MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanosaeta concilii GP6 plasmid pGP6

Total Repeats: 211

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015430	GCT	2	6	142	147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506029
2	NC_015430	GATGGA	2	12	168	179	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	330506029
3	NC_015430	TTA	2	6	246	251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330506029
4	NC_015430	ATTT	2	8	252	259	25 %	75 %	0 %	0 %	330506029
5	NC_015430	ACCC	2	8	266	273	25 %	0 %	0 %	75 %	330506029
6	NC_015430	TAC	2	6	309	314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506029
7	NC_015430	TGCG	2	8	339	346	0 %	25 %	50 %	25 %	330506029
8	NC_015430	ATG	2	6	682	687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506030
9	NC_015430	ATC	2	6	724	729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506030
10	NC_015430	GAA	2	6	825	830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330506030
11	NC_015430	GGA	2	6	959	964	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330506030
12	NC_015430	ATA	2	6	1033	1038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330506030
13	NC_015430	TGG	2	6	1542	1547	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	330506031
14	NC_015430	TC	3	6	1557	1562	0 %	50 %	0 %	50 %	330506031
15	NC_015430	GCT	2	6	1591	1596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506031
16	NC_015430	TCA	2	6	1665	1670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506031
17	NC_015430	GGC	2	6	1773	1778	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	330506031
18	NC_015430	AGC	2	6	1818	1823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506031
19	NC_015430	TCT	2	6	1824	1829	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506031
20	NC_015430	TC	3	6	1837	1842	0 %	50 %	0 %	50 %	330506031
21	NC_015430	ATC	2	6	1851	1856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506031
22	NC_015430	CTG	2	6	1891	1896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506031
23	NC_015430	CT	3	6	1909	1914	0 %	50 %	0 %	50 %	330506031
24	NC_015430	GGC	2	6	1947	1952	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	330506031
25	NC_015430	TA	3	6	2014	2019	50 %	50 %	0 %	0 %	330506031
26	NC_015430	GCT	2	6	2074	2079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506031
27	NC_015430	GCT	2	6	2082	2087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506031
28	NC_015430	T	6	6	2149	2154	0 %	100 %	0 %	0 %	330506031
29	NC_015430	CTCC	2	8	2420	2427	0 %	25 %	0 %	75 %	330506032
30	NC_015430	CTG	2	6	2493	2498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506032
31	NC_015430	GCC	2	6	2527	2532	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330506032
32	NC_015430	GCT	2	6	2860	2865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506033
33	NC_015430	GATGGA	2	12	2886	2897	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	330506033
34	NC_015430	TTA	2	6	2964	2969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330506033
35	NC_015430	ATTT	2	8	2970	2977	25 %	75 %	0 %	0 %	330506033
36	NC_015430	ACCC	2	8	2984	2991	25 %	0 %	0 %	75 %	330506033
37	NC_015430	TAC	2	6	3026	3031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506033
38	NC_015430	TGCG	2	8	3056	3063	0 %	25 %	50 %	25 %	330506033
39	NC_015430	TAT	2	6	3856	3861	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330506034
40	NC_015430	TCC	2	6	3930	3935	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330506034
41	NC_015430	CAA	2	6	3938	3943	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330506034
42	NC_015430	TTC	2	6	4064	4069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506034
43	NC_015430	TGA	2	6	4164	4169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506034
44	NC_015430	TGC	2	6	4202	4207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506034
45	NC_015430	TCA	2	6	4618	4623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506034
46	NC_015430	AT	3	6	4816	4821	50 %	50 %	0 %	0 %	330506034
47	NC_015430	TGT	2	6	4837	4842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330506034
48	NC_015430	GATA	2	8	4855	4862	50 %	25 %	25 %	0 %	330506034
49	NC_015430	A	7	7	4877	4883	100 %	0 %	0 %	0 %	330506034
50	NC_015430	ACG	2	6	4893	4898	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506034
51	NC_015430	TTC	2	6	4954	4959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506034
52	NC_015430	GCA	2	6	5019	5024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506034
53	NC_015430	CG	3	6	5083	5088	0 %	0 %	50 %	50 %	330506034
54	NC_015430	GCT	2	6	5143	5148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506034
55	NC_015430	T	6	6	5244	5249	0 %	100 %	0 %	0 %	330506034
56	NC_015430	CT	3	6	5283	5288	0 %	50 %	0 %	50 %	330506034
57	NC_015430	CTT	2	6	5296	5301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506034
58	NC_015430	TC	3	6	5327	5332	0 %	50 %	0 %	50 %	330506034
59	NC_015430	TAA	2	6	5339	5344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330506034
60	NC_015430	CT	3	6	5403	5408	0 %	50 %	0 %	50 %	330506034
61	NC_015430	CT	3	6	5494	5499	0 %	50 %	0 %	50 %	330506034
