MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Mesorhizobium sp. BNC1 plasmid 1

Total Repeats: 213

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008242	CGAGC	2	10	280	289	20 %	0 %	40 %	40 %	110346918
2	NC_008242	AGCGT	2	10	1294	1303	20 %	20 %	40 %	20 %	110346919
3	NC_008242	CCTCG	2	10	2546	2555	0 %	20 %	20 %	60 %	110346920
4	NC_008242	AGGTC	2	10	4164	4173	20 %	20 %	40 %	20 %	110346923
5	NC_008242	CCGGC	2	10	6145	6154	0 %	0 %	40 %	60 %	110346925
6	NC_008242	GGACC	2	10	6655	6664	20 %	0 %	40 %	40 %	110346925
7	NC_008242	TGGCG	2	10	6990	6999	0 %	20 %	60 %	20 %	110346925
8	NC_008242	TGCGC	2	10	7632	7641	0 %	20 %	40 %	40 %	110346926
9	NC_008242	CCGAG	2	10	8539	8548	20 %	0 %	40 %	40 %	110346927
10	NC_008242	GCCGT	2	10	8866	8875	0 %	20 %	40 %	40 %	110346928
11	NC_008242	CCCCA	2	10	9695	9704	20 %	0 %	0 %	80 %	110346929
12	NC_008242	TTGCC	2	10	9712	9721	0 %	40 %	20 %	40 %	110346929
13	NC_008242	CGGAA	2	10	10943	10952	40 %	0 %	40 %	20 %	110346930
14	NC_008242	CCGAA	2	10	15770	15779	40 %	0 %	20 %	40 %	110346935
15	NC_008242	AGGCC	2	10	16840	16849	20 %	0 %	40 %	40 %	110346936
16	NC_008242	TCGCC	2	10	18414	18423	0 %	20 %	20 %	60 %	110346938
17	NC_008242	GCATC	2	10	18852	18861	20 %	20 %	20 %	40 %	110346938
18	NC_008242	CTGCG	2	10	20595	20604	0 %	20 %	40 %	40 %	110346939
19	NC_008242	ATCGC	2	10	20687	20696	20 %	20 %	20 %	40 %	110346939
20	NC_008242	GGCCC	2	10	22708	22717	0 %	0 %	40 %	60 %	110346941
21	NC_008242	GGCTA	2	10	26121	26130	20 %	20 %	40 %	20 %	110346943
22	NC_008242	TCGCG	2	10	26521	26530	0 %	20 %	40 %	40 %	110346943
23	NC_008242	TCGCG	2	10	26581	26590	0 %	20 %	40 %	40 %	110346943
24	NC_008242	CGGAA	2	10	28219	28228	40 %	0 %	40 %	20 %	110346943
25	NC_008242	GATCG	2	10	29111	29120	20 %	20 %	40 %	20 %	110346944
26	NC_008242	CCGGG	2	10	29299	29308	0 %	0 %	60 %	40 %	110346944
27	NC_008242	AGGGC	2	10	32417	32426	20 %	0 %	60 %	20 %	110346949
28	NC_008242	TCGGC	2	10	35232	35241	0 %	20 %	40 %	40 %	110346951
29	NC_008242	TCGTC	2	10	36155	36164	0 %	40 %	20 %	40 %	110346953
30	NC_008242	GCGCG	2	10	37020	37029	0 %	0 %	60 %	40 %	110346954
31	NC_008242	GAGCA	2	10	39130	39139	40 %	0 %	40 %	20 %	110346955
32	NC_008242	CAGCG	2	10	39617	39626	20 %	0 %	40 %	40 %	110346956
33	NC_008242	AGGGC	2	10	43298	43307	20 %	0 %	60 %	20 %	110346958
34	NC_008242	GGAGA	2	10	43771	43780	40 %	0 %	60 %	0 %	110346959
35	NC_008242	GGCGA	2	10	45706	45715	20 %	0 %	60 %	20 %	110346959
