MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Mycobacterium ulcerans AGY99 plasmid pMUM001

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005916	GGCTG	2	10	2818	2827	0 %	20 %	60 %	20 %	49146088
2	NC_005916	CCAGC	2	10	3862	3871	20 %	0 %	20 %	60 %	49146089
3	NC_005916	TGGGG	2	10	5811	5820	0 %	20 %	80 %	0 %	49146090
4	NC_005916	CAAAT	2	10	9990	9999	60 %	20 %	0 %	20 %	49146095
5	NC_005916	CGACA	2	10	10370	10379	40 %	0 %	20 %	40 %	49146095
6	NC_005916	TGCGA	2	10	10468	10477	20 %	20 %	40 %	20 %	49146096
7	NC_005916	CGCAG	2	10	10748	10757	20 %	0 %	40 %	40 %	49146097
8	NC_005916	GCCCG	2	10	12667	12676	0 %	0 %	40 %	60 %	49146099
9	NC_005916	TGGTG	2	10	14985	14994	0 %	40 %	60 %	0 %	49146102
10	NC_005916	CACAC	2	10	15808	15817	40 %	0 %	0 %	60 %	49146103
11	NC_005916	ACCAA	2	10	21952	21961	60 %	0 %	0 %	40 %	49146109
12	NC_005916	CCACC	2	10	22426	22435	20 %	0 %	0 %	80 %	49146109
13	NC_005916	CAGAT	2	10	24625	24634	40 %	20 %	20 %	20 %	49146111
14	NC_005916	GGGGT	2	10	25217	25226	0 %	20 %	80 %	0 %	49146112
15	NC_005916	TTGGT	2	10	25693	25702	0 %	60 %	40 %	0 %	49146112
16	NC_005916	GCATC	2	10	27576	27585	20 %	20 %	20 %	40 %	49146114
17	NC_005916	GCGAG	2	10	30598	30607	20 %	0 %	60 %	20 %	49146116
18	NC_005916	GGCTG	2	10	30987	30996	0 %	20 %	60 %	20 %	49146116
19	NC_005916	CAGGC	2	10	31375	31384	20 %	0 %	40 %	40 %	49146116
20	NC_005916	CCGCG	2	10	31792	31801	0 %	0 %	40 %	60 %	49146116
21	NC_005916	GGTGA	2	10	33701	33710	20 %	20 %	60 %	0 %	49146116
22	NC_005916	GCAAC	2	10	34397	34406	40 %	0 %	20 %	40 %	49146116
23	NC_005916	GGCTG	2	10	36384	36393	0 %	20 %	60 %	20 %	49146116
24	NC_005916	CAGGC	2	10	36772	36781	20 %	0 %	40 %	40 %	49146116
25	NC_005916	CCGCG	2	10	37189	37198	0 %	0 %	40 %	60 %	49146116
26	NC_005916	GGTGA	2	10	39098	39107	20 %	20 %	60 %	0 %	49146116
27	NC_005916	GGCTG	2	10	41781	41790	0 %	20 %	60 %	20 %	49146116
28	NC_005916	CAGGC	2	10	42169	42178	20 %	0 %	40 %	40 %	49146116
29	NC_005916	CCGCG	2	10	42586	42595	0 %	0 %	40 %	60 %	49146116
30	NC_005916	GGTGA	2	10	44495	44504	20 %	20 %	60 %	0 %	49146116
31	NC_005916	GGCTG	2	10	47178	47187	0 %	20 %	60 %	20 %	49146116
32	NC_005916	CAGGC	2	10	47566	47575	20 %	0 %	40 %	40 %	49146116
33	NC_005916	CCGCG	2	10	47983	47992	0 %	0 %	40 %	60 %	49146116
34	NC_005916	GGTGA	2	10	49892	49901	20 %	20 %	60 %	0 %	49146116
35	NC_005916	GCAAC	2	10	50588	50597	40 %	0 %	20 %	40 %	49146116
36	NC_005916	GGCTG	2	10	52575	52584	0 %	20 %	60 %	20 %	49146116
37	NC_005916	CAGGC	2	10	52963	52972	20 %	0 %	40 %	40 %	49146116
38	NC_005916	CCGCG	2	10	53380	53389	0 %	0 %	40 %	60 %	49146116
39	NC_005916	GGTGA	2	10	55289	55298	20 %	20 %	60 %	0 %	49146116
40	NC_005916	AGCCA	2	10	59619	59628	40 %	0 %	20 %	40 %	49146116
