MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 plasmid large ECE

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001732	ACAA	2	8	500	507	75 %	0 %	0 %	25 %	10954493
2	NC_001732	ATAA	2	8	932	939	75 %	25 %	0 %	0 %	10954493
3	NC_001732	CTTG	2	8	1088	1095	0 %	50 %	25 %	25 %	10954494
4	NC_001732	TTCT	2	8	1531	1538	0 %	75 %	0 %	25 %	10954495
5	NC_001732	CAAC	2	8	1592	1599	50 %	0 %	0 %	50 %	10954495
6	NC_001732	TTAT	2	8	2007	2014	25 %	75 %	0 %	0 %	10954496
7	NC_001732	TTAA	2	8	2228	2235	50 %	50 %	0 %	0 %	10954496
8	NC_001732	GTTG	2	8	2458	2465	0 %	50 %	50 %	0 %	10954496
9	NC_001732	TTGA	2	8	2726	2733	25 %	50 %	25 %	0 %	10954496
10	NC_001732	GAAA	2	8	3372	3379	75 %	0 %	25 %	0 %	10954489
11	NC_001732	TCCA	2	8	3833	3840	25 %	25 %	0 %	50 %	10954497
12	NC_001732	CTTC	2	8	3969	3976	0 %	50 %	0 %	50 %	10954497
13	NC_001732	TCCC	2	8	4574	4581	0 %	25 %	0 %	75 %	10954498
14	NC_001732	CCCT	2	8	4965	4972	0 %	25 %	0 %	75 %	10954498
15	NC_001732	CTTC	2	8	6124	6131	0 %	50 %	0 %	50 %	10954499
16	NC_001732	ATTT	2	8	6351	6358	25 %	75 %	0 %	0 %	10954499
17	NC_001732	TATT	2	8	6446	6453	25 %	75 %	0 %	0 %	10954499
18	NC_001732	ATGA	2	8	7776	7783	50 %	25 %	25 %	0 %	10954500
19	NC_001732	GAAT	2	8	8097	8104	50 %	25 %	25 %	0 %	10954500
20	NC_001732	ATTT	2	8	8138	8145	25 %	75 %	0 %	0 %	10954501
21	NC_001732	AAGT	2	8	8414	8421	50 %	25 %	25 %	0 %	10954501
22	NC_001732	TTAT	2	8	9404	9411	25 %	75 %	0 %	0 %	10954503
23	NC_001732	ATAA	2	8	9819	9826	75 %	25 %	0 %	0 %	10954503
24	NC_001732	TTCT	2	8	11066	11073	0 %	75 %	0 %	25 %	10954504
25	NC_001732	GAGT	2	8	11247	11254	25 %	25 %	50 %	0 %	10954504
26	NC_001732	GTTG	2	8	12967	12974	0 %	50 %	50 %	0 %	18656943
27	NC_001732	ATTA	2	8	13403	13410	50 %	50 %	0 %	0 %	18656943
28	NC_001732	CTTT	2	8	13672	13679	0 %	75 %	0 %	25 %	18656943
29	NC_001732	GAAA	2	8	14575	14582	75 %	0 %	25 %	0 %	10954505
30	NC_001732	CATA	2	8	14595	14602	50 %	25 %	0 %	25 %	10954505
31	NC_001732	ATTT	2	8	14730	14737	25 %	75 %	0 %	0 %	10954505
32	NC_001732	GTTT	2	8	14910	14917	0 %	75 %	25 %	0 %	10954505
33	NC_001732	GAAG	2	8	14948	14955	50 %	0 %	50 %	0 %	10954505
34	NC_001732	TTAA	2	8	15317	15324	50 %	50 %	0 %	0 %	10954505
35	NC_001732	ATAC	2	8	15599	15606	50 %	25 %	0 %	25 %	10954506
36	NC_001732	ATTT	2	8	15862	15869	25 %	75 %	0 %	0 %	10954506
37	NC_001732	GTTT	2	8	16042	16049	0 %	75 %	25 %	0 %	10954506
38	NC_001732	CAAA	2	8	16154	16161	75 %	0 %	0 %	25 %	10954506
39	NC_001732	CTAA	2	8	16173	16180	50 %	25 %	0 %	25 %	10954506
40	NC_001732	TTAA	2	8	16449	16456	50 %	50 %	0 %	0 %	10954506
41	NC_001732	TCAA	2	8	16717	16724	50 %	25 %	0 %	25 %	10954490
42	NC_001732	TTTA	2	8	16750	16757	25 %	75 %	0 %	0 %	10954490
43	NC_001732	TAAC	2	8	21060	21067	50 %	25 %	0 %	25 %	10954507