62	NC_015430	ATC	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506034
63	NC_015430	CTT	2	6	5642	5647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506034
64	NC_015430	A	6	6	5649	5654	100 %	0 %	0 %	0 %	330506034
65	NC_015430	TCT	2	6	5952	5957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506035
66	NC_015430	CTT	2	6	5996	6001	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506035
67	NC_015430	GTG	2	6	6137	6142	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	330506035
68	NC_015430	CAT	2	6	6145	6150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506035
69	NC_015430	ATC	2	6	6188	6193	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506035
70	NC_015430	TGC	2	6	6212	6217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506035
71	NC_015430	CGA	2	6	6291	6296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506035
72	NC_015430	CCTT	2	8	6357	6364	0 %	50 %	0 %	50 %	330506035
73	NC_015430	TGC	2	6	6482	6487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506035
74	NC_015430	ATG	2	6	6493	6498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506035
75	NC_015430	TGC	2	6	6563	6568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506035
76	NC_015430	CTC	3	9	7277	7285	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330506036
77	NC_015430	TGA	2	6	7310	7315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506036
78	NC_015430	GCTA	2	8	7369	7376	25 %	25 %	25 %	25 %	330506036
79	NC_015430	T	7	7	7377	7383	0 %	100 %	0 %	0 %	330506036
80	NC_015430	CCA	2	6	7464	7469	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330506036
81	NC_015430	ATC	2	6	7661	7666	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506037
82	NC_015430	TC	3	6	7665	7670	0 %	50 %	0 %	50 %	330506037
83	NC_015430	GGC	2	6	7727	7732	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	330506037
84	NC_015430	CTG	2	6	7788	7793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506037
85	NC_015430	TAG	2	6	7819	7824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506037
86	NC_015430	CAG	2	6	7893	7898	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506037
87	NC_015430	TCA	2	6	7911	7916	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506037
88	NC_015430	TCT	2	6	7934	7939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506037
89	NC_015430	AAT	2	6	7983	7988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330506037
90	NC_015430	TAC	2	6	8037	8042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506037
91	NC_015430	TCG	2	6	8147	8152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506037
92	NC_015430	GCA	2	6	8234	8239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506037
93	NC_015430	CAA	2	6	8289	8294	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330506037
94	NC_015430	CCTCTC	2	12	8302	8313	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330506037
95	NC_015430	TTC	2	6	8482	8487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506037
96	NC_015430	GAA	2	6	8494	8499	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330506037
97	NC_015430	CCT	2	6	8504	8509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330506037
98	NC_015430	CTT	2	6	8513	8518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506037
99	NC_015430	TTC	2	6	8614	8619	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506037
100	NC_015430	TCA	2	6	8648	8653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506037
101	NC_015430	TTA	2	6	8703	8708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330506037
102	NC_015430	GCT	2	6	8789	8794	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506037
103	NC_015430	CAT	2	6	8811	8816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506037
104	NC_015430	CCG	2	6	8879	8884	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330506037
105	NC_015430	GCA	2	6	8909	8914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506037
106	NC_015430	ACC	2	6	8923	8928	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330506037
107	NC_015430	TTTCT	2	10	9011	9020	0 %	80 %	0 %	20 %	330506037
108	NC_015430	CTT	2	6	9060	9065	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506037
109	NC_015430	ACCA	2	8	9177	9184	50 %	0 %	0 %	50 %	330506037
110	NC_015430	GGCC	2	8	9221	9228	0 %	0 %	50 %	50 %	330506037
111	NC_015430	ATT	2	6	9232	9237	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330506037
112	NC_015430	AGG	2	6	9310	9315	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330506037
113	NC_015430	AGG	2	6	9319	9324	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330506037
114	NC_015430	CTT	2	6	9340	9345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506037
115	NC_015430	TGC	3	9	9379	9387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506037
116	NC_015430	TCC	2	6	9484	9489	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330506037
117	NC_015430	CCT	2	6	9516	9521	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330506037
118	NC_015430	GCTC	2	8	9544	9551	0 %	25 %	25 %	50 %	330506037
119	NC_015430	TCA	2	6	9569	9574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506037
120	NC_015430	CG	4	8	9714	9721	0 %	0 %	50 %	50 %	330506037
