	2	12	251832	251843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336121230
120	NC_015636	GTAAAG	2	12	252039	252050	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	336121230
121	NC_015636	ATTAAA	2	12	263507	263518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336121240
122	NC_015636	TCTATA	2	12	264157	264168	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	336121241
123	NC_015636	AGTTTT	2	12	267201	267212	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336121243
124	NC_015636	ATTTGA	2	12	268487	268498	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336121244
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126	NC_015636	AGTTGT	2	12	271317	271328	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	336121246
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128	NC_015636	GTTGGT	2	12	280740	280751	0 %	50 %	50 %	0 %	336121254
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234	NC_015636	CCCCAT	2	12	492972	492983	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	336121478
235	NC_015636	CATAGA	2	12	493232	493243	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	336121478
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237	NC_015636	TATTTT	2	12	495305	495316	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336121478
238	NC_015636	TGTTAT	2	12	502801	502812	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336121483
239	NC_015636	CTAAAA	2	12	503567	503578	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	336121484
240	NC_015636	TAAACT	2	12	504201	504212	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336121484
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351	NC_015636	TTAATC	2	12	768553	768564	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	336121722
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