36	NC_008242	ACGCG	2	10	47978	47987	20 %	0 %	40 %	40 %	110346963
37	NC_008242	CCAGC	2	10	50051	50060	20 %	0 %	20 %	60 %	110346967
38	NC_008242	ACCTC	2	10	50893	50902	20 %	20 %	0 %	60 %	110346967
39	NC_008242	GAAGT	2	10	57243	57252	40 %	20 %	40 %	0 %	110346970
40	NC_008242	CGCAT	2	10	58046	58055	20 %	20 %	20 %	40 %	110346971
41	NC_008242	GATCG	2	10	58354	58363	20 %	20 %	40 %	20 %	110346971
42	NC_008242	TACGA	2	10	58376	58385	40 %	20 %	20 %	20 %	110346971
43	NC_008242	GGGGA	2	10	63242	63251	20 %	0 %	80 %	0 %	110346979
44	NC_008242	CGGAT	2	10	64979	64988	20 %	20 %	40 %	20 %	110346979
45	NC_008242	CCACT	2	10	66915	66924	20 %	20 %	0 %	60 %	110346981
46	NC_008242	CGCTT	2	10	66947	66956	0 %	40 %	20 %	40 %	110346981
47	NC_008242	CGCGG	2	10	67174	67183	0 %	0 %	60 %	40 %	110346981
48	NC_008242	CTTTC	2	10	69123	69132	0 %	60 %	0 %	40 %	110346982
49	NC_008242	CGGTC	2	10	69753	69762	0 %	20 %	40 %	40 %	110346983
50	NC_008242	CGATC	2	10	74216	74225	20 %	20 %	20 %	40 %	110346987
51	NC_008242	GCGCG	2	10	80673	80682	0 %	0 %	60 %	40 %	110346994
52	NC_008242	GCCCT	2	10	81541	81550	0 %	20 %	20 %	60 %	110346996
53	NC_008242	AAGTA	2	10	82951	82960	60 %	20 %	20 %	0 %	110346998
54	NC_008242	GTTCA	2	10	84992	85001	20 %	40 %	20 %	20 %	110347001
55	NC_008242	TGATG	2	10	87572	87581	20 %	40 %	40 %	0 %	110347003
56	NC_008242	AGGGG	2	10	88649	88658	20 %	0 %	80 %	0 %	110347004
57	NC_008242	GGCGG	3	15	93801	93815	0 %	0 %	80 %	20 %	110347007
58	NC_008242	GAGGG	2	10	94185	94194	20 %	0 %	80 %	0 %	110347007
59	NC_008242	GGCTG	2	10	95144	95153	0 %	20 %	60 %	20 %	110347008
60	NC_008242	GTCGC	2	10	97208	97217	0 %	20 %	40 %	40 %	110347012
61	NC_008242	ACCCG	2	10	98432	98441	20 %	0 %	20 %	60 %	110347014
62	NC_008242	GTGCT	2	10	98658	98667	0 %	40 %	40 %	20 %	110347014
63	NC_008242	AGATC	2	10	103488	103497	40 %	20 %	20 %	20 %	110347015
64	NC_008242	CGAGC	2	10	107103	107112	20 %	0 %	40 %	40 %	110347018
65	NC_008242	CCATG	2	10	108566	108575	20 %	20 %	20 %	40 %	110347018
66	NC_008242	GCTGG	2	10	108683	108692	0 %	20 %	60 %	20 %	110347018
67	NC_008242	TCCGG	2	10	108954	108963	0 %	20 %	40 %	40 %	110347018
68	NC_008242	GGCTC	2	10	111365	111374	0 %	20 %	40 %	40 %	110347020
69	NC_008242	GCCGC	2	10	112779	112788	0 %	0 %	40 %	60 %	110347021
70	NC_008242	GATGG	2	10	115123	115132	20 %	20 %	60 %	0 %	110347024
71	NC_008242	TCCGG	2	10	115611	115620	0 %	20 %	40 %	40 %	110347025
72	NC_008242	GAAGC	2	10	117712	117721	40 %	0 %	40 %	20 %	110347027
