MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Mycobacterium sp. MCS plasmid1

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008147	CGCCGG	2	12	7267	7278	0 %	0 %	50 %	50 %	108802384
2	NC_008147	GCGCCG	2	12	10322	10333	0 %	0 %	50 %	50 %	108802388
3	NC_008147	CATCGA	2	12	10536	10547	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	108802388
4	NC_008147	TCGTGT	2	12	22093	22104	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	108802401
5	NC_008147	ATCGAC	2	12	31577	31588	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	108802410
6	NC_008147	ACGCCG	2	12	36890	36901	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	108802416
7	NC_008147	CCTGAC	2	12	37457	37468	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	108802417
8	NC_008147	CCCCGA	2	12	38031	38042	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	108802418
9	NC_008147	CGGCTT	2	12	43518	43529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108802424
10	NC_008147	CGGCGC	2	12	44732	44743	0 %	0 %	50 %	50 %	108802425
11	NC_008147	CCAGAC	2	12	44819	44830	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	108802425
12	NC_008147	GCCAGC	2	12	50697	50708	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	108802432
13	NC_008147	CACCGC	2	12	51517	51528	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	108802433
14	NC_008147	GGCCCG	2	12	51571	51582	0 %	0 %	50 %	50 %	108802433
15	NC_008147	GGGCGC	2	12	52744	52755	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108802434
16	NC_008147	TCAGCG	2	12	56303	56314	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802441
17	NC_008147	GGCCGC	2	12	56511	56522	0 %	0 %	50 %	50 %	108802441
18	NC_008147	AGCCTG	2	12	57487	57498	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802442
19	NC_008147	TCAGGT	2	12	58194	58205	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	108802444
20	NC_008147	CGACCC	2	12	58401	58412	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	108802444
21	NC_008147	CGCCGG	2	12	60272	60283	0 %	0 %	50 %	50 %	108802447
22	NC_008147	CCGACA	2	12	61197	61208	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	108802448
23	NC_008147	GGTCGT	2	12	63309	63320	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	108802450
24	NC_008147	GTCGAC	2	12	65205	65216	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802451
25	NC_008147	CGGCGT	2	12	65231	65242	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802451
26	NC_008147	GCCGCG	2	12	65304	65315	0 %	0 %	50 %	50 %	108802451
27	NC_008147	GTTGCC	2	12	68353	68364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108802452
28	NC_008147	TGGTCT	2	12	68883	68894	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	108802452
29	NC_008147	GTCGAT	2	12	71533	71544	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	108802453
30	NC_008147	TGCCGG	2	12	72392	72403	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802453
31	NC_008147	ATGCCG	2	12	74719	74730	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802457
32	NC_008147	CCGGCG	2	12	76305	76316	0 %	0 %	50 %	50 %	108802458
33	NC_008147	CTGGAC	2	12	77059	77070	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802458
34	NC_008147	CCGTCG	2	12	79068	79079	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	108802463
35	NC_008147	CGACAT	2	12	82214	82225	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	108802466
36	NC_008147	ACCGCG	2	12	83046	83057	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	108802468
37	NC_008147	CATATG	2	12	85388	85399	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	108802473
38	NC_008147	CGCGGT	2	12	85685	85696	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802473
39	NC_008147	ATTCGC	2	12	86498	86509	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	108802473
40	NC_008147	CCACCG	2	12	86661	86672	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	108802473
41	NC_008147	GCCTTC	2	12	87171	87182	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	108802473
42	NC_008147	CGGTGG	2	12	88173	88184	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	108802474
43	NC_008147	GTGACG	2	12	88602	88613	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	108802475
44	NC_008147	CAAGGC	2	12	89215	89226	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108802476
45	NC_008147	GCGGTG	2	12	92556	92567	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	108802481
46	NC_008147	CGACGC	2	12	96826	96837	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	108802484
47	NC_008147	CGGCGA	2	12	97804	97815	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	108802486
48	NC_008147	CGCGGC	2	12	98170	98181	0 %	0 %	50 %	50 %	108802486
49	NC_008147	GCGCCG	2	12	98474	98485	0 %	0 %	50 %	50 %	108802486
50	NC_008147	CGTCGA	2	12	101238	101249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802489
51	NC_008147	TGCCGG	2	12	101611	101622	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802490
52	NC_008147	GGTCGT	2	12	102663	102674	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	108802493
53	NC_008147	CCGGGC	2	12	102722	102733	0 %	0 %	50 %	50 %	108802493
54	NC_008147	TCGCCG	2	12	110869	110880	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	108802501
55	NC_008147	CGGGCC	2	12	114998	115009	0 %	0 %	50 %	50 %	108802504
56	NC_008147	CACGTG	2	12	115866	115877	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802504
