MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Methylibium petroleiphilum PM1 plasmid RPME01

Total Repeats: 388

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008826	CGCCT	2	10	395	404	0 %	20 %	20 %	60 %	124262547
2	NC_008826	CTGCT	2	10	1983	1992	0 %	40 %	20 %	40 %	124262548
3	NC_008826	GGGAC	2	10	3245	3254	20 %	0 %	60 %	20 %	124262549
4	NC_008826	TCGAG	2	10	3768	3777	20 %	20 %	40 %	20 %	124262549
5	NC_008826	CCAAG	2	10	6285	6294	40 %	0 %	20 %	40 %	124262554
6	NC_008826	TCGTG	2	10	6683	6692	0 %	40 %	40 %	20 %	124262554
7	NC_008826	TGCGG	2	10	7078	7087	0 %	20 %	60 %	20 %	124262555
8	NC_008826	GACGG	2	10	7610	7619	20 %	0 %	60 %	20 %	124262556
9	NC_008826	GGCGA	2	10	12670	12679	20 %	0 %	60 %	20 %	124262561
10	NC_008826	GACGC	2	10	12814	12823	20 %	0 %	40 %	40 %	124262561
11	NC_008826	CGATG	2	10	13797	13806	20 %	20 %	40 %	20 %	124262562
12	NC_008826	CAGGA	2	10	13889	13898	40 %	0 %	40 %	20 %	124262562
13	NC_008826	CTTCC	2	10	19526	19535	0 %	40 %	0 %	60 %	124262566
14	NC_008826	GCGCA	2	10	21173	21182	20 %	0 %	40 %	40 %	124262568
15	NC_008826	CCAGC	2	10	21471	21480	20 %	0 %	20 %	60 %	124262569
16	NC_008826	GCGAT	2	10	21953	21962	20 %	20 %	40 %	20 %	124262570
17	NC_008826	GCAAC	2	10	26934	26943	40 %	0 %	20 %	40 %	124262576
18	NC_008826	CAGGC	2	10	28784	28793	20 %	0 %	40 %	40 %	124262579
19	NC_008826	GCCTT	2	10	29272	29281	0 %	40 %	20 %	40 %	124262580
20	NC_008826	CGCTG	2	10	29507	29516	0 %	20 %	40 %	40 %	124262580
21	NC_008826	GCTTG	2	10	30524	30533	0 %	40 %	40 %	20 %	124262582
22	NC_008826	GCGCG	2	10	31144	31153	0 %	0 %	60 %	40 %	124262583
23	NC_008826	CACCG	2	10	31255	31264	20 %	0 %	20 %	60 %	124262583
24	NC_008826	TGTCG	2	10	33933	33942	0 %	40 %	40 %	20 %	124262586
25	NC_008826	GACAG	2	10	35729	35738	40 %	0 %	40 %	20 %	124262588
26	NC_008826	GCCGG	2	10	37017	37026	0 %	0 %	60 %	40 %	124262589
27	NC_008826	GGGGT	2	10	37707	37716	0 %	20 %	80 %	0 %	124262590
28	NC_008826	CGACC	2	10	37756	37765	20 %	0 %	20 %	60 %	124262590
29	NC_008826	TGCCG	2	10	41201	41210	0 %	20 %	40 %	40 %	124262593
30	NC_008826	CGCCA	2	10	42621	42630	20 %	0 %	20 %	60 %	124262596
31	NC_008826	CAGGC	2	10	46211	46220	20 %	0 %	40 %	40 %	124262600
32	NC_008826	TGCCC	2	10	47888	47897	0 %	20 %	20 %	60 %	124262601
33	NC_008826	GCCGA	2	10	48184	48193	20 %	0 %	40 %	40 %	124262601
34	NC_008826	CGGCT	2	10	49087	49096	0 %	20 %	40 %	40 %	124262601
35	NC_008826	CAGCT	2	10	49449	49458	20 %	20 %	20 %	40 %	124262602
36	NC_008826	AGGAG	2	10	51697	51706	40 %	0 %	60 %	0 %	124262604
37	NC_008826	GGAGC	2	10	52752	52761	20 %	0 %	60 %	20 %	124262606
38	NC_008826	AGCGC	2	10	55708	55717	20 %	0 %	40 %	40 %	124262609
39	NC_008826	GAGCA	2	10	56313	56322	40 %	0 %	40 %	20 %	124262609
40	NC_008826	GAGGG	2	10	56430	56439	20 %	0 %	80 %	0 %	124262610
41	NC_008826	GCCGA	2	10	58940	58949	20 %	0 %	40 %	40 %	124262613
42	NC_008826	TGGGC	2	10	59286	59295	0 %	20 %	60 %	20 %	124262613