73	NC_008242	CCGGC	2	10	120168	120177	0 %	0 %	40 %	60 %	110347028
74	NC_008242	TGCGC	2	10	120558	120567	0 %	20 %	40 %	40 %	110347028
75	NC_008242	CCGCG	2	10	122303	122312	0 %	0 %	40 %	60 %	110347029
76	NC_008242	GCTCG	2	10	124428	124437	0 %	20 %	40 %	40 %	110347031
77	NC_008242	TTCGT	2	10	127177	127186	0 %	60 %	20 %	20 %	110347034
78	NC_008242	TGCGC	2	10	128269	128278	0 %	20 %	40 %	40 %	110347035
79	NC_008242	CGATC	2	10	129526	129535	20 %	20 %	20 %	40 %	110347035
80	NC_008242	TTTCG	2	10	130189	130198	0 %	60 %	20 %	20 %	110347036
81	NC_008242	TCGTG	2	10	133389	133398	0 %	40 %	40 %	20 %	110347038
82	NC_008242	GCCGC	2	10	135005	135014	0 %	0 %	40 %	60 %	110347040
83	NC_008242	CGCAG	2	10	136071	136080	20 %	0 %	40 %	40 %	110347041
84	NC_008242	GGTGC	2	10	137070	137079	0 %	20 %	60 %	20 %	110347043
85	NC_008242	GCGCG	2	10	137901	137910	0 %	0 %	60 %	40 %	110347044
86	NC_008242	GCCTG	2	10	137926	137935	0 %	20 %	40 %	40 %	110347044
87	NC_008242	CCGGC	2	10	138297	138306	0 %	0 %	40 %	60 %	110347045
88	NC_008242	GCCCG	2	10	138489	138498	0 %	0 %	40 %	60 %	110347045
89	NC_008242	GATCG	2	10	138570	138579	20 %	20 %	40 %	20 %	110347045
90	NC_008242	GCAGG	2	10	138587	138596	20 %	0 %	60 %	20 %	110347045
91	NC_008242	GTCGC	2	10	138906	138915	0 %	20 %	40 %	40 %	110347046
92	NC_008242	CGCAG	2	10	139924	139933	20 %	0 %	40 %	40 %	110347047
93	NC_008242	GGCCA	2	10	141963	141972	20 %	0 %	40 %	40 %	110347048
94	NC_008242	CGACG	2	10	143321	143330	20 %	0 %	40 %	40 %	110347049
95	NC_008242	GGGCA	2	10	144780	144789	20 %	0 %	60 %	20 %	110347049
96	NC_008242	CCGGT	2	10	145087	145096	0 %	20 %	40 %	40 %	110347049
97	NC_008242	ATTCG	2	10	148960	148969	20 %	40 %	20 %	20 %	110347051
98	NC_008242	TCAAT	2	10	148993	149002	40 %	40 %	0 %	20 %	110347051
99	NC_008242	ACGCT	2	10	149499	149508	20 %	20 %	20 %	40 %	110347052
100	NC_008242	GCGCC	3	15	154713	154727	0 %	0 %	40 %	60 %	110347054
101	NC_008242	GCCGG	2	10	155009	155018	0 %	0 %	60 %	40 %	110347054
102	NC_008242	CGATC	2	10	156945	156954	20 %	20 %	20 %	40 %	110347056
103	NC_008242	TCAGC	2	10	159607	159616	20 %	20 %	20 %	40 %	110347059
104	NC_008242	CCTCG	2	10	159646	159655	0 %	20 %	20 %	60 %	110347059
105	NC_008242	CGGCC	2	10	159882	159891	0 %	0 %	40 %	60 %	110347059
106	NC_008242	CGGGG	2	10	160171	160180	0 %	0 %	80 %	20 %	110347060
107	NC_008242	GACCT	2	10	161997	162006	20 %	20 %	20 %	40 %	110347060
108	NC_008242	GCCGA	2	10	164021	164030	20 %	0 %	40 %	40 %	110347063