44	NC_001732	GATA	2	8	21172	21179	50 %	25 %	25 %	0 %	10954507
45	NC_001732	TTAA	2	8	23467	23474	50 %	50 %	0 %	0 %	10954510
46	NC_001732	CTAT	2	8	23647	23654	25 %	50 %	0 %	25 %	10954510
47	NC_001732	ATTT	2	8	24017	24024	25 %	75 %	0 %	0 %	10954510
48	NC_001732	TCTA	2	8	24177	24184	25 %	50 %	0 %	25 %	10954510
49	NC_001732	TCCT	2	8	24877	24884	0 %	50 %	0 %	50 %	10954511
50	NC_001732	TATC	2	8	26341	26348	25 %	50 %	0 %	25 %	10954512
51	NC_001732	TCTT	2	8	26438	26445	0 %	75 %	0 %	25 %	10954512
52	NC_001732	TAAA	2	8	26578	26585	75 %	25 %	0 %	0 %	10954512
53	NC_001732	TTTG	2	8	26639	26646	0 %	75 %	25 %	0 %	10954512
54	NC_001732	CATT	2	8	26670	26677	25 %	50 %	0 %	25 %	10954512
55	NC_001732	ATCT	2	8	26708	26715	25 %	50 %	0 %	25 %	10954512
56	NC_001732	TTTC	2	8	26722	26729	0 %	75 %	0 %	25 %	10954512
57	NC_001732	TTAG	2	8	26736	26743	25 %	50 %	25 %	0 %	10954512
58	NC_001732	GATA	2	8	26966	26973	50 %	25 %	25 %	0 %	10954512
59	NC_001732	AATT	2	8	27449	27456	50 %	50 %	0 %	0 %	10954512
60	NC_001732	TATC	2	8	27547	27554	25 %	50 %	0 %	25 %	10954512
61	NC_001732	GTTA	2	8	28371	28378	25 %	50 %	25 %	0 %	10954513
62	NC_001732	ATAA	2	8	29167	29174	75 %	25 %	0 %	0 %	10954514
63	NC_001732	TAAT	2	8	29530	29537	50 %	50 %	0 %	0 %	10954515
64	NC_001732	ATAA	2	8	29656	29663	75 %	25 %	0 %	0 %	10954515
65	NC_001732	TTCT	2	8	30168	30175	0 %	75 %	0 %	25 %	10954515
66	NC_001732	GTTT	2	8	30836	30843	0 %	75 %	25 %	0 %	10954516
67	NC_001732	TTCA	2	8	32497	32504	25 %	50 %	0 %	25 %	10954517
68	NC_001732	CTTT	2	8	32597	32604	0 %	75 %	0 %	25 %	10954517
69	NC_001732	CTTT	2	8	32930	32937	0 %	75 %	0 %	25 %	10954517
70	NC_001732	ATCC	2	8	33263	33270	25 %	25 %	0 %	50 %	10954517
71	NC_001732	ATTA	2	8	33400	33407	50 %	50 %	0 %	0 %	10954517
72	NC_001732	TCAT	2	8	33953	33960	25 %	50 %	0 %	25 %	10954517
73	NC_001732	TTTA	2	8	34312	34319	25 %	75 %	0 %	0 %	10954517
74	NC_001732	TTTG	2	8	34816	34823	0 %	75 %	25 %	0 %	10954517
75	NC_001732	ATTT	2	8	35260	35267	25 %	75 %	0 %	0 %	10954517
76	NC_001732	ATTT	2	8	37207	37214	25 %	75 %	0 %	0 %	10954518
77	NC_001732	AATA	2	8	37556	37563	75 %	25 %	0 %	0 %	10954518
78	NC_001732	TAAA	2	8	39424	39431	75 %	25 %	0 %	0 %	10954519
79	NC_001732	TTTA	2	8	39515	39522	25 %	75 %	0 %	0 %	10954519
80	NC_001732	TTAA	2	8	40789	40796	50 %	50 %	0 %	0 %	10954520
81	NC_001732	GGAT	2	8	41167	41174	25 %	25 %	50 %	0 %	10954520
82	NC_001732	TTTC	2	8	41263	41270	0 %	75 %	0 %	25 %	10954520
83	NC_001732	TTAT	2	8	42478	42485	25 %	75 %	0 %	0 %	10954521
84	NC_001732	TACA	2	8	43071	43078	50 %	25 %	0 %	25 %	10954521
85	NC_001732	CTAT	2	8	43125	43132	25 %	50 %	0 %	25 %	10954522
86	NC_001732	TTTC	2	8	44536	44543	0 %	75 %	0 %	25 %	10954522
87	NC_001732	CCTC	2	8	44695	44702	0 %	25 %	0 %	75 %	10954522
88	NC_001732	TATG	2	8	45652	45659	25 %	50 %	25 %	0 %	10954523