43	NC_008826	AGCTG	2	10	63130	63139	20 %	20 %	40 %	20 %	124262616
44	NC_008826	CGCGG	2	10	65577	65586	0 %	0 %	60 %	40 %	124262618
45	NC_008826	CTGCC	2	10	66908	66917	0 %	20 %	20 %	60 %	124262620
46	NC_008826	GCCCT	2	10	67090	67099	0 %	20 %	20 %	60 %	124262620
47	NC_008826	CTGCC	2	10	67142	67151	0 %	20 %	20 %	60 %	124262620
48	NC_008826	CGCGC	2	10	71838	71847	0 %	0 %	40 %	60 %	124262623
49	NC_008826	GGCCT	2	10	73835	73844	0 %	20 %	40 %	40 %	124262625
50	NC_008826	TTTTC	2	10	74135	74144	0 %	80 %	0 %	20 %	124262626
51	NC_008826	TGTCA	2	10	75008	75017	20 %	40 %	20 %	20 %	124262627
52	NC_008826	GAGGG	2	10	77004	77013	20 %	0 %	80 %	0 %	124262628
53	NC_008826	CACGC	2	10	78029	78038	20 %	0 %	20 %	60 %	124262630
54	NC_008826	GCTTC	2	10	78655	78664	0 %	40 %	20 %	40 %	124262631
55	NC_008826	CCACG	2	10	79140	79149	20 %	0 %	20 %	60 %	124262631
56	NC_008826	CCCGG	2	10	79860	79869	0 %	0 %	40 %	60 %	124262632
57	NC_008826	CGGCC	2	10	80111	80120	0 %	0 %	40 %	60 %	124262632
58	NC_008826	ACCAC	2	10	80383	80392	40 %	0 %	0 %	60 %	124262633
59	NC_008826	GGCCA	2	10	82295	82304	20 %	0 %	40 %	40 %	124262637
60	NC_008826	CGCGA	2	10	85776	85785	20 %	0 %	40 %	40 %	124262641
61	NC_008826	CTTCG	2	10	86380	86389	0 %	40 %	20 %	40 %	124262642
62	NC_008826	AGCTG	2	10	89568	89577	20 %	20 %	40 %	20 %	124262645
63	NC_008826	TTCTC	2	10	91099	91108	0 %	60 %	0 %	40 %	124262646
64	NC_008826	TTCGC	2	10	91291	91300	0 %	40 %	20 %	40 %	124262646
65	NC_008826	CTGCA	2	10	91375	91384	20 %	20 %	20 %	40 %	124262646
66	NC_008826	CGACA	2	10	94167	94176	40 %	0 %	20 %	40 %	124262646
67	NC_008826	TTCGC	2	10	98049	98058	0 %	40 %	20 %	40 %	124262649
68	NC_008826	CGGCC	2	10	98100	98109	0 %	0 %	40 %	60 %	124262649
69	NC_008826	GCGTC	2	10	98133	98142	0 %	20 %	40 %	40 %	124262649
70	NC_008826	TTGAG	2	10	98900	98909	20 %	40 %	40 %	0 %	124262651
71	NC_008826	GTCCG	2	10	99307	99316	0 %	20 %	40 %	40 %	124262652
72	NC_008826	TCGGG	2	10	100103	100112	0 %	20 %	60 %	20 %	124262654
73	NC_008826	GCCGC	2	10	100585	100594	0 %	0 %	40 %	60 %	124262655
74	NC_008826	TGCGC	2	10	105467	105476	0 %	20 %	40 %	40 %	124262661
75	NC_008826	GAAGG	2	10	105769	105778	40 %	0 %	60 %	0 %	124262661
76	NC_008826	GACCT	2	10	106701	106710	20 %	20 %	20 %	40 %	124262662
77	NC_008826	CTGGC	2	10	109651	109660	0 %	20 %	40 %	40 %	124262664
78	NC_008826	GCGCC	2	10	110745	110754	0 %	0 %	40 %	60 %	124262664
79	NC_008826	CGCGC	2	10	111858	111867	0 %	0 %	40 %	60 %	124262666
80	NC_008826	CGGCG	2	10	112573	112582	0 %	0 %	60 %	40 %	124262666
81	NC_008826	GTGCT	2	10	114640	114649	0 %	40 %	40 %	20 %	124262671
82	NC_008826	GCGCC	2	10	114894	114903	0 %	0 %	40 %	60 %	124262671
83	NC_008826	ACGCG	2	10	114959	114968	20 %	0 %	40 %	40 %	124262671
84	NC_008826	CCACG	2	10	114993	115002	20 %	0 %	20 %	60 %	124262671
85	NC_008826	GCCAG	2	10	116308	116317	20 %	0 %	40 %	40 %	124262674