41	NC_005916	TCGGC	2	10	59903	59912	0 %	20 %	40 %	40 %	49146116
42	NC_005916	CGAGC	2	10	60140	60149	20 %	0 %	40 %	40 %	49146116
43	NC_005916	AGCCA	2	10	64236	64245	40 %	0 %	20 %	40 %	49146116
44	NC_005916	TCGGC	2	10	64520	64529	0 %	20 %	40 %	40 %	49146116
45	NC_005916	CGAGC	2	10	64757	64766	20 %	0 %	40 %	40 %	49146116
46	NC_005916	GGCTG	2	10	67206	67215	0 %	20 %	60 %	20 %	49146116
47	NC_005916	CAGGC	2	10	67594	67603	20 %	0 %	40 %	40 %	49146116
48	NC_005916	CCGCG	2	10	68011	68020	0 %	0 %	40 %	60 %	49146116
49	NC_005916	GGTGA	2	10	69920	69929	20 %	20 %	60 %	0 %	49146116
50	NC_005916	GCAAC	2	10	70616	70625	40 %	0 %	20 %	40 %	49146116
51	NC_005916	GCCCC	2	10	74392	74401	0 %	0 %	20 %	80 %	49146119
52	NC_005916	CCACC	2	10	74730	74739	20 %	0 %	0 %	80 %	49146119
53	NC_005916	ACCAA	2	10	77364	77373	60 %	0 %	0 %	40 %	49146121
54	NC_005916	GCCGG	2	10	78700	78709	0 %	0 %	60 %	40 %	49146122
55	NC_005916	CGCCA	2	10	78871	78880	20 %	0 %	20 %	60 %	49146122
56	NC_005916	CCTCA	2	10	79078	79087	20 %	20 %	0 %	60 %	49146123
57	NC_005916	GCGAG	2	10	79666	79675	20 %	0 %	60 %	20 %	49146123
58	NC_005916	GGCTG	2	10	80055	80064	0 %	20 %	60 %	20 %	49146123
59	NC_005916	CAGGC	2	10	80443	80452	20 %	0 %	40 %	40 %	49146123
60	NC_005916	CCGCG	2	10	80860	80869	0 %	0 %	40 %	60 %	49146123
61	NC_005916	GGTGA	2	10	83717	83726	20 %	20 %	60 %	0 %	49146123
62	NC_005916	GCAAC	2	10	84413	84422	40 %	0 %	20 %	40 %	49146123
63	NC_005916	GGCTG	2	10	86737	86746	0 %	20 %	60 %	20 %	49146124
64	NC_005916	CAGGC	2	10	87125	87134	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
65	NC_005916	CCGCG	2	10	87542	87551	0 %	0 %	40 %	60 %	49146124
66	NC_005916	GGTGA	2	10	89457	89466	20 %	20 %	60 %	0 %	49146124
67	NC_005916	GCAAC	2	10	90153	90162	40 %	0 %	20 %	40 %	49146124
68	NC_005916	GGCTG	2	10	92155	92164	0 %	20 %	60 %	20 %	49146124
69	NC_005916	CAGGC	2	10	92543	92552	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
70	NC_005916	CCGCG	2	10	92960	92969	0 %	0 %	40 %	60 %	49146124
71	NC_005916	GGTGA	2	10	95817	95826	20 %	20 %	60 %	0 %	49146124
72	NC_005916	GGCTG	2	10	98500	98509	0 %	20 %	60 %	20 %	49146124
73	NC_005916	CAGGC	2	10	98888	98897	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
74	NC_005916	CCGCG	2	10	99305	99314	0 %	0 %	40 %	60 %	49146124
75	NC_005916	GGTGA	2	10	101196	101205	20 %	20 %	60 %	0 %	49146124
76	NC_005916	AGCCA	2	10	105526	105535	40 %	0 %	20 %	40 %	49146124
77	NC_005916	TCGGC	2	10	105810	105819	0 %	20 %	40 %	40 %	49146124
78	NC_005916	CGAGC	2	10	106047	106056	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
79	NC_005916	GGCTG	2	10	108496	108505	0 %	20 %	60 %	20 %	49146124