109	NC_008242	GCCGA	2	10	167327	167336	20 %	0 %	40 %	40 %	110347064
110	NC_008242	TGGGC	2	10	168267	168276	0 %	20 %	60 %	20 %	110347064
111	NC_008242	CCGGC	2	10	170383	170392	0 %	0 %	40 %	60 %	110347065
112	NC_008242	ACCGA	2	10	172995	173004	40 %	0 %	20 %	40 %	110347068
113	NC_008242	TCGCG	2	10	178931	178940	0 %	20 %	40 %	40 %	110347072
114	NC_008242	TCCCG	2	10	179569	179578	0 %	20 %	20 %	60 %	110347074
115	NC_008242	CAGAA	2	10	180448	180457	60 %	0 %	20 %	20 %	110347074
116	NC_008242	CCACG	2	10	186340	186349	20 %	0 %	20 %	60 %	110347084
117	NC_008242	TGCAA	2	10	189774	189783	40 %	20 %	20 %	20 %	110347088
118	NC_008242	GTCAT	2	10	191497	191506	20 %	40 %	20 %	20 %	110347090
119	NC_008242	GCATG	2	10	194345	194354	20 %	20 %	40 %	20 %	110347093
120	NC_008242	CGATG	2	10	194981	194990	20 %	20 %	40 %	20 %	110347094
121	NC_008242	GGCTC	2	10	196405	196414	0 %	20 %	40 %	40 %	110347096
122	NC_008242	CGATC	2	10	197680	197689	20 %	20 %	20 %	40 %	110347097
123	NC_008242	TCTCC	2	10	198902	198911	0 %	40 %	0 %	60 %	110347098
124	NC_008242	CGCTG	2	10	199002	199011	0 %	20 %	40 %	40 %	110347098
125	NC_008242	TCCTT	2	10	199170	199179	0 %	60 %	0 %	40 %	110347098
126	NC_008242	AGACG	2	10	201658	201667	40 %	0 %	40 %	20 %	110347101
127	NC_008242	TGGCG	2	10	201679	201688	0 %	20 %	60 %	20 %	110347101
128	NC_008242	TCCGG	2	10	202137	202146	0 %	20 %	40 %	40 %	110347103
129	NC_008242	GAAGC	2	10	204238	204247	40 %	0 %	40 %	20 %	110347105
130	NC_008242	GGCCG	2	10	205567	205576	0 %	0 %	60 %	40 %	110347106
131	NC_008242	TGCTC	2	10	205578	205587	0 %	40 %	20 %	40 %	110347106
132	NC_008242	AGCTC	2	10	205964	205973	20 %	20 %	20 %	40 %	110347106
133	NC_008242	GCGCT	2	10	205984	205993	0 %	20 %	40 %	40 %	110347106
134	NC_008242	GGAAC	2	10	206334	206343	40 %	0 %	40 %	20 %	110347107
135	NC_008242	TGCAG	2	10	208066	208075	20 %	20 %	40 %	20 %	110347108
136	NC_008242	CCGCT	2	10	213048	213057	0 %	20 %	20 %	60 %	110347114
137	NC_008242	TCCCG	2	10	213737	213746	0 %	20 %	20 %	60 %	110347114
138	NC_008242	GACCG	2	10	214285	214294	20 %	0 %	40 %	40 %	110347115
139	NC_008242	GTCAG	2	10	215087	215096	20 %	20 %	40 %	20 %	110347115
140	NC_008242	GCCCG	3	15	215290	215304	0 %	0 %	40 %	60 %	110347115
141	NC_008242	GGCCA	2	10	217876	217885	20 %	0 %	40 %	40 %	110347115
142	NC_008242	AGTCC	2	10	219022	219031	20 %	20 %	20 %	40 %	110347116
143	NC_008242	GACCA	2	10	220494	220503	40 %	0 %	20 %	40 %	110347116