86	NC_008826	CGGCG	2	10	116642	116651	0 %	0 %	60 %	40 %	124262674
87	NC_008826	GGCGC	2	10	117135	117144	0 %	0 %	60 %	40 %	124262675
88	NC_008826	GCGCC	2	10	118306	118315	0 %	0 %	40 %	60 %	124262677
89	NC_008826	GGCCA	2	10	118610	118619	20 %	0 %	40 %	40 %	124262677
90	NC_008826	CAGCG	2	10	118862	118871	20 %	0 %	40 %	40 %	124262677
91	NC_008826	CACCG	2	10	119391	119400	20 %	0 %	20 %	60 %	124262678
92	NC_008826	CACAG	2	10	120226	120235	40 %	0 %	20 %	40 %	124262679
93	NC_008826	GCAGC	2	10	121261	121270	20 %	0 %	40 %	40 %	124262681
94	NC_008826	GCGCG	2	10	125491	125500	0 %	0 %	60 %	40 %	124262688
95	NC_008826	ACCCG	2	10	126203	126212	20 %	0 %	20 %	60 %	124262690
96	NC_008826	GCTTG	2	10	127108	127117	0 %	40 %	40 %	20 %	124262691
97	NC_008826	TGCGA	2	10	130622	130631	20 %	20 %	40 %	20 %	124262695
98	NC_008826	ACGGC	2	10	132749	132758	20 %	0 %	40 %	40 %	124262697
99	NC_008826	CGCGC	2	10	132826	132835	0 %	0 %	40 %	60 %	124262697
100	NC_008826	GGCGC	2	10	132979	132988	0 %	0 %	60 %	40 %	124262698
101	NC_008826	GCGCT	2	10	134799	134808	0 %	20 %	40 %	40 %	124262701
102	NC_008826	GCGAG	2	10	135877	135886	20 %	0 %	60 %	20 %	124262702
103	NC_008826	CGAGG	2	10	136940	136949	20 %	0 %	60 %	20 %	124262703
104	NC_008826	GAACC	2	10	137649	137658	40 %	0 %	20 %	40 %	124262704
105	NC_008826	AGGCC	2	10	139181	139190	20 %	0 %	40 %	40 %	124262705
106	NC_008826	CTTGC	2	10	139442	139451	0 %	40 %	20 %	40 %	124262706
107	NC_008826	GGCGA	2	10	142190	142199	20 %	0 %	60 %	20 %	124262710
108	NC_008826	ACCGA	2	10	144505	144514	40 %	0 %	20 %	40 %	124262712
109	NC_008826	GACAA	2	10	145664	145673	60 %	0 %	20 %	20 %	124262714
110	NC_008826	GGACC	2	10	146461	146470	20 %	0 %	40 %	40 %	124262715
111	NC_008826	GCGAG	2	10	146603	146612	20 %	0 %	60 %	20 %	124262715
112	NC_008826	ACGCG	2	10	146920	146929	20 %	0 %	40 %	40 %	124262715
113	NC_008826	TCGCG	2	10	147247	147256	0 %	20 %	40 %	40 %	124262715
114	NC_008826	AGCGA	2	10	150892	150901	40 %	0 %	40 %	20 %	124262717
115	NC_008826	GTCAC	2	10	152548	152557	20 %	20 %	20 %	40 %	124262717
116	NC_008826	CGGCT	2	10	152581	152590	0 %	20 %	40 %	40 %	124262717
117	NC_008826	GGTCT	2	10	154761	154770	0 %	40 %	40 %	20 %	124262718
118	NC_008826	TCGAC	2	10	154940	154949	20 %	20 %	20 %	40 %	124262718
119	NC_008826	GGCTG	2	10	156425	156434	0 %	20 %	60 %	20 %	124262718
120	NC_008826	CGCGT	2	10	156759	156768	0 %	20 %	40 %	40 %	124262718
121	NC_008826	CCTTG	2	10	157380	157389	0 %	40 %	20 %	40 %	124262718
122	NC_008826	TCGAA	2	10	160259	160268	40 %	20 %	20 %	20 %	124262720
123	NC_008826	TGATC	2	10	160341	160350	20 %	40 %	20 %	20 %	124262720
124	NC_008826	GGCAT	2	10	166231	166240	20 %	20 %	40 %	20 %	124262724
125	NC_008826	TTCGT	2	10	166858	166867	0 %	60 %	20 %	20 %	124262724
126	NC_008826	CCATC	2	10	167255	167264	20 %	20 %	0 %	60 %	124262724
127	NC_008826	CGATC	2	10	167406	167415	20 %	20 %	20 %	40 %	124262724