57	NC_008147	GCCCCG	2	12	117249	117260	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	108802506
58	NC_008147	CGAAGA	2	12	119598	119609	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	108802507
59	NC_008147	GGCCGC	2	12	120269	120280	0 %	0 %	50 %	50 %	108802508
60	NC_008147	GTCAAC	2	12	120810	120821	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	108802509
61	NC_008147	GACGCC	2	12	121470	121481	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	108802509
62	NC_008147	CGACCC	2	12	121907	121918	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	108802510
63	NC_008147	ACCGCC	3	18	122019	122036	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	108802510
64	NC_008147	CCACGC	2	12	123217	123228	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	108802510
65	NC_008147	TGGACC	2	12	123294	123305	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802510
66	NC_008147	AGGCCA	2	12	124785	124796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108802512
67	NC_008147	TGGGAC	2	12	124922	124933	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	108802512
68	NC_008147	TCGACA	2	12	125078	125089	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	108802513
69	NC_008147	CACCGC	2	12	128750	128761	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	108802515
70	NC_008147	GGGCGC	2	12	130249	130260	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108802516
71	NC_008147	CAGCGG	2	12	136460	136471	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	108802519
72	NC_008147	GACGCC	2	12	136566	136577	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	108802519
73	NC_008147	GTCACC	2	12	139919	139930	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	108802523
74	NC_008147	CCGCGG	2	12	140613	140624	0 %	0 %	50 %	50 %	108802524
75	NC_008147	ATCCGC	2	12	140738	140749	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	108802524
76	NC_008147	GTCGAC	2	12	142524	142535	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802525
77	NC_008147	CAGCGA	2	12	146467	146478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108802528
78	NC_008147	CCGCGG	2	12	146526	146537	0 %	0 %	50 %	50 %	108802528
79	NC_008147	GTCGAA	2	12	153562	153573	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	108802534
80	NC_008147	GCTGCC	2	12	153999	154010	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	108802534
81	NC_008147	TGACAA	2	12	157044	157055	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	108802537
82	NC_008147	CCGCGG	2	12	157619	157630	0 %	0 %	50 %	50 %	108802538
83	NC_008147	GCTTCG	2	12	161942	161953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108802542
84	NC_008147	GCCGAA	2	12	166320	166331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108802547
85	NC_008147	CTGGGC	2	12	168904	168915	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802552
86	NC_008147	TGGGCA	2	12	169611	169622	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	108802552
87	NC_008147	TCCTCG	2	12	171234	171245	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	108802554
88	NC_008147	TCGGCC	2	12	171732	171743	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	108802555
89	NC_008147	TGCAGG	2	12	174741	174752	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	108802559
90	NC_008147	GGCCGC	2	12	184476	184487	0 %	0 %	50 %	50 %	108802569
91	NC_008147	CGGCAT	2	12	186507	186518	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802569
92	NC_008147	GTGGCC	2	12	186652	186663	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802569
93	NC_008147	AGGCCG	2	12	187036	187047	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	108802570
94	NC_008147	TGCGGC	2	12	189173	189184	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802573
95	NC_008147	GTTCGT	2	12	189705	189716	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	108802574
96	NC_008147	ATGTCG	2	12	191127	191138	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	108802575
97	NC_008147	CGGCGC	2	12	191314	191325	0 %	0 %	50 %	50 %	108802576
98	NC_008147	CGCGGC	2	12	191895	191906	0 %	0 %	50 %	50 %	108802577
99	NC_008147	GGTGCA	2	12	192259	192270	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	108802577
100	NC_008147	GATCGC	2	12	192767	192778	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802578
101	NC_008147	CGCCGA	2	12	193614	193625	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	108802579
102	NC_008147	TCGCCG	2	12	195620	195631	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	108802581
103	NC_008147	CGGCTG	2	12	198864	198875	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802586
104	NC_008147	CGGTGA	2	12	199322	199333	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	108802586
105	NC_008147	ACCGGG	2	12	200476	200487	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	108802587
106	NC_008147	GACGGT	2	12	201327	201338	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	108802587
107	NC_008147	GGTGAC	2	12	203593	203604	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	108802589
108	NC_008147	CGTGGC	2	12	204070	204081	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	108802589
109	NC_008147	GAGGCG	2	12	205013	205024	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	108802590
110	NC_008147	GCGCCG	2	12	210858	210869	0 %	0 %	50 %	50 %	108802591
111	NC_008147	CACGGT	2	12	213832	213843	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	108802595

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.