144	NC_008242	GAGGG	2	10	221243	221252	20 %	0 %	80 %	0 %	110347117
145	NC_008242	GGGCA	2	10	225077	225086	20 %	0 %	60 %	20 %	110347122
146	NC_008242	AGCGC	2	10	232164	232173	20 %	0 %	40 %	40 %	110347130
147	NC_008242	CGTCG	2	10	234981	234990	0 %	20 %	40 %	40 %	110347133
148	NC_008242	CTGGG	2	10	235074	235083	0 %	20 %	60 %	20 %	110347133
149	NC_008242	GCGGG	2	10	235803	235812	0 %	0 %	80 %	20 %	110347133
150	NC_008242	GCGAA	2	10	236080	236089	40 %	0 %	40 %	20 %	110347133
151	NC_008242	GACAA	2	10	238360	238369	60 %	0 %	20 %	20 %	110347134
152	NC_008242	CCGAT	2	10	238907	238916	20 %	20 %	20 %	40 %	110347135
153	NC_008242	TGCAC	2	10	241126	241135	20 %	20 %	20 %	40 %	110347137
154	NC_008242	CCGTC	2	10	243451	243460	0 %	20 %	20 %	60 %	110347139
155	NC_008242	GCCTT	2	10	246041	246050	0 %	40 %	20 %	40 %	110347143
156	NC_008242	ATCGC	2	10	247275	247284	20 %	20 %	20 %	40 %	110347145
157	NC_008242	GTCAT	2	10	247497	247506	20 %	40 %	20 %	20 %	110347145
158	NC_008242	CCCTC	2	10	247586	247595	0 %	20 %	0 %	80 %	110347145
159	NC_008242	GATGC	2	10	247614	247623	20 %	20 %	40 %	20 %	110347145
160	NC_008242	GTCGC	2	10	249059	249068	0 %	20 %	40 %	40 %	110347145
161	NC_008242	GCTCG	2	10	249864	249873	0 %	20 %	40 %	40 %	110347147
162	NC_008242	CTTCG	2	10	250129	250138	0 %	40 %	20 %	40 %	110347148
163	NC_008242	CCCCA	2	10	252845	252854	20 %	0 %	0 %	80 %	110347151
164	NC_008242	TGCCC	2	10	252972	252981	0 %	20 %	20 %	60 %	110347151
165	NC_008242	TTCGC	2	10	256128	256137	0 %	40 %	20 %	40 %	110347154
166	NC_008242	GCAGG	2	10	257182	257191	20 %	0 %	60 %	20 %	110347155
167	NC_008242	AGGGA	2	10	257940	257949	40 %	0 %	60 %	0 %	110347155
168	NC_008242	GAGGC	2	10	258366	258375	20 %	0 %	60 %	20 %	110347156
169	NC_008242	GTGCG	2	10	259757	259766	0 %	20 %	60 %	20 %	110347157
170	NC_008242	CGGGG	2	10	260179	260188	0 %	0 %	80 %	20 %	110347157
171	NC_008242	GGCGC	2	10	260454	260463	0 %	0 %	60 %	40 %	110347157
172	NC_008242	AGGGG	2	10	260562	260571	20 %	0 %	80 %	0 %	110347157
173	NC_008242	GAGCG	2	10	260717	260726	20 %	0 %	60 %	20 %	110347157
174	NC_008242	CCGAA	2	10	261048	261057	40 %	0 %	20 %	40 %	110347158
175	NC_008242	CCAGG	2	10	262018	262027	20 %	0 %	40 %	40 %	110347160
176	NC_008242	GCGCG	2	10	263161	263170	0 %	0 %	60 %	40 %	110347161
177	NC_008242	ATATC	2	10	265414	265423	40 %	40 %	0 %	20 %	110347163
178	NC_008242	GCTCG	2	10	267723	267732	0 %	20 %	40 %	40 %	110347166