89	NC_001732	ATAA	2	8	45694	45701	75 %	25 %	0 %	0 %	10954523
90	NC_001732	AACA	2	8	46778	46785	75 %	0 %	0 %	25 %	10954524
91	NC_001732	AATT	2	8	47647	47654	50 %	50 %	0 %	0 %	10954525
92	NC_001732	TAAT	2	8	47831	47838	50 %	50 %	0 %	0 %	10954525
93	NC_001732	CCTT	2	8	48969	48976	0 %	50 %	0 %	50 %	10954526
94	NC_001732	ATTA	2	8	49271	49278	50 %	50 %	0 %	0 %	10954526
95	NC_001732	AAAT	2	8	49483	49490	75 %	25 %	0 %	0 %	10954527
96	NC_001732	TTAT	2	8	49502	49509	25 %	75 %	0 %	0 %	10954527
97	NC_001732	CTTC	2	8	49530	49537	0 %	50 %	0 %	50 %	10954527
98	NC_001732	AAGT	2	8	50209	50216	50 %	25 %	25 %	0 %	10954527
99	NC_001732	TAAT	2	8	50345	50352	50 %	50 %	0 %	0 %	10954527
100	NC_001732	GTCA	2	8	50416	50423	25 %	25 %	25 %	25 %	10954527
101	NC_001732	AATG	2	8	50558	50565	50 %	25 %	25 %	0 %	10954527
102	NC_001732	ATCT	2	8	51471	51478	25 %	50 %	0 %	25 %	10954527
103	NC_001732	TCTA	2	8	51637	51644	25 %	50 %	0 %	25 %	10954527
104	NC_001732	CAAA	2	8	51866	51873	75 %	0 %	0 %	25 %	10954527
105	NC_001732	ATTG	2	8	52125	52132	25 %	50 %	25 %	0 %	10954527
106	NC_001732	TTTA	2	8	52150	52157	25 %	75 %	0 %	0 %	10954527
107	NC_001732	ATTA	2	8	52231	52238	50 %	50 %	0 %	0 %	10954527
108	NC_001732	AGTT	2	8	52417	52424	25 %	50 %	25 %	0 %	10954527
109	NC_001732	TATT	2	8	52559	52566	25 %	75 %	0 %	0 %	10954527
110	NC_001732	AATG	2	8	52731	52738	50 %	25 %	25 %	0 %	10954528
111	NC_001732	TAAA	2	8	52869	52876	75 %	25 %	0 %	0 %	10954528
112	NC_001732	AAAC	2	8	53236	53243	75 %	0 %	0 %	25 %	10954528
113	NC_001732	TAAA	2	8	53497	53504	75 %	25 %	0 %	0 %	10954528
114	NC_001732	TTTC	2	8	53682	53689	0 %	75 %	0 %	25 %	10954528
115	NC_001732	ATAA	2	8	53898	53905	75 %	25 %	0 %	0 %	10954528
116	NC_001732	TAAC	2	8	54062	54069	50 %	25 %	0 %	25 %	50434640
117	NC_001732	AGTA	2	8	54098	54105	50 %	25 %	25 %	0 %	50434640
118	NC_001732	TACC	2	8	54409	54416	25 %	25 %	0 %	50 %	10954529
119	NC_001732	ATTT	2	8	54483	54490	25 %	75 %	0 %	0 %	10954529
120	NC_001732	TCCT	2	8	54643	54650	0 %	50 %	0 %	50 %	10954529
121	NC_001732	CCTT	2	8	54743	54750	0 %	50 %	0 %	50 %	10954529
122	NC_001732	ATAA	2	8	54828	54835	75 %	25 %	0 %	0 %	10954529
123	NC_001732	TCCC	2	8	55131	55138	0 %	25 %	0 %	75 %	10954529
124	NC_001732	CTCC	2	8	55201	55208	0 %	25 %	0 %	75 %	10954529
125	NC_001732	ATTT	2	8	55373	55380	25 %	75 %	0 %	0 %	10954529
126	NC_001732	CTTT	3	12	55879	55890	0 %	75 %	0 %	25 %	10954529
127	NC_001732	CAAT	2	8	56205	56212	50 %	25 %	0 %	25 %	10954530
128	NC_001732	TCTT	2	8	56538	56545	0 %	75 %	0 %	25 %	10954530
129	NC_001732	AAAT	2	8	56716	56723	75 %	25 %	0 %	0 %	10954530
130	NC_001732	TAAA	2	8	57445	57452	75 %	25 %	0 %	0 %	10954531
131	NC_001732	TAAA	2	8	57792	57799	75 %	25 %	0 %	0 %	10954531

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.