128	NC_008826	TGAAC	2	10	167523	167532	40 %	20 %	20 %	20 %	124262724
129	NC_008826	GATTG	2	10	167614	167623	20 %	40 %	40 %	0 %	124262724
130	NC_008826	GATCC	2	10	170553	170562	20 %	20 %	20 %	40 %	124262728
131	NC_008826	GTCGA	2	10	171718	171727	20 %	20 %	40 %	20 %	124262730
132	NC_008826	GCCGC	2	10	172924	172933	0 %	0 %	40 %	60 %	124262730
133	NC_008826	GGCGT	2	10	173559	173568	0 %	20 %	60 %	20 %	124262731
134	NC_008826	TCGAC	2	10	176547	176556	20 %	20 %	20 %	40 %	124262736
135	NC_008826	TCAGC	2	10	179062	179071	20 %	20 %	20 %	40 %	124262739
136	NC_008826	ATCGG	2	10	180542	180551	20 %	20 %	40 %	20 %	124262741
137	NC_008826	CGTCG	2	10	180892	180901	0 %	20 %	40 %	40 %	124262741
138	NC_008826	GCGCC	2	10	184413	184422	0 %	0 %	40 %	60 %	124262743
139	NC_008826	GCCGC	2	10	185728	185737	0 %	0 %	40 %	60 %	124262746
140	NC_008826	TGCGC	2	10	186891	186900	0 %	20 %	40 %	40 %	124262749
141	NC_008826	AGTCA	2	10	188220	188229	40 %	20 %	20 %	20 %	124262752
142	NC_008826	GAGGT	2	10	188938	188947	20 %	20 %	60 %	0 %	124262752
143	NC_008826	CTGCG	2	10	189043	189052	0 %	20 %	40 %	40 %	124262752
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146	NC_008826	CGCTG	2	10	197315	197324	0 %	20 %	40 %	40 %	124262762
147	NC_008826	GGCCA	2	10	197648	197657	20 %	0 %	40 %	40 %	124262763
148	NC_008826	CCTGG	2	10	199440	199449	0 %	20 %	40 %	40 %	124262767
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150	NC_008826	GCCCG	2	10	200579	200588	0 %	0 %	40 %	60 %	124262769
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152	NC_008826	GCCTG	2	10	205401	205410	0 %	20 %	40 %	40 %	124262779
153	NC_008826	GCAGG	2	10	205904	205913	20 %	0 %	60 %	20 %	124262780
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155	NC_008826	CGCTG	2	10	207727	207736	0 %	20 %	40 %	40 %	124262782
156	NC_008826	CGACG	2	10	208176	208185	20 %	0 %	40 %	40 %	124262783
157	NC_008826	GGCCT	2	10	208670	208679	0 %	20 %	40 %	40 %	124262784
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159	NC_008826	CTGGT	2	10	210085	210094	0 %	40 %	40 %	20 %	124262786
160	NC_008826	AGCGC	2	10	210203	210212	20 %	0 %	40 %	40 %	124262786
161	NC_008826	GAGGG	2	10	214646	214655	20 %	0 %	80 %	0 %	124262794
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163	NC_008826	AGCAG	2	10	215899	215908	40 %	0 %	40 %	20 %	124262797
164	NC_008826	CGCGC	2	10	224027	224036	0 %	0 %	40 %	60 %	124262809
165	NC_008826	CTGGA	2	10	224444	224453	20 %	20 %	40 %	20 %	124262809
166	NC_008826	TGGAC	2	10	229739	229748	20 %	20 %	40 %	20 %	124262817
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168	NC_008826	GGCCG	2	10	231423	231432	0 %	0 %	60 %	40 %	124262818
169	NC_008826	GGCCA	2	10	233323	233332	20 %	0 %	40 %	40 %	124262821
170	NC_008826	CGATC	2	10	233954	233963	20 %	20 %	20 %	40 %	124262822
171	NC_008826	GCGAT	2	10	235089	235098	20 %	20 %	40 %	20 %	124262823
172	NC_008826	TCACG	2	10	235447	235456	20 %	20 %	20 %	40 %	124262823