179	NC_008242	GCACG	2	10	267795	267804	20 %	0 %	40 %	40 %	110347166
180	NC_008242	CCCGC	2	10	271731	271740	0 %	0 %	20 %	80 %	110347169
181	NC_008242	TTCCT	2	10	272120	272129	0 %	60 %	0 %	40 %	110347170
182	NC_008242	AGGTC	2	10	276053	276062	20 %	20 %	40 %	20 %	110347174
183	NC_008242	TCGTG	2	10	277967	277976	0 %	40 %	40 %	20 %	110347176
184	NC_008242	TCCGT	2	10	279509	279518	0 %	40 %	20 %	40 %	110347176
185	NC_008242	GCCTG	2	10	281529	281538	0 %	20 %	40 %	40 %	110347178
186	NC_008242	TCCGG	2	10	282310	282319	0 %	20 %	40 %	40 %	110347179
187	NC_008242	GAAGC	2	10	284411	284420	40 %	0 %	40 %	20 %	110347181
188	NC_008242	ATCGC	2	10	286262	286271	20 %	20 %	20 %	40 %	110347182
189	NC_008242	TGCGG	2	10	287672	287681	0 %	20 %	60 %	20 %	110347183
190	NC_008242	GCTGA	2	10	289881	289890	20 %	20 %	40 %	20 %	110347183
191	NC_008242	AGCGC	2	10	295019	295028	20 %	0 %	40 %	40 %	110347189
192	NC_008242	GCTGC	2	10	296550	296559	0 %	20 %	40 %	40 %	110347190
193	NC_008242	GCGCG	2	10	297419	297428	0 %	0 %	60 %	40 %	110347190
194	NC_008242	AGGGG	2	10	297926	297935	20 %	0 %	80 %	0 %	110347191
195	NC_008242	GACGG	2	10	298641	298650	20 %	0 %	60 %	20 %	110347192
196	NC_008242	TCACT	2	10	302947	302956	20 %	40 %	0 %	40 %	110347196
197	NC_008242	GGCTC	2	10	303749	303758	0 %	20 %	40 %	40 %	110347198
198	NC_008242	TCATC	2	10	304279	304288	20 %	40 %	0 %	40 %	110347199
199	NC_008242	TCGCC	2	10	306042	306051	0 %	20 %	20 %	60 %	110347202
200	NC_008242	GCCCA	2	10	307647	307656	20 %	0 %	20 %	60 %	110347203
201	NC_008242	TCACG	2	10	307870	307879	20 %	20 %	20 %	40 %	110347203
202	NC_008242	CGGTG	2	10	310814	310823	0 %	20 %	60 %	20 %	110347204
203	NC_008242	AAGGA	2	10	311663	311672	60 %	0 %	40 %	0 %	110347204
204	NC_008242	GGGCA	2	10	312927	312936	20 %	0 %	60 %	20 %	110347205
205	NC_008242	TTTGA	2	10	318750	318759	20 %	60 %	20 %	0 %	110347208
206	NC_008242	CGCGC	2	10	319123	319132	0 %	0 %	40 %	60 %	110347208
207	NC_008242	CGGCG	2	10	319250	319259	0 %	0 %	60 %	40 %	110347208
208	NC_008242	CGGTT	2	10	322986	322995	0 %	40 %	40 %	20 %	110347214
209	NC_008242	GTTAT	2	10	324004	324013	20 %	60 %	20 %	0 %	110347216
210	NC_008242	TGTCG	2	10	325256	325265	0 %	40 %	40 %	20 %	110347217
211	NC_008242	GCCGC	2	10	331049	331058	0 %	0 %	40 %	60 %	110347224
212	NC_008242	TCGGA	2	10	331424	331433	20 %	20 %	40 %	20 %	110347224
213	NC_008242	CCGGC	2	10	342447	342456	0 %	0 %	40 %	60 %	110347234

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.