121	NC_015430	CCG	2	6	9851	9856	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330506037
122	NC_015430	AAG	2	6	10164	10169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330506038
123	NC_015430	CCA	2	6	10202	10207	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330506038
124	NC_015430	GGAA	2	8	10276	10283	50 %	0 %	50 %	0 %	330506038
125	NC_015430	GAT	2	6	10347	10352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506038
126	NC_015430	CAG	2	6	10402	10407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506038
127	NC_015430	ATT	2	6	10410	10415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330506038
128	NC_015430	GAT	2	6	10464	10469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506038
129	NC_015430	ATCT	2	8	10492	10499	25 %	50 %	0 %	25 %	330506038
130	NC_015430	ACC	2	6	10529	10534	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330506038
131	NC_015430	AAAGA	2	10	10551	10560	80 %	0 %	20 %	0 %	330506038
132	NC_015430	TGG	2	6	10563	10568	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	330506038
133	NC_015430	CT	3	6	10835	10840	0 %	50 %	0 %	50 %	330506039
134	NC_015430	TGA	2	6	10862	10867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506039
135	NC_015430	TCT	2	6	10997	11002	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506039
136	NC_015430	AG	3	6	11091	11096	50 %	0 %	50 %	0 %	330506039
137	NC_015430	TCCT	2	8	11149	11156	0 %	50 %	0 %	50 %	330506039
138	NC_015430	TGA	2	6	11198	11203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330506039
139	NC_015430	AGGAT	2	10	11222	11231	40 %	20 %	40 %	0 %	330506039
140	NC_015430	TCT	2	6	11242	11247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330506039
141	NC_015430	TATT	2	8	11291	11298	25 %	75 %	0 %	0 %	330506039
142	NC_015430	TCG	2	6	11638	11643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506040
143	NC_015430	ACC	2	6	11670	11675	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330506040
144	NC_015430	GCC	2	6	11780	11785	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330506040
145	NC_015430	T	6	6	11802	11807	0 %	100 %	0 %	0 %	330506040
146	NC_015430	CTGC	2	8	12357	12364	0 %	25 %	25 %	50 %	330506041
147	NC_015430	AGA	2	6	12420	12425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330506041
148	NC_015430	TCA	2	6	12470	12475	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506041
149	NC_015430	TGCA	2	8	12521	12528	25 %	25 %	25 %	25 %	330506041
150	NC_015430	CAG	2	6	12552	12557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506041
151	NC_015430	ATTTC	2	10	12591	12600	20 %	60 %	0 %	20 %	330506041
152	NC_015430	CGC	2	6	12778	12783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330506042
153	NC_015430	CTAA	2	8	12909	12916	50 %	25 %	0 %	25 %	330506042
154	NC_015430	TGTA	2	8	12937	12944	25 %	50 %	25 %	0 %	330506042
155	NC_015430	AG	3	6	13084	13089	50 %	0 %	50 %	0 %	330506043
156	NC_015430	ATGA	2	8	13095	13102	50 %	25 %	25 %	0 %	330506043
157	NC_015430	CAG	2	6	13123	13128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506043
158	NC_015430	CGA	2	6	13199	13204	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330506043
159	NC_015430	TGT	2	6	13214	13219	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330506043
160	NC_015430	GCAG	2	8	13238	13245	25 %	0 %	50 %	25 %	330506043
161	NC_015430	GCT	2	6	13295	13300	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506043
162	NC_015430	ATC	2	6	13305	13310	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506043
163	NC_015430	TCGA	2	8	13365	13372	25 %	25 %	25 %	25 %	330506043
164	NC_015430	GAGG	2	8	13602	13609	25 %	0 %	75 %	0 %	330506043
165	NC_015430	CAC	2	6	13635	13640	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330506043
166	NC_015430	CAA	2	6	13663	13668	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330506043
167	NC_015430	AC	3	6	13716	13721	50 %	0 %	0 %	50 %	330506044
168	NC_015430	GATCA	2	10	13946	13955	40 %	20 %	20 %	20 %	330506044
169	NC_015430	CTC	2	6	13971	13976	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330506044
170	NC_015430	AG	3	6	13996	14001	50 %	0 %	50 %	0 %	330506044
171	NC_015430	TGG	2	6	14143	14148	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	330506045
172	NC_015430	TC	3	6	14158	14163	0 %	50 %	0 %	50 %	330506045
173	NC_015430	GCT	2	6	14192	14197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330506045
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178	NC_015430	TC	3	6	14438	14443	0 %	50 %	0 %	50 %	330506045
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192	NC_015430	TAC	2	6	15630	15635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330506046
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202	NC_015430	GATT	2	8	17235	17242	25 %	50 %	25 %	0 %	330506049
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206	NC_015430	GCCC	2	8	17421	17428	0 %	0 %	25 %	75 %	330506049
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210	NC_015430	CT	3	6	17551	17556	0 %	50 %	0 %	50 %	330506049
211	NC_015430	G	7	7	17595	17601	0 %	0 %	100 %	0 %	330506049

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.