173	NC_008826	GCGCT	2	10	236462	236471	0 %	20 %	40 %	40 %	124262825
174	NC_008826	GGGTG	2	10	237936	237945	0 %	20 %	80 %	0 %	124262827
175	NC_008826	GCCCG	2	10	239314	239323	0 %	0 %	40 %	60 %	124262827
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177	NC_008826	GTCCT	2	10	239596	239605	0 %	40 %	20 %	40 %	124262827
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184	NC_008826	ACCTG	2	10	246694	246703	20 %	20 %	20 %	40 %	124262834
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240	NC_008826	TGATC	2	10	336700	336709	20 %	40 %	20 %	20 %	124262922
241	NC_008826	CCGCG	2	10	339164	339173	0 %	0 %	40 %	60 %	124262925
242	NC_008826	CGTCG	2	10	341727	341736	0 %	20 %	40 %	40 %	124262927
243	NC_008826	GCAGG	2	10	345942	345951	20 %	0 %	60 %	20 %	124262931
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245	NC_008826	CAAGG	2	10	349914	349923	40 %	0 %	40 %	20 %	124262935
246	NC_008826	GACCT	2	10	354820	354829	20 %	20 %	20 %	40 %	124262941
247	NC_008826	TCGGC	2	10	358448	358457	0 %	20 %	40 %	40 %	124262942
248	NC_008826	CAGTC	2	10	362474	362483	20 %	20 %	20 %	40 %	124262948
249	NC_008826	TCGGC	2	10	363098	363107	0 %	20 %	40 %	40 %	124262948
250	NC_008826	GCGCG	2	10	363974	363983	0 %	0 %	60 %	40 %	124262949
251	NC_008826	GCCGT	2	10	367573	367582	0 %	20 %	40 %	40 %	124262952
252	NC_008826	GAGCT	2	10	367816	367825	20 %	20 %	40 %	20 %	124262952
253	NC_008826	GCCGA	2	10	371746	371755	20 %	0 %	40 %	40 %	124262958
254	NC_008826	TGGGC	2	10	372092	372101	0 %	20 %	60 %	20 %	124262958
255	NC_008826	GCGCC	2	10	374837	374846	0 %	0 %	40 %	60 %	124262960
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257	NC_008826	TGGCC	2	10	375501	375510	0 %	20 %	40 %	40 %	124262961
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259	NC_008826	CGTGC	2	10	378932	378941	0 %	20 %	40 %	40 %	124262965
260	NC_008826	GCCAC	2	10	378977	378986	20 %	0 %	20 %	60 %	124262965
261	NC_008826	GGTGC	2	10	378989	378998	0 %	20 %	60 %	20 %	124262965
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263	NC_008826	CCGTG	2	10	383513	383522	0 %	20 %	40 %	40 %	124262970
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379	NC_008826	AGGCG	2	10	577729	577738	20 %	0 %	60 %	20 %	124263148
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381	NC_008826	CACCG	2	10	580638	580647	20 %	0 %	20 %	60 %	124263152
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383	NC_008826	TGCCA	2	10	585048	585057	20 %	20 %	20 %	40 %	124263155
384	NC_008826	AGCGT	2	10	585239	585248	20 %	20 %	40 %	20 %	124263156
385	NC_008826	CCGCC	2	10	590550	590559	0 %	0 %	20 %	80 %	124263164
386	NC_008826	GGCGA	2	10	594549	594558	20 %	0 %	60 %	20 %	124263170
387	NC_008826	CTCGG	2	10	595336	595345	0 %	20 %	40 %	40 %	124263171
388	NC_008826	GCGCT	2	10	597248	597257	0 %	20 %	40 %	40 %	124263174

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.