80	NC_005916	CAGGC	2	10	108884	108893	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
81	NC_005916	CCGCG	2	10	109301	109310	0 %	0 %	40 %	60 %	49146124
82	NC_005916	GGTGA	2	10	112158	112167	20 %	20 %	60 %	0 %	49146124
83	NC_005916	GGCTG	2	10	114838	114847	0 %	20 %	60 %	20 %	49146124
84	NC_005916	CAGGC	2	10	115226	115235	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
85	NC_005916	CCGCG	2	10	115643	115652	0 %	0 %	40 %	60 %	49146124
86	NC_005916	GGTGA	2	10	117552	117561	20 %	20 %	60 %	0 %	49146124
87	NC_005916	GGCTG	2	10	120253	120262	0 %	20 %	60 %	20 %	49146124
88	NC_005916	CAGGC	2	10	120641	120650	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
89	NC_005916	CCGCG	2	10	121058	121067	0 %	0 %	40 %	60 %	49146124
90	NC_005916	GGTGA	2	10	123915	123924	20 %	20 %	60 %	0 %	49146124
91	NC_005916	GGCTG	2	10	126616	126625	0 %	20 %	60 %	20 %	49146124
92	NC_005916	CAGGC	2	10	127004	127013	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
93	NC_005916	CCGCG	2	10	127421	127430	0 %	0 %	40 %	60 %	49146124
94	NC_005916	GGTGA	2	10	129330	129339	20 %	20 %	60 %	0 %	49146124
95	NC_005916	GCAAC	2	10	130026	130035	40 %	0 %	20 %	40 %	49146124
96	NC_005916	GGCTG	2	10	132031	132040	0 %	20 %	60 %	20 %	49146124
97	NC_005916	CAGGC	2	10	132419	132428	20 %	0 %	40 %	40 %	49146124
98	NC_005916	CCGCG	2	10	132836	132845	0 %	0 %	40 %	60 %	49146124
99	NC_005916	GGTGA	2	10	134745	134754	20 %	20 %	60 %	0 %	49146124
100	NC_005916	GCAAC	2	10	135441	135450	40 %	0 %	20 %	40 %	49146124
101	NC_005916	GCCCC	2	10	139217	139226	0 %	0 %	20 %	80 %	49146127
102	NC_005916	GGTAT	2	10	141062	141071	20 %	40 %	40 %	0 %	49146129
103	NC_005916	GGGGT	2	10	141515	141524	0 %	20 %	80 %	0 %	49146129
104	NC_005916	GGGGT	2	10	142401	142410	0 %	20 %	80 %	0 %	49146130
105	NC_005916	GATGC	2	10	143453	143462	20 %	20 %	40 %	20 %	49146131
106	NC_005916	CGCCA	2	10	144403	144412	20 %	0 %	20 %	60 %	49146133
107	NC_005916	TCGCA	2	10	148939	148948	20 %	20 %	20 %	40 %	49146138
108	NC_005916	CGCTG	2	10	153912	153921	0 %	20 %	40 %	40 %	49146143
109	NC_005916	GCATC	2	10	154191	154200	20 %	20 %	20 %	40 %	49146143
110	NC_005916	GATGC	2	10	157283	157292	20 %	20 %	40 %	20 %	49146146
111	NC_005916	CAGCG	2	10	157562	157571	20 %	0 %	40 %	40 %	49146147
112	NC_005916	TGACA	2	10	158060	158069	40 %	20 %	20 %	20 %	49146148
113	NC_005916	TGTGT	2	10	164692	164701	0 %	60 %	40 %	0 %	49146154
114	NC_005916	CAACC	2	10	167978	167987	40 %	0 %	0 %	60 %	49146158
115	NC_005916	GTCGA	2	10	168617	168626	20 %	20 %	40 %	20 %	49146160
116	NC_005916	GGTTG	2	10	172474	172483	0 %	40 %	60 %	0 %	49146165
117	NC_005916	GCCGG	2	10	172702	172711	0 %	0 %	60 %	40 %	